View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5022_high_1 (Length: 842)

Name: NF5022_high_1
Description: NF5022
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5022_high_1
NF5022_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (22-824)||(38087461-38088265)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 38088265 - 38087461
Alignment:
Q  22 aaaagaaagaaaaactaaaattctcttaacgtacttgcatgagtagaaagaaatatcaaagttaacaaagaacaagtttattgacttgaatttaattaat 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38088265 aaaagaaagaaaaactaaaattctcttcacgtatttgcatgagtagaaagaaatatcaaagttaacaaagaacaagtttattgacttgaatttaattaat 38088166  T
Q  122 ttaagtagctgataattgtcacattgtatatcttaagctgctcaattatgtattcacaaagtaccttaaaaatttggtttctttatctaagaggtgtaag 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38088165 ttaagtagctgataattgtcacattgtatatcttaagctgctcaattatgtattcacaaagtagcttaaaaatttggtttctttatctaagaggtgtaag 38088066  T
Q  222 ggatgtgagcgtgtctcaatttttagacatagaatgtctcattgcaatattaacaaaagatcatttctatctctaacaatgaaccaaagaaaattaattc 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38088065 ggatgtgagcgtgtctcaatttttagacatagaatgtatcattgcaatattaacaaaagatcatttctatctctaacaatgaaccaaagaaaattaattc 38087966  T
Q  322 aaaaccatatctaacagcatagacaaattgaatccgtctccaatggaaaagttttggtctctaatctcttgtctcttctaagttagatatttatgtctcc 421  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38087965 aaaaccatatctatcagcataggcaaattgaatccgtctccaatggaaaagttttggtctctaatctcttgtctcttctaagttagatatttatgtctcc 38087866  T
Q  422 atacaaactgactatgtgtttggtaatatatagacattagttagggatggatttgaaattttgtctttaaccttttattttcaattaatgttttgctaac 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38087865 atacaaactgactatgtgtttggtaatatatagacattagttagggatggatttgaaattttgtctttaaccttttattttcaattaatgttttgctaac 38087766  T
Q  522 atcccatgtgag--tctacaatatcaaataattcatatagcatacaatctagtacgagtcaggagttaagtttggggacctttaaaataattattaaatn 619  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  38087765 atcccatgtgagtctctacaatatcaaataattcatatagcatacaatctagtacgagtcaggagttaagtttggggacctttaaaataataattaaatc 38087666  T
Q  620 nnnnnnnttaatgtatattaaaaggaggatgaattcttttgcatgtaatcataggaggattaatttacgatgagatttcgagtatagaattgttggtagt 719  Q
           ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38087665 aaaaaaattaatgtatgttaaaaggaggatgaattcttttgcatgtaatcataggaggattaatttatgatgagatttcgagtatagaattgttggtagt 38087566  T
Q  720 agctcagaccgtagagtgtgctaacaaaatcactagtaacaagttgaatctttttagtaaaattgcaatgaggaatcataaattgaaattattgttatga 819  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38087565 agctcagagtgtagagtgtgcaaacaaaatcactagtaacaagttgaatctttttagtaaaattgtaatgaggaatcataaattggaattattgttatga 38087466  T
Q  820 atatt 824  Q
    |||||    
T  38087465 atatt 38087461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University