View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5023-Insertion-2 (Length: 962)

Name: NF5023-Insertion-2
Description: NF5023
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5023-Insertion-2
NF5023-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (41-962)||(44573984-44574912)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (844-907)||(41725467-41725533)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 793; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 793; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 962
Target Start/End: Complemental strand, 44574912 - 44573984
Alignment:
Q  41 aaagcaagatatgatgaacatataatagattggtctaaatgttaagaaatttagacttcttaaataagtgatctgaagtttgatctttgactatggaaaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44574912 aaagcaagatatgatgaacatataatagattggtctaaatgttaagaaatttagacttcttaaataagtgatctgaagtttgatctttgactatggaaaa 44574813  T
Q  141 attttgattgagaggggagagtttaacttgtttgctctacaaatttctttatgaagagattgatcac--tatta----gtgattggaacaagttagatgg 234  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  |||||    ||||||||||||||||||||||    
T  44574812 aatttgattgagaggggagagtttaacttgtttgctctacaaatttctttatgaaga--ttgatcacactattaaagagtgattggaacaagttagatgg 44574715  T
Q  235 tatgagttaagctattgcaatgtgtttgaactaaaatttgaaactccaatgtttaaggtatattttactgtgcgatatggctcaaataaagatcttcttt 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44574714 tatgagttaagctattgcaatgtgtttgaactaaaatttgaaactcaaatgtttaaggtatattttactgtgcgatatggctcaaataaagatctttttt 44574615  T
Q  335 gtatttacatcatacaaacacgactttaaactataaaatgacgagctaggataattgttctgaactgatcaaaggaccaaaattctatgcttattgagct 434  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44574614 gtatttacattatacaaacacgactctaaactataaaacgacgagctagggtaattgttctgaactgatcaaaggaccaaaattctatgcttattgagct 44574515  T
Q  435 caaagacacattggcctaatataacggacaaaacataggtccaagcactagaaaggcctattcacaaaggaatctgacccattaatcttaaatttctttt 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44574514 caaagacacattggcctaatataacggacaaaacataggtccaagcactagaaaggcctattcacaaaggaatctgacccattaatcttaaatttctttt 44574415  T
Q  535 gtcttgtctcaacggataaaccatcaaattcctccattttgtaatgtttcaacaactcctaactaacattgaagttcttctttgatggagcgtcagtcat 634  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44574414 gtcttgtctcaacgggtaaaccatcaaattcctccattttgtaatgtttcaacaactcctaactaacaccgaagttcttttttgatggagcgtcagtcat 44574315  T
Q  635 aacaatttctcaccaatcccacaacgacactttgtcaatgcccataaaagacacctttcaccctaaagttatggtacacaacttttatcatttcaatacc 734  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44574314 aacaatttttcaccaatcccgcaacgacactttgtcaatgcccataaaagacacctttcaccctaaagttatggtacacaacttttatcatttcaatacc 44574215  T
Q  735 tctcacttttgctcccttactaatttgattgttagagtgcttgtcatttaacttattcttatgagtagcatctcaacaatgatgtttctacaggtgacat 834  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44574214 tctcacttttgctcccttactaatttgattgttagagtgcttgtcatttaacttattcttatgagtagcatctcaacaatgatgtttctacaagtgacat 44574115  T
Q  835 gcataataatcctcatccaaatctagcatcatacctacaaag--gagtaaaattcaagatagacaaactcatctttaaacttcaac-aaatctcgcggac 931  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  44574114 gcataataatcctcatccaaatctagcatcatacctacaaaggagagcaaaatttaagatagaaaaactcatctttaaacttcaacaaaatctcgtggac 44574015  T
Q  932 catattcctcaacattttcttcacacactag 962  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  44574014 catattcgtcaacattttcctcacacactag 44573984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 844 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 41725533 - 41725467
Alignment:
Q  844 tcctcatccaaatctagcatcatacctacaaaggag--ta-aaattcaagatagacaaactcatctt 907  Q
    |||||| |||||||| || || ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  41725533 tcctcaaccaaatcttgcctcgtacctacaaaggagagtacaaattcaagatagacaaactcatctt 41725467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University