View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5038-Insertion-4 (Length: 972)

Name: NF5038-Insertion-4
Description: NF5038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5038-Insertion-4
NF5038-Insertion-4
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-904)||(42631358-42632253)
chr3 (8-866)||(42638502-42639357)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 853; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 853; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 904
Target Start/End: Original strand, 42631358 - 42632253
Alignment:
Q  8 ttgtgctccccaataaaacacattgttcaaccctcttgttctcaaactaaactgtgtcttattaacatgattaaattgatatgtgtnnnnnnnnttacta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  42631358 ttgtgctccccaataaaacacattgttcaaccctcttgttctcaaactaaactgtgtcttattaacatgattaaattgatatgtgtaaaaaaaattacta 42631457  T
Q  108 gaccaagcagcaggaatcatgagaagcatcttccaattatagaacaatttaagaatctccacacactcagttgcaacatttgagtacaacatatttgtac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42631458 gaccaagcagcaggaatcatgagaagcatcttccaattatagaacaatttaagaatctccacacactcagttgcaacatttgagtacaacatatttgtac 42631557  T
Q  208 actttgttccatcatcacgaacaactttactagctggtaaaatagttagagacaaaacagtccctagtgacataaaagccataaaaccaatataagttcc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42631558 actttgttccatcatcacgaacaactttactagctggtaaaatagttagagacaaaacagtccctagtgacataaaagccataaaaccaatataagttcc 42631657  T
Q  308 atcattaaccgtagcagcttgatcaccacgattgtaattaagaataaaaggaatcaacccaccaataacaccacccatgttgaaaatactccagaatatt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42631658 atcattaaccgtagcagcttgatcaccacgattgtaattaagaataaaaggaatcaacccaccaataacaccacccatgttgaaaatactccagaaaatt 42631757  T
Q  408 gaaatgtaagttcctttacggttcatgggtggataagatgtcataatagcaccttgtgcagcccataatagacctgctccgatgccgagaagggcaccgg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42631758 gaaatgtaagttcctttacggttcatgggtggataagatgtcataatagcaccttgtgcagcccataatagacctgctccgatgccgagaagggcaccgg 42631857  T
Q  508 caactatagcaaaagcttgatgttgtttatgattatagtaaaggaaagagccagcgtagagtacataagttgaacaacctgcgaaaagagttaagtgagg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42631858 caactatagcaaaagcttgatgttgtttatgattatagtaaaggaaagaaccagcgtagagtacataagttgaacaacctgcgaaaagagttaagtgagg 42631957  T
Q  608 tccgaggatgttgtagatgccaccacctagtataccaaacactgcaaaggttgtgtaaagtgcggttaaggcgttgttagaagctgttgcattgacttga 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42631958 tccgaggatgttgtagatgccaccacctaggataccaaacactgcaaaggttgtgtaaagtgcggttaaggcgttgttagaagctgttgcattgacttga 42632057  T
Q  708 ccaccaccacccattcctgaaagagcgttgaacatgcctggacaacaaaaacaaactaagccaataaggattatttgtgaaagaggtgaattgtatctga 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42632058 ccaccaccacccattcctgaaagagcgttgaacatgcctggacaacaaaaacaaactaagccaataaggattatttgtgaaagaggtgaattgtatctga 42632157  T
Q  808 aaaggtgtgatgaagtttttgttgtttctggtgtttgagttcctgattctacattttcagctgaacccattttggaaagttgagaaagagagagtga 904  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42632158 aaaggtgtgatgaagtttttgttgtttctggtgtttgagttcctgattctacattttcagctgaacccattttggaaagttgag-aagagagagtga 42632253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 866
Target Start/End: Original strand, 42638502 - 42639357
Alignment:
Q  8 ttgtgctccccaataaaacacattgttcaaccctcttgttctcaaactaaactgtgtcttattaacatgattaaattgatatgtgtnnnnnnnnttacta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  42638502 ttgtgctccccaataaaacacattgttcaaccctcttgttctcaaactaaactgtgtcttattaacatgattaaattgatatgtgtaaaaaaaattacta 42638601  T
Q  108 gaccaagcagcaggaatcatgagaagcatcttccaattatagaacaatttaagaatctccacacactcagttgcaacatttgagtacaacatatttgtac 207  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42638602 gaccaagcagcaggaattataagaagcatcctccaattgtagaacagtttgagaatctccacacactcggttgcaacatttgagtacaacatatttgtac 42638701  T
Q  208 actttgttccatcatcacgaacaactttactagctggtaaaatagttagagacaaaacagtccctagtgacataaaagccataaaaccaatataagttcc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42638702 actttgttccatcatcacgaacaactttactggctggtaaaattgtcagagacaaaacagtccctagtgacataaaagccataaaaccaatataagtgcc 42638801  T
Q  308 atcattaaccgtagcagcttgatcaccacgattgtaattaagaataaaaggaatcaacccaccaataacaccacccatgttgaaaatactccagaatatt 407  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  42638802 atcgttaaccgtagcagcttgatcaccacgattgtaattaagaataaaaggaattaaaccaccaataaccccacccatattgaaaatactccagaaaatt 42638901  T
Q  408 gaaatgtaagttcctttacggttcatgggtggataagatgtcataatagcaccttgtgcagcccataatagacctgctccgatgccgagaagggcaccgg 507  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||  || ||||    
T  42638902 gaaatgtaagttcctttacgattcatgggtggataagatgtcataatagcaccttgggcagaccataatagtccagctccgatgccgagaacagcgccgg 42639001  T
Q  508 caactatagcaaaagcttgatgttgtttatgattatagtaaaggaaagagccagcgtagagtacataagttgaacaacctgcgaaaagagttaagtgagg 607  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || | ||| || ||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42639002 aaactacagcaaaagcttgatgttgtttatgattgtagtagaggaatgaaccggtgtaaaggacataggaggaacaacctgcgaaaagagttaagtgggg 42639101  T
Q  608 tccgaggatgttgtagatgccaccacctagtataccaaacactgcaaaggttgtgtaaagtgcggttaaggcgttgttagaagctgttgcattgacttga 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || || || | ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42639102 tccgaggatgttgtagatgccaccacctaggattccgaaaattgtgaagcttgtgtaaagtgcggttaaggcgttgttagaagctgttgcattgacttga 42639201  T
Q  708 ccaccaccacccattcctgaaagagcgttgaacatgcctggacaacaaaaacaaactaagccaataaggattatttgtgaaagaggtgaattgtatctga 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  42639202 ccaccaccacccattcctgaaagagcattgaacatgcctggacaacaaaaacaaaccaatccaataaggatgatttgtgaaagaggcgaattgtatcgga 42639301  T
Q  808 aaaggtgtgatgaagtttttgttgtttctggtgtttgagttcctgattctacattttca 866  Q
     ||   |||||||||||||||| ||||  |||| ||||||  |||||||| ||| ||||    
T  42639302 caa---gtgatgaagtttttgtggttttcggtggttgagtggctgattcttcatattca 42639357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University