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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5030-Insertion-1 (Length: 1072)
Name: NF5030-Insertion-1
Description: NF5030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5030-Insertion-1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 526; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 17353701 - 17352968
Alignment:
| Q |
8 |
gttttatctcccgcaaaaatgaaatttaacttgttatctttatgcaaatatagattgcgagtgtaaagataaatttgcaatacctgaaaatcggacatgt |
107 |
Q |
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| T |
17353701 |
gttttatctcccacaaaaatgaaatttaactt---acctttatgcaaatatagattgcgagtgtaaagataaatttgcaat----------cggacatgt |
17353615 |
T |
|
| Q |
108 |
gaaaaacaaggtatcttgtggttgtcattctgaaatgaggagtttgagaatcaagtttgttgcatgactgtaattaggagattgagattattttgtgagg |
207 |
Q |
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| T |
17353614 |
gaaaaacaaggtatcttgtggttgtcattctaaaatgaggagtttgagaatcaagtttgttgcatgactgaaattaggagattgagattattttgtgagg |
17353515 |
T |
|
| Q |
208 |
actgaatgtaatttgcatatccttgtgttgagtacaatttggnnnnnnngcatgagatttaataatactaacattttgatgaattacttggtggaatgga |
307 |
Q |
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| T |
17353514 |
actgaatgtaatttgcatatccttgtgttgagtaccatatgatttttttgcatgagatttaataatactaacattttgatgaattacttggtggaataga |
17353415 |
T |
|
| Q |
308 |
ttttcgaaaactacaaaatgacatgataagagttgaaagaaaagaattacattcatacaaaacataaattatcttaatgagctaggaagggaatctgata |
407 |
Q |
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| T |
17353414 |
ttttcgaaaactacaaaatgacatgataagagttgaaacaaaagaattacattcagacagaacataaattatcttaatgagctaggaagggaatctgata |
17353315 |
T |
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| Q |
408 |
tgataatgaaacgatgtctgatgcatcattgaagcatggatccgacacaannnnnnnnn---------atattccagaatgtttttcaacaaaatgaatt |
498 |
Q |
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| T |
17353314 |
tgataatgaaatgatgtttgctgcatcattgaagcaaggatccggcacaattttttttttgatattccatatttcaaaatgtttttcaacaaaatgaatt |
17353215 |
T |
|
| Q |
499 |
ggttagataaatgtaaatctagttatgtatgtcatatgtataatggtggcagggatgttgtgtttgtttccttggatttttatttatttttgggattagg |
598 |
Q |
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| T |
17353214 |
ggtcagataaatgtaaatctaattatgtatgtcatttgtataatggtggcagggacgttgtgtttgattccttggatttttatttatttttgggattagg |
17353115 |
T |
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| Q |
599 |
acttgcaatgatagatcaatattctcaattttcatgtgacttggattgagacttccacgtatatgaaattatataagaatcttgttaaattgtatgaaca |
698 |
Q |
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| T |
17353114 |
acttgcaatgatagatcaatattctcaattttcatgtgacttggattgagacttccacgtatatgaaattatataagaatcttgttaaattgtatgaaca |
17353015 |
T |
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| Q |
699 |
tagtacgtagtcatgaattatctagtaatattttccatctggtattt |
745 |
Q |
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| T |
17353014 |
tagtacgtagtcatgaattatctagtaatattttccatctggtattt |
17352968 |
T |
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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 747 - 1061
Target Start/End: Complemental strand, 17352929 - 17352614
Alignment:
| Q |
747 |
tgaagctatattcactggttattgcttctattatcctttgttgatgtggtggacctgttatagtttatgtcatttaatataaatcataccacctttcttt |
846 |
Q |
| |
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|
| T |
17352929 |
tgaagctatattcactggttattgcttctattatccattgttgatgtggtggacctgttatagtttatgtcatttaatataaatcataccgcctttcttt |
17352830 |
T |
|
| Q |
847 |
cctattggaattgacggttttagatctaataaaacttcataattcatattcttcctacgtttttcttttaatgattcagatcaa-ttttgaattgttata |
945 |
Q |
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| T |
17352829 |
cctattggaatttacggtttcagatctaataaaacttcataattcatattcttcctatgtttttcttttaatgattcagatcaatttttgaattgttata |
17352730 |
T |
|
| Q |
946 |
acctattttgttctgattacatttcaacccattatgttacttcctgcattttattttatctggtggagaatgtttcctatcttatgttcaatatttgttg |
1045 |
Q |
| |
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| T |
17352729 |
acctattttgttctgattacatttcaacccattatgttacttcctgcattttattttatctggtggagatgttttcctatcttatgttcaatatttgttg |
17352630 |
T |
|
| Q |
1046 |
tgataggtttctgttg |
1061 |
Q |
| |
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| T |
17352629 |
tgacaggtttctgttg |
17352614 |
T |
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