View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5022-Insertion-3 (Length: 920)

Name: NF5022-Insertion-3
Description: NF5022
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5022-Insertion-3
NF5022-Insertion-3
[»] chr5 (26 HSPs)
chr5 (8-913)||(7191325-7192232)
chr5 (87-903)||(10661078-10661895)
chr5 (11-913)||(10653181-10654085)
chr5 (206-642)||(10563545-10563981)
chr5 (206-711)||(10610228-10610733)
chr5 (87-877)||(19606885-19607675)
chr5 (211-711)||(10748201-10748701)
chr5 (206-711)||(10741885-10742393)
chr5 (358-609)||(10218034-10218285)
chr5 (293-787)||(10549398-10549892)
chr5 (283-630)||(9837595-9837942)
chr5 (283-789)||(10718006-10718512)
chr5 (206-571)||(10764458-10764823)
chr5 (279-498)||(10664557-10664783)
chr5 (137-258)||(10599537-10599658)
chr5 (368-513)||(10557600-10557745)
chr5 (87-258)||(10603152-10603323)
chr5 (130-189)||(10664844-10664903)
chr5 (359-399)||(10579678-10579718)
chr5 (359-399)||(10589925-10589965)
chr5 (88-254)||(10579407-10579573)
chr5 (88-254)||(10590070-10590236)
chr5 (822-903)||(10564161-10564243)
chr5 (734-903)||(10603798-10603968)
chr5 (284-417)||(10603349-10603482)
chr5 (822-913)||(10741681-10741774)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (208-877)||(17924423-17925095)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (353-913)||(12930944-12931506)
chr6 (353-711)||(12905855-12906213)
chr6 (353-711)||(12947309-12947667)
chr6 (211-630)||(12956601-12957023)
chr6 (523-708)||(12898405-12898590)
chr6 (147-262)||(12898024-12898139)
chr6 (206-262)||(12947159-12947215)
chr6 (211-262)||(12930799-12930850)
chr6 (287-324)||(12905789-12905826)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (692-846)||(31468213-31468367)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 913
Target Start/End: Original strand, 7191325 - 7192232
Alignment:
Q  8 attccacgagaaatatgcagcctcaaaaacttgacaataatatcagtgtttctaaacagactatctaatacattaccttcttcttgtctttataatatgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191325 attccacgagaaatatgcagcctcaaaaacttgacaataatgtcagtgtttctaaacagactatctaatacattaccttcttcttgtctttataatatgt 7191424  T
Q  108 catctcttactttcatttccgctgcattcaataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaatcttcaatatttagcaatcgg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191425 catctcttactttcatttccgctgcattcaataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacaccctctccaatcttcaatatttagcaatcgg 7191524  T
Q  208 aggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgacttagatcaaaacaatttggtcggacaagttcca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191525 aggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgacttagatcaaaacaatttggtcggacaagttcca 7191624  T
Q  308 agtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191625 agtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaa 7191724  T
Q  408 actgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactaca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7191725 actgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaattccattgggaatttatccactcaacttaggcaactaca 7191824  T
Q  508 tcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaatt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7191825 tcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcatggaacttaacaactttgaaggaatt 7191924  T
Q  608 attcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7191925 attcctactacttttgggaagtttgagaaaatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtc 7192024  T
Q  708 aattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatatcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaa 807  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192025 aattatatcatttgagtgtaggagataatatgttagaaggaaatattccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaa 7192124  T
Q  808 caatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtc-aggaactcattgagtggtagcctacc-aga 905  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  7192125 caatcttagaggaaccatacccttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaaga 7192224  T
Q  906 gaagtggg 913  Q
    ||||||||    
T  7192225 gaagtggg 7192232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 87 - 903
Target Start/End: Complemental strand, 10661895 - 10661078
Alignment:
Q  87 cttcttgtctttataatatgtcatctcttactttcatttccgctgcattcaataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaa 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||   || || | || |  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  10661895 cttcttgtctttataatatgtcatctctaactgggatctcagttggacccaatgattttaatggatctcttccatccaatatgttcaacaccctctccaa 10661796  T
Q  187 tcttcaatatttagcaatcggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgacttagatcaaaac 286  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  | || ||||||  || ||||    
T  10661795 tcttcaatatttcgcaatcggaagaaatgaattttcaggtacaatccctatttccattgcaaatgcttcttcccttctacaactcgacttaagtcgaaac 10661696  T
Q  287 aatttggtcggacaagttccaagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttag 386  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||  |||||||||    |||||  |||||| ||||||| ||||||||||| |    
T  10661695 aattttgtcggacaagttccaagtctagggaagctacataatcttcaacgactaaatctaggatcaaacaaattaggtgacaattcaactaaggatttgg 10661596  T
Q  387 agtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatc 486  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||  | |||||||  |||| |||||||||||  |||| ||||||| ||||| |||||||||||  | || ||||||||    
T  10661595 agtttttgaaaaccttgacaaacttcactaaactaagagtgatttctatatccagtaatcattttgggggtaacttgccaaattttgtaggcaatttatc 10661496  T
Q  487 cgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaa 586  Q
    | |||||||||| || ||| || ||||  |||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||| |||     
T  10661495 cactcaacttagtcagctatatgttgggggtaatccaatatcaggaaaaattcctgcagaattaggaaatctaattggcctaattcacttgagcatggac 10661396  T
Q  587 cttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccac 686  Q
      || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||  | ||| | ||||||||||| || |||||| |||||     
T  10661395 aatagcaactttgaaggaattattcctaatacttttgggaagtttgagagaatgcaacaattactattgaatggaaataagttgtcaggagaggtaccat 10661296  T
Q  687 ccatcataggcaacctcagtcaattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatatcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttaca 786  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||| | ||| ||||| ||||    
T  10661295 ccattataggcaacctcagtcaattatatcttttgagtataagagataatatgttaggaggaaatattccttcaagcataggacattgccaaaagctaca 10661196  T
Q  787 atacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtc-aggaactca 885  Q
    || ||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||   | | || || |||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |  ||||||    
T  10661195 atccctagacctttcacaaaacattcttagaggaaccatacccaaaaaggtctttagtctttcctctttaacaaacttactgaacttgtcaaaaaactca 10661096  T
Q  886 ttgagtggtagcctacca 903  Q
    ||||||||||||||||||    
T  10661095 ttgagtggtagcctacca 10661078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 11 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 10654085 - 10653181
Alignment:
Q  11 ccacgagaaatatgcagcctcaaaaacttgacaataatatcagtgtttctaaacagactatctaatacattaccttcttcttgtctttataatatgtcat 110  Q
    |||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||   ||||||||||||  |||||| | ||||| ||   |||||||||||||||    
T  10654085 ccacaagaaatgtgcagcctcaaacacttgacaaaaattacagtgtttagtaacagactatctggtacatttcattcttgtt---tttataatatgtcat 10653989  T
Q  111 ctcttactttcatttccgctgcattcaataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaatcttcaatatttagcaatcggagg 210  Q
    |||||||||  || || |   || ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||    || | |      
T  10653988 ctcttacttatatctcagtaacactcaataaatttaatggatctcttccatcaaatatgttcaacaccctttccaatcttcaatgtttctatattgcatc 10653889  T
Q  211 aaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgactta---gatcaaaacaatttggtcggacaagttcca 307  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    | || ||||||   |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  10653888 caatcaattctcaggtacaatccctatttccattgcaaatgcttcttccctaaaagaactcgacttatctgatcaaaataatttgctcggacaagttcca 10653789  T
Q  308 agtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaa 407  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||  | |||| ||||||  ||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  10653788 agtctggggaatttacatgatcttcaacggctaaatctagaatttaacaatttaggagacaatacaactaaggatttagaatttttaaaaaccttgacaa 10653689  T
Q  408 actgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactaca 507  Q
    ||||||||||||||   ||| |||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||  | || ||||||||| |||||||||| || ||| |    
T  10653688 actgtagtaaactaaccgtgatttctatagcttataataattttggaggtaacttgccaaattttgtaggcaatttatccactcaacttagtcagctata 10653589  T
Q  508 tcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaatt 607  Q
    | ||||  |||||  ||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||  || |||  ||||  |||| ||||||||||||||    
T  10653588 tgttgggggtaatcagatgtctgaaaaaattcctgcagaattaggaaatctaattggtttaattcacttaagcttggaatataaccactttgaaggaatt 10653489  T
Q  608 attcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtc 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||  || | ||||||| ||| || |||  |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10653488 attcctactacttttgggaagtttgagaggatgcaaagattagtactgaatggaaataggttgtcaggaatgataccacccatcataggcaacctcactc 10653389  T
Q  708 aattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatatcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaa 807  Q
    | |||| |  ||| ||| |||||||||||||||| |||||||| || || ||||| || ||| | ||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  10653388 atttatttttttttagtgtaggagataatatgttggaaggaaacattccttcaagcattggatattgccaaaagctacaatacctagacctttcacaaaa 10653289  T
Q  808 caatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtc-aggaactcattgagtggtagcctacc-aga 905  Q
    || |||  || ||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||  || ||||| ||||||| ||||| |  ||| |||||||||||||| |||| |||    
T  10653288 cattctccgaggaaccatacccatagaggttttaagtctttcctccctaacaaacatactgaatttgtcaaataacacattgagtggtagcttaccgaga 10653189  T
Q  906 gaagtggg 913  Q
    ||||||||    
T  10653188 gaagtggg 10653181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 206 - 642
Target Start/End: Original strand, 10563545 - 10563981
Alignment:
Q  206 ggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgacttagatcaaaacaatttggtcggacaagttc 305  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||      || ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10563545 ggagcaaatcaattctcaggtccaatccctatttccattgtaaatgcttcttccctacaagtactcgacttagctcaaaactatttggtgggacaagttc 10563644  T
Q  306 caagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagcta-aacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttga 404  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||    || ||| | | | | || |||| ||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||| |  ||||    
T  10563645 caagtctagagaagttacaagatctttactggctaagttttg-gatacaacaatttaggtaacaattcaattatagatttagagtttttaaactatttga 10563743  T
Q  405 caaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaact 504  Q
    |||| ||||||||||||  | || |||| ||| | | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    |||||||  |||||    
T  10563744 caaattgtagtaaactagaaatgctttcgatagcttctaataattttggaggtcatttgccaaatttcattggcaatttatctatccaacttacacaact 10563843  T
Q  505 acatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaagga 604  Q
    | |||||||  | ||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||| || |||   ||||  ||||| ||||    
T  10563844 atatcttgggggaaatatgatatcaggaaaaattcccgtggaaataggaaatctagttggcttaattctcttgaccatggagtctaacctctttgtagga 10563943  T
Q  605 attattcctactacttttgggaagtttgagaagatgca 642  Q
     ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  10563944 gttattccaactacttttgggaagttcgaaaagatgca 10563981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 206 - 711
Target Start/End: Original strand, 10610228 - 10610733
Alignment:
Q  206 ggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgacttagatcaaaacaatttggtcggacaagttc 305  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||   |   |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10610228 ggaggaaatcaattctcaggtccaatccctgtttccattgcaaatgcttcttccctacaaataattgatttaggtcaaaacaatttggttggacaagttc 10610327  T
Q  306 caagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgac 405  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||    || | | | | ||    |||  ||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  |||||    
T  10610328 caagtctagagaagttaccagatctttactggctgagtttggaatacaactatttcggtaacaattcaactatagatttagagtttttaaaatatttgac 10610427  T
Q  406 aaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaacta 505  Q
    ||||||||||||||||  |  | ||||||||||   |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||| || |||    
T  10610428 aaactgtagtaaactagaaaagctttctatatctaataataagtttggaggtagtttgccaaatttcattggcaatttatccacccatcttagacagcta 10610527  T
Q  506 catcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaa 605  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    ||| |||||||| |  ||||||||||||| |||  || |||||||||| | ||||| ||||    
T  10610528 tatcttggaggtaatatgataacaggaaaaattcccatggaaataggaaatttggttggcttaactctcttgtccatggaacttaaccaatttgatggaa 10610627  T
Q  606 ttattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcag 705  Q
    || ||||  ||||||| ||||||||  | || |||||| | |||| | |    | ||| ||||| || ||| | ||||||||| |||||||||| |||||    
T  10610628 ttgttccgtctactttagggaagttccaaaatatgcaaattttggatctaagcgaaaacaagttgtcaggatatataccacccttcataggcaatctcag 10610727  T
Q  706 tcaatt 711  Q
    ||||||    
T  10610728 tcaatt 10610733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 87 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 19607675 - 19606885
Alignment:
Q  87 cttcttgtctttataatatgtcatctcttactttcatttccgctgcattcaataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaa 186  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| | || || ||||||   ||| | |||||||| |||||||| |  || |||||||| |  |||  |||    
T  19607675 cttcttgtcttttcaatatgtcatctcttactatgatatcagctgcagctaatcactttaatggctctcttcctcataacatgttcaatactctccgcaa 19607576  T
Q  187 tcttcaatatttagcaatcggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccct-atttaatcttgacttagatcaaaa 285  Q
    |||||||  ||||||||| || || |||||| | |||||| |||| |||| ||||||| |||||| ||||||| | |  | || |    |||| | ||||    
T  19607575 tcttcaaactttagcaattggtgggaatcaaatatcaggtccaatacctacttccattacaaatggttcttccttgacatcatttgttattag-tgaaaa 19607477  T
Q  286 caatttggtcggacaagttccaagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggattta 385  Q
    | |||| |||||||| ||||| |||||||| ||| |||| |||||| |   | ||||| | |  | ||| | | |||| || ||||| || ||||||||     
T  19607476 ctattttgtcggacatgttccgagtctaggaaagctacaagatctttggatgataaatgtgggtcaaaataatctaggcaaaaattcaaccaaggatttg 19607377  T
Q  386 gagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttat 485  Q
    || |||||| | || |||| ||||||||||||  |  |||   ||  |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  19607376 gaatttttagagtcattgaaaaactgtagtaagttgatagctgttagtatagcctataataattttggaggtagtttgccaaattccattggtaatttat 19607277  T
Q  486 ccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacgga 585  Q
    || | |||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||   ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||  ||    
T  19607276 ccacccaacttagtcaactatatcttggaggtaatatcatatcaggaaagattcctatggaaataggaaatctagttggcttaactctcttgaccataga 19607177  T
Q  586 acttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagatacca 685  Q
    ||||||| |  |||| |||||||||||  || |||||||||||||| | || |||||| | |||| ||||    |||| ||  | |||||||  ||||||    
T  19607176 acttaaccaacttgatggaattattccatcttcttttgggaagtttcaaaacatgcaattgttggatttgagtcgaaacaaactgtccggagttatacca 19607077  T
Q  686 cccatcataggcaacctcagtcaattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatatcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttac 785  Q
     ||| | ||||||||||||||||||| ||| |  |  || |||| || |||||| || |||||||||| || ||||| |||||||||||  |||||||||    
T  19607076 accaccttaggcaacctcagtcaattgtattacctaggtttaggtgaaaatatgctacaaggaaatattccttcaagcataggaaactgtcaaaagttac 19606977  T
Q  786 aatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtca 877  Q
    ||| | | | ||||   ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| |||||  ||||||| || |||||||  |||||| | ||||||    
T  19606976 aatccatagtcctttttcaaaataatcttagtggaaccatacccttagaggtttttcgtctttcctctttatcaatattactggatttgtca 19606885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 211 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 10748701 - 10748201
Alignment:
Q  211 aaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgacttagatcaaaacaatttggtcggacaagttccaagt 310  Q
    |||||| ||||  ||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||      |||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  10748701 aaatcagttctttggttcaatgcctatttccattgtaaatgcttcttccctacaattacttgacttagctcaaaactatttggtggggcaagttccaagt 10748602  T
Q  311 ctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaaact 410  Q
    |||| ||||||||| ||||||    || ||||| | ||    |||  ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |  |||||||| |    
T  10748601 ctagagaagttacaagatctttactggctaaatttggaagacaactatttcggtaacaattcaactatcgatttagagtttttaaagtatttgacaaatt 10748502  T
Q  411 gtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatct 510  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||    |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||||   |||||  |||    
T  10748501 gtagtaaactagaagtggtttctatatgtaataataagtttggaggtagtttgccaaattccattggcagtttatccacccaacttacagaactatgtct 10748402  T
Q  511 tggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaattatt 610  Q
    |||  | ||| ||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||  ||||  || |||  ||  ||  ||||| ||||||||||||| |||    
T  10748401 tggtggaaatttgatatcaggaaaaattcccgtggaaataggaaatctagttgagttaatactcttggccatcgattttaaccactttgaaggaataatt 10748302  T
Q  611 cctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaat 710  Q
    || ||| |||||||||||||  | |||||||||   || | ||||   ||||| ||||| || ||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  10748301 ccaacttcttttgggaagttccaaaagatgcaatatttagctttgagtggaaacaagttgtcaggatatataccacccttcataggcaatctcagtcaat 10748202  T
Q  711 t 711  Q
    |    
T  10748201 t 10748201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 206 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 10742393 - 10741885
Alignment:
Q  206 ggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgacttag---atcaaaacaatttggtcggacaag 302  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||      ||||| ||||   |||||||||||||||| |||||||    
T  10742393 ggagtaaatcaattcacaggtccaatccctatttccattgcaaatgcttctgccttacaatcacttgatttaggtgatcaaaacaatttggttggacaag 10742294  T
Q  303 ttccaagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatcctt 402  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||||||| | | |||||| |  ||   |||| |||||||||||||||  | |  ||||||  |||||||| ||  ||    
T  10742293 ttccaaatcttgggaagttacaggatcttcaaagattaaatttgcagtctaacaatttaggtaacaattcagccatagatttaatgtttttaagatattt 10742194  T
Q  403 gacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaa 502  Q
    |||||| |||| |||| ||  | ||||||| ||| |   ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| || |||||||| ||| ||||||  |||    
T  10742193 gacaaattgtactaaattaaaattgttttcgatagctggtaataatttcggaggtaattttccaaattccataggcaatttatcagctgaacttaaacaa 10742094  T
Q  503 ctacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaag 602  Q
    ||| || | ||    |||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||  || | |  ||||| | |||||||    
T  10742093 ctatatataggggaaaatcagatatcaggaaaaattcctgcagaattaggacatctagttggcttaattctcttggccatgaattttaaccattttgaag 10741994  T
Q  603 gaattattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacct 702  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||  | ||  |||||   ||||| ||||| || ||||| ||||||||| | ||||| || ||    
T  10741993 gaattattccaactacttttgggaagttccaaaagatgcaggtgttaattttgagtggaaacaagttgtcaggagatataccaccctttataggaaatct 10741894  T
Q  703 cagtcaatt 711  Q
     ||||||||    
T  10741893 tagtcaatt 10741885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 358 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 10218285 - 10218034
Alignment:
Q  358 tttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggt 457  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||  | | |||| ||||||||  |  ||| |||||||||||     
T  10218285 tttaggtgacaattcaacaaaggatttggagtttttaaaatctttgacaaattgtactaagttgcaagtgctttctataaacaataacaattttggaggc 10218186  T
Q  458 aatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatc 557  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||| || ||||||   | ||| || |||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  10218185 aacttgccaaatttcataggcaatttatccactgaacttattgagctatatgttgggtataatcagatatcaggaaaaattcctgcagaattaggcaatt 10218086  T
Q  558 taattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaattat 609  Q
    |||||||||||||||| ||| | | |||||  ||| ||||||||||||||||    
T  10218085 taattggcttaactctattgggaatggaacaaaaccactttgaaggaattat 10218034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 293 - 787
Target Start/End: Original strand, 10549398 - 10549892
Alignment:
Q  293 gtcggacaagttccaagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttt 392  Q
    |||||| | |||||||||||||||| | ||||| ||||| |  || ||||| | ||  |||| | | | ||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10549398 gtcggaaatgttccaagtctagggaggctacattatctttgggggctaaatttggaaataaataatcttggtgacaattcaactaaggatttagaatttt 10549497  T
Q  393 taaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctca 492  Q
    ||||| | |||||||| ||||||||  | | ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||  || | ||    
T  10549498 taaaaccattgacaaattgtagtaatttgcaagcattttctatatcccataataattttggaggtagtttgccaagtttcataggtaattttaccaccca 10549597  T
Q  493 acttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaac 592  Q
    |||||| | |||  || ||| | | |||   |||||||| |||||||||  |||| |||||||||||| | | |||| ||| ||||| | | ||  ||||    
T  10549598 acttagtcgactgtattttgcaagcaatcaaatatcagggaaaattcctttagaaataggaaatctaaatagtttaattctattgagaatgaaaaataac 10549697  T
Q  593 aactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatca 692  Q
     | |||||||| |  |||||| | ||| ||||||||||| | ||||| ||| |  | | |||| | ||||||||| | || ||||| |||||| ||   |    
T  10549698 tattttgaagggacgattccttcaactattgggaagtttcaaaagattcaagtgctagatttgtatggaaataagctgtcaggagaaataccatcctcta 10549797  T
Q  693 taggcaacctcagtcaattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatatcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaa 787  Q
    |||||||||| |||||  | |||||||||| | ||||  | |||||||| | ||||||||| | |||||||||||| ||||   |||||||||||    
T  10549798 taggcaaccttagtcatctgtatcatttgaatttagggaaaaatatgttcgtaggaaatattctgtcaagtataggcaacttgcaaaagttacaa 10549892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 283 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 9837942 - 9837595
Alignment:
Q  283 aaacaatttggtcggacaagttccaagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggat 382  Q
    |||| |||| || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||     | ||||||| ||  | |||| | ||||| ||||||| |||||||||    
T  9837942 aaaccattttgttggacaagttccaagtctagggaagctacaagatcttaatttgctaaatcttgaaatgaacattctaggtgacaattcaactaaggat 9837843  T
Q  383 ttagagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatt 482  Q
    |||| |||||| ||| |  ||||||| ||||||||  ||| |||| ||  | || |   ||||||||||||||||    ||||||||| | | || ||||    
T  9837842 ttagggtttttgaaaactatgacaaattgtagtaacttacaagtgcttagtttagctgctaataattttggaggttgcctgccaaattccgtgggcaatt 9837743  T
Q  483 tatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcac 582  Q
    |||||   ||||||||  ||||| | |||||  |||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |   ||||||||| |||||||     
T  9837742 tatccttccaacttagtgaactataccttgggggtaatgagatatcaggaaaaattccagaagagttaggaaatctagtaaacttaactctcttgagcat 9837643  T
Q  583 ggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtt 630  Q
    || || |||| |||||||||||||||| ||  ||| |||||| |||||    
T  9837642 gggacataaccactttgaaggaattatcccggctaattttggaaagtt 9837595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 283 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 10718512 - 10718006
Alignment:
Q  283 aaacaatttggtcggacaagttccaagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggat 382  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||    ||||| |  |   ||||| ||||||| | || || || || ||     
T  10718512 aaacaatttggttggacaagttccaagtataggggagttacaaaatcttcgatttctaaatttgcaatcaaacaatttaggtgaaaactcaaccaaagaa 10718413  T
Q  383 ttagagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatt 482  Q
    || | ||||||||| || ||| ||||||||| |||||||  | || |||||||||    ||||| ||||||||||||||| ||||||| | | || ||||    
T  10718412 ttggtgtttttaaattcgttggcaaactgtactaaactagaattgatttctatatataataatagttttggaggtaattttccaaattccttgggaaatt 10718313  T
Q  483 tatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcac 582  Q
    ||||| ||||| ||||   |||| |||||||    |||   ||||||||||||||||| | |||||||||| |  || ||||||||||| | |||  ||     
T  10718312 tatccactcaatttagtgtactagatcttggggtaaatcatatatcaggaaaaattccggcagaattaggatacttagttggcttaactgtcttgtccat 10718213  T
Q  583 ggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagata 682  Q
    || | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  | ||||||||   |||  |||||   ||||| ||||| || ||||| ||     
T  10718212 gggatttaaccactttgaaggaattattccaactacttttgggaacttccaaaagatgcagaaattacttttgggtggaaacaagttgtcaggagatatg 10718113  T
Q  683 ccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatatcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagt 782  Q
    |||||| | ||||| || ||||||||||| | | ||||  |  ||| |  |||||||||  |||| ||||| ||  ||||||||||||||||  |||| |    
T  10718112 ccaccctttataggaaatctcagtcaattgtttgatttacgattagaacttaatatgtttcaagggaatattcctccaagtataggaaactgtcaaaatt 10718013  T
Q  783 tacaata 789  Q
    |||||||    
T  10718012 tacaata 10718006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 206 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 10764823 - 10764458
Alignment:
Q  206 ggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatcttgacttagatcaaaacaatttggtcggacaagttc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||  | ||      || ||| |||    |||||| ||||| ||||||||||    
T  10764823 ggaggaaatcaattctcaggtacaatccctgtttcgattgcaaatgcttctgtcatacaattactagacataggaacaaacaaattggttggacaagttc 10764724  T
Q  306 caagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgac 405  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||| |   | ||||| | ||   ||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||  |||||    
T  10764723 caagtctagggaatttacaacatcttggcttgctaaatttggaagaaaacaatttaggtgacaattccacaatggatttagagtttttaaaatatttgac 10764624  T
Q  406 aaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaacta 505  Q
    ||| || || |||| ||  | | |||| ||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||| ||| || |||||    |||||    
T  10764623 aaattgcagcaaacaacatgcgctttccatagctgttaataattttggaggtcatttgccaaattccataggaaatttctccactaaacttgaaaaacta 10764524  T
Q  506 catcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaact 571  Q
     | ||||   |||||  |||||| ||||||||||| | ||||||||||  |||| | |||||||||    
T  10764523 taccttgagagtaatcagatatctggaaaaattccagtagaattaggacgtctagtcggcttaact 10764458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 279 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 10664783 - 10664557
Alignment:
Q  279 atcaaaacaatttggtcggacaagttccaagtctagggaagttacatgatcttcgacg--------gttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaat 370  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||        | ||| ||| ||  | |||||||||||| ||||     
T  10664783 atcaaaacattttggtaggacaagttcaaa-tctagggaagttacatgatcttcaacgactaagacgctaagtctggaattcaacagtttaggtgacaac 10664685  T
Q  371 tccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatt 470  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||| |||| ||||||||| |  ||||||||||||||  || ||| ||||||    
T  10664684 tcaactaaggatttggagttcttaaagtccttgacgaattgtagtagactacaagtgatttctatatgcaataataattttggagccaaattgacaaatt 10664585  T
Q  471 tcattgggaatttatccgctcaacttag 498  Q
    || | || |||||||||  |||||||||    
T  10664584 tcgtaggcaatttatccaatcaacttag 10664557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 137 - 258
Target Start/End: Original strand, 10599537 - 10599658
Alignment:
Q  137 aataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaatcttcaatatttagcaatcggaggaaatcaattctcaggtacaatcccta 236  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||| ||||||||  |  |||||  |||| ||||||||||| |||||||||    
T  10599537 aataactttagtggctctcttccacccaatatgttctacactctccccaatctccaatattttacggtcggatcaaataaattctcaggtccaatcccta 10599636  T
Q  237 tttccatttcaaatgcttcttc 258  Q
     ||| |||||||||||||||||    
T  10599637 cttcaatttcaaatgcttcttc 10599658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 368 - 513
Target Start/End: Original strand, 10557600 - 10557745
Alignment:
Q  368 aattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaa 467  Q
    ||||| |||||||||||    ||||||||||| ||||| |||||||||||  | | ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  10557600 aattcaactaaggatttgatttttttaaaatcattgactaactgtagtaagttgcaagtgtgttctatatcccataataattttggaggtagtttgccaa 10557699  T
Q  468 atttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttgg 513  Q
    ||||    || |||||||||   |||||||| |||||| |||||||    
T  10557700 atttggcaggcaatttatccatccaacttagtcaactatatcttgg 10557745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 258
Target Start/End: Original strand, 10603152 - 10603323
Alignment:
Q  87 cttcttgtctttataatatgtcatctcttactttcatttccgctgcattcaataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaa 186  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||    | || || | |||| | ||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||    
T  10603152 cttcttgtctttataatatgacatctcttcaagtgatctcagttgcagtgaatagctttagtggctctcttccacccaatatgttccacactctccccaa 10603251  T
Q  187 tcttcaatatttagcaatcggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttc 258  Q
    ||| ||||||||  || | |||  ||||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| |||||||||||    
T  10603252 tctccaatattttacagttggatcaaatcaattcttaggtccaatccccacttcaatttcgaatgcttcttc 10603323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 130 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 10664903 - 10664844
Alignment:
Q  130 tgcattcaataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaatct 189  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  10664903 tgcactcaattattttaatggctcttttccacccagtatgttcaacaccctctccaatct 10664844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 359 - 399
Target Start/End: Original strand, 10579678 - 10579718
Alignment:
Q  359 ttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatc 399  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10579678 ttaggtgacaattccagtaaggatttagagtttttaaaatc 10579718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 359 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 10589965 - 10589925
Alignment:
Q  359 ttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatc 399  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10589965 ttaggtgacaattccagtaaggatttagagtttttaaaatc 10589925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 254
Target Start/End: Original strand, 10579407 - 10579573
Alignment:
Q  88 ttcttgtctttataatatgtcatctcttactttcatttccgctgcattcaataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaat 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    || || | || |   ||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||| || |     
T  10579407 ttcttgtctttataatatgtcatctcttacggggatctcagttgaagcgaatagctttagtggttctcttccacccaatatgttcaacactctc-cctaa 10579505  T
Q  188 cttcaatattta-gcaatcggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgctt 254  Q
    | || || | || | ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||| |||||||||    
T  10579506 cctctatttctatggaattggaggaaatcaattctctggtccaatcccaacttccattgcaaatgctt 10579573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10590236 - 10590070
Alignment:
Q  88 ttcttgtctttataatatgtcatctcttactttcatttccgctgcattcaataattttaatggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaat 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    || || | ||||   ||||  |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||  ||| || |     
T  10590236 ttcttgtctttataatatgtcatctcttacggggatctcagttgcagcgaatagctttagtggctctcttccgcccaatatgttcaacactctc-cctaa 10590138  T
Q  188 cttcaatattta-gcaatcggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgctt 254  Q
    | || || | || | ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||| |||||||||    
T  10590137 cctctatttctatggaattggaggaaatcaattctctggtccaatcccaacttccattgcaaatgctt 10590070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 822 - 903
Target Start/End: Original strand, 10564161 - 10564243
Alignment:
Q  822 ccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtca-ggaactcattgagtggtagcctacca 903  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||    
T  10564161 ccatacctctagaggtttttagtctttcttctttaacaaacttattgaacttgtcacataactctttgagtggtagcttacca 10564243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 734 - 903
Target Start/End: Original strand, 10603798 - 10603968
Alignment:
Q  734 aatatgttagaaggaaatatcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttag 833  Q
    ||||| |||||||| | ||| ||  ||| ||||||||| ||  |||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||| |  ||||||| ||||    
T  10603798 aatatattagaagggagtattcctccaaatataggaaattgtcaaaagttacaatacctagacttttcacaaaacaaccttagagggtccatacctttag 10603897  T
Q  834 aagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtca-ggaactcattgagtggtagcctacca 903  Q
    |  |||| ||| |||| || ||  |||| |||||  |||||||| | |||  ||||||||||||| |||||    
T  10603898 atatttttagtatttcctctttgacaaatttacttgacttgtcacgaaacaaattgagtggtagcttacca 10603968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 284 - 417
Target Start/End: Original strand, 10603349 - 10603482
Alignment:
Q  284 aacaatttggtcggacaagttccaagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatt 383  Q
    ||| |||| || |||||||||||||||||||||||| || | ||||||     | ||||| | ||  | |||| ||||||| |||| || || |  ||||    
T  10603349 aaccattttgttggacaagttccaagtctagggaagctaaaagatctttatttgctaaatttggaaatgaacattttaggtgacaactcaacaattgatt 10603448  T
Q  384 tagagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaa 417  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10603449 tggagtttttaaaatcattgacaaactgtagtaa 10603482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 822 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 10741774 - 10741681
Alignment:
Q  822 ccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtca-ggaactcattgagtggtagcctacc-agagaagtggg 913  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||   ||| | |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  10741774 ccatacctctagaggtttttagtctttcttctttatcaaacttattggacttgtcacataacactttgagtggtagcataccaagagaagtggg 10741681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 208 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 17925095 - 17924423
Alignment:
Q  208 aggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatctt-gacttagatcaaaaca---atttggtcggacaagt 303  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||| |||||| |||||   ||| || ||||||    ||||||   ||||||| ||||||||    
T  17925095 aggaaatcaattctcaggtccaatccctttttcgattgcaaacgcttctgccctaca-aatattagacttatcagaaaacatgaatttggttggacaagt 17924997  T
Q  304 tccaagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttg 403  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||       ||||| | ||   ||||| ||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  17924996 tccaagtctagggaatttacaagacctttccattctaaatttggaagaaaacaatttaggtgataattcaactatggatttagagtttttaaaatatttg 17924897  T
Q  404 acaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaac 503  Q
    ||||| || ||||||||||    |||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||  ||||    
T  17924896 acaaattgcagtaaactacacaagttttcgatatcttataataattttggaggtcatttgccaaattccatagggaatttatccactgaacttaaacaac 17924797  T
Q  504 tacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaagg 603  Q
    || || | ||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||| ||| |||| || |||   ||||  |||||||||    
T  17924796 tatatatggggggtaatcagatatcaggaaaaattcctgcagaattaggaagtgtagttggcttaattctcttgaccatggagtctaactgctttgaagg 17924697  T
Q  604 aattattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctc 703  Q
    || |||||| ||||| |||||||||||  | || |||||   |||   |||| ||| ||| ||||| || ||||| || |||||| |||||||||| |||    
T  17924696 aactattccaactacatttgggaagttaaaaaatatgcagagattacatttggaggaaaacaagttgtcaggagatattccacccttcataggcaatctc 17924597  T
Q  704 agtcaattatatcattt-gagtataggagataatatgttagaaggaaatatcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgca 802  Q
    |||||||| ||| |||| || | |||   ||||||||||  |||||| ||| ||  ||||  ||||||||||  |||| |||||||| || || ||  |     
T  17924596 agtcaattgtatgatttagaat-tagatcataatatgtttcaaggaattattcctccaagcttaggaaactgtcaaaatttacaatatctagatctgtct 17924498  T
Q  803 caaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtca 877  Q
    || || || |||||| ||||||||||  |||| ||||| | ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  17924497 cataataagcttagaggaaccatacctgtagaggttttaaatcttttttctttatcaatcttattgaacttgtca 17924423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 9e-54; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 353 - 913
Target Start/End: Original strand, 12930944 - 12931506
Alignment:
Q  353 aacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttg 452  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||   ||| |||| ||||| | |||||||||||    
T  12930944 aacaatttaggtaacaattcaactatggatttagagtttttaaaatatttgacaaattgcagtaaactatacgtgctttcgatatcttataataattttg 12931043  T
Q  453 gaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattagg 552  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || ||||||||  || |||||    ||||| || | ||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12931044 gaggtcatttgccaaattccataggcaatttatcgactgaacttccagaactatatatggggggtaatatgatatcaggaaaaattcctgcagaattagg 12931143  T
Q  553 aaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggtt 652  Q
    |  |||| ||||||||| ||| |||| || |||   ||||  |||||||||||||||||| || | ||||||||||||  | ||||||||  ||||   |    
T  12931144 acgtctagttggcttaattctcttgaccatggagtctaactgctttgaaggaattattccaacaaattttgggaagttccaaaagatgcaggtattatct 12931243  T
Q  653 ttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaattatatcattt-gagtataggagataatatgttagaaggaaat 751  Q
    |||  || ||| ||||| || ||||  || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||| || | ||    ||||||||||  |||||| |    
T  12931244 ttgagggaaaacaagttgtcaggaggtattccacccttcataggcaatctcagtcaattgtattatttagaat-taaatcataatatgtttcaaggaagt 12931342  T
Q  752 atcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttctt 851  Q
    || ||  |||| |||||||||||  |||| |||||||  || || ||| | || || || |||||| ||||||||||  |||| ||||| | ||||| ||    
T  12931343 attcctccaagcataggaaactgtcaaaatttacaatctcttgatctttctcataataagcttagaggaaccatacctgtagaggttttaaatctttttt 12931442  T
Q  852 cgttatcaaacttactgaacttgtca-ggaactcattgagtggtagcctacc-agagaagtggg 913  Q
    | ||||||| |||| |||||||||||   ||||| || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  12931443 ctttatcaatcttattgaacttgtcacataactctttaagtggtagcttaccaagagaagtggg 12931506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 353 - 711
Target Start/End: Original strand, 12905855 - 12906213
Alignment:
Q  353 aacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttg 452  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||   ||| |||| |||   | |||||||||||    
T  12905855 aacaatttaggtaacatttcaactaaggatttagagtttttaaaatatttgacaaattgcagtaaactatacgtgctttcaatagattctaataattttg 12905954  T
Q  453 gaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattagg 552  Q
    ||||  |||||||||||| ||| || || || ||| || ||||||   |  ||  | | ||  |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12905955 gaggacatttgccaaattccataggcaacttttccactgaacttaaatatttatttatggggggtaatcagatatcaggaaaaattcctgacgaattagg 12906054  T
Q  553 aaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggtt 652  Q
    ||||||| ||||||||| ||| |||| || |||   ||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||| || ||   |    
T  12906055 aaatctagttggcttaattctcttgaccatggagtataacttctttgagggaattattccaactacttttggaaagttccaaaagatgcagcttttatct 12906154  T
Q  653 ttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaatt 711  Q
    ||| | ||||| || || || ||||  || |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  12906155 ttggatggaaacaaattgtctggaggtattccacccttcataggcaatctcagtcaatt 12906213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 353 - 711
Target Start/End: Original strand, 12947309 - 12947667
Alignment:
Q  353 aacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgacaaactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttg 452  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||    || |||| ||||| |  |||||||||     
T  12947309 aacaatttaggtaacatttcaactatggacttagagtttttaaaatatttgacaaattgcagtaaactaaacatgctttcgatatcttaaaataattttc 12947408  T
Q  453 gaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactacatcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattagg 552  Q
    |||||  ||||||||||| ||| || ||||||||| || |||||    ||||| || | ||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12947409 gaggtcgtttgccaaattccataggcaatttatccactgaacttctagaactatatatggggggtaataagatatcaggaaaaattcctgcagaattagg 12947508  T
Q  553 aaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaattattcctactacttttgggaagtttgagaagatgcaactattggtt 652  Q
    |  ||||  |||||||| ||| |||| || |||   ||||  |||||||||||||||||| || | ||||||||||||  | ||||||||  ||||   |    
T  12947509 acgtctagctggcttaattctcttgaccatggagtgtaactgctttgaaggaattattccaacaaattttgggaagttccaaaagatgcaggtattatct 12947608  T
Q  653 ttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtcaatt 711  Q
    |||  || ||| ||||| || ||||  || |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  12947609 ttgagggaaaacaagttgtcaggaggtattccacccttcataggcaatctcagtcaatt 12947667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 211 - 630
Target Start/End: Original strand, 12956601 - 12957023
Alignment:
Q  211 aaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttccctatttaatctt-gacttagatcaaaaca---atttggtcggacaagttcc 306  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||   ||| || |||||||   | ||||   ||||||| |||||||||||    
T  12956601 aaatcaattctcaggtccaatccctatttcgattgcaaatgcttctgccctaca-aatattagacttaggagacaacatgaatttggttggacaagttcc 12956699  T
Q  307 aagtctagggaagttacatgatcttcgacggttaaatctagagctaaacagtttaggtaacaattccactaaggatttagagtttttaaaatccttgaca 406  Q
    |||||||||||| ||||| || |||       ||||| |  |   ||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||| ||||||  |||||     
T  12956700 aagtctagggaatttacaagacctttccaatctaaatttgcaatcaaacaatttaggtaacatttcaactatggatttagaatttctaaaatatttgact 12956799  T
Q  407 aactgtagtaaactactagtgttttctatatcctttaataattttggaggtaatttgccaaatttcattgggaatttatccgctcaacttaggcaactac 506  Q
    || || ||||||||||    | |||| ||||| | |||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||  |||||      
T  12956800 aattgcagtaaactacacaagctttcgatatcttataataattttggaggccatttgccaaattccatagggaatttatccactgaacttattcaactgt 12956899  T
Q  507 atcttggatgtaatatgatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaat 606  Q
    || | ||   ||||   ||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||| ||| |||| || |||   ||||  ||| || |||||    
T  12956900 atatgggggataatcaaatatcaggaaaaattcctgcagaatttggacgtctaattggcttaattctattgaccatggagtctaactgcttggagggaat 12956999  T
Q  607 tattcctactacttttgggaagtt 630  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  12957000 tattccaactacttttgggaagtt 12957023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 523 - 708
Target Start/End: Original strand, 12898405 - 12898590
Alignment:
Q  523 gatatcaggaaaaattcctgaagaattaggaaatctaattggcttaactctgttgagcacggaacttaacaactttgaaggaattattcctactactttt 622  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| || |||   |||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12898405 gatatcaggaaaaattcctgcagaattaggatatctagttggcttaattctcttgaccatggagtctaactactttgaaggaattattccaactactttt 12898504  T
Q  623 gggaagtttgagaagatgcaactattggttttgcagggaaataagttttccggagagataccacccatcataggcaacctcagtca 708  Q
    ||||||||  | |||||||| |||||   ||||  |  ||| ||||| || ||||| || |||||| |||||||||| ||||||||    
T  12898505 gggaagttccaaaagatgcagctattacgtttgaggaaaaacaagttgtcaggagatattccacccttcataggcaatctcagtca 12898590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 147 - 262
Target Start/End: Original strand, 12898024 - 12898139
Alignment:
Q  147 atggatctcttccacccaatatgttcaacatcctctccaatcttcaatatttagcaatcggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttc 246  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||| ||| |||| |||||||| ||| ||||    | ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||| |    
T  12898024 atggctcttttccacccaacatgttccacaccctccccaatcttaaatttttacattttggaggaaatcaattctctggtccaattcctatttcgattgc 12898123  T
Q  247 aaatgcttcttcccta 262  Q
     ||||||||| |||||    
T  12898124 taatgcttctacccta 12898139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 206 - 262
Target Start/End: Original strand, 12947159 - 12947215
Alignment:
Q  206 ggaggaaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttcccta 262  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  12947159 ggagcaaatcaattctcaggtccaattcctatttcaattgcaaatgcttctgcccta 12947215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 262
Target Start/End: Original strand, 12930799 - 12930850
Alignment:
Q  211 aaatcaattctcaggtacaatccctatttccatttcaaatgcttcttcccta 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||    
T  12930799 aaatcaattctcaggtccaatccctacttcgattgcaaatgcttctgcccta 12930850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 287 - 324
Target Start/End: Original strand, 12905789 - 12905826
Alignment:
Q  287 aatttggtcggacaagttccaagtctagggaagttaca 324  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12905789 aatttggttggacaagttccaagtctagggaatttaca 12905826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 692 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 31468367 - 31468213
Alignment:
Q  692 ataggcaacctcagtcaattatatcatttgagtataggagataatatgttagaaggaaatatcccgtcaagtataggaaactgcaaaaagttacaatacc 791  Q
    ||||| ||||||||||| || | | ||||  || |||||||||| || |||||||||||||| ||   ||| |||||||||||| |||||||| |  ||     
T  31468367 ataggaaacctcagtcagttgttttatttaggtctaggagataacatattagaaggaaatattcctctaagcataggaaactgccaaaagttatatcact 31468268  T
Q  792 tggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtct 846  Q
    | |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  31468267 tagacctttcgcaaaacaatcttagaggaaccataccgatagaggtttttagtct 31468213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University