View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5039-Insertion-2 (Length: 1186)

Name: NF5039-Insertion-2
Description: NF5039
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5039-Insertion-2
NF5039-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1058)||(34341469-34342537)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 891; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 891; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1058
Target Start/End: Complemental strand, 34342537 - 34341469
Alignment:
Q  8 aaaagctctttcaactctacaaaacaacctaggactcaaccttgatactactacaaacaacctatgtaacaaggaaggtgtgttctgtgagagaagactc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34342537 aaaagctctttcaactctacaaaacaacctaggactcaaccttgatactactacaaacaacctatgtaacaaggaaggtgtgttctgtgagagaagactc 34342438  T
Q  108 accaacaatgaaagctatgcactcagagtaacaaaacttgttttcaaatcaagaaaactcagtggcatactttcaccaaccattggaaaactcacagagc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34342437 accaacaatgaaagctatgcactcagagtaacaaaacttgttttcaaatcaagaaaactcagtggcatactttcaccaaccattggaaaactcacagagc 34342338  T
Q  208 tcaaagaaatctctctttcagacaacaaactcgttgaccaaataccaacctctatagttgactgcagaaagcttgagattctgaaccttgctaataatct 307  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34342337 tgaaagaaatctctctttcagacaacaaactcgttgaccaaataccaacctctatagttgactgcagaaagcttgagtttctgaaccttgctaataatct 34342238  T
Q  308 tttctctggtgaagttccttctgaattctcttctctcattcgtcttcgctttcttgatatctctggaaataaactgtctggaaacttgaatttccttagg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34342237 tttctctggtgaagttccttctgaattctcttctctcattcgtcttcgctttcttgatatctctggaaataaactttctggaaacttgaatttccttagg 34342138  T
Q  408 tattttcccaatctggaaactctttctgttgcagacaatcacttcacaggaagagttccagtttcggttcgttcttttcgcaatcttagacactttaact 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34342137 tattttcccaatctggaaactctttctgttgcagacaatcacttcacaggaagagttccagtttcggttcgttcttttcgcaatcttagacactttaact 34342038  T
Q  508 tctccggtaaccggttccttgaaggcgtgccgttgaatcagaagcttcttggatatgaagatactgataatactgctcccaaacgctatattcttgctga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34342037 tctccggtaaccggttccttgaaggcgtgccattgaatcagaagcttcttggatatgaagatactgataatactgctcccaaacgctatattcttgctga 34341938  T
Q  608 gactaataattcaagtcaaacaaggcctcataggagtcaatccccaggagctgctccagctcctgctccagctgctcctcaccacaaacataagaagagt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34341937 gactaataattcaagtcaaacaaggcctcataggagtcattccccaggagctgctccagctcctgctccagctgctcctctccacaaacataagaagagt 34341838  T
Q  708 aggaggaagctagctggatggattcttgggtttgttgctggagcatttgccgggatactttctggtttcgtgttttctttgctgtttaaattggctttga 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34341837 aggaggaagctagctggatggattcttgggtttgttgctggagcatttgctgggatactttctggttttgtgttttctttgctgtttaaattggctttga 34341738  T
Q  808 ttttgatcaaaggaaaaggaaagggtcctggacctgcaatttatagttctttgattaagaaagctgaggatttagctttcttggag-aagaagatggttt 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34341737 ttttgatcaaaggaaaaggaaagggttctggacctgcaatttatagttctttgattaagaaagctgaggatttagctttcttggagaaagaagatggttt 34341638  T
Q  907 agcttcgttgg-aaaaattggacaa-gtggatgtggtgagg-ttacaaagctg-attaccagg-agt-atgg-aaaatgatag-cattaagaagat--at 996  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||| | ||||||||||||   |    
T  34341637 agcttcgttggaaaaaattggacaaggtggatgtggtgaggtttacaaagctgaattaccaggaagtaatggaaaaatgattgccattaagaagattatt 34341538  T
Q  997 cagcca-cga--gatgcagctgagtt-gctgaag-agatagt-agc-tttgcataagaagatgcgacaa 1058  Q
    |||||| |||  |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  34341537 cagccaccgaaggatgcagctgagttggctgaagaagatagtaagcttttgcataagaagatgcgacaa 34341469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University