View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5030-Insertion-2 (Length: 1047)

Name: NF5030-Insertion-2
Description: NF5030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5030-Insertion-2
NF5030-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-1016)||(571859-572876)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 880; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 880; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1016
Target Start/End: Original strand, 571859 - 572876
Alignment:
Q  7 actaaccagatcctatgtgttacaaatgcttttcagcccctaattgcaaaatgtaaacacaactacaacaaacaaactatcataattcagagcttagaga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  571859 actaaccagatcctatgtgttacaaatacttttctgcccctaattgcaaaatgtaaacacaactacaacaaacaaactatcataattcagagcttagaga 571958  T
Q  107 gatttgaaggtggctcaatgttatcaaacatgtcctctggaaaatcatcaaagaacctatcaattttgcaactccctgatggctcnnnnnnnggaaccat 206  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||       ||||||||    
T  571959 aatttgaaggtggctcaatgttatcaaacatgtcctctggaaaatcatcaaagaacctatcaattttgcaactctctgatggctcaaaaaaaggaaccat 572058  T
Q  207 tccaaactcagatgtttccaagggaccaaacacatcaaataaattgtgttcatcaactctttccattggaaaagtaaaatcagtatcgagttctggaatc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  572059 tccaaactcagatgtttccaagggaccaaacacatcaaataaattgtgttcatcaactctttccattggaaaagtaaaatcagtatcgagttctggaatc 572158  T
Q  307 tgaggaaatccaatgtattcagtgcttttatagctctgatcaaaaggggttaactcttgttcaacgtaattctcgtcgaaacaaggttgctcggattttt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  572159 tgaggaaatccaatgtattcagtgcttttatagctctgatcaaaaggggttaactcttgttcaacgtaattctcgtcgaaacaaggttgctcggattttt 572258  T
Q  407 taagatccaataatggaaccattttaataacttgatcagaattctcaatgcatggtaatgaatatgattgaggctttgatgatgtttctccctctgatga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  572259 taagatccaataatggaaccattttaataacttgatcagaattctcaatgcatggtaatgaatatgattgaggctttgatgatgtttctccctctgatga 572358  T
Q  507 agaactgaacttataaggaaccttcaataaaaatataagaattttagagaaaacggaatgaaaattcaggtcgcacatccccgcattcaggcgggaagtt 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  572359 agaactgaacttataaggaaccttcaataaaaatataagaattttagagaaaacggaatgaaaattcaggtcgcacattcccgcattcaagcggaaagtt 572458  T
Q  607 ggat---ca--agatcagacaatacatattttttatattttaaaacattaaatattgagtctgaaatcgacattgtccaattttgatccaacgacaacaa 701  Q
      ||   ||   | | |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  572459 acatatgcagccgttgaatcaatgcatattttttatattttaaaacattaaatattgagtttgaaatcgacattgtccaattttgatccaacgacaacaa 572558  T
Q  702 atgtggctgagggtgagaatgcagagaaccaagacaagaaaaagagtaacatgtgttttttaattacctcgtaagatggaacatgggaagaaactttggc 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  572559 atgtggctgagggtgagaatgcagagaaccaagacaagaaaaagagtaacatgtgttttttaattacctcgtaagatggaacatgggaagaaactttggc 572658  T
Q  802 tttgtttttgtgtgactttgaggttgttgacgatgatgttttgagaagcctagccaaccttttttgtctactgctccag-aattttttacatcattgtct 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  572659 tttgtttttgtgtgactttgaggttgttgatgatgatgttttgagaagcctagccaaccttttttgtctactgctccagaaattttttacatcattgtct 572758  T
Q  901 gttcttcctggtaaataggatgcaatc-tagcccatttgtttcc-aattgttcctgcaactctatcacaatcctctcttcctctattgtaaacttgcacc 998  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  572759 gttcttcctggtaaataggatgcaatcttagcccatttgtttccaaattgttcctgcaactctatcacaatcctctcttcctctattgtaaacttgcacc 572858  T
Q  999 cacttttagagagagacc 1016  Q
    ||||||||||||||||||    
T  572859 cacttttagagagagacc 572876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University