View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5024-Insertion-3 (Length: 1110)

Name: NF5024-Insertion-3
Description: NF5024
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5024-Insertion-3
NF5024-Insertion-3
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (213-586)||(33416076-33416449)
chr7 (613-1038)||(33416476-33416908)
chr7 (237-586)||(33410251-33410600)
chr7 (237-586)||(33424153-33424502)
chr7 (213-586)||(33428087-33428456)
chr7 (633-947)||(33424566-33424883)
chr7 (633-931)||(33410664-33410951)
chr7 (306-527)||(33436374-33436595)
chr7 (8-139)||(33415871-33416002)
chr7 (728-870)||(33436761-33436903)
chr7 (683-832)||(33427829-33427978)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (306-527)||(5182-5403)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (735-877)||(24984710-24984852)
chr1 (735-877)||(24990540-24990682)
chr1 (373-568)||(24985049-24985244)
chr1 (373-568)||(24990879-24991074)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 213 - 586
Target Start/End: Original strand, 33416076 - 33416449
Alignment:
Q  213 tgccaagaggttaacacaaacttctgtattaataacaatataaagcttcctaagtctctcatgcaaagatgactgcaattgcaaccatgattgccatgac 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416076 tgccaagaggttaacacaaacttctgtattaataacaatataaaacttcctaagtctctcatgcaaagatgactgcaattgcaaccatgattgccatgac 33416175  T
Q  313 aactccaaacacagatgaaacaacagagtgagcatcagaagaaggtggtggggaaggagcaggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaacttcatt 412  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416176 aactccaaacagagatgaaacaacagagtgagcatcagaagaaggtggtggagaaggagcaggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaacttcatt 33416275  T
Q  413 tgacgagccgaacagtgatcagctacgctacaaacataccactttcttccttcagtttttagttgaatgatatcctttccggtagaaagtgcctcgtttt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33416276 tgacgagccgaacagtgatcagcaactccacaaacataccactttcttccttcagtttttagttgaatgatatcctttccggtagaaagtgcttcgtttt 33416375  T
Q  513 ttggtggaaaagtgctgctctggaagagtgtgccattcactttaaaaacattgtgccttgaagggtcatagttg 586  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416376 ttggtggaaaagtgcagctctggaagagtgtgccattcactttaaaaacattgtgccttgaagggtcatagttg 33416449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 613 - 1038
Target Start/End: Original strand, 33416476 - 33416908
Alignment:
Q  613 ttagatcatgtttgataaatacaaaagttaattataactatgagatacactaattagttaagcaattgactatgaactaaataaacttgaaaccaaatgg 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416476 ttagatcatgtttgataaatacaaaagttaattataactatgagatacactaattagttaagcaattgactatgaactaaataaacttgaaaccaaatgg 33416575  T
Q  713 acatttattttttccttttacatacctaggttgtctccaacacgaaaaactttgtcttgagcccactgagtgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416576 acatttattttttccttttacatacctaggttgtctccaacacgaaaaactttgtcttgagcccattgagtgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgt 33416675  T
Q  813 catcaccaacaatgtgatcagtt---gcaattgcaactgatgaaagtaaaaccatggaaatggaaaggatcaaaactacacgagaagaagccatttgatc 909  Q
    ||||||||||||| | |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416676 catcaccaacaatataatcagttgcagcaattgcaactgatgaaagtaaaaccatggaaatggaaaggatcaaaactacacgagaagaagccatttgatc 33416775  T
Q  910 -aaatttgagtttggaaaata-ttctctctaattgtag-aattacctt-caaaaatgagtggtcaaga-nnnnnnnnctccctagaatataaaatcctca 1004  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||| |||||||         |||||||||||||||||||   |    
T  33416776 aaaatttgagtttggaaaatatttctctctaattgtagaaattaacttaaaaaaatgagt-gtcaagatttttttttctccctagaatataaaatctcaa 33416874  T
Q  1005 tcaaaagaatagctagctagcaaatgctgcgcaa 1038  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416875 tcaaaagaatagctagctagcaaatgctgcgcaa 33416908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 237 - 586
Target Start/End: Original strand, 33410251 - 33410600
Alignment:
Q  237 tgtattaataacaatataaagcttcctaagtctctcatgcaaagatgactgcaattgcaaccatgattgccatgacaactccaaacacagatgaaacaac 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33410251 tgtattaataacaatataaagcttcctaagtctctcatgcaaagatgactgcaattgcaaccatgattgccatgacaactccaaacagagatgaaacaac 33410350  T
Q  337 agagtgagcatcagaagaaggtggtggggaaggagcaggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaacttcatttgacgagccgaacagtgatcagct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33410351 agagtgagcatcagaagaaggtggtggagaaggagcaggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaacttcatttgacgagccgaacagtgatcagca 33410450  T
Q  437 acgctacaaacataccactttcttccttcagtttttagttgaatgatatcctttccggtagaaagtgcctcgttttttggtggaaaagtgctgctctgga 536  Q
    || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || |    
T  33410451 actccacaaacataccactttcttccttctgtttttagttgaatgatatcctttcctgtagaaagtgcttcattttttggtggaaaagtgcagctttgaa 33410550  T
Q  537 agagtgtgccattcactttaaaaacattgtgccttgaagggtcatagttg 586  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || |||||||||    
T  33410551 agagtgtgccatttactttgaaaacattgtgccttgccggatcatagttg 33410600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 237 - 586
Target Start/End: Original strand, 33424153 - 33424502
Alignment:
Q  237 tgtattaataacaatataaagcttcctaagtctctcatgcaaagatgactgcaattgcaaccatgattgccatgacaactccaaacacagatgaaacaac 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33424153 tgtattaataacaatataaagcttcctaagtctctcatgcaaagatgactgcaattgcaaccatgattgccatgacaactccaaacagagatgaaacaac 33424252  T
Q  337 agagtgagcatcagaagaaggtggtggggaaggagcaggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaacttcatttgacgagccgaacagtgatcagct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33424253 agagtgagcatcagaagaaggtggtggagaaggagcaggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaacttcatttgacgagccgaacagtgatcagca 33424352  T
Q  437 acgctacaaacataccactttcttccttcagtttttagttgaatgatatcctttccggtagaaagtgcctcgttttttggtggaaaagtgctgctctgga 536  Q
    || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || |    
T  33424353 actccacaaacataccactttcttccttctgtttttagttgaatgatatcctttcctgtagaaagtgcttcattttttggtggaaaagtgcagctttgaa 33424452  T
Q  537 agagtgtgccattcactttaaaaacattgtgccttgaagggtcatagttg 586  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || |||||||||    
T  33424453 agagtgtgccatttactttgaaaacattgtgccttgccggatcatagttg 33424502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 213 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 33428456 - 33428087
Alignment:
Q  213 tgccaagaggttaacacaaacttctgtattaataacaatataaagcttcctaagtctctcatgcaaagatgactgcaattgcaaccatgattgccatgac 312  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33428456 tgccaagaggttaacacaaactcttgtattaaaaacaatataaagcttcctaagtc----atgcaaagatgactgcaattgcaaccatggttgccatgac 33428361  T
Q  313 aactccaaacacagatgaaacaacagagtgagcatcagaagaaggtggtggggaaggagcaggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaacttcatt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||     
T  33428360 aactccaaacacagatgaaacaacagaatgagcatcagaagaaggtggaagagaaggagcaggggcactttctgctagaacagtgatgatgaacttcatg 33428261  T
Q  413 tgacgagccgaacagtgatcagctacgctacaaacataccactttcttccttcagtttttagttgaatgatatcctttccggtagaaagtgcctcgtttt 512  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||| || ||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33428260 tgacgagcagaacagttatcagctatgccacaaacataccactttgtttcttcagtctttaggggaataatatcctttccggtagaaagtgcttcgtttt 33428161  T
Q  513 ttggtggaaaagtgctgctctggaagagtgtgccattcactttaaaaacattgtgccttgaagggtcatagttg 586  Q
     ||||||||||||||  ||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33428160 gtggtggaaaagtgcatctctgaaagaatgtgccgttcactttgaaaacattgtgtcttgaagggtcatagttg 33428087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 633 - 947
Target Start/End: Original strand, 33424566 - 33424883
Alignment:
Q  633 acaaaagttaattataactatgagatacactaattagttaagcaattgactatgaactaaataaacttgaaaccaaatggacatttattttttcc-tttt 731  Q
    |||||||||||||||||  || | || |||||| |||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||    
T  33424566 acaaaagttaattataatcataatatgcactaactagttatgcagttgattataaactaaataaacttgaaaccaaatgaaaatttgttttttccctttt 33424665  T
Q  732 acatacctaggttgtctccaacacgaaaaactttgtcttgagcccactgagtgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgtcatcaccaacaatgtgatc 831  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33424666 acatacctaagttgtctccaacacggaaaactttgtcttgagcccattgagtgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgtcatcaccaacaatgtgatc 33424765  T
Q  832 agttgcaattgcaactgatgaaagtaaaaccatggaaatggaaaggatcaaaactacacgagaagaagccatttgatc-aaatttgagtttggaaaata- 929  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  33424766 agttgcaattgcaactgatgaaagtaaaaccatggaaatggaaaggatcaaaactacacgagaagaagccatttgatcaaaatttgattttggaaaatat 33424865  T
Q  930 ttctctctaattgtagaa 947  Q
    |||||||||| |||||||    
T  33424866 ttctctctaaatgtagaa 33424883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 633 - 931
Target Start/End: Original strand, 33410664 - 33410951
Alignment:
Q  633 acaaaagttaattataactatgagatacactaattagttaagcaattgactatgaactaaataaacttgaaaccaaatggacatttattttttcctttta 732  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||               |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  33410664 acaaaagttaattataattatgagatacactaattagttaaacaattgaatatgaa---------------accaaatggatatttgttttttcctttta 33410748  T
Q  733 ---catacctaggttgtctccaacacgaaaaactttgtcttgagcccactgagtgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgtcatcaccaacaatgtga 829  Q
       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33410749 ttacatacctagattgtctccaacacgaaaaactttgtcttgagcccactgagtgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgtcatcaccaacaatgtga 33410848  T
Q  830 tcagttgcaattgcaactgatgaaagtaaaaccatggaaatggaaaggatcaaaactacacgagaagaagccatttgatc-aaatttgagtttggaaaat 928  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33410849 tcagttgcaattgcaactgatgaaagtaaaaccatggaaatagaaaggatcaaaactacacgagaagaagccatttgatcaaaatttgagtttggaaaat 33410948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 306 - 527
Target Start/End: Original strand, 33436374 - 33436595
Alignment:
Q  306 ccatgacaactccaaacacagatgaaacaacagagtgagcatcagaagaaggtggtggggaaggagcaggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaa 405  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  33436374 ccatgacaactccaaacatagatgatacaatagagtgagcattagaagatggaggaggggaaggagcaggtgcgccttctgctagaacagtgatgacaaa 33436473  T
Q  406 cttcatttgacgagccgaacagtgatcagctacgctacaaacataccactttcttccttcagtttttagttgaatgatatcctttccggtagaaagtgcc 505  Q
     ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  33436474 tttcatttgatgagcagaacaatgatcagctacgccacaaacataccactttcttccttctgtttttagttgaatgatatcctttcccgtagagagtgct 33436573  T
Q  506 tcgttttttggtggaaaagtgc 527  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  33436574 tcattttttggtggaaaagtgc 33436595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 139
Target Start/End: Original strand, 33415871 - 33416002
Alignment:
Q  8 ttgcacatggataaagttgaactaagaagtaaggaaacattttttaaaacacattattattaataaaagtgagagttacaatttgaatacaatatcaaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33415871 ttgcacatggataaagttgaactaagaagtaaggaaacattttttaaaacacattattattaataaaagtgagagttacaatttgaatacaatatcaaag 33415970  T
Q  108 cataacaagatataaaactgtggatctagtta 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33415971 cataacaagatataaaactgtggatctagtta 33416002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 728 - 870
Target Start/End: Original strand, 33436761 - 33436903
Alignment:
Q  728 ttttacatacctaggttgtctccaacacgaaaaactttgtcttgagcccactgagtgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgtcatcaccaacaatgt 827  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33436761 ttttccataccaaggttgtcaccaacacggaaaaccttgtcctgagtccactgagtatagttaaaatcaacagtccaacccttgtcatcaccaacaatgt 33436860  T
Q  828 gatcagttgcaattgcaactgatgaaagtaaaaccatggaaat 870  Q
    |||| | ||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  33436861 gatcggctgccattgcaactgaagaaagcaaaaccattgaaat 33436903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 683 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 33427978 - 33427829
Alignment:
Q  683 tatgaactaaataaacttgaaaccaaatggacatttattttttccttttacatacctaggttgtctccaacacgaaaaactttgtcttgagcccactgag 782  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| | |  | || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||    
T  33427978 tatgaactaaataaactttaaaccaaatggaaaatcgtattatccttttacataccaagattgtcaccaacacgaaaaactttgtcttacgcccattgag 33427879  T
Q  783 tgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgtcatcaccaacaatgtgatca 832  Q
    ||||||  || | ||  ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  33427878 tgtaattgaagttaatagtccagccattgtcatcacccacaatatgatca 33427829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 138; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 306 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 5403 - 5182
Alignment:
Q  306 ccatgacaactccaaacacagatgaaacaacagagtgagcatcagaagaaggtggtggggaaggagcaggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaa 405  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||| || || | ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  5403 ccatgacgactccaaacatagatgatacaatagagtgagcattagaagatggaggagtggaaggagcagatgcgccttctgctagaacagtgatgacaaa 5304  T
Q  406 cttcatttgacgagccgaacagtgatcagctacgctacaaacataccactttcttccttcagtttttagttgaatgatatcctttccggtagaaagtgcc 505  Q
    ||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  5303 ctttatttgatgagcagaacaatgatcagctacgccacaaacataccactttcttccttcagtttttagttgaatgatatcctttcctgtagaaagtgct 5204  T
Q  506 tcgttttttggtggaaaagtgc 527  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  5203 tcattttttggtggaaaagtgc 5182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 735 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 24984852 - 24984710
Alignment:
Q  735 tacctaggttgtctccaacacgaaaaactttgtcttgagcccactgagtgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgtcatcaccaacaatgtgatcagt 834  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||     
T  24984852 taccaaggttgtcaccaacacgaaaaactttgtcttgggcccattgagtgtagttgaaatcaacggtccaacccttttcatcacccacaacgtgatcagc 24984753  T
Q  835 tgcaattgcaactgatgaaagtaaaaccatggaaatggaaagg 877  Q
    ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  24984752 tgccattgctactgaggaaagcaaaaccatggaaatggcaagg 24984710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 735 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 24990682 - 24990540
Alignment:
Q  735 tacctaggttgtctccaacacgaaaaactttgtcttgagcccactgagtgtaatcaaaatcaacggtccaacccttgtcatcaccaacaatgtgatcagt 834  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||     
T  24990682 taccaaggttgtcaccaacacgaaaaactttgtcttgggcccattgagtgtagttgaaatcaacggtccaacccttttcatcacccacaacgtgatcagc 24990583  T
Q  835 tgcaattgcaactgatgaaagtaaaaccatggaaatggaaagg 877  Q
    ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  24990582 tgccattgctactgaggaaagcaaaaccatggaaatggcaagg 24990540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 373 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 24985244 - 24985049
Alignment:
Q  373 aggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaacttcatttgacgagccgaacagtgatcagctacgctacaaacataccactttcttccttcagttttt 472  Q
    ||||||||||||  |||| ||| ||||||| | ||||||||||||||| |  || ||||  ||    | ||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  24985244 aggtgcaccttcttctagtacattgatgacaagcttcatttgacgagcagcgcaatgatttgcctttccacatacataccactttcttccttcggttttc 24985145  T
Q  473 agttgaatgatatcctttccggtagaaagtgcctcgttttttggtggaaaagtgctgctctggaagagtgtgccattcactttaaaaacattgtgc 568  Q
    |||||||| |  ||||||||||| |||||||| || |||| || ||||||||||| ||| || |||||| | |||| |||||| || |||||||||    
T  24985144 agttgaataacgtcctttccggtggaaagtgcttcattttctgatggaaaagtgcagctttgaaagagtttaccatccactttgaagacattgtgc 24985049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 373 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 24991074 - 24990879
Alignment:
Q  373 aggtgcaccttcggctagaacagtgatgaccaacttcatttgacgagccgaacagtgatcagctacgctacaaacataccactttcttccttcagttttt 472  Q
    ||||||||||||  |||| ||| ||||||| | ||||||||||||||| |  || ||||  ||    | ||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  24991074 aggtgcaccttcttctagtacattgatgacaagcttcatttgacgagcagcgcaatgatttgcctttccacatacataccactttcttccttcggttttc 24990975  T
Q  473 agttgaatgatatcctttccggtagaaagtgcctcgttttttggtggaaaagtgctgctctggaagagtgtgccattcactttaaaaacattgtgc 568  Q
    |||||||| |  ||||||||||| |||||||| || |||| || ||||||||||| ||| || |||||| | |||| |||||| || |||||||||    
T  24990974 agttgaataacgtcctttccggtggaaagtgcttcattttctgatggaaaagtgcagctttgaaagagtttaccatccactttgaagacattgtgc 24990879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University