View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5026-Insertion-3 (Length: 875)

Name: NF5026-Insertion-3
Description: NF5026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5026-Insertion-3
NF5026-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-873)||(38485939-38486804)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-782)||(30120432-30121195)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-65)||(43955843-43955900)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 846; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 846; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 38486804 - 38485939
Alignment:
Q  8 gattcaacccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtgatattacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486804 gattcaacccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtgatattacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctc 38486705  T
Q  108 gcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaaccaaaacctgtcaaacatatcaggatggccataatgcattcgaattttc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486704 gcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaaccaaaacctgtcaaacacatcaggatggccataatgcattcgaattttc 38486605  T
Q  208 aaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagctgacatgaaccaagcaagagaggaaacgaaacctgtaaatatatgtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38486604 aaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagctgacataaaccaagcaagagaagaaacgaaacctgtaaatatatgtt 38486505  T
Q  308 ccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattcttccaagagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486504 ccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattcttccaagagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctg 38486405  T
Q  408 gttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtggatatgatggcgtggttttgattttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486404 gttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggttttgattttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaat 38486305  T
Q  508 tttacacggtatatttccacctccctctccagctgttggtcatacttaacaagaacagaataatagtccttctcattctcatccctccctgtgcgaacct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486304 tttacacggtatatttccacctccctctccagctgttggtcatacttaacaagaacagaataatagtccttctcattctcatccctccctgtgcgaacct 38486205  T
Q  608 catcaacataggcaactcttagggcttcattgtttttcattaaatacaaaatttcatcggcatgaggatcctttcttgccttttgagttccatatatctg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486204 catcaacataggcaactcttagggcttcattgtttttcattaaatacaaaatttcatcggcatgaggatcctttcttgccttttgagttccatatatctg 38486105  T
Q  708 acaagcaatcacatatgtgaatttcattaatgcagttccatagtcatggcctttgaacaaacttactgtactgcttgcttcagaaaatgatgacttttgc 807  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486104 acaagcgatcacatatgtgaatttcattaatgcagttccatagtcatggcctttgaacaaacttactgtactgcttgcttcagaaaatgatgacttttgc 38486005  T
Q  808 gagttgataccgtctggaatatcttgattcgttggaacaagttcacgtgagccttctgtgatctct 873  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486004 gagttgataccgtctggaatatcttgattcgttggaacaagttcacgtgagccttctgtgatctct 38485939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 16 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 30121195 - 30120432
Alignment:
Q  16 ccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtgatattacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctcgcttatgt 115  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||||| || || || ||||| ||||||||||||||||    
T  30121195 ccaacatcccttccctttccaacctgaatgtattcatggtgagtgacattacctccacgaagagtacaattgaacccagcaaatatgtcctcgcttatgt 30121096  T
Q  116 tgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaaccaaaacctgtcaaacatatcaggatggccataatgcattcgaattttcaaagggtt 215  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  30121095 tgatcactctggaagctttgctgataccacctcgagttaagaaccaaaacctgtcaaacacatctggatgaccataatgcattcgaactttcaaaggatt 30120996  T
Q  216 tgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagctgacatgaaccaagcaagagaggaaacgaaacctgtaaatatatgttccctcact 315  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| | || || || || |||||||| ||     
T  30120995 tgccaaaaccctctgtcctagggtgacgaaacttgtctcctgggctgacatgaaccaggcaagagaggacacggagccagtgaaaatgtgttccctgaca 30120896  T
Q  316 cccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattcttccaagagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctggttcatat 415  Q
    || ||||| |||||||| || | ||| |||||| |  |  | ||||| | ||||||||  |  || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  30120895 cctaaaattgttggtttccggacaccgtagtaacgtctatactcttcaaggagatttctcatcttgagtgcttcctcaaagtagttatcctgattcatgt 30120796  T
Q  416 caatagtttgaattgcatccccgcgagtggatatgatggcgtggttttgattttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaattttacacg 515  Q
    | ||||| || |  || |||||||||||| | ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||||| |||| ||| || |     
T  30120795 ctatagtctgcaaagcgtccccgcgagtgaagatgatggcgtgattttgattctcgggctttccctccccgagcttcaatggacccggcagtttgactct 30120696  T
Q  516 gtatatttccacctccctctccagctgttggtcatacttaacaagaacagaataatagtccttctcattctcatccctccctgtgcgaacctcatcaaca 615  Q
    ||||| ||| |||||| | |||| ||| || |||||||||||||| |||||  ||||      ||| ||| | ||||| || ||      |||||| |||    
T  30120695 gtatacttcaacctccttttccaactgctgatcatacttaacaaggacagagaaata------ctccttcccgtcccttccagtagttctctcatccaca 30120602  T
Q  616 taggcaactcttagggcttcattgtttttcattaaatacaaaatttcatcggcatgaggatcctttcttgccttttgagttccatatatctgacaagcaa 715  Q
    || |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  30120601 tatgcaactcgaagagcttcattgtttttcattagatacaaaatttcctcagcatggggatccttcttttccttctgagttccataaatctgacaagcaa 30120502  T
Q  716 tcacatatgtgaatttcattaatgcagttccatagtcatggccttt---gaacaaacttactgtactgct 782  Q
     |||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||    ||||||||||||| ||||||    
T  30120501 ccacatatgtgaatttcatcaaagcagtcccatactcgtggcctttaaataacaaacttactgaactgct 30120432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 65
Target Start/End: Original strand, 43955843 - 43955900
Alignment:
Q  8 gattcaacccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtgatatt 65  Q
    |||||| ||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  43955843 gattcatcccaacatctctaccctttccaacttggatgtattcatgatgagtaatatt 43955900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University