View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5029-Insertion-3 (Length: 827)

Name: NF5029-Insertion-3
Description: NF5029
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5029-Insertion-3
NF5029-Insertion-3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-827)||(35072581-35073390)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 686; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 686; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 827
Target Start/End: Original strand, 35072581 - 35073390
Alignment:
Q  8 ttactttcctcatacgttcatcgtcattatcaatcactagtattatgtggcaccaaaatagtgacccaaaacaaagcaaataatgcagttaataacacgt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35072581 ttactttcctcatacgttcatcgtcattatcaatcacttgtattatgtggcaccaaaatagtgacccaaaacaaagcaaacaatgcagttaataacacgt 35072680  T
Q  108 cttagaatcatctctttgttgctcataatccgtgaacgtcattgccttttcaattttcacttcttaaggatactcactctatcgtccatttattcattca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||    
T  35072681 cttagaatcatctctttgttgctcataatccgtgaacgtcattgccttttcaattttcacttcttaaggatactc----tatcgtccatttattcattca 35072776  T
Q  208 tgttatagttgtactataccatgcttacatatttttctcttccacttaagcatatctatcattaataaattcccctaagaaagatcttaattgttacaat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35072777 tgttatagttgtactataccatgcttacatatttttctcttccacttaagcatatctatcattaataaattcccctaagaaatatcttaattgttacaat 35072876  T
Q  308 taattgatgtaaatgaagtgaattatgtggtccaaattcgtggttgatgcagcataatcaataattttcaaccagctatgatatttattgattgattttt 407  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35072877 taattgatgtaaatcaagtgaattatgtggtccaaattcgtggttgatgcagcataatcaataattttcaaccagctatgatatttattgattgattttg 35072976  T
Q  408 ccgttgatgaacaccctaggaccaagctagtagcacttccctcatatcatatccatggtccatccaaattttattttctctaaaatttaatcaaccgttc 507  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35072977 ccgttgatgaacaccttaggcccaagctagtagcacttccc-----tcatatccatggtccatccaaattttattttctctaaaatttaatcaaccgttc 35073071  T
Q  508 tagatgtagttctagtttctagaaacaaaaataggtaatgactgcataacaacctacaagcgtacacgtgtcatatagaactaaaaccttgtttgatctc 607  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  35073072 tagatgtagttcttgtttctagaaacaaaaataggtaatgactgcataacaacctacaagcgtacacgtgtcatatagaa-ttaaaccttgtttgatctc 35073170  T
Q  608 cacgtgtcaatatcataacacgtgatacgtgttaacgaagcaagcatgaaaataaacattcataatttcacacaccacctnnnnnnnnnnnnnnntaacc 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||               |||||    
T  35073171 cacgtgtcaatatcataacacgtgatacgtgttaacgaagcaagcatgaaaataaacattcataatttcatacaccacctacaaaaaaataaaaataacc 35073270  T
Q  708 ttttttctaatctcttctgtttagatttgagtttgagcgccgaaggagacgatttatttaagctcacacacaccaaacttcaccaagataagtatattac 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35073271 ttttttctaatctcttctgtttagatttgagtttgagcgccgaaggagacgatttatttaagctcacacacaccaaacttcaccaagataagtatattac 35073370  T
Q  808 cttacccaattggttactgt 827  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  35073371 cttaccgaattggttactgt 35073390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University