View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5041-Insertion-2 (Length: 1140)

Name: NF5041-Insertion-2
Description: NF5041
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5041-Insertion-2
NF5041-Insertion-2
[»] chr6 (47 HSPs)
chr6 (156-646)||(4579410-4579897)
chr6 (169-646)||(4613385-4613859)
chr6 (160-646)||(4557107-4557590)
chr6 (166-646)||(4570960-4571437)
chr6 (173-640)||(4585631-4586095)
chr6 (169-646)||(4598162-4598636)
chr6 (181-640)||(4461126-4461582)
chr6 (167-646)||(4574297-4574773)
chr6 (167-646)||(4592220-4592696)
chr6 (175-646)||(4563708-4564176)
chr6 (167-640)||(4560495-4560964)
chr6 (853-1086)||(4563525-4563764)
chr6 (181-646)||(4480696-4481158)
chr6 (181-646)||(4516324-4516786)
chr6 (188-646)||(4469813-4470268)
chr6 (178-646)||(3171741-3172206)
chr6 (181-640)||(4514794-4515250)
chr6 (181-646)||(4601792-4602254)
chr6 (178-646)||(4625951-4626416)
chr6 (179-646)||(4266833-4267297)
chr6 (197-646)||(4568072-4568521)
chr6 (197-646)||(4490022-4490468)
chr6 (179-646)||(4622143-4622607)
chr6 (181-646)||(4617025-4617487)
chr6 (178-646)||(4504064-4504529)
chr6 (181-646)||(4505860-4506322)
chr6 (300-634)||(4457716-4458047)
chr6 (245-646)||(4259821-4260219)
chr6 (279-553)||(4256371-4256643)
chr6 (458-646)||(4299488-4299673)
chr6 (181-569)||(4492958-4493343)
chr6 (926-1051)||(4592118-4592245)
chr6 (661-732)||(4572206-4572277)
chr6 (279-385)||(4299671-4299777)
chr6 (661-732)||(4586872-4586943)
chr6 (853-981)||(4613888-4614017)
chr6 (661-732)||(4558365-4558436)
chr6 (853-900)||(4592069-4592116)
chr6 (74-154)||(4579201-4579280)
chr6 (806-856)||(4563395-4563446)
chr6 (8-62)||(4579150-4579204)
chr6 (160-256)||(4606945-4607041)
chr6 (661-732)||(4612541-4612612)
chr6 (461-539)||(4391901-4391976)
chr6 (182-273)||(4392063-4392154)
chr6 (661-732)||(4581254-4581325)
chr6 (733-766)||(4591878-4591911)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (166-646)||(20863510-20863987)
chr8 (160-640)||(16685940-16686417)
chr8 (181-646)||(1674229-1674691)
chr8 (664-732)||(16685104-16685172)
chr8 (472-510)||(1969143-1969181)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (180-646)||(3386-3849)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (180-652)||(4347-4816)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (178-646)||(3086420-3086885)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (181-646)||(1281117-1281579)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (181-646)||(27999766-28000228)
chr5 (180-646)||(24103001-24103464)
[»] scaffold0475 (2 HSPs)
scaffold0475 (332-509)||(3485-3662)
scaffold0475 (561-640)||(3182-3261)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 47)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 156 - 646
Target Start/End: Original strand, 4579410 - 4579897
Alignment:
Q  156 gtacaaaagccacttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctc 255  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4579410 gtacaaaagtcacttaagttcgattttgtttgagtaacacctccttaatcactttctccaagttcatgtatgaacagcctccaggtctcgtgtcctcctc 4579509  T
Q  256 caccttcttcttcaactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcaca 355  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4579510 caccttcttcttcaactcaattgccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccagcttctccacctcctctctcttcaca 4579609  T
Q  356 ttagtatcgatttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctgg 455  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||  |    
T  4579610 ttagtgtcgatttcaattccaattttccatgtattgcataaatatctgcagcttactgggtgatcagcgaaaaatggccaacacaacattggaactccag 4579709  T
Q  456 cacatatgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgt 555  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||    
T  4579710 cagatatgctttcagtgattgagttccatccgcaatgagtcaagaatccacca---attgaagggtggttcagtacttgctcttgcggacaccagctcgt 4579806  T
Q  556 tattaggcctctatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  4579807 tattaggcctctatctgaaatttcattcacaaactccgatgacaaaacagctgagccgccgatgacaagatcgggcctaatgatccacaaa 4579897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 169 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 4613859 - 4613385
Alignment:
Q  169 ttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttc 268  Q
    ||||||||||| |||||| |||| ||| || || |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  4613859 ttaagtttgattttgtttcagcagcacctcattgatcactttgtccaagttcatatatgaacaacctcctggtctcgtgtcctcctctgccttcttcttc 4613760  T
Q  269 aactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgattt 368  Q
    ||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||    
T  4613759 aactcaattgccttttgcctcattttctttcctttctctcccaccatcaattcattgaccagcttctctacctcatctctcttcacattggtgtcaattt 4613660  T
Q  369 caattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttc 468  Q
    | || ||||||||||||   |||||||||||||||||| || |||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  4613659 ccatcccaatttcccattcattgcatatatatctgcagtttgctggctgatccgcgaaaaatggccaacacaacattggcactccagcacatatgctttc 4613560  T
Q  469 agtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctcta 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| | ||||  ||||||||||||    
T  4613559 agtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccgcca---attgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagctcgcgattaggcctcta 4613463  T
Q  569 tgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4613462 tctgaaatttcattcacaaactctgatgacaaaacaactgagccgccaatgacaagatcaggcctaatgatccacaaa 4613385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 160 - 646
Target Start/End: Original strand, 4557107 - 4557590
Alignment:
Q  160 aaaagccacttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccacc 259  Q
    ||||| |||||| ||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||    
T  4557107 aaaagtcacttaggtttgattttgtttaagcaaaacctccttaatcactttttccaaattcatgtatgaacaaccaccaggtctcgtgtcctcctccgcc 4557206  T
Q  260 ttcttcttcaactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattag 359  Q
    ||| |||||| ||||| |  ||||| || |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  4557207 ttcgtcttcatctcaattatctttttccacatcttctttcctttctccccctccatcaattcattgaccaaattctctacctcatctctcttcacattgg 4557306  T
Q  360 tatcgatttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcaca 459  Q
    | || ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||  ||| |    
T  4557307 tgtcaatttccatgccaatctcccatgtattgcaaatatatctgcagtttgctggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggaactccagcaga 4557406  T
Q  460 tatgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttatt 559  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| | ||||||||||||| | ||| | | ||  |||    
T  4557407 tatgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccacca---attgaaggatggtttaatacttgctcttgcgggcaccagcccgcgatt 4557503  T
Q  560 aggcctctatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  4557504 aggcctctatctgaaatttcattgacaaactccgatgacaaaacaactgagccaccgatgacaagatcgggcctaatgatccacaaa 4557590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 166 - 646
Target Start/End: Original strand, 4570960 - 4571437
Alignment:
Q  166 cacttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttc 265  Q
    |||||| || |||| || ||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4570960 cacttaggtgtgattttatttaagcaaaacctccttaatcactttttccaagttcatgtatgaacaaccaccaggtctcgtgtcctcctccgccttcttc 4571059  T
Q  266 ttcaactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcga 365  Q
    |||| ||| | |   |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  4571060 ttcatctccattatatttttcctcatcttctttcctttatctcccaccatcaattcattgaccaaattctccacctcatttctcttcacattagtatcga 4571159  T
Q  366 tttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgct 465  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||| || |||| || ||||| ||||||||| |||||||||| || ||||  | | |||||||    
T  4571160 tttcgattccaatctcccatgtattgcagatatatctacagtttgctggctgatcagcaaaaaatggctaacacaacattggaactccagtagatatgct 4571259  T
Q  466 ttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcct 565  Q
    ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   |||||||| ||||||| ||||| |||||||   ||| |||  |  |||||||||    
T  4571260 ttcggtcgttgagttccatccacagtgagtcaagaaaccacca---attgaaggatggttcaatactttctcttgcgagcaccaaccagcaattaggcct 4571356  T
Q  566 ctatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  4571357 ctatctgaaatttcattcacaaactccgatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcgggcctaatgatccacaaa 4571437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 173 - 640
Target Start/End: Original strand, 4585631 - 4586095
Alignment:
Q  173 gtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaact 272  Q
    ||||||| || ||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4585631 gtttgattttatttaagcaaaacctccttaatcactttttccaagtttatgtatgaacaacctccaggtctcgtgtcctcctccgccttcttcttcaact 4585730  T
Q  273 caacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaat 372  Q
    | | | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||| ||    
T  4585731 cgattgccttttgcctcatcttctttccattctctcccaccatcaattcattgaccaacttctccacctcctctctcttcacattggtgtcaacttccat 4585830  T
Q  373 tccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtg 472  Q
     ||||| ||||||   ||||| |||  ||| ||| ||  ||| || ||||| |  ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||    
T  4585831 cccaatctcccattcattgcaaataattctacagtttgttggctgatcagcaatgaatggccaacacaacattggcactccagcacatatgctttcagtg 4585930  T
Q  473 gttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtg 572  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||| ||  ||||||||||||| ||    
T  4585931 gttgagttccatccacagtgagtcaagaatccacca---attgaagggtggttcaatacttgctcttgcgggcaccaacccgcgattaggcctctatctg 4586027  T
Q  573 aaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatc 640  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||| |  || |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  4586028 aaatttcattcttaaactcagatgacaaaaccaaggaaccaccaatgacaagatcaggtctaatgatc 4586095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 169 - 646
Target Start/End: Original strand, 4598162 - 4598636
Alignment:
Q  169 ttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttc 268  Q
    |||||||||||  ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  4598162 ttaagtttgattctgtttaagaaacacctccttaatcactttctctaagttcatgtatgaacaacctccaagtctcgtttcctcctccgccttcatcttc 4598261  T
Q  269 aactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgattt 368  Q
    || |||| |  |||||||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  4598262 aaatcaattgtcttttgcctcattttctttcctttatctcccgacatcaattcgttgaccagcttctccacctcctctctcttcacattagtttcaattt 4598361  T
Q  369 caattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttc 468  Q
      |||||||| ||||||   ||||| |||||||||||| |  || | || || |||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  4598362 tgattccaatctcccattcattgcaaatatatctgcagttggcttgctgatccgcgaaaaagggacaacacaacattggcactccggcacatatactttc 4598461  T
Q  469 agtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctcta 568  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| | || |  | || |||||||    
T  4598462 agtggttgagttccatccgcaatgagttaagaatccacca---attgaaggatggtttaatacttgctcttgcagacaccagcttgcaactaagcctcta 4598558  T
Q  569 tgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4598559 tctgaaatttcattcacaaactccgatgacaaaacaaccgagccaccaatgacaagatcaggcctaatgatccacaaa 4598636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 181 - 640
Target Start/End: Original strand, 4461126 - 4461582
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||| |||| |||   ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || |   ||    
T  4461126 ttgtttaagcaagacatccttaatgactttgtccaagttcttgtatgaaacacctccaggtctggtatcctcctccaccttcttcttgaattccatgacc 4461225  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||   |||||||||||| |||||| |    
T  4461226 ttttgcctcatcttctttccaatctctccaaccatcaattcgttgaccaacttctccacctcatccctcttcacatctttatcgatttcaagtccaatct 4461325  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
    ||||| | ||||| ||| |||| ||| || |||| || ||| | || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||    
T  4461326 cccatttgttgcaaataaatctacagtttgctggctgatcaccaaagaatggccaacacaacatcggcactccagcacatatgctttcagtggttgaatt 4461425  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  4461426 ccatccacaatgagtcaagaatccacca---attgaagggtggttcagtacttgctcttgcggacaccagcttgctattaggcctctatctgaaatttca 4461522  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatc 640  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  4461523 ttcacaaactcagatgacaaaataaacgagccgccaatgacaagatcaggcctaatgatc 4461582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 167 - 646
Target Start/End: Original strand, 4574297 - 4574773
Alignment:
Q  167 acttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttct 266  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4574297 acttaagcttgattttgtttaagcaacacctccttaatcactttctccaagtttgtgtatgaacaacctccaggtctcgtgtccacctccaccttcttct 4574396  T
Q  267 tcaactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgat 366  Q
    ||| |||||   | |||||||||||||||||| |||| |||||   |||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  4574397 tcagctcaatggctttttgcctcatcttctttcctttatctccggacatcaattcattgaccagtttctccacctcctccctctttacattagtatcgat 4574496  T
Q  367 ttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctt 466  Q
    |||  ||||||| ||||||   ||||| |||||||||||| || |||| || || |  |||||||||||||| ||||| || ||||  ||||||||||||    
T  4574497 ttcctttccaatctcccattcattgcaaatatatctgcagtttgctggctgatccgaaaaaaatggccaacataacattggaactccagcacatatgctt 4574596  T
Q  467 tcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctc 566  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   || |||| ||||||||| ||||| ||||||  ||||| |||| | |||||| ||||    
T  4574597 tcagtggttgagttccatccgcaatgagtcaagaatccacc---gactgaaaggtggttcaatactttctcttgtggacaccaacttgctattagtcctc 4574693  T
Q  567 tatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||| ||||||||| |||| ||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4574694 tatctgaaatttctttcaaaaaatcagatgagaaaaccaccgagccaccaatgacaagatcaggcctaatgatccacaaa 4574773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 167 - 646
Target Start/End: Original strand, 4592220 - 4592696
Alignment:
Q  167 acttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttct 266  Q
    |||||| |||||| || ||| |||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  4592220 acttaaatttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgttctcctctgccttcttct 4592319  T
Q  267 tcaactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgat 366  Q
    ||||||| | | |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  4592320 tcaactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgataagtttctccacctcctctctctttacattcgtatcaat 4592419  T
Q  367 ttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctt 466  Q
    ||| || ||||| ||||||   ||| | |||  ||| ||| ||  ||| || |||   || ||||||||||||||||| || | ||  |||||||| |||    
T  4592420 ttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaattccagcacatatactt 4592519  T
Q  467 tcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctc 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| | ||||||||||||  ||||| | ||||  |||| |||||    
T  4592520 tcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaat---tgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagctcgcgattacgcctc 4592616  T
Q  567 tatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4592617 tatctgaaatttcattcacaaactccgatgacaaaacaattgtgccaccaatgacaagatcaggcctaatgatccacaaa 4592696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 175 - 646
Target Start/End: Original strand, 4563708 - 4564176
Alignment:
Q  175 ttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactca 274  Q
    ||||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  4563708 ttgattttgtttaagcaaaacctccttgatcactttgtccaagttcatgtatgaacaacctccagctctcgtgttttcctccactttcttcttcaactca 4563807  T
Q  275 acttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattc 374  Q
    | | ||||||||| |||||||||| ||||||||||   |||||||||||| || |  ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || |    
T  4563808 attgccttttgccgcatcttctttcctttctctcctgacatcaattcattgacaagtttctccacctcttctctctttacattcgtatcgatttccatcc 4563907  T
Q  375 caatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggt 474  Q
    |||| ||||||   ||| | |||  ||| ||| ||  ||| || ||| | || ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||    
T  4563908 caatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcaccaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatgctttcagtggt 4564007  T
Q  475 tgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaa 574  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||| ||||| ||| ||  ||||| |||| |  |||| |||||||| ||||    
T  4564008 tgagttccatccgcaatgagtcaagaatccgccaat---tgaagggtggttcaatactttctcctgtggacaccaacttgcaattaagcctctatctgaa 4564104  T
Q  575 atttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  4564105 atttcattcacaaactcagatgacaaaacgactgagccaccaatgacaaggtcaggcctaatgatccacaaa 4564176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 184; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 167 - 640
Target Start/End: Original strand, 4560495 - 4560964
Alignment:
Q  167 acttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttct 266  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||| ||||    
T  4560495 acttatgtttgattttgtttaagcaacacctccttaatcactttctccaagttcatgtatgaacaacctccaggtctcgtgtacacctccgcctttttct 4560594  T
Q  267 tcaactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgat 366  Q
    ||| ||| |   |||||||||||||||||||| |||| ||||    |||||||||||| ||||  |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  4560595 tcagctccatggccttttgcctcatcttctttcctttatctcaggacatcaattcattgaccagtttctccacgtcctccctctttacatttgtatcaat 4560694  T
Q  367 ttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctt 466  Q
    |||  ||||||| | ||||   ||||| |||||||| ||| || |||| || || || |||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||    
T  4560695 ttcgtttccaatcttccattcattgcaaatatatcttcagtttgctggctgatctgcaaaaaatggccaacacaacattggaactccagcacatatgctt 4560794  T
Q  467 tcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctc 566  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   || ||| |||||||||| ||||| ||||||  ||||| |||| | |||||| ||||    
T  4560795 tcagtggttgagttccatccgcaatgagtcaagaatccacc---gactgatgggtggttcaatactttctcttgtggacaccaacttgctattagtcctc 4560891  T
Q  567 tatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatc 640  Q
    ||| ||||||||| |||| ||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4560892 tatctgaaatttctttca-aaaatcagatgagaaaaccaccgagccaccaatgacaagatcaggcctaatgatc 4560964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 853 - 1086
Target Start/End: Original strand, 4563525 - 4563764
Alignment:
Q  853 taatatacatgccatataattatccaatatgcatatattcaaaacatttaaaattagcaagaatcactatttaagttcaggaactcttgctgaagatgac 952  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4563525 taatatacatgccatataattatccaatatgcatatattcaaaacacttaaaattagcaagaatcactatttaagttcaggaactcttgctgaagatgac 4563624  T
Q  953 ttcacttacatcagaacttaaattcaataggggaagatcaatgacttatcgttgaactgaattgcataaaaaagttacttaa--tgattttgtttaagc- 1049  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||     
T  4563625 ttcacttacatcagaacttaaattcaataggggaagatcaattaattatcgttgaactgaattgcataaaaaagttacttaaattgattttgtttaagca 4563724  T
Q  1050 aaacctcc-tgatcac-ttgtcc-aggtcatgtatgaaca 1086  Q
    |||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||    
T  4563725 aaacctccttgatcactttgtccaagttcatgtatgaaca 4563764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 172; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 181 - 646
Target Start/End: Original strand, 4480696 - 4481158
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||  || ||||||||||||| |   ||    
T  4480696 ttgtttaagcaagacctccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccaccaggtcttgtgtcctcctctgccatcttcttcaactccatggcc 4480795  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |  ||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |    
T  4480796 ttttgcttcatcttctttcctttctctcccaccaacaattcattgattaacctctccacatcttctctcttcacattggtatcgatttcgagtccaatct 4480895  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
    |||||   ||||| |||  ||| | | |   ||| || || || || ||||||||||||||||| |||||||  |||||||  |||||||||||||||||    
T  4480896 cccattcattgcaaataattctacggttaggtggctgatcggcaaagaatggccaacacaacattggcactccagcacatacactttcagtggttgagtt 4480995  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||  |||| ||||||  ||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||     
T  4480996 ccatccgcaatgagtcaagaatccgcc---gattgaagggtggttcaaaactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatttgaaatttct 4481092  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||| | |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  4481093 ttcaaatactcagatgacaacaccactgagccaccaatgacaagattagacctaataatccacaaa 4481158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 168; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 181 - 646
Target Start/End: Original strand, 4516324 - 4516786
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||  || ||||| || || ||||| |||||||||||  ||||||||||||| || |   ||    
T  4516324 ttgtttgagcagcacctccttaatcactttttccaagttcacatatgaacaaccacctggtcttgtgtcctcctctgccttcttcttcaattccatggcc 4516423  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||   |||||| |    
T  4516424 ttttgcctcatcttctttcctttatctcccaccattaattcattgatcagcttctccacctcctctctcttcacattggtatcaatttctgctccaatct 4516523  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
    |||||   ||||| |||||||||||  ||  ||| || ||||| ||||| |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||  | || |||||    
T  4516524 cccattcattgcaaatatatctgcaatttgttggctgctcagcaaaaaaaggccaacacaacattggtactccggcacagatgctttccattgtggagtt 4516623  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||   | |||||| |||||||  |||| ||||||| ||||| | || | ||||| ||||||||  ||| |||||    
T  4516624 ccatccacaatgagtcaagaatcctcca---actgaaggatggttcaacactttctcttgcggacaccagcttgctattacgcctctatccgaagtttca 4516720  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||    
T  4516721 ttcacaaaatcggatgacaaaataaccgagccaccaatgacaaggtcaggcctaataatccacaaa 4516786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 165; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 188 - 646
Target Start/End: Original strand, 4469813 - 4470268
Alignment:
Q  188 agcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttccttttgcc 287  Q
    ||||| || |||||||| ||||| ||||||||| |||| |||   ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |    ||||| ||    
T  4469813 agcaagacatccttaatgactttgtccaagttcttgtatgaaacacctccaggtctggtatcctcctccaccttcttcttgaactccatgatcttttccc 4469912  T
Q  288 tcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatttcccatgt 387  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||| |||||| ||||||      
T  4469913 tcatcttctttccattctctccaaccatcaattcattgactagcttctccacctcatctctcttcacatctttatcgatttcaagtccaatctcccattc 4470012  T
Q  388 tttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagttccatcca 487  Q
     ||||| ||| |||| ||  || || | || ||| | || ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  4470013 attgcaaataaatctacaatttgctagctgatcaccaaagaatggccaacacaacattggcactccagcgcatatgctttcagtggttgagttccatccg 4470112  T
Q  488 caatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttcattcacaa 587  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  ||   ||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  4470113 caatgagtcaagaatccacc---gattgaagggtggttcagtacttgctcttgaggacaccagttcacgattaggcctctatctgaaattccatttacaa 4470209  T
Q  588 actcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
     ||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  4470210 tctctgatgagaaaactaccgagccgccaatgacaagatcgggcctaatgatccacaaa 4470268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 178 - 646
Target Start/End: Original strand, 3171741 - 3172206
Alignment:
Q  178 atattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaact 277  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||  ||| || ||||||||  |||||||||||||||| |      
T  3171741 atattgtttaagcaagacctccttaatcactttatccaagttcatgtatgaacaaccaccaaatcttgtatcctcctctgccttcttcttcaactccatg 3171840  T
Q  278 tccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaa 377  Q
     || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | ||  ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||    
T  3171841 gccctttgcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcgttgatcagtttctctacctcccctctctttacattggtatcaatttccatcccaa 3171940  T
Q  378 tttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttga 477  Q
    | | ||||  || ||| |||  ||| | | |   ||| || ||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||  |||||||  ||||| ||||||||    
T  3171941 tcttccattcttggcaaataattctactgttaggtggttgatcagcaaaaaatggcctacacaacattggcattccagcacatacactttccgtggttga 3172040  T
Q  478 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatt 577  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||||   |||||| |||||||  |||| ||||||| ||||| |||| | |||||||||||||| |||||||    
T  3172041 gttccatccgcagtgagtcaagaatccgccaat---tgaaggatggttcaacactttctcttgcggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatt 3172137  T
Q  578 tcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  3172138 tcattcacaaactccgatgacaaaacaaccgagccaccaatgacaagatcaggcctaataatccacaaa 3172206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 162; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 181 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 4515250 - 4514794
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||| ||| | || ||| |||| |||||||| ||  ||||||| |||||||| |   ||    
T  4515250 ttgtttaagcaacacctccttgatcactttgtccaagttcaagtatgaagacccgccaagtctagtgtcctcgtctgccttctttttcaactccataacc 4515151  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||| |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||| || ||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| |    
T  4515150 tttttcctcattttatttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagcttttcaacctcctctctcttcacattcatatcgatttcgatcccaatct 4515051  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
    |||||   ||||| ||| |||| ||| ||  ||| || ||| | || ||| ||||||| | ||| |||||||  || |||||||| ||||||||||||||    
T  4515050 cccattcattgcaaataaatctacagtttgttggttgatcaccaaagaattgccaacaaagcattggcactccagcgcatatgctctcagtggttgagtt 4514951  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||  |||| ||||||  ||||| |||| | |||||||||||||| || |||||||    
T  4514950 ccatccgcaatgagtcaagaatccgccaat---tgaagggtggttcaaaactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgcaatttca 4514854  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatc 640  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4514853 ttcacaaactcagacgacaaaaccactgagccaccaatgacaagatcaggcctaatgatc 4514794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 156; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 181 - 646
Target Start/End: Original strand, 4601792 - 4602254
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| |||| |||| |||| ||||| || ||  |||| |||  |||||   || ||||||||||||| |   ||    
T  4601792 ttgtttaagcaacacctccttaataactttgtccaggttcttgtatgaacaaccacctagtctagtgctctcctttgccatcttcttcaactccatggcc 4601891  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||  | |||| |||||| | || |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |    
T  4601892 ttttgcctcatcttcttgcctttatctccggctatcacttcattgatcagcttcgccaactcctctctcttcacatttgtatcgatttccataccaatct 4601991  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
    |||||   || || ||| |||| ||| ||  ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  4601992 cccattcattacaaataaatctacagtttgttggctgatcggcaaaaaaaggccaacacaacatcggcactccagcacatatgctttcagtggttgagtt 4602091  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||||||||||  |||| ||||||  ||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  4602092 ccatccacaatgagtcaagaatccgcc---gatcgaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttca 4602188  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||   |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4602189 tttgtaaactcagatgacaaaatcactgagccaccaatgacaagatcaggcctaatgatccacaaa 4602254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 151; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 178 - 646
Target Start/End: Original strand, 4625951 - 4626416
Alignment:
Q  178 atattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaact 277  Q
    ||||||||| ||||| || || ||||||| ||| ||||  |||||||| ||||| || || || ||  ||| ||||||  |||||||||||||||| |      
T  4625951 atattgtttaagcaagacatcattaatcagtttatccatattcatgtatgaacaaccaccgggactaatgttctcctctgccttcttcttcaactccatg 4626050  T
Q  278 tccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaa 377  Q
     |||||||||||||||||||| | || |||||  |||||||| |||| | ||  ||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  4626051 gccttttgcctcatcttctttccgttatctcctgccatcaatgcattgatcagtttctctaccccctccctcttcacattagcatcgatttccattccaa 4626150  T
Q  378 tttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttga 477  Q
    | ||||||   ||||| |||||||| ||  ||  ||| || ||||| |||  ||||||||||| ||| || ||||  || |||||||||||| |||||||    
T  4626151 tctcccattcattgcaaatatatctacaatttgttggctgatcagcaaaatttggccaacacagcattggaactccagcgcatatgctttcaatggttga 4626250  T
Q  478 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatt 577  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| | || |  ||||||||||||| |||||||    
T  4626251 gttccatccacaatgagttaagaatccaccaat---tgaaggatggttcagtactttctcttgcggacaccagcttgcgattaggcctctatctgaaatt 4626347  T
Q  578 tcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  4626348 tcattctcaaactcggatgacgaaataaatgagccaccaatcacaagatcaggcctaatgatccacaaa 4626416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 150; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 179 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 4267297 - 4266833
Alignment:
Q  179 tattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaactt 278  Q
    |||||||| ||||  || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | || |||||||| |||| ||| ||  ||||| |||||||||| |       
T  4267297 tattgtttaagcatgacctccttaataactttgtccaagttcatgtatgaaaaaccaccaggtcttgtgttctcttctgccttcctcttcaactccaaga 4267198  T
Q  279 ccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaat 378  Q
    | |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||||| |||| |||||| | ||||||    
T  4267197 cattttgcttcatcatatttcctttctctcccaccatcaattcattgactaacttctcgacgtcatctctcttcacatttgtattgatttcgagtccaat 4267098  T
Q  379 ttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgag 478  Q
     ||||||   | ||| ||| |||| ||| ||  ||| || ||| | || ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  4267097 ctcccattcatagcaaataaatctacagtttgttggctgatcaccaaagaatggccaacacaacattggcactccagcacatatgctttcagtggttgaa 4266998  T
Q  479 ttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaattt 578  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||   || |||||||||||||  ||||  |||||  ||||| |||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  4266997 ttccatccgcaatgagtcaagaatccacca---atcgaagggtggttcaacactttatcttgtggacaccaacttgctattagtcctctatctgaaattt 4266901  T
Q  579 cattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    | || | ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  4266900 ctttaaaaaaatcagatgacaaaacaactgagcccccaatgacaagatcaggcctaattatccacaaa 4266833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 149; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 197 - 646
Target Start/End: Original strand, 4568072 - 4568521
Alignment:
Q  197 tccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcct---ccaccttcttcttcaactcaacttccttttgcctcatct 293  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |  | |||||||| ||||||| ||   ||  ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  4568072 tccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaagaatcaccaggtcttgtgtccttctctgccttcttcttcttcaactccacggccttttgcctcatct 4568171  T
Q  294 tctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatttcccatgttttgca 393  Q
    | ||| |||||| ||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||| |  | || ||    
T  4568172 tttttcctttctgtcccaccattaattcattcatcagcttctccacctcctctctcttcacatttgtatcaatttcgattccgatctccaacttattaca 4568271  T
Q  394 tatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagttccatccacaatga 493  Q
     ||||||||||||  |  ||| || ||||  ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||    || ||||||||||||||||||    
T  4568272 aatatatctgcagtatgttggctgctcagaaaaaaaaggccaacataacattggtactctggcacaaatgctttccaatgtggagttccatccacaatga 4568371  T
Q  494 gtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttcattcacaaactcgg 593  Q
    ||||||||||  |||   | ||||||||||||||  |||||||||||| ||||| | || | |||| |||||||||  ||| || |||||||||||||||    
T  4568372 gtcaagaatcgtcca---actgaagggtggttcaacacttgctcttgcggacaccagcttgctatttggcctctatccgaagttccattcacaaactcgg 4568468  T
Q  594 atgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |||||    
T  4568469 atgacaaaataactgagccaccaatgacaagctaaggcctaatgatccacaaa 4568521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 148; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 197 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 4490468 - 4490022
Alignment:
Q  197 tccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttccttttgcctcatcttct 296  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  || ||  |||||||||||||| |  ||||||||||||||||     ||||||||||||||||||    
T  4490468 tccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaactaccaccgagtctcgtgtcctccgctgccttcttcttcaactccgtcgccttttgcctcatcttct 4490369  T
Q  297 ttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatttcccatgttttgcatat 396  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||  || ||||| ||||||  || ||| ||    
T  4490368 ttcctttctctcccaccatcaattcattgatcagtttctctacctcttctctctttacattggtatcaattttcatcccaatctcccattcttcgcaaat 4490269  T
Q  397 atatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtc 496  Q
    |  ||| | ||| | ||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| || ||  || |||||||||||||||||||||||    
T  4490268 aattctactgctaagtggttgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcacatatactctccatgattgagttccatccacaatgagtc 4490169  T
Q  497 aagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttcattcacaaactcggatg 596  Q
    ||||||||||||   ||||||||||| |||| ||| | ||||||  ||||| |||| | |||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| || ||||    
T  4490168 aagaatccacca---attgaagggtgattcaataccttctcttgtggacaccaacttgctattagtcctctatctgaaatttctttcaaaaaatcagatg 4490072  T
Q  597 acaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||| ||   |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  4490071 acaacacctgtgagccaccaataacaagatcaggcctaatgatccacaaa 4490022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 142; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 179 - 646
Target Start/End: Original strand, 4622143 - 4622607
Alignment:
Q  179 tattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaactt 278  Q
    |||||||| ||||  || |||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||| || ||||| || ||   ||| ||  |||||| ||||||||| |       
T  4622143 tattgtttaagcatgacctccttaataactttgtccaagttgttgtatgaacaaccaccagggctggtcgtctcatctgccttctccttcaactccatgg 4622242  T
Q  279 ccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaat 378  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||| | ||  |||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  4622243 ccttttgtctcatcttctttcctttatctcccgacatcaattcattgatcagattcgacacctcctctcttttcacattagtattgatttcgattccaat 4622342  T
Q  379 ttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgag 478  Q
     |||||||  ||||| |||||||| ||| ||  ||| || |||||||||||||||||||||| ||| |  ||||  |||||||||||||| ||||||||     
T  4622343 ctcccatgaattgcagatatatctacagtttgttggctgatcagcgaaaaatggccaacacagcattgaaactccagcacatatgctttcggtggttgaa 4622442  T
Q  479 ttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaattt 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||| ||||||| ||||||  ||||| |||  |  ||||||||||||  ||||||||    
T  4622443 ttccatccacaatgagtcaagaatccacca---attgcagggtggttaagtacttcctcttgtggacaccaacctgcgattaggcctctacctgaaattt 4622539  T
Q  579 cattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||  ||||| || |||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  4622540 cattctcaaactcagatgacaaaataaacgagccgcccatgacaaggtcaggcctaatgatccacaaa 4622607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 181 - 646
Target Start/End: Original strand, 4617025 - 4617487
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||| ||||| || || ||||| |||| ||||||  |||||||||||||||| |   ||    
T  4617025 ttgtttaagcaacacatccttaataactttgttcaagttcatgtatgaacaaccacctggtctagtgttctcctctgccttcttcttcaactccatggcc 4617124  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||||| |||| |||||| |||| |||||  | |||| |||||| | || |||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |    
T  4617125 ttttgcttcattttctttcctttatctccggctatcacttcattgatcagctttgccaactcctctctcttcacattcgtatcgatttccataccaatct 4617224  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
    |||||   || || ||| |||| |||  |  ||| || || || |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||| |||||||||||||| ||    
T  4617225 cccattcattacaaataaatctacagtctgttggctggtcggcaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcgcatatactttcagtggttgaatt 4617324  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||  ||||  |||||  ||||| |||| | |||||||||||||| || |||||||    
T  4617325 ccatccgcaatgagtcaagaatcctcc---gattgaagggtggttcaacactttgtcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgcaatttca 4617421  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||   |||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  4617422 tttgtaaactcagatgagaaaatcactgagccaccaatgacaagatcaggccttatgatccacaaa 4617487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 178 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 4504529 - 4504064
Alignment:
Q  178 atattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaact 277  Q
    ||||| ||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||| |      
T  4504529 atattttttaagcaagacgtccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccaccaagtcttgtgtcctcctctgccttcttcttcaactccatg 4504430  T
Q  278 tccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaa 377  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |  ||||| ||||| |||||||  ||||| | ||| || |  || ||||    
T  4504429 gccttttgcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattaataagtttctctacctcttctctctgtacattggcatcaatcttcatcccaa 4504330  T
Q  378 tttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttga 477  Q
    | ||||||  || ||| |||    |||   | | ||| || ||||  |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |  ||||||||||||||    
T  4504329 tctcccattcttcgcaaataatgttgctattaagtggctgatcagaaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcacaaacactttcagtggttga 4504230  T
Q  478 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatt 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||  ||||  |||||  ||||| |||| | ||  || |||||||  ||| ||    
T  4504229 gttccatccacaatgagtcaagaatcctcc---gattgaagggtggttcaacactttatcttgtggacaccaacttgctacaagtcctctattagaagtt 4504133  T
Q  578 tcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||    
T  4504132 tcattcacaaaatcagatgacaacacctctgagccaccaataacaagatcaggcctaataatccacaaa 4504064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 181 - 646
Target Start/End: Original strand, 4505860 - 4506322
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| | ||||| || |||||||| || |||||||   || |||| |||||||| |   ||    
T  4505860 ttgtttaagcaacacctccttaataactttgtccaagttcatgaatgaacaaccaccaggtcttgtatcctcctttgccctctttttcaactccatgacc 4505959  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||| | |||||  |||| |||||| || |  ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  4505960 tttttcctcatcttgtttcctttctctccaaccataatttcatcgaccagcttctctacattttctctattcacattagtatcaatttcgattccaatct 4506059  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
    || ||   ||||| ||| |||| ||| ||  ||| || ||| | || || |||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  4506060 ccaattcattgcaaataaatctacagtttgttggttgatcaccaaagaacggccaacacagcattggcactccagcgcatatgctttcagtggttgagtt 4506159  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||| || |  |||| ||||||   |||| | || | ||| |||| ||||| ||||||||||    
T  4506160 ccatccgcaatgagtcaagaatccaccaat---tgaagggtgatttaacactttctcttgtgaacaccagcttgctataaggcttctatctgaaatttca 4506256  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||  ||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  4506257 tttgcaaactctgaagacaaaaccactgagccaccaattacaagatcaggcctaatgatccacaaa 4506322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 125; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 300 - 634
Target Start/End: Original strand, 4457716 - 4458047
Alignment:
Q  300 ctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatttcccatgttttgcatatata 399  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||   ||||| ||| |    
T  4457716 ctttttctcccaccatcaattcattgactaacttctccacctcatctctcttcacatttgtatcgatttccatcccaatctctcattcattgcaaataaa 4457815  T
Q  400 tctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaag 499  Q
    ||| || |||  ||| |  ||| | || |||||||||| || ||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4457816 tctacaacttgttggcttatcaccaaagaatggccaacgcagcattggcactccagcgcatatgctttcagtggttgagtttcatccacaatgagtcaag 4457915  T
Q  500 aatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttcattcacaaactcggatgaca 599  Q
    ||||| ||   |||||||||||||||||  ||||  |||||  ||||| |||| | ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||| || |||||||    
T  4457916 aatcctcc---gattgaagggtggttcaacactttatcttgtggacaccaacttgctattaagcctctatcagaagtttcattcacaaaatccgatgaca 4458012  T
Q  600 aaacaactgagccaccaatgacaagatcagaccta 634  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  4458013 aaacaaccgagccaccaatgacaagatcaggccta 4458047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 120; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 245 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 4260219 - 4259821
Alignment:
Q  245 gtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcct 344  Q
    |||| ||||||  ||||| |||||||||| |   |||||||||||||||||||| |||  |||||   ||| | |||||| | || |||| ||||||| |    
T  4260219 gtgttctcctctgccttcctcttcaactccatgaccttttgcctcatcttctttccttcttctcctgacataatttcattgatcagcttcgccacctcat 4260120  T
Q  345 ctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacat 444  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||   || || ||| |||| ||| ||  ||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4260119 ctcttttcacattagtattaatttcaattccaatctcccattcgttacaaataaatctacagtttgttggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacat 4260020  T
Q  445 cggcactctggcacatatgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcaga 544  Q
     || |||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||   | ||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  4260019 tggaacttcggcacaaatgctttcaatggttgagttccatccgcaatgagttaagaatccacca---actgaagagtggttcagtacttgctcttgcgga 4259923  T
Q  545 cacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctaca 644  Q
    ||| | ||||  |||||||||||||  ||||||||| || ||||||| |||||||||| ||  ||||||||||| |  || |||| |||||||||| |||    
T  4259922 caccagctcgcgattaggcctctatccgaaatttcactctcaaactcagatgacaaaataaaggagccaccaataatgaggtcaggcctaatgatccaca 4259823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 114; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 279 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 4256643 - 4256371
Alignment:
Q  279 ccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaat 378  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4256643 ccttttgcctcatcttctttcctttttctcccgacatcaattcattgatcagattctccacctcatctctcttcacattagtattgatttcaattccaat 4256544  T
Q  379 ttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactggg-tgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttga 477  Q
     ||||||    | || ||| |||| ||| ||  |||  || ||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  4256543 ctcccattcgctacaaataaatctacagtttgttggtctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggaactccggcacaaatgctttcaatggttga 4256444  T
Q  478 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactc 553  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4256443 gttccatcctcaatgagtcaagaatccacca---actgaagagtggttcagtacttgctcttgcggacaccaactc 4256371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 83; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 458 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 4299673 - 4299488
Alignment:
Q  458 catatgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgtta 557  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| | || |       
T  4299673 catatgctttcaatggttgagttccatccacagtgagtcaagaatccacca---attgaagggtggttcagtacttgttcttgtggacactagcttgcgg 4299577  T
Q  558 ttaggcctctatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||   |||| ||||||||||| || | |||||||||| |||||    
T  4299576 ttaggcctctatttgaaatttcattctcaaactcagatgacaaaataaacaagccgccaatgacaaggtctggcctaatgatccacaaa 4299488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 181 - 569
Target Start/End: Original strand, 4492958 - 4493343
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||   |||||||||||  ||||||| ||||||||     |     
T  4492958 ttgtttaagcaagacatccttgatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccaccaggtactgtgtcctcctctgccttctttttcaactccgtggct 4493057  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||  ||||||||| ||| |||||||||| ||||| |  ||||| ||||  |||||||| |  ||||| || |||||  |||||||||| | |||||| |    
T  4493058 tttctcctcatcttgtttcctttctctccaaccataatctcattgaccagattctccacattttctctattaacattcctatcgatttctactccaatct 4493157  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
    || ||   ||||| ||  |||| ||| ||  ||| || |||   || || |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||  || ||||||||    
T  4493158 ccaattcattgcaaatcaatctacagtttgttggctgatcactaaagaaaggccaacacaacattggcactccggcacatatgtttttggtagttgagtt 4493257  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctat 569  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   || ||| |||||||||| | || ||||||  ||||| |||| |  |||||||||||||    
T  4493258 ccatccacaatgagtcaagaatccacca---atcgaatggtggttcagcagtttctcttgtggacaccaactagcaattaggcctctat 4493343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 926 - 1051
Target Start/End: Original strand, 4592118 - 4592245
Alignment:
Q  926 agttcaggaactcttgctgaagatgacttcacttacatcagaacttaaattcaataggggaagatcaatgacttatcgttgaactgaattgcataaaaaa 1025  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||  ||||||||||||    
T  4592118 agtttaggaactcttgctgaagatgagttcacttacatcatcacttaaattcaataggggaagatcaatcaattattgttgaactgctttgcataaaaaa 4592217  T
Q  1026 gttacttaa---tgattttgtttaagcaa 1051  Q
     ||||||||   ||||||| |||||||||    
T  4592218 -ttacttaaatttgattttatttaagcaa 4592245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 661 - 732
Target Start/End: Original strand, 4572206 - 4572277
Alignment:
Q  661 agagtcatcaagtctagcaagaagttcgtggaaaggttgtagaaaattcttcctgattgatttacaaagagc 732  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4572206 agagtcattaagtctagcaagaagttcgcggaaaggttgtagaaaattcttcctgattgatttacaaagagc 4572277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 279 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 4299777 - 4299671
Alignment:
Q  279 ccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaat 378  Q
    ||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4299777 ccttttgtctcatcttatctcctttctctcccaccatcaattcattgatcagcttttccacctcctctctcctcacatttgtatcgatttcgattccaat 4299678  T
Q  379 ttcccat 385  Q
     ||||||    
T  4299677 ctcccat 4299671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 661 - 732
Target Start/End: Original strand, 4586872 - 4586943
Alignment:
Q  661 agagtcatcaagtctagcaagaagttcgtggaaaggttgtagaaaattcttcctgattgatttacaaagagc 732  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4586872 agagtcattaagtctagcaagaagttcgcggaaaggttgtaggaagttctttctgattgatttacaaagagc 4586943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 853 - 981
Target Start/End: Complemental strand, 4614017 - 4613888
Alignment:
Q  853 taatatacatgccatataattatccaatatgcatatattcaaaacatttaaaattagcaagaatcacta-tttaagttcaggaactcttgctgaagatga 951  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || || ||||||||||  || |||||||| |  | |||||||||||||| |    
T  4614017 taatatacctgctatataattatccaatgtgcatatattcaaaccattcaagataagcaagaatcgttattttaagtttaccatctcttgctgaagatca 4613918  T
Q  952 cttcacttacatcagaacttaaattcaata 981  Q
     |||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  4613917 gttcatttacatcatcacttaaattcaata 4613888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 661 - 732
Target Start/End: Original strand, 4558365 - 4558436
Alignment:
Q  661 agagtcatcaagtctagcaagaagttcgtggaaaggttgtagaaaattcttcctgattgatttacaaagagc 732  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4558365 agagtcatttagtctagcaagaagttcgcggaaaggttgtaggaagttctttctgattgatttacaaagagc 4558436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 853 - 900
Target Start/End: Original strand, 4592069 - 4592116
Alignment:
Q  853 taatatacatgccatataattatccaatatgcatatattcaaaacatt 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4592069 taatatacatgccatataattatccaatatgcatatattcaaaacatt 4592116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 74 - 154
Target Start/End: Original strand, 4579201 - 4579280
Alignment:
Q  74 ctttcaaatcaatatctgcaacaagaaggcttacaagcaacatgaagtttatgaatataatattaatgtgatctttagtta 154  Q
    ||||||||||||| || | | ||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4579201 ctttcaaatcaatctccgaagcaagaag-cttacaagcaatgagaagtttatgaatataatattaatgtgatctttagtta 4579280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 806 - 856
Target Start/End: Original strand, 4563395 - 4563446
Alignment:
Q  806 taaactagtatacatatgattttttga-aaaatggatccttcacatgataat 856  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4563395 taaactagtatacatatgattttttgacaaaatggatccttcacatgataat 4563446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 62
Target Start/End: Original strand, 4579150 - 4579204
Alignment:
Q  8 catagtagtactcgacatacgtgaatgttttttattgttataggacagaaccttt 62  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  4579150 catagtagtactcaacataagtgaatgtcttttattgttataggatagaaccttt 4579204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 4607041 - 4606945
Alignment:
Q  160 aaaagccacttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctcc 256  Q
    ||||| |||||| ||||||| |||||| ||||| || | |||||||||||| |||||||||||||| ||| | || || |||||| ||||| |||||    
T  4607041 aaaagtcacttaggtttgattttgtttaagcaaaaccttcttaatcactttttccaagttcatgtatgaaaaaccacctggtctcttgtccccctcc 4606945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 661 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 4612612 - 4612541
Alignment:
Q  661 agagtcatcaagtctagcaagaagttcgtggaaaggttgtagaaaattcttcctgattgatttacaaagagc 732  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||| | ||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||||||    
T  4612612 agagtcattaagtctagaaataagttcgcgaaaaggttgtaggaagttctttctgattgattcacaaagagc 4612541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 461 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 4391976 - 4391901
Alignment:
Q  461 atgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctctt 539  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || |||||||||| |   ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  4391976 atgctttcaatgggtgagtttcatccacaatgcgttaagaatccacaa---attcaagggtggttcaatacttgctctt 4391901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 182 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 4392154 - 4392063
Alignment:
Q  182 tgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactc 273  Q
    ||||| ||||| || |||||||||| ||| |||||||||||| | ||| | || |||||||  ||||||||||   ||||||||||||||||    
T  4392154 tgtttaagcaagacctccttaatcagtttgtccaagttcatgaatgaagaaccaccaggtcatgtgtcctcctttgccttcttcttcaactc 4392063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 661 - 732
Target Start/End: Original strand, 4581254 - 4581325
Alignment:
Q  661 agagtcatcaagtctagcaagaagttcgtggaaaggttgtagaaaattcttcctgattgatttacaaagagc 732  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||| || ||||| |||||||||| ||| |||||    
T  4581254 agagtcattaagtctagcaagaagttcacaaaaaggttgtaggaagttctttctgattgattcacatagagc 4581325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 733 - 766
Target Start/End: Original strand, 4591878 - 4591911
Alignment:
Q  733 tcagcaattaatctctgcaatgtatttctgccta 766  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4591878 tcagcaattaatctctgcaaagtatttctgccta 4591911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 166 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 20863987 - 20863510
Alignment:
Q  166 cacttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttc 265  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||  ||| | ||||| |||||||||||  ||||||||    
T  20863987 cacttaagtttgattttgtttaagcaacacctccttaatcactttgtccaagttcatatatgaaccaccttccggtcttgtgtcctcctctgccttcttc 20863888  T
Q  266 ttcaactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcga 365  Q
    |||||||||  |  ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||| || || |    
T  20863887 ttcaactcatttgtcttttgcctcatcctccttcctttctctcccaccatcaattcatttaccagcatctccacctcctctctcttgacattggtgtcaa 20863788  T
Q  366 tttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgct 465  Q
    |||| || ||||| |||||| | ||||| || ||||||||| ||   || || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||    
T  20863787 tttcgatcccaatctcccatttgttgcaaatgtatctgcagtttgtcggctgatcagcaaaaaatggccagcacaacattggcactccagcacatatgct 20863688  T
Q  466 ttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcct 565  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||   |||||||| |||||||  || | ||||||  ||||| ||||||  |||||||||    
T  20863687 ctcaatggttgagttccatccacaatgagttagaaatccacca---attgaaggatggttcaacaccttctcttgtggacaccaactcgcgattaggcct 20863591  T
Q  566 ctatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  20863590 ctatctgaaatttcattcacaaacgcagatgaaaaaatcaccgagccaccaatgacaagatcaggcctaatgatccacaaa 20863510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 160 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 16686417 - 16685940
Alignment:
Q  160 aaaagccacttaagtttgatattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccacc 259  Q
    ||||| |||||| ||||||| |||||| ||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||| || ||||||    
T  16686417 aaaagtcacttaggtttgattttgtttaagcaaaacctccataatcactttttccaagttcatgtatgaacaaccaccaggtctcgggtcttcgtccacc 16686318  T
Q  260 ttcttcttcaactcaacttccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattag 359  Q
    ||| | | ||  |||| |  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |    
T  16686317 ttcatttgcagttcaattatctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgaccaatttctccacctcatctctcttcacattgg 16686218  T
Q  360 tatcgatttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcaca 459  Q
    | || ||||| || ||||| ||||||   ||||| |||||||||||  || |||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||  ||| |    
T  16686217 tgtcaatttccatgccaatctcccattcattgcaaatatatctgcattttgctggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggaactccagcata 16686118  T
Q  460 tatgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttatt 559  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||| ||||| | ||||||||||||| | ||| | ||||  |||    
T  16686117 tatactttcagtggttgagttccatccacaatgagttaagaatccacc---gattgaaggatggtttaatacttgctcttgcgggcaccagctcgcgatt 16686021  T
Q  560 aggcctctatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatc 640  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||  |||||| ||||||||||| || || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  16686020 aggcttctatctgagatttcattcttaaactcagatgacaaaaccacggaaccgcaaatgacaagatcagacctaatgatc 16685940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 181 - 646
Target Start/End: Original strand, 1674229 - 1674691
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| |||| ||||||  ||||||||||||| || |   ||    
T  1674229 ttgtttaagcaacacttccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccacctggtctagtgttctcctctgccttcttcttcaattccatggcc 1674328  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||   |||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |    
T  1674329 ttttgcctcatcttttttccattctctcccaccatcaattcattgataagcttctccaaaccctctctcttcacattcgtatcaatttccataccaatct 1674428  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
     ||||   || || ||| |||| ||| ||  ||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  1674429 tccattcattacaaataaatctacagtttgttggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcgcatatgctttcagtggttgagtt 1674528  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    |||||| || || ||||||||||| ||   |||||||||||||||||  |||| ||||||  ||||| || | | |||||||||||||| |||||||||     
T  1674529 ccatccgcagtgtgtcaagaatccgcc---gattgaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaatttgatattaggcctctatctgaaatttct 1674625  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  1674626 ttcataaactcagatgacaaaaccactgagccaccaatgacaagatcaggcctagtgatccacaaa 1674691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 664 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 16685172 - 16685104
Alignment:
Q  664 gtcatcaagtctagcaagaagttcgtggaaaggttgtagaaaattcttcctgattgatttacaaagagc 732  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| | || ||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  16685172 gtcatgaagtctagcaagatgttcgcgaaagggttggaggaagttctttctgattgatttacaaagagc 16685104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 472 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 1969181 - 1969143
Alignment:
Q  472 ggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaat 510  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1969181 ggttgaattccagccacaatgagtcaagaatccaccaat 1969143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 177; Significance: 8e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 180 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 3849 - 3386
Alignment:
Q  180 attgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttc 279  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||  || || ||||| |||| ||||||  |||||||||| ||||| ||  |    
T  3849 attgtttaagcaaaacctccttaataactttgtccaggttcatgtatgaacgaccacctggtctagtgttctcctctgccttcttctttaactccacggc 3750  T
Q  280 cttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatt 379  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||| ||||||     
T  3749 cttttgcctcatcttctttcctttctctcccaccgtcaattcattgactagcttctccacctcatctctcttcacatccatatcgatttcaagtccaatc 3650  T
Q  380 tcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagt 479  Q
    ||||||   ||||| ||| |||| ||| ||  ||| || ||| | || ||||||||||| | ||| || ||||  || |||||||||||||||||||| |    
T  3649 tcccattcgttgcaaataaatctacagtttgttggctgatcaccaaagaatggccaacaaagcattggtactccagcgcatatgctttcagtggttgaat 3550  T
Q  480 tccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttc 579  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| | || || ||||||||||||| |||||||||    
T  3549 tccatccacaatgagtcaagaatccacca---attgaagggtggatcagtacttgctcttgtggacaccagcttgtgattaggcctctatctgaaatttc 3453  T
Q  580 attcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||| |||| || |||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  3452 attctcaaattctgatgacaaaataaacgagccgccaatgacaagatcaggcctaatgatccacaaa 3386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 167; Significance: 7e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 180 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 4816 - 4347
Alignment:
Q  180 attgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttc 279  Q
    ||||||| ||||  || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  || |||| ||||||  |||||||||||||||| |   |    
T  4816 attgtttaagcatgacctccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacagccaccagaactggtgttctcctctgccttcttcttcaactccatggc 4717  T
Q  280 cttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatt 379  Q
    |||||||||||||||| || |||| ||||||  |||||||||||| | ||  |||   |||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |     
T  4716 cttttgcctcatcttcattcctttatctcccgacatcaattcattgatcatattcgttaccttctctctcttcacattagtatcaatttccataccagtc 4617  T
Q  380 tcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagt 479  Q
    |||||| | | | | ||||| |   || ||  ||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||| |||||||||    
T  4616 tcccatatatgggagatataccgatagtttgttggctgatcggcgaaaaatggccaacacaacattggcactcctacacatatgctttcaatggttgagt 4517  T
Q  480 tccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttc 579  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  4516 tccatccgcaatgagtcaagaatccaccaat---tgaagggtggttcagtacttgctcttgtggacaccagctcgcaattaggcctctatctgaaatttc 4420  T
Q  580 attcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaagaggat 652  Q
    |||| ||||||| |||||||||| ||  ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||    
T  4419 attctcaaactcagatgacaaaataaacgagccgccaatgacaaggtcaggcctaatgatccacaaaaaggat 4347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 163; Significance: 2e-86; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 178 - 646
Target Start/End: Original strand, 3086420 - 3086885
Alignment:
Q  178 atattgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaact 277  Q
    ||||| ||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||    || |||| ||| ||  | |||||||| |||||  |     
T  3086420 atattttttaagcaagacctccttaataactttgtccaagttcatgtatgaacaaccaccgatactggtgttctcttctgctttcttctttaactctgcg 3086519  T
Q  278 tccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaa 377  Q
     | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3086520 acattttgcctcatcttctttcctttatctcccaccatcaattcattgatcagcttctcgacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaa 3086619  T
Q  378 tttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttga 477  Q
    | |||||| | ||||| |||||||| ||| ||| ||| || ||  |  ||||||||||||||||||| |||||||  |||  || |||||||   |||||    
T  3086620 tctcccatatattgcagatatatctacagtttattggttgatctccataaaatggccaacacaacattggcactccagcaagtacgctttcaaccgttga 3086719  T
Q  478 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatt 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | || |  ||||| ||||||| |||||||    
T  3086720 gttccatccacaatgagtcaagaatccacca---attgaagggtgattcaatacttgctcttgcggacaccagcttgcgattagacctctatctgaaatt 3086816  T
Q  578 tcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    || ||| ||||||| ||||||| || ||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  3086817 tctttctcaaactcagatgacataataaaggagccgccaatgacaagatcaggcctaatgatccacaaa 3086885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 160; Significance: 1e-84; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 181 - 646
Target Start/End: Original strand, 1281117 - 1281579
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || || ||||| |||| ||||||| ||  ||||||||| || |   ||    
T  1281117 ttgtttaagcaacatttccttaatcactttgtcgaagttcatgtatgaacaaccacccggtctagtgttctcctccgccgccttcttcaattccatggcc 1281216  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    ||||  ||||| |||||| |||  || ||  | ||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |    
T  1281217 ttttctctcatattctttccttcatccccggctatcaattcattgatcaacttagccacctcctctctcttcacatttgtatcgatttccataccaatct 1281316  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
     ||||   || || ||| |||| |||  |  ||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  1281317 tccattcattacaaataaatctacagtctgttggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcacatatgctttcagtggttgagtt 1281416  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||  |||| ||||||  ||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  1281417 ccatccgcaatgagtcaagaatccacc---gattgaagggtggttcaacactttctcttgtggacaccaacttgctattaggcctctatctgaaatttca 1281513  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    ||| |||| || ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  1281514 ttcgcaaagtcagatgacaaaatcactgagccgccaatgacaagatcaggcctagtgatccacaaa 1281579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 152; Significance: 6e-80; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 181 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 28000228 - 27999766
Alignment:
Q  181 ttgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttcc 280  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| |||| ||||||  |||| ||||||||||| |   ||    
T  28000228 ttgtttaaacaacacttccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccacctggtctagtgttctcctctgcctttttcttcaactccatggcc 28000129  T
Q  281 ttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaattt 380  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||  |||||| ||||||||||  |||| ||||| || ||||| |    
T  28000128 ttttgcctcatcttttttccattctctcccaccatcaattcattgataagcttctccaaatcctctatcttcacattcatatcaatttccataccaatct 28000029  T
Q  381 cccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagtt 480  Q
     ||||   || || ||| |||| ||| ||  ||| || ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||||||    
T  28000028 tccattcattacaaataaatctacagtttgttggctgatcagcaaaaaatgaccaacacaacattggcactccagcgcatatgctttcggtggttgagtt 27999929  T
Q  481 ccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttca 580  Q
    |||||| || ||||||||||| || |   ||||||||||||||||||  |||| ||||||  ||||| || | | |||||||||||||| |||||||||     
T  27999928 ccatccgcagtgagtcaagaacccgc---tgattgaagggtggttcaaaactttctcttgtggacaccaatttgatattaggcctctatctgaaatttct 27999832  T
Q  581 ttcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
    |||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||| |||||    
T  27999831 ttcctaaactcagatgacaaaaccactgagccaccaatgacaagattaggcctagtgatccacaaa 27999766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 180 - 646
Target Start/End: Original strand, 24103001 - 24103464
Alignment:
Q  180 attgtttgagcaacacttccttaatcactttctccaagttcatgtaagaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttcttcaactcaacttc 279  Q
    ||||||| ||||  || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | || |||| ||| |||| ||| ||  |||||||||| ||||| |   |    
T  24103001 attgtttaagcatgacctccttaataactttgtccaagttcatgtatgaaaaaccaccagatcttgtgttctcttctgccttcttcttgaactccaagac 24103100  T
Q  280 cttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccaacttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatt 379  Q
    ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||     
T  24103101 cttttgcttcatcgtctttccgttctctcccaccatcaattcattgactaacttctcgacgtcatctctcttcacatttgtatcgatttcgagtccaatc 24103200  T
Q  380 tcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatggccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagt 479  Q
    ||||||   | ||| ||| |||| ||| ||  ||| || ||| | || ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  24103201 tcccattcatagcaaataaatctacagtttgttggttgatcaccaaagaatggccaacacaacattggcactccagcacatatgctttcagtggttgagt 24103300  T
Q  480 tccatccacaatgagtcaagaatccaccaatgattgaagggtggttcagtacttgctcttgcagacacgaactcgttattaggcctctatgtgaaatttc 579  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||   || ||||||||||| |  ||||  |||||  ||||| |||| | |||||| ||||||| ||||| |||    
T  24103301 tccatccgcaatgagtcaagaatccacca---atcgaagggtggtttaacactttatcttgtggacaccaacttgctattagtcctctatctgaaacttc 24103397  T
Q  580 attcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatctacaaa 646  Q
     || | ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  24103398 tttaaaaaaatcagatgacaaaacaactgagcccccaatgacaagatcaggcctaattatccacaaa 24103464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 62; Significance: 3e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 332 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 3662 - 3485
Alignment:
Q  332 ttctccacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatttcccatgttttgcatatatatctgcagcttactgggtgttcagcgaaaaatg 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||| ||||||   || || ||  |||| ||| ||  || |||||| | ||||||||    
T  3662 ttctccacctcctctctcttcacattggaatctatttcacttccaatctcccattcattccaaatgcatctacagtttgttgagtgttcggggaaaaatg 3563  T
Q  432 gccaacacaacatcggcactctggcacatatgctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaa 509  Q
    |||||| || ||| || ||||  | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3562 gccaacgcagcattggaactccagaacaaatgctttcaatggttgagttccatccacaatgagttaagaatccaccaa 3485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 561 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 3261 - 3182
Alignment:
Q  561 ggcctctatgtgaaatttcattcacaaactcggatgacaaaacaactgagccaccaatgacaagatcagacctaatgatc 640  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||||  || ||||| ||  ||| || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  3261 ggcctctatctgaagtttcattctcaaactcatataacaaagcacatgatccgccaatgacaaggtcagacctaatgatc 3182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University