View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5026-Insertion-1 (Length: 902)

Name: NF5026-Insertion-1
Description: NF5026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5026-Insertion-1
NF5026-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-902)||(43428574-43429493)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 705; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 705; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 43429493 - 43428574
Alignment:
Q  8 cttaataggaacttgcaatataatcctgcc---------atttgacttccatgcttaattagaattgcttatttcggctaaaaatatatcattttggcaa 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  43429493 cttaataggaacttgcaatataatcctgccttcaactccatttgacttccatgcttaattagaattgcttatttcggctaaaaatatatcattttggtaa 43429394  T
Q  99 ttatttttggtatgactttaaacactatatccctctaatgtggagctagcattaaatagcacaaacaaacataaataaattgttaagacaaaatcagtag 198  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43429393 ttatttttggtatgactttaatcactatatccctctaatgtggagctagcattaaatagcacaaacaaacataaataaattgttaagacaaaatcagtag 43429294  T
Q  199 ggaagagaccatccatcttgcattgcatgatgggtttcactcgatagacaaagattaatctctattaacaatggtgcgtatcatatcacatgtgtaacga 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43429293 ggaagagaccatccatcttgcattgcatgacgggtttcactcgatagacaaagattaatctctattaacaatggtgcgtatcatatcacatgtgtaacga 43429194  T
Q  299 aaaaagttacaatttcttaaaattaaagatatgagtaagatcctccttgtattgcctctcttatttaagttgatttagctgcttaatgaagtcgtttttc 398  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43429193 aaaaagttacaatttcttaacattaaagatatgagtaagatcctccttgtattgcctctcttatttaagttgatttagctgcttaatgaagtcgtttttc 43429094  T
Q  399 cattagaagaaatgttgttgtcattttctcaagaaatcgatagttcttatcatcataattttttggtaaagcacatatttcaaaacttacgacataatta 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43429093 cattagaagaaatgttgttgtcattttctcaagaaatcgatagttcttattatcataattttttgggaaagcacatatttcaaaacttacgacataatta 43428994  T
Q  499 aacnnnnnnngacaggaaaccatttctcaatttatgtgtgtcatccttacgcaacgcagaggccatgctaaataatgagatttttatgcacccaaaatta 598  Q
    |||       |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43428993 aactttttttgacaagaaaccatttctcaatttgtgtgtgtcatccttgcgcaatgcagaggccatgctaaataatgagatttttatgcacccaaaatta 43428894  T
Q  599 tatcaatgaannnnnnnnnnnagaaacagagataatctctactctagttaaaaacttacatctccttgtcaacttttgtatgattgaaatataagatttg 698  Q
    ||||||| ||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43428893 tatcaataaa---ttttttttagaaacagagataatctctactctagttaaaaacttacatctacttgtcaacttttgtatgattgaaatataagatttg 43428797  T
Q  699 aaatttataagatttaggtgatcctgacatataaagctaaaaaacttccaccaaatttcttagtaaaagacaaatataaacctaag-agccaacactttt 797  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43428796 aaatttataagatttaggtgaccctgacatataaagctaaaaaacttccaccaaatttcttagtaaaagacaaatataaacctaagaagccaacactttt 43428697  T
Q  798 tctcatgtccttttaaacagaacaaagagaatctctcac------------------tttagaatagtatgtaaggaaccaaacctttgtagacaactat 879  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43428696 tctcatgtccttttaaacagaacaaagagaatctctcactttatcttattctctagttttagaatagtatgtgaggaaccaaacctttgtagacaactat 43428597  T
Q  880 atggagtctctttcattgaagct 902  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  43428596 atgaagtctctttcattgaagct 43428574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University