View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5022_low_2 (Length: 784)

Name: NF5022_low_2
Description: NF5022
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5022_low_2
NF5022_low_2
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (126-775)||(34547465-34548115)
chr4 (394-690)||(34556227-34556523)
chr4 (15-59)||(34547354-34547398)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (434-623)||(4674379-4674568)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 126 - 775
Target Start/End: Original strand, 34547465 - 34548115
Alignment:
Q  126 actctcctttcatgggagagaatccaatccaatgccaccgtcattcaatcatttacgtggtacaacaatagagtaaaaacttcattatcaataggaaatt 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34547465 actctcctttcatgggagagaatccaatccaatcccaccgtcattcaatcatttacgtggtacaacaatagagtaaaaacttcattatcaataggaaatt 34547564  T
Q  226 atgatggtagatggctaatctctaagtgaagttgtactcaagagtcaactagatattagccatacaattcaaggatacaaacttgtaaagatgcataaac 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34547565 atgatggtagatggctaatctctaagtgaagttgtactcaagagtcaactagatattagccatacaattcaaggatacaaacttgtaaagatacataaac 34547664  T
Q  326 acacaacaacggccaaactatggcaaattatttcagaactt-aataaaattcacaccaacaatttaatgagcacgcatgattagaacatcatcattatga 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34547665 acacaacaacggccaaactatggcaaattatttcagaactttaataaaattcacaccaacaatttaatgagcacgcatgattagaacatcatcattatga 34547764  T
Q  425 ttatccattagcttccaagtaccatcagattgttgaaccatacccttattctccactaccctccaattctcaggaatatgatactcatcttttaaaccat 524  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  34547765 tcatccattaacttccaagtaccatcagattgttgaaccatacccttattctcaactaccctccaattctcaggaatgtgatattcatcttttaaaccat 34547864  T
Q  525 cattacttttgtttaatagtgcaatgtcacgattcacctctaaattgaaccctcctttacttccttgtgttcctgcaattccatgcaagtaaacctccat 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34547865 cattacttttgtttaatagtgcaatgtcacgattcacctctaaattgaaccctcctttacttccttgtgttcctgcaattccatgcaagtaaacctccat 34547964  T
Q  625 gttatgtgcactaaccccactcttcaagtacttagattcttcagtgtcgatttctaattcctctccaactttgtaatagaaaaacgtgagactttttgga 724  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34547965 gttatgtgcactaaccccactcttcaagtacttagattcttcggtgtcgatttctaattcctctccaactttgtaatagaaaaacgtgagactttttgga 34548064  T
Q  725 acactatcattttcatttcgaacacaacatgcactcaaatctttgtggtca 775  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  34548065 acaatatcattttcatttcgaacaaacaatgcactcaaatctttgtggtca 34548115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 394 - 690
Target Start/End: Original strand, 34556227 - 34556523
Alignment:
Q  394 agcacgcatgattagaacatcatcattatgattatccattagcttccaagtaccatcagattgttgaaccatacccttattctccactaccctccaattc 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34556227 agcacgcatgattagaacatcatcattatgatcatccattagcttccaagtaccatcagattgttgaaccatacccttattctccactaccctccaattc 34556326  T
Q  494 tcaggaatatgatactcatcttttaaaccatcattacttttgtttaatagtgcaatgtcacgattcacctctaaattgaaccctcctttacttccttgtg 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34556327 tcaggaatatgatactcatcttttaaaccatcattacttttgtttaatagtgcaatgtcacgattcacctccaaattgaaccctcctttgcttccttgtg 34556426  T
Q  594 ttcctgcaattccatgcaagtaaacctccatgttatgtgcactaaccccactcttcaagtacttagattcttcagtgtcgatttctaattcctctcc 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34556427 ttcctgcaattccatgcaagtaaacctccatgttatgttcactaacaccactcttcaagtactttgatttttcagtgtcgatttctaattcctctcc 34556523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 59
Target Start/End: Original strand, 34547354 - 34547398
Alignment:
Q  15 agttgatttttcttgtgtttctcatgtgtaacaacaatccacacc 59  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34547354 agttgatttttctcgtgtttctcatgtgtaacagcaatccacacc 34547398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 434 - 623
Target Start/End: Original strand, 4674379 - 4674568
Alignment:
Q  434 agcttccaagtaccatcagattgttgaaccatacccttattctccactaccctccaattctcaggaatatgatactcatcttttaaaccatcattacttt 533  Q
    |||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||   | | || | | | || |||||||||||||||||     |||    
T  4674379 agcttccatgaaccatctaattgttgaaccatacccttattctctacaaccctccatgacactggcacaaggtattcatcttttaaaccatccaatgttt 4674478  T
Q  534 tgtttaatagtgcaatgtcacgattcacctctaaattgaaccctcctttacttccttgtgttcctgcaattccatgcaagtaaacctcca 623  Q
    | || |  |||||||| |||||||| ||||| |  |||||| ||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||    
T  4674479 tattcacaagtgcaatatcacgattaacctcaagtttgaacactcttttactcccttgtgttcctgccactccatgcaaataagcctcca 4674568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University