View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5032-Insertion-3 (Length: 1026)

Name: NF5032-Insertion-3
Description: NF5032
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5032-Insertion-3
NF5032-Insertion-3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-839)||(37859135-37859965)
chr2 (911-1016)||(37858952-37859061)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-839)||(18101527-18102356)
chr4 (911-1016)||(18101344-18101453)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 699; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 699; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 37859965 - 37859135
Alignment:
Q  8 tgatacatgtgactgtgtggatcctctggtgtgtcagaaatgaaaaaatgaaagaagaaataaagcaacgaaaattgcttccctctcatggctttagtgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859965 tgatacatgtgactgtgtggatcctctggtgtgtcagaaatgaaaaaatgaaagaagaaataaagcaacgaaaattgcttccctctcatggctttagtgt 37859866  T
Q  108 aaaaaatttacgcttatcactcgagatattaaacaagaaaactaggctaattgcttggaaggaagatgcaactaatgcttatgttttcaatttcgatggt 207  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859865 aaaaaatttacgcttatcactcaagatattaaaaaagaaaactcggctaattgcttggaaggaagatgcaactaatgcttatgttttcaatttcgatggt 37859766  T
Q  208 cgctctcgctcccaaaccaatccaggtatggcagcatttggtggtttgattaggaattccaacggtgattaccaatgtggcttccacggtaatattggct 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37859765 cgctctcgctcccaaaccaatccaggtatggcagc--gtggtggtttgattaggaattccaacggtgattacaaatgtggcttccacggtaatattggct 37859668  T
Q  308 attccattagcctccatgccgagatcatggctttgattcaagggatctgaatgtgtttggaggcaagtttaaggaatattatctattacattgacacttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859667 attccattagcctccatgccgagatcatggctttgattcaagggatctgaatgtgtttggaggcaagtttaaggaatattatctattacattgacacttt 37859568  T
Q  408 gcaactatccacccgatgcagcttgcgaatgtttcgaaactccattatggcaatgagac--tggtgatnnnnnnnnttatatcgataatgattgattttg 505  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||        ||||||||||||||||||||||||    
T  37859567 gcaattatccacccaatgcagcttgcgaatgtttcgaaactccattatggcaatgagacaacggtgataaaaaaaattatatcgataatgattgattttg 37859468  T
Q  506 tagtgcatcaaactcttaggaaaggtaatatgtttaccgattatttctccaagcttggagcacaatcgaatagtggtatgtgactcttcttgatccatcg 605  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859467 tagtgcatcacactcttaggaaaggtaatatgtttaccgattatttctccaagcttggagcacaatcgaatagtggtatgtgactcttcttgatccatcg 37859368  T
Q  606 gatgagcgtcattcattactcacgacgaatacgactggtgtttannnnnnnggtggtgtagtgttgtttaggaccaagttaaccaaccaaattatatatc 705  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37859367 gctgagcgtcattcattactcacgacgaatacgacatgtgtttatttttttggtggtgtagtgttgtttaggactaagttaaccaaccaaattatatatc 37859268  T
Q  706 attatccaaaaaagaatataaaaacagagacttgaagacagacattgattcatagatgtatcaaagttctgattggtataaaatttaaaacaaggtaatg 805  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37859267 attatcc-aaaaagaatataaaaacaaagacttgaagacagacattgattcatagatgtatcaaagttctgattggtataaaatttcaaacaaggtaatg 37859169  T
Q  806 ccacttgcaatcaaatcaaacaaggtaaaatagt 839  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859168 ccacttgcaatcaaatcaaacaaggtaaaatagt 37859135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 911 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 37859061 - 37858952
Alignment:
Q  911 aaaggacaccccaa-ctgtcaaattctctgacacacttttcttcgaagctttcaaaaccttgtgaa-catatcaactctca-ttcatccgcatgctatta 1007  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  37859061 aaaggacaccacaaactgtcaaattctctgacacacttttcttcaaagctttcaaaaccttgtgaaccatatcaactctcatttcatccgtatgctatta 37858962  T
Q  1008 -tacccaatc 1016  Q
     |||||||||    
T  37858961 ttacccaatc 37858952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 18102356 - 18101527
Alignment:
Q  8 tgatacatgtgactgtgtggatcctctggtgtgtcagaaatgaaaaaatgaaagaagaaataaagcaacgaaaattgcttccctctcatggctttagtgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18102356 tgatacatgtgactgtgtggatcctctggtgtgtcagaaatgaaaaaatgaaagaagaaataaagcaacgaaaattgcttccctctcatggctttagtgt 18102257  T
Q  108 aaaaaatttacgcttatcactcgagatattaaacaagaaaactaggctaattgcttggaaggaagatgcaactaatgcttatgttttcaatttcgatggt 207  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18102256 aaaaaatttacgcttatcactcaagatattaaaaaagaaa-ctcggctaattgcttggaaggaagatgcaactaatgcttatgttttcaatttcgatggt 18102158  T
Q  208 cgctctcgctcccaaaccaatccaggtatggcagcatttggtggtttgattaggaattccaacggtgattaccaatgtggcttccacggtaatattggct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18102157 cgctctcgctcccaaaccaatccaggtatggcagcgt--ggtggtttgattaggaattccaacggtgattacaaatgtggcttccacggtaatattggct 18102060  T
Q  308 attccattagcctccatgccgagatcatggctttgattcaagggatctgaatgtgtttggaggcaagtttaaggaatattatctattacattgacacttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18102059 attccattagcctccatgccgagatcatggctttgattcaagggatctgaatgtgtttggaggcaagtttaaggaatattatctattacattgacacttt 18101960  T
Q  408 gcaactatccacccgatgcagcttgcgaatgtttcgaaactccattatggcaatgagac--tggtgatnnnnnnnnttatatcgataatgattgattttg 505  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||        ||||||||||||||||||||||||    
T  18101959 gcaattatccacccaatgcagcttgcgaatgtttcgaaactccattatggcaatgagacaacggtgataaaaaaaattatatcgataatgattgattttg 18101860  T
Q  506 tagtgcatcaaactcttaggaaaggtaatatgtttaccgattatttctccaagcttggagcacaatcgaatagtggtatgtgactcttcttgatccatcg 605  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18101859 tagtgcatcacactcttaggaaaggtaatatgtttaccgattatttctccaagcttggagcacaatcgaatagtggtatgtgactcttcttgatccatcg 18101760  T
Q  606 gatgagcgtcattcattactcacgacgaatacgactggtgtttannnnnnnggtggtgtagtgttgtttaggaccaagttaaccaaccaaattatatatc 705  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18101759 gctgagcgtcattcattactcacgacgaatacgacatgtgtttatttttttggtggtgtagtgttgtttaggactaagttaaccaaccaaattatatatc 18101660  T
Q  706 attatccaaaaaagaatataaaaacagagacttgaagacagacattgattcatagatgtatcaaagttctgattggtataaaatttaaaacaaggtaatg 805  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18101659 attatcc-aaaaagaatataaaaacaaagacttgaagacagacattgattcatagatgtatcaaagttctgattggtataaaatttcaaacaaggtaatg 18101561  T
Q  806 ccacttgcaatcaaatcaaacaaggtaaaatagt 839  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18101560 ccacttgcaatcaaatcaaacaaggtaaaatagt 18101527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 911 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 18101453 - 18101344
Alignment:
Q  911 aaaggacaccccaa-ctgtcaaattctctgacacacttttcttcgaagctttcaaaaccttgtgaa-catatcaactctca-ttcatccgcatgctatta 1007  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  18101453 aaaggacaccacaaactgtcaaattctctgacacacttttcttcaaagctttcaaaaccttgtgaaccatatcaactctcatttcatccgtatgctatta 18101354  T
Q  1008 -tacccaatc 1016  Q
     |||||||||    
T  18101353 ttacccaatc 18101344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University