View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5035-Insertion-4 (Length: 543)
Name: NF5035-Insertion-4
Description: NF5035
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5035-Insertion-4 |
 | |
|
| [»] chr7 (5 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 45275329 - 45274792
Alignment:
| Q |
6 |
catgaaactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatatcagctgccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcct |
105 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
45275329 |
catgaaactcttagctctgtgcatggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatagcagccgccgtgaaggcagccactgacaatgtcatgaacgcct |
45275230 |
T |
|
| Q |
106 |
ttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacag |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
45275229 |
ttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacag |
45275130 |
T |
|
| Q |
206 |
tcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctac |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
45275129 |
tcttgacctctcaaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagtcatatcctac |
45275030 |
T |
|
| Q |
306 |
agacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtca |
405 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
45275029 |
agacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaagatca |
45274930 |
T |
|
| Q |
406 |
ccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattc |
505 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274929 |
ccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattc |
45274830 |
T |
|
| Q |
506 |
tgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatgga |
543 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45274829 |
tgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
45274792 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 45271796 - 45271259
Alignment:
| Q |
6 |
catgaaactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatatcagctgccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcct |
105 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271796 |
catgacactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatagcagcagccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcct |
45271697 |
T |
|
| Q |
106 |
ttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacag |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
45271696 |
ttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaagaaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaagacttgatgcaattcgctttggacag |
45271597 |
T |
|
| Q |
206 |
tcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctac |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |
|
|
| T |
45271596 |
tcttgacctctccaacaactgtgttcgtgacaacaacattgaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttac |
45271497 |
T |
|
| Q |
306 |
agacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtca |
405 |
Q |
| |
|
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271496 |
aaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtca |
45271397 |
T |
|
| Q |
406 |
ccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattc |
505 |
Q |
| |
|
| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271396 |
cagccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattc |
45271297 |
T |
|
| Q |
506 |
tgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatgga |
543 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45271296 |
tgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
45271259 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 45283570 - 45283033
Alignment:
| Q |
6 |
catgaaactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatatcagctgccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcct |
105 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283570 |
catgaaactcttagctctgtgcatggcgccgatgccgctgacccgaaggcatacatagcagcctccgtgaaggcagccaccgacaatgtcattaaggcct |
45283471 |
T |
|
| Q |
106 |
ttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacag |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
45283470 |
ttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacag |
45283371 |
T |
|
| Q |
206 |
tcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctac |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |
|
|
| T |
45283370 |
tcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaatcgctgatatgaggaattggttgagtgcggttatctcttac |
45283271 |
T |
|
| Q |
306 |
agacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtca |
405 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
45283270 |
agacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtta |
45283171 |
T |
|
| Q |
406 |
ccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattc |
505 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283170 |
ccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattc |
45283071 |
T |
|
| Q |
506 |
tgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatgga |
543 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45283070 |
tgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
45283033 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 45294958 - 45294421
Alignment:
| Q |
6 |
catgaaactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatatcagctgccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcct |
105 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294958 |
catgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgccgctgaccctaaggcatacatagcagccgctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcct |
45294859 |
T |
|
| Q |
106 |
ttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacag |
205 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
45294858 |
ttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggtaccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacag |
45294759 |
T |
|
| Q |
206 |
tcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctac |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |
|
|
| T |
45294758 |
tcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacagcaacattcaagctgttcatgaccaaaccgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttac |
45294659 |
T |
|
| Q |
306 |
agacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtca |
405 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
45294658 |
agacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtta |
45294559 |
T |
|
| Q |
406 |
ccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattc |
505 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294558 |
ccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattc |
45294459 |
T |
|
| Q |
506 |
tgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatgga |
543 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45294458 |
tgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatgga |
45294421 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 45303918 - 45303381
Alignment:
| Q |
6 |
catgaaactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatatcagctgccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcct |
105 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303918 |
catgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgccgctgaccctaaggcatacatagcagccgctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcct |
45303819 |
T |
|
| Q |
106 |
ttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacag |
205 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
45303818 |
ttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggtaccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacag |
45303719 |
T |
|
| Q |
206 |
tcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctac |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |
|
|
| T |
45303718 |
tcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacagcaacattcaagctgttcatgaccaaaccgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttac |
45303619 |
T |
|
| Q |
306 |
agacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtca |
405 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
45303618 |
agacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtta |
45303519 |
T |
|
| Q |
406 |
ccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattc |
505 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303518 |
ccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattc |
45303419 |
T |
|
| Q |
506 |
tgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatgga |
543 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45303418 |
tgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatgga |
45303381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 237 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 38588718 - 38588624
Alignment:
| Q |
237 |
aacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttga |
331 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| | || ||||| |||||||| |
|
|
| T |
38588718 |
aacaacattcaagccattcatgatcaaacacctgattttaggaattggttgagtgctgttatctcataccaacaatcatgcatggacggatttga |
38588624 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University