View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5026-Insertion-2 (Length: 890)

Name: NF5026-Insertion-2
Description: NF5026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5026-Insertion-2
NF5026-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-890)||(14927329-14928210)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 843; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 843; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 890
Target Start/End: Original strand, 14927329 - 14928210
Alignment:
Q  8 tgatggagaccatgcaagttatggatgacgaaatttgttatcgctctacagattgttagtgcttactaaaaactttgctatcattgttagtgcggaagac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927329 tgatggagaccatgcaagttatggatgacgaaatttgttatcgctctacagattgttagtgcttactaaaaactttgctatcattgttagtgcggaagac 14927428  T
Q  108 cgtaaattatagtacattatcattgtttgacatgttggtcagatctgacaactcacaagttatttgcaacccgtgcggatttgcatagaacagtctacac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14927429 cgtaaattatagtacattatcattgtttgacatgttggtcagatctgacaactcacaagttatttgcaacccgtgctgatttgcatagaacagtctacac 14927528  T
Q  208 acatgcaaaagtaaaggtgagcgatttcaacaaatttattaatggcaaaacaaattatatttgtgttcagagagaaaacactaatttttcttgtttcctt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927529 acatgcaaaagtaaaggtgagcgatttcaacaaatttattaatggcaaaacaaattatatttgtgttcagagagaaaacactaatttttcttgtttcctt 14927628  T
Q  308 tgtcaggcaattgagttgatggttctggatgcactggtgaaagcagatctatatcttcatattgcatcctcaattcatcaaccatctgaattttggaagg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927629 tgtcaggcaattgagttgatggttctggatgcactggtgaaagcagatccatatcttcatattgcatcctcaattcatcaaccatctgaattttggaagg 14927728  T
Q  408 tcttgagtaaattgcaggcttttgatgttggaaattttcatttggcattatggaactgacactcttatatttcagttagacgactcagttctcaaaacaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927729 tcttgagtaaattgcaggcttttgatgttggaaattttcatttggcattatggaactgacactcttatatttcagttagacgactcagttctcaaaacaa 14927828  T
Q  508 ttgaatgttcttccaatcatgaactggaggaatccagaaagttggttctacgcattcgcagaagggatctataccaggtcagccatacagtgaagtacct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14927829 ttgaatgttcttccaatcatgaactggaggaatccagaaagttggttctacgcattcgcagaagggatctataccaggtcagccatacagtgaagtaact 14927928  T
Q  608 gataaatttttgacctattcttattttggtgacactatttctgataggtagagagaatttaatatttgtgcagacagtaatgataatacataaataccat 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  14927929 gataaatttttgacctattcttattttggtgacactatttctgataggtagagagaatttaatatttgtgcaaacagtaatgat-atacataaataccat 14928027  T
Q  708 gtgctgacaaattgacacaaacatttactccattttgtagttatgcaatgaattttctgttccaaaggaaaaactagacaacttcaaaagcatcacaccc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14928028 gtgctgacaaattgacacaaacatttactccattttgtagttatgcaatgaattttctgttccaaaggaaaaactagacaacttcaaaagcatcacaccc 14928127  T
Q  808 caagacattgtttgttcccaggtttgaaaaactatagtaataagtgtccttttcattcagtatatgtacatgcctgcctatct 890  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14928128 caagacattgtctgttcccaggttgaaaaaactatagtaataagtgtccttttcattcagcatatgtacatgcctgcctatct 14928210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University