View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5028-Insertion-2 (Length: 1004)

Name: NF5028-Insertion-2
Description: NF5028
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5028-Insertion-2
NF5028-Insertion-2
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (8-977)||(2351186-2352158)
chr2 (642-977)||(2327165-2327502)
chr2 (642-960)||(2294015-2294334)
chr2 (644-977)||(2303610-2303945)
chr2 (642-955)||(2321335-2321649)
chr2 (655-967)||(2330891-2331204)
chr2 (642-960)||(2310346-2310665)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (655-964)||(41127206-41127519)
chr8 (896-967)||(26506812-26506883)
chr8 (655-730)||(26507056-26507131)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (748-870)||(15176287-15176409)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 802; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 802; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 977
Target Start/End: Complemental strand, 2352158 - 2351186
Alignment:
Q  8 aaaacgggggaatggaaaatgtaattaagcccnnnnnnnnnn-actaaccctcaggttctattaattgactatcacaggtaagtaaatggaacatggatt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2352158 aaaacgggggaatggaaaatgtaattaagccttttttttttttactaaccctcaggttctattaattgactatcacaggtaagtaaatggaacatggatt 2352059  T
Q  107 aatcgacataaagttgtctactaatgaaatagaaaaacaacaaatttgaaaacctgttgctgaaccgttaaaacctctacttagtatcttcctaattgtt 206  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2352058 aattgacataaagttgtctactgatgaaatagaaaaacaacaaatttgaaaacctgttgctgaaccgttaaaacctctacttagtatcttcctaattgtt 2351959  T
Q  207 cttactaatcaaaatcctcaggcagtgccttgtgcaccatttggaagcattagtttcggatttttcaatggaaatatagtcctctgttccaaattgaagt 306  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2351958 cttactaatcaaaatcctcaagcagtgccttgtgcaccatttggaagcattagtttcggatttttcaatggaaatatagtcctctattccaaattgaagt 2351859  T
Q  307 catatccatattctttatataacgaggttgttttgttaatgccactttgctgaacaaactatatttgttgtttattcccaaaaagataagaattaattga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351858 catatccatattctttatataacgaggttgttttgttaatgccactttgctgaacaaactatatttgttgtttattcccaaaaagataagaattaattga 2351759  T
Q  407 ttttgtgaatgataatattgctggcaaatttctgttgaaaccgaaattgtagactgagataagtcgggaaatttgacagtgaggttagactctctgtcga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  2351758 ttttgtgaatgataatattgctggcaaatttctgttgaaactgaaattgtagactgagataagttgggaaacttgacagtgaggttaga--ctctgtcga 2351661  T
Q  507 attattttatttcatttgaacatgaagtgacctataaggagcgagcgaatcgaagaagggtaaggattaactatgagtgatcaattgattaactatgtat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2351660 attattttatttcatttgaacatgaagtgacctataag----gagcgaatcgaagaagggtaaggattaactatgagtgattaattgattaactatgtat 2351565  T
Q  607 ttttcgtttgagggannnnnnnngttttagttac------aacacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacag 700  Q
    |||||||||||||          |||||||||||      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351564 ttttcgtttgaggttttttttttgttttagttacacataaaccacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacag 2351465  T
Q  701 tgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351464 tgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaa 2351365  T
Q  801 agctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttc-aaaac 899  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2351364 agctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaac 2351265  T
Q  900 ctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccat-aaattgaccgtcc 977  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2351264 ctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcc 2351186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 642 - 977
Target Start/End: Complemental strand, 2327502 - 2327165
Alignment:
Q  642 acacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttct 741  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||| |||||||| ||||| ||||| ||     
T  2327502 acacataatctatattctatgagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccacggtgaattcaaatttttctgacaaatcgacatggccaccctcc 2327403  T
Q  742 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaa 841  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||    
T  2327402 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattctcctaccagctccaa 2327303  T
Q  842 atggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttc-aaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 940  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327302 acggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 2327203  T
Q  941 atcccaccccatctctgccaccat-aaattgaccgtcc 977  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  2327202 atccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcc 2327165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 642 - 960
Target Start/End: Complemental strand, 2294334 - 2294015
Alignment:
Q  642 acacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttct 741  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||    
T  2294334 acacataatctatatcctaggagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccatggtgaattcttgtatttccgtcaaatcaacatgcccgccctct 2294235  T
Q  742 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaa 841  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||| | ||||    
T  2294234 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaagtccgggacaaattcttcttccagctccaa 2294135  T
Q  842 atggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttc-aaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 940  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  2294134 acggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccaacgggtcctcccaaacacgagg 2294035  T
Q  941 atcccaccccatctctgcca 960  Q
    |||| || ||||||| ||||    
T  2294034 atccaacgccatctccgcca 2294015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 644 - 977
Target Start/End: Complemental strand, 2303945 - 2303610
Alignment:
Q  644 acataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctgg 743  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||    
T  2303945 acataatctatatcctaggagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccatattgaattcttgtttttccgacaaatcaacatagccgccctctgg 2303846  T
Q  744 aaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaat 843  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||  | | ||||| ||||||||  || |  ||||     
T  2303845 aagcttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattctaaatggagcaaagctaaattaagtgcaggacaaattctcctttcagcttcaaac 2303746  T
Q  844 ggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatcctt-caaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggat 942  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2303745 ggcatcatctttatctccttactccctgtaatgtcaaaattctcatccttccaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggat 2303646  T
Q  943 cccaccccatctctgccaccat-aaattgaccgtcc 977  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||    
T  2303645 cccaccccatctccgccagcatgaaattcaccgtcc 2303610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 642 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 2321649 - 2321335
Alignment:
Q  642 acacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttct 741  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  2321649 acacataatctataccctaggagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccatagtgaattcatctttttccgacaaatcaacatggccaccctcc 2321550  T
Q  742 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaa 841  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||| | ||||    
T  2321549 ggaagctgccaattgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaagtccgggacaaattctccttccagctccaa 2321450  T
Q  842 atggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttc-aaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 940  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321449 acggcatcatctttatctctttactccctataatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 2321350  T
Q  941 atcccaccccatctc 955  Q
    ||||||| |||||||    
T  2321349 atcccacgccatctc 2321335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 655 - 967
Target Start/End: Complemental strand, 2331204 - 2330891
Alignment:
Q  655 atcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctggaaccttccaat 754  Q
    ||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| || |||||||||||  | ||||| || |||||||||||||    
T  2331204 atccttggagaaatatgagcctgcaatggatttttcatgaccatagtgaattcctgtttctctgacaaatcaacgcgaccaccctcgggaaccttccaat 2331105  T
Q  755 cgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcatctt 854  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  2331104 cgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatgaagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcccagctccaaatggcatcatctt 2331005  T
Q  855 tatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttc-aaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatc 953  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  2331004 tatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaattccattggatcctcccaaacacgagggtccaaccccatc 2330905  T
Q  954 tctgccaccataaa 967  Q
    ||||| ||||||||    
T  2330904 tctgcaaccataaa 2330891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 642 - 960
Target Start/End: Complemental strand, 2310665 - 2310346
Alignment:
Q  642 acacataaactatatcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttct 741  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||    
T  2310665 acacataatctatatcctaggagaaatatgaacttgcactggatttttcatcaccatagtgaattcttgtatttccgtcaaatcaacatgcccgccctct 2310566  T
Q  742 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaa 841  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||| | ||||    
T  2310565 ggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaagtccgggacaaattcttcttccagctccaa 2310466  T
Q  842 atggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttc-aaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgagg 940  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || | |||| |||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |    
T  2310465 acggcatcatctttatctctttacttcctggaatgacaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccaatgggtcctcccaaacacgacg 2310366  T
Q  941 atcccaccccatctctgcca 960  Q
    |||| || ||||||| ||||    
T  2310365 atccaacgccatctccgcca 2310346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 140; Significance: 8e-73; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 655 - 964
Target Start/End: Complemental strand, 41127519 - 41127206
Alignment:
Q  655 atcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccacct---tctggaaccttcc 751  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||  ||| ||   ||| ||| |||||    
T  41127519 atcctaggagaaatatgaacttgcagtggatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctctagaatcttcc 41127420  T
Q  752 aatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcat 851  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  41127419 aattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcat 41127320  T
Q  852 ctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttc-aaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccacccc 950  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||| |  ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||| |||     
T  41127319 ctttatctctttagtcccggtaatatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttctggtttaaactccaatggatcttcccaaacactagggtccctccct 41127220  T
Q  951 atctctgccaccat 964  Q
    || |||||||||||    
T  41127219 atgtctgccaccat 41127206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 896 - 967
Target Start/End: Complemental strand, 26506883 - 26506812
Alignment:
Q  896 aaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaa 967  Q
    |||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  26506883 aaacctatctggcttgaatgccatgggatcctcccaaacacttggatcccacccaacctctgccaccataaa 26506812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 655 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 26507131 - 26507056
Alignment:
Q  655 atcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacat 730  Q
    ||||||||||| ||  || ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  26507131 atcctaggagatatttgagcttccaatggatatttcatcaccatagtaaattcctgtttttctgacaaatcaacat 26507056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 47; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 748 - 870
Target Start/End: Original strand, 15176287 - 15176409
Alignment:
Q  748 ttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggca 847  Q
    ||||| || |||||| |||| ||||| || ||||| ||||||||||| | ||| ||||||  ||| || ||||| |||||||| ||  | ||||||||||    
T  15176287 ttccactcaaaattcaaaacaaaattggcaacaaagtattccaagtgcaacaatgctaaaccatagccaggacacattctcctccctgctccaaatggca 15176386  T
Q  848 tcatctttatctctttactcccc 870  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15176387 tcatctttatctctttactcccc 15176409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University