View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5032_low_1 (Length: 855)

Name: NF5032_low_1
Description: NF5032
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5032_low_1
NF5032_low_1
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (19-845)||(37616977-37617800)
chr4 (250-335)||(9203736-9203823)
chr4 (253-335)||(9207958-9208042)
chr4 (412-512)||(9203896-9203996)
chr4 (412-512)||(9208115-9208215)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-845)||(22082172-22083003)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (19-640)||(40164282-40164908)
chr5 (678-841)||(4351630-4351793)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (19-488)||(19767149-19767617)
chr3 (483-845)||(19767949-19768310)
chr3 (397-640)||(45456360-45456604)
chr3 (669-841)||(29199652-29199821)
chr3 (693-841)||(12572307-12572455)
chr3 (693-841)||(13548771-13548919)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (397-640)||(6921503-6921749)
chr1 (397-640)||(38238129-38238375)
chr1 (747-826)||(51389655-51389734)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (373-640)||(7827613-7827880)
chr2 (19-98)||(7827905-7827985)
[»] scaffold0135 (14 HSPs)
scaffold0135 (250-335)||(1819-1906)
scaffold0135 (250-335)||(6034-6121)
scaffold0135 (250-335)||(10249-10336)
scaffold0135 (250-335)||(14464-14551)
scaffold0135 (250-335)||(18679-18766)
scaffold0135 (250-335)||(22894-22981)
scaffold0135 (250-335)||(27109-27196)
scaffold0135 (412-512)||(1979-2079)
scaffold0135 (412-512)||(6194-6294)
scaffold0135 (412-512)||(10409-10509)
scaffold0135 (412-512)||(14624-14724)
scaffold0135 (412-512)||(18839-18939)
scaffold0135 (412-512)||(23054-23154)
scaffold0135 (412-512)||(27269-27369)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (748-841)||(770338-770428)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (752-833)||(32662957-32663038)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 37617800 - 37616977
Alignment:
Q  19 ggtatgacgatgcctttgtactacaatgtgtttttcttctttgtttgatttttgttccaatgttgaaaataaacaaatttgctggtagtttgaagtttat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37617800 ggtatgacgatgcctttgtactatagtgtgtttttcttctttgtttgatttttgttccaatgttgaaaataaacaaatttgctggtagtttgaagtttat 37617701  T
Q  119 attggttgaaaattgaaacgaaatgtgttgactcatttggtaagagagactttgaattgtttattttcttatatttatgcttaccatctcaatttgaaga 218  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37617700 attggttgaaaattgaaacaaaatgtgttgactcatttgatgggagagactttgaatagtttgatttcttatatttatgcttaccatctcaatttgaaga 37617601  T
Q  219 tccnnnnnnnnnnnnnnnnn--acttatattataaagagtttctttcaaatttttacatgtataactgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagcct 316  Q
    |||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  37617600 tccttttattttttttaattttacttatattataaagagtttctttcaaatttttacatgtataactgtgtgttgaatcatttagaatatggagtagcct 37617501  T
Q  317 tagatagcatacattgcaactttgannnnnnnattgatagtatagcatgaaatgcgttataatgatatttgagcagatctaactcaattatattattttc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37617500 tagatagcatacattgcaactttggtttttttattgatagtatagcatgaaatactttataatgatatttgagcagatctaactcaattatattattttt 37617401  T
Q  417 tgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagcatgata 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37617400 tgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggatcttaaagcagcctataactcaaaaagctatttagcatgata 37617301  T
Q  517 ttttatgttgagaatgtgtcttgacagatggtgttatctatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttgatgtgtttttagatcgtatttgaa 616  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37617300 ttttatgttgagaatgtgtcttgatagatggtgttatgtatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttgatgtgtttttagatcgtatttgaa 37617201  T
Q  617 ttaagaagacttaagtttatatgtccaagaattaagtttatatgttcggacatgaggaagctttttcttcgtggttgtcagtgtctgttatgctgcatta 716  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||    
T  37617200 ttaagaagacttaagcttatatgtccaagacttaagcttatatgttcggacatgagggagctttttcttcgtggctgtcagcgtgtgttatactgcatta 37617101  T
Q  717 tgtgttttgttcatgtaagnnnnnnncctccgctgctacttcaaattcaggtctgccttcgatgtttctgtttagccattttgtgcgataggctttgttc 816  Q
    ||||||||||| |||||||       |||||||||||||||||     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37617100 tgtgttttgtttatgtaagtttttttcctccgctgctacttca-----aggtctgccttcaatgtttctgtttagccattttgtgcgataggcttttttc 37617006  T
Q  817 attcaattttactctttgcctaatctgtg 845  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37617005 attcaattttactctttgcctaatttgtg 37616977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 335
Target Start/End: Original strand, 9203736 - 9203823
Alignment:
Q  250 aaagagtttctttcaaatttttacatgtataac--tgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagccttagatagcatacattgcaa 335  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  9203736 aaagagtttctttccaatttttacatgcataaccgtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaa 9203823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 335
Target Start/End: Original strand, 9207958 - 9208042
Alignment:
Q  253 gagtttctttcaaatttttacatgtataac--tgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagccttagatagcatacattgcaa 335  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  9207958 gagtttctttccaatttttacatgcataaccgtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaa 9208042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 512
Target Start/End: Original strand, 9203896 - 9203996
Alignment:
Q  412 ttttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagca 511  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||| | |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  9203896 ttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagca 9203995  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  9203996 t 9203996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 512
Target Start/End: Original strand, 9208115 - 9208215
Alignment:
Q  412 ttttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagca 511  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||| | |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  9208115 ttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagca 9208214  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  9208215 t 9208215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 845
Target Start/End: Original strand, 22082172 - 22083003
Alignment:
Q  19 ggtatgacgatgcctttgtactacaatgtgtttttcttctttgtttgatttttgttccaatgttgaaaataaacaaatttgctggtagtttgaagtttat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22082172 ggtatgacgatgcctttgtactatagtgtgtttttcttctttgtttgatttttgttccaatgttgaaaataaacaaatttgctggtagtttgaagtttat 22082271  T
Q  119 attggttgaaaattgaaacgaaatgtgttgactcatttggtaagagagactttgaattgtttattttcttatatttatgcttaccatctcaatttgaaga 218  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22082272 attggttgaaaattgaaacaaaatgtgttgactcatttggtgggagagactttgaatagtttgatttcttatatttatgcttaccatctcaatttgaaga 22082371  T
Q  219 tccnnnnnnnnnnnnnnnnna------cttatattataaagagtttctttcaaatttttacatgtataactgtgtgttgaatcatttagaacatggaata 312  Q
    |||                 |      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||    
T  22082372 tccttttattttatttttttaattttacttatattataaagagtttctttcaaatatttacatgtataactgtgtgttgaatcatttagaatatggggta 22082471  T
Q  313 gccttagatagcatacattgcaactttgannnnnnnattgatagtatagcatgaaatgcgttataatgatatttgagcagatctaactcaattatattat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22082472 gccttagatagcatacattgcaactttggttttcttattgatagtataacatgaaatac-ttataatgatatttgagcagatctaactcaattatattat 22082570  T
Q  413 tttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagcat 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22082571 tttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggatcttaaaacaacctataactcaaaaagctatttagcat 22082670  T
Q  513 gatattttatgttgagaatgtgtcttgacagatggtgttatctatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttgatgtgtttttagatcgtatt 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  22082671 gatattttatgttgagaatgtgtcttggtagatggtgttatgtatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagtcgatgtgtttttagatcgtagt 22082770  T
Q  613 tgaattaagaagacttaagtttatatgtccaagaattaagtttatatgttcggacatgaggaagctttttcttcgtggttgtcagtgtctgttatgctgc 712  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  22082771 tgaattaagaagacttaagcttatatgtccaagacttaagcttatatgttcggacatgagggagctttttcttcgtggctgtcagtgtgtgttatactgc 22082870  T
Q  713 attatgtgttttgttcatgtaagnnnnnnncctccgctgctacttcaaattcaggtctgccttcgatgtttctgtttagccattttgtgcgataggcttt 812  Q
    ||||||||||||||| |||||||        ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22082871 attatgtgttttgtttatgtaagttttttttctccgctgctacttcaaattcaggtatgccttcaatgtttctgttttgccattttgtgcgataggcttt 22082970  T
Q  813 gttcattcaattttactctttgcctaatctgtg 845  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22082971 gttcattcaattttactctttgcctaatctgtg 22083003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 640
Target Start/End: Original strand, 40164282 - 40164908
Alignment:
Q  19 ggtatgacgatgcctttgtactacaatgtgtttttcttctttgtttgatttttgttccaatgttgaaaataaacaaattt--gctgg------tagtttg 110  Q
    ||||||||| || |||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||      |||||||    
T  40164282 ggtatgacggtgtctttgtactataatatgtttgtcttctttgtttaatttttgttccaacgttgaaaataaacaaatttctggtggatattttagtttg 40164381  T
Q  111 aagtttatattggttgaaaattgaaacgaaatgtgttgactcatttggtaagagagactttgaattgtttattttcttatatttatgcttaccatctcaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  40164382 aagtttatattggttgaaaattgaaacgaaatgtgttgacttatttggtgggagagactttgaatagtttgtttttttatatatatgcttaccgtctcaa 40164481  T
Q  211 tttgaagatccnnnnnnnnnnnnnnnnn--acttatattataaagagtttctttcaaatttttacatgtataactgtgtgttgaatcatttagaacatgg 308  Q
    |||||||||||                   ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  40164482 tttgaagatccttttatttttttttattttacttatattata--gagtttctttcaaatttttacatgtataactgtgt--tgaataatttagaacatgg 40164577  T
Q  309 aatagccttagatagcatacattgcaactttgannnnnnnattgatagtatagcatgaaatgcgttataatgatatttgagcagatctaactcaattata 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40164578 aatagccttagatagcatacattgcaactttggtttttttattgatagtatagtatgaaatgctttataatgatatttgagcagatctaactcaattaga 40164677  T
Q  409 ttattttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttattta 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40164678 ttattttctgaaaggattcttcataaaa-ctttaggcttgaactaaaaatgtacgacacatttggatcttaaagcaacctataactcaaaaagttattta 40164776  T
Q  509 gcatgatattttatgttgagaatgtgtcttgacagatggtgttatctatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttgatgtgtttttagatcg 608  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40164777 gcatgatattttatgttgataatgtgtcttggaagatggtgttatgtatctcattttcaaattgctatatagcgttggtagttgatgtgtttttagatcg 40164876  T
Q  609 tatttgaattaagaagacttaagtttatatgt 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40164877 tatttgaattaagaagacttaagtttatatgt 40164908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 678 - 841
Target Start/End: Original strand, 4351630 - 4351793
Alignment:
Q  678 tttttcttcgtggttgtcagtgtctgttatgctgcattatgtgttttgttcatgtaagnnnnnnncctccgctgctacttcaaattcaggtctgccttcg 777  Q
    ||||| |||||||  |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||||       ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4351630 ttttttttcgtggcagtcagtgtgtgttacgcggcattgtttgttttgtttatgtaagttttgttcctgcgctgctacttcaaatttaggtctgccttcg 4351729  T
Q  778 atgtttctgtttagccattttgtgcgataggctttgttcattcaattttactctttgcctaatc 841  Q
    || ||||| ||||||||||||||   |||  ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  4351730 atttttctttttagccattttgtatcatatactttgttgattcaattttaatctttgcccaatc 4351793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 488
Target Start/End: Original strand, 19767149 - 19767617
Alignment:
Q  19 ggtatgacgatgcctttgtactacaatgtgtttttcttctttgtttgatttttgttccaatgttgaaaataaacaaatttgctggtagtttgaagtttat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  19767149 ggtatgacgatgcctttgtactatagtgtgtttttcttctttgtttgatttttgttccaatgttgaaaataaacaaatttcctggtagtttgaagtttac 19767248  T
Q  119 attggttgaaaattgaaacgaaatgtgttgactcatttggtaagagagactttgaattgtttattttcttatatttatgcttaccatctcaatttgaaga 218  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19767249 attggttgaaaatttaaacaaaatgtgttgactcatttggtgggagagactttgaatagtttgatttcttatatttatgcttaccatctcaatttgaaga 19767348  T
Q  219 tcc--nnnnnnnnnnnnnnnnnacttatattataaagagtttctttcaaatttttacatgtataactgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagcct 316  Q
    |||                   |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  19767349 tccttttattttttttaattttacttatattat--agagtttctttcaaa-ttttacatgtataactgtgtgttgaatcatttagaatatggagtagcct 19767445  T
Q  317 tagatagcatacattgcaactttgannnnnnnattgatagtatagcatgaaatgcgttataatgatatttgagcagatctaactcaattatattattttc 416  Q
    |||||||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19767446 tagatagcttacattgcaactttggtttttttattgatagtatagcatgaaatactttataatgatatttgagcagatctaactcaattatattattttc 19767545  T
Q  417 tgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacct 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19767546 tgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaacaaaaaatgtacgacacatttggatcttaaagcaacct 19767617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 483 - 845
Target Start/End: Original strand, 19767949 - 19768310
Alignment:
Q  483 caacctataactcaaaaagttatttagcatgatattttatgttgagaatgtgtcttgacagatggtgttatctatctcattttcaaattgctatatagtg 582  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19767949 caacctataactcaaaaact-atttagcatgatattttatgttcagaatgtgtcttggtagatggtgttatgtatctcattttcaaattgctatatagtg 19768047  T
Q  583 ttggtagttgatgtgtttttagatcgtatttgaattaagaagacttaagtttatatgtccaagaattaagtttatatgttcggacatgaggaagcttttt 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19768048 ttggtagttgatgtgtttttagatcgtatttgaattaagaacacttaagcttatatgtccaagacttaagcttatatgttcggacatgagggagcttttt 19768147  T
Q  683 cttcgtggttgtcagtgtctgttatgctgcattatgtgttttgttcatgtaagnnnnnnncctccgctgctacttcaaattcaggtctgccttcgatgtt 782  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19768148 cttcgtggctgtcagtgtgtgttatactgcattatgtgttttgtttatgtaagtttttttcctctgctgctacttcaaattcaggtctgccttcaatgtt 19768247  T
Q  783 tctgtttagccattttgtgcgataggctttgttcattcaattttactctttgcctaatctgtg 845  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19768248 tctgtttagccattttgtgcgataggctttgttcattcaattttactctttgcctaatctgtg 19768310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 397 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 45456604 - 45456360
Alignment:
Q  397 aactcaattatattattttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtac-gacacatttggaacttaaagcaacctataactc 495  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  45456604 aactcaattatatcattttctgaaaggattcttcataaaatctttaggcatgaaccaaaaatgtattgacacatttggatcttaaagcaacctataaccc 45456505  T
Q  496 aaaaagttatttagcatgatattttatgttgagaatgtgtcttgacagatggtgttatctatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttgatg 595  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45456504 aaaaggttatttagcatgatattttatgttgagaatgtatctttgcagatggtgttatgtatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttaatg 45456405  T
Q  596 tgtttttagatcgtatttgaattaagaagacttaagtttatatgt 640  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45456404 tgtttttagatcgtatttgaattaagaatacttaagtttatatgt 45456360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 669 - 841
Target Start/End: Original strand, 29199652 - 29199821
Alignment:
Q  669 tgaggaagctttttcttcgtggttgtcagtgtctgttatgctgcattatgtgttttgttcatgtaagnnnnnnncctccgctgctacttcaaattcaggt 768  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||   ||||||||||||||||||     
T  29199652 tgagggagctttttcttcgtggctgtcggtgtgtgttatgctgcattatgtgttttgtttatgtaagtttttttcctc---tgctacttcaaattcaggc 29199748  T
Q  769 ctgccttcgatgtttctgtttagccattttgtgcgataggctttgttcattcaattttactctttgcctaatc 841  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  29199749 ctgctttcgatgtttctgtttagccattttgtaggatatgctttgttcatttaattttactctttgcgtaatc 29199821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 693 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 12572455 - 12572307
Alignment:
Q  693 gtcagtgtctgttatgctgcattatgtgttttgttcatgtaagnnnnnnncctccgctgctacttcaaattcaggtctgccttcgatgtttctgtttagc 792  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  12572455 gtcagtgtgtgttacgcggcattgtgtgttttgtttatgtaagttttttgcctgcgctgctacttcaaattcaggtctgccttcaatttttctttttagc 12572356  T
Q  793 cattttgtgcgataggctttgttcattcaattttactctttgcctaatc 841  Q
    ||||||||   |||  ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  12572355 cattttgtatcatatactttgttgattcaattttaatctttgcccaatc 12572307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 693 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 13548919 - 13548771
Alignment:
Q  693 gtcagtgtctgttatgctgcattatgtgttttgttcatgtaagnnnnnnncctccgctgctacttcaaattcaggtctgccttcgatgtttctgtttagc 792  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  13548919 gtcagtgtgtgttacgcggcattgtgtgttttgtttatgtaagttttttgcctgcgctgctacttcaaattcaggtctgccttcaatttttctttttagc 13548820  T
Q  793 cattttgtgcgataggctttgttcattcaattttactctttgcctaatc 841  Q
    ||||||||   |||  ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  13548819 cattttgtatcatatactttgttgattcaattttaatctttgcccaatc 13548771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 184; Significance: 4e-99; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 397 - 640
Target Start/End: Original strand, 6921503 - 6921749
Alignment:
Q  397 aactcaattatattattttctgaaa--ggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataact 494  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  6921503 aactcaattatatcattttctgaaaaaggattcttcataaaatctttaggcatgaaccaaaaatgtatgacacatttggatcttaaagcaacctataacc 6921602  T
Q  495 caaaaagtt-atttagcatgatattttatgttgagaatgtgtcttgacagatggtgttatctatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttga 593  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6921603 caaaaggtttatttagcatgatattttatgttgagaatgtgtctttgcagatggtgttatgtatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttaa 6921702  T
Q  594 tgtgtttttagatcgtatttgaattaagaagacttaagtttatatgt 640  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6921703 tgtgtttttagatcgtatttgaattaagaatacttaagtttatatgt 6921749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 397 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 38238375 - 38238129
Alignment:
Q  397 aactcaattatattattttctgaaa--ggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataact 494  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  38238375 aactcaattatatcattttctgaaaaaggattcttcataaaatctttaggcatgaaccaaaaatgtatgacacatttggatcttaaagcaacctataacc 38238276  T
Q  495 caaaaagtt-atttagcatgatattttatgttgagaatgtgtcttgacagatggtgttatctatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttga 593  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38238275 caaaaggtttatttagcatgatattttatgttgagaatgtgtctttgcagatggtgttatgtatctcattttcaaattgctatatagtgttggtagttaa 38238176  T
Q  594 tgtgtttttagatcgtatttgaattaagaagacttaagtttatatgt 640  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38238175 tgtgtttttagatcgtatttgaattaagaatacttaagtttatatgt 38238129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 747 - 826
Target Start/End: Complemental strand, 51389734 - 51389655
Alignment:
Q  747 cgctgctacttcaaattcaggtctgccttcgatgtttctgtttagccattttgtgcgataggctttgttcattcaatttt 826  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  51389734 cgctgctacttcaatttcaagtctgcctttggtgtttctgtttagccgttttgtgcgatagactttgttcgttcaatttt 51389655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 373 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 7827880 - 7827613
Alignment:
Q  373 ttataatgatatttgagcagatctaactcaattatattattttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttg 472  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| | |||||||||||||  |||||||||    
T  7827880 ttataatgatattcgaacagacctaactcagttatattattttctgaaaggattctttatatcaactttaggccttaaccaaaaatgtattacacatttg 7827781  T
Q  473 gaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagcatgatattttatgttgagaatgtgtcttgacagatggtgttatctatctcattttcaaattg 572  Q
     | ||||| |||||   ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  7827780 aatcttaatgcaacaagtaactcaaaaagttatttagcattatcttttatgctgagaatgtgtcttggcagatgttgttatgtatctcattttcaaattg 7827681  T
Q  573 ctatatagtgttggtagttgatgtgtttttagatcgtatttgaattaagaagacttaagtttatatgt 640  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7827680 ctatatagtgttggtagttgatatgtttttagattgtatttgaattaagaagacttaagtttatatgt 7827613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 7827985 - 7827905
Alignment:
Q  19 ggtatgacgatgcctttgtactacaatgtgtttttcttctt-tgtttgatttttgttccaatgttgaaaataaacaaattt 98  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7827985 ggtatgacaatgtctttgtactataatgtgtttttcttcttctgtttgatttatgttccaatgttgaaaataaacaaattt 7827905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 14)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 335
Target Start/End: Original strand, 1819 - 1906
Alignment:
Q  250 aaagagtttctttcaaatttttacatgtataac--tgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagccttagatagcatacattgcaa 335  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  1819 aaagagtttctttccaatttttacatgcataaccgtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaa 1906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 335
Target Start/End: Original strand, 6034 - 6121
Alignment:
Q  250 aaagagtttctttcaaatttttacatgtataac--tgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagccttagatagcatacattgcaa 335  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  6034 aaagagtttctttccaatttttacatgcataaccgtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaa 6121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 335
Target Start/End: Original strand, 10249 - 10336
Alignment:
Q  250 aaagagtttctttcaaatttttacatgtataac--tgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagccttagatagcatacattgcaa 335  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  10249 aaagagtttctttccaatttttacatgcataaccgtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaa 10336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 335
Target Start/End: Original strand, 14464 - 14551
Alignment:
Q  250 aaagagtttctttcaaatttttacatgtataac--tgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagccttagatagcatacattgcaa 335  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  14464 aaagagtttctttccaatttttacatgcataaccgtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaa 14551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 335
Target Start/End: Original strand, 18679 - 18766
Alignment:
Q  250 aaagagtttctttcaaatttttacatgtataac--tgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagccttagatagcatacattgcaa 335  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  18679 aaagagtttctttccaatttttacatgcataaccgtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaa 18766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 335
Target Start/End: Original strand, 22894 - 22981
Alignment:
Q  250 aaagagtttctttcaaatttttacatgtataac--tgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagccttagatagcatacattgcaa 335  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  22894 aaagagtttctttccaatttttacatgcataaccgtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaa 22981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 335
Target Start/End: Original strand, 27109 - 27196
Alignment:
Q  250 aaagagtttctttcaaatttttacatgtataac--tgtgtgttgaatcatttagaacatggaatagccttagatagcatacattgcaa 335  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| | |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  27109 aaagagtttctttccaatttttacatgcataaccgtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaa 27196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 512
Target Start/End: Original strand, 1979 - 2079
Alignment:
Q  412 ttttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagca 511  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||| | |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  1979 ttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagca 2078  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  2079 t 2079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 512
Target Start/End: Original strand, 6194 - 6294
Alignment:
Q  412 ttttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagca 511  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||| | |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  6194 ttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagca 6293  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  6294 t 6294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 512
Target Start/End: Original strand, 10409 - 10509
Alignment:
Q  412 ttttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagca 511  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||| | |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  10409 ttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagca 10508  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  10509 t 10509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 512
Target Start/End: Original strand, 14624 - 14724
Alignment:
Q  412 ttttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagca 511  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||| | |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  14624 ttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagca 14723  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  14724 t 14724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 512
Target Start/End: Original strand, 18839 - 18939
Alignment:
Q  412 ttttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagca 511  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||| | |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  18839 ttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagca 18938  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  18939 t 18939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 512
Target Start/End: Original strand, 23054 - 23154
Alignment:
Q  412 ttttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagca 511  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||| | |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  23054 ttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagca 23153  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  23154 t 23154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 512
Target Start/End: Original strand, 27269 - 27369
Alignment:
Q  412 ttttctgaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggaacttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagca 511  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | || ||  |||||| | |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  27269 ttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagca 27368  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  27369 t 27369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 748 - 841
Target Start/End: Original strand, 770338 - 770428
Alignment:
Q  748 gctgctacttcaaattcaggtctgccttcgatgtttctgtttagccattttgtgcgataggctttgttcattcaattttactctttgcctaatc 841  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||| | ||||||||||||||| ||   | |||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  770338 gctgctacttcaatttcaattctgcctttggtgtttctgtttagccgtt---tacgatagactttgtctattcaattttactatttgcctaatc 770428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 752 - 833
Target Start/End: Original strand, 32662957 - 32663038
Alignment:
Q  752 ctacttcaaattcaggtctgccttcgatgtttctgtttagccattttgtgcgataggctttgttcattcaattttactcttt 833  Q
    ||||||||  |||| || |||||| | ||||  ||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||    
T  32662957 ctacttcagtttcaagtttgcctttggtgttaatgtttagccgttttgtacgatagagtttgttcattcagttttactcttt 32663038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University