View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5042-Insertion-4 (Length: 903)

Name: NF5042-Insertion-4
Description: NF5042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5042-Insertion-4
NF5042-Insertion-4
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (8-809)||(41485214-41486015)
chr2 (8-810)||(40752336-40753145)
chr2 (212-810)||(41471120-41471715)
chr2 (212-810)||(41478008-41478603)
chr2 (806-903)||(41485056-41485153)
chr2 (806-881)||(40752199-40752275)
chr2 (669-739)||(40748822-40748892)
chr2 (597-749)||(40749453-40749607)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (237-551)||(16407688-16408000)
chr4 (193-480)||(52481554-52481850)
chr4 (504-687)||(16412596-16412770)
chr4 (806-893)||(16412884-16412969)
chr4 (606-703)||(16410466-16410564)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 774; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 774; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 41486015 - 41485214
Alignment:
Q  8 ggaaacagacatgccaagtaagtgctaacaccagcaaaatttccagtaaatagatcactacacagtaccaattaccatgcttactaattattaagaaatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41486015 ggaaacagacatgccaagtaagtgctaacaccagcaaaatttccagtaaatagatcactacacaataccaattaccatgcttactaattattaagaaatg 41485916  T
Q  108 gtgcattatatgttttagggaataaatatatccaaaggtgtgtcttaacagaacagttgagaaaaaatattaattttaacaaacaaacataatttgtgaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485915 gtgcattatatgttttagggaataaatatatccaaaggtgtgtcttaacagaacagttgagaaaaaatattaattttaacaaacaaacataatttgtgaa 41485816  T
Q  208 gtcgttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcaccactcgat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41485815 gtcgttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagtcatcccactttgagcaccactcgat 41485716  T
Q  308 tgctttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggctta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485715 tgctttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggctta 41485616  T
Q  408 atatcaagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485615 atatcaagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcactggtctttgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaa 41485516  T
Q  508 aacaaacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatcagta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485515 aacaaacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatcagta 41485416  T
Q  608 tgaaacaatatgacaaattaactgaatgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaattttctcctaaaatgtaaaacttta 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485415 tgaaacaatatgacaaattaactgaatgtaaaaagaaaatctgctcttttcatagacctgacccgatcctaccaattttctcctaaaatgtaaaacttta 41485316  T
Q  708 tgaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagctaatagatagtttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatgatacgttgata 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485315 tgaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactggatagctaatagacagtttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatgatacgttgata 41485216  T
Q  808 aa 809  Q
    ||    
T  41485215 aa 41485214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 40753145 - 40752336
Alignment:
Q  8 ggaaacagacatgccaagtaagtgctaacaccagcaaaatttccagtaaatagatcactacacagtaccaattaccatgcttactaattattaagaaatg 107  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||| || |||  ||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  40753145 ggaaacaaatatgccaaataagtgctagcaacag--aaagttccagtaaataggtccctacacaataccaattaccatgctttctaattattatgaaatg 40753048  T
Q  108 gtgcattatatgttttag--------ggaataaatatatccaaaggtgtgtcttaacagaacagttgagaaaaaatattaattttaacaaacaaacataa 199  Q
     |||||||||||||||||        || ||||||||||||||  | || |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  40753047 ctgcattatatgttttagccatttaggggataaatatatccaacagagtttcttaatagaactgttgagaaaaaatattaactttaacgaacaaacataa 40752948  T
Q  200 tttgtgaagtcgttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcac 299  Q
    |  |||||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  40752947 tccgtgaagtcattgtaccttggagttcccttctttatcggttacaactttgaacggatgccagcttggatctttaacacagtcatcccactttgagcac 40752848  T
Q  300 cactcgattgctttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaa 399  Q
    ||||||||||||||||||| | |   |||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40752847 cactcgattgctttcattttccctgcctctgaaagttttctcttagtagctgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttccagaa 40752748  T
Q  400 atggcttaatatcaagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtgcacaa-gtaaaagtaatta 498  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||| ||    
T  40752747 atggcttaatatcaacttcacccatccttttcacagaaattatgacttgagcggtgttctttgggcagccaatccactgtgaacaaggaaaaaataacta 40752648  T
Q  499 attggacaaaacaaacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgatt 598  Q
     || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40752647 cttagacaaaacaaataatgaaatcatggcaacaaagcaacagcaacaaactacctgaacttattttgcttgaagtttaggcatcagataccttatgatt 40752548  T
Q  599 gaatcagtatgaaacaatatgacaaattaact--gaatgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaattttctcctaaaat 696  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||    
T  40752547 aaaccagtatgaaacaatatgacaaattaactaaaaatgtaaaaagaaaatatgctcttttcatagacctgacccgactctaccaattttcacctaaaat 40752448  T
Q  697 gtaaaactttatgaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagctaatagatagtttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatg 796  Q
    |||||||  |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||| | | ||||    
T  40752447 gtaaaac--tatgtattacaatcatcaactttggacacaaacaactggatagctaatagacagttgaaacaagcaaccacgtgattcacatgaaaggatg 40752350  T
Q  797 atacgttgataaat 810  Q
    || |||||| ||||    
T  40752349 atgcgttgagaaat 40752336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 212 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 41471715 - 41471120
Alignment:
Q  212 ttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcaccactcgattgct 311  Q
    |||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  41471715 ttgtaccttggatttcccgtctttatcagtcacaactttgaacggatgccagctgggatctttaagacagtcatcccacgtagagcaccactcgattgct 41471616  T
Q  312 ttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggcttaatat 411  Q
    |||| ||||   || ||   || || |  ||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  41471615 ttcaattgccatttttcgcgaagttgtgccttagttgcttttttctcattcacttcatcagaaaactttctcttagctgcttccaaaaatggcttaatct 41471516  T
Q  412 caagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaaaaca 511  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||   |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||| ||||| | | ||||| ||    
T  41471515 caagttctcccatccttttcacagaaattatggctcgaggagccttctttgggcatccaatccactgcgaacaaggaaaag-aattactggaacaaacca 41471417  T
Q  512 aacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatcagtatgaa 611  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||   ||||||||| |||||||||    
T  41471416 aacaatgaaatcatggccacaaagcaacagcaacaaactacctgaacttattttgcttgaagtttgggcatcaaatacaccatgattgaaccagtatgaa 41471317  T
Q  612 acaatatgacaaattaactga--atgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaa-ttttctcctaaaatgtaaaactttat 708  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||  | |||||||||||||||     | ||||||| |||||  ||||||||| |||| ||||    
T  41471316 acaatatgacaaattaattaataatgtaaaaagaaaatcttttgttttcatagacctga-----ttctaccaaattttcaactaaaatgttaaacattat 41471222  T
Q  709 gaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagctaatagatagtttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatgatacgttgataa 808  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| || ||| |||| | |||||||||||  | |||||||| ||| ||||||| ||||| ||    
T  41471221 gaattaaaatcatcacctttggacacagacaacgggatagcaaacagacagttgaaacaagcaaccacatgattcacataataggatgataggttgaaaa 41471122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 212 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 41478603 - 41478008
Alignment:
Q  212 ttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcaccactcgattgct 311  Q
    |||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  41478603 ttgtaccttggatttcccgtctttatcagtcacaactttgaacggatgccagctgggatctttaagacagtcatcccacgtagagcaccactcgattgct 41478504  T
Q  312 ttcatttgcaccttctctgaaaattctctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggcttaatat 411  Q
    |||| ||||   || ||   || || |  ||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  41478503 ttcaattgccatttttcgcgaagttgtgccttagttgcttttttctcattcacttcatcagaaaactttctcttagctgcttccaaaaatggcttaatct 41478404  T
Q  412 caagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaaaaca 511  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||   |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||| ||||| | | ||||| ||    
T  41478403 caagttctcccatccttttcacagaaattatggctcgaggagccttctttgggcatccaatccactgcgaacaaggaaaag-aattactggaacaaacca 41478305  T
Q  512 aacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatcagtatgaa 611  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||   ||||||||| |||||||||    
T  41478304 aacaatgaaatcatggccacaaagcaacagcaacaaactacctgaacttattttgcttgaagtttgggcatcaaatacaccatgattgaaccagtatgaa 41478205  T
Q  612 acaatatgacaaattaactga--atgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaa-ttttctcctaaaatgtaaaactttat 708  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||  | |||||||||||||||     | ||||||| |||||  ||||||||| |||| ||||    
T  41478204 acaatatgacaaattaattaataatgtaaaaagaaaatcttttgttttcatagacctga-----ttctaccaaattttcaactaaaatgttaaacattat 41478110  T
Q  709 gaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagctaatagatagtttagacaagcaaccaagttattcacatcataagatgatacgttgataa 808  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| || ||| |||| | |||||||||||  | |||||||| ||| ||||||| ||||| ||    
T  41478109 gaattaaaatcatcacctttggacacagacaacgggatagcaaacagacagttgaaacaagcaaccacatgattcacataataggatgataggttgaaaa 41478010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 806 - 903
Target Start/End: Complemental strand, 41485153 - 41485056
Alignment:
Q  806 taaatacatgtgaacaagacacgtcttccaagcaacttaaataagatttcaactacatgatttgaatgtttgcaaacaggacacttttcttttagtag 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485153 taaatacatgtgaacaagacacgtcttccaagcaacttaaataagatttcaactacatgatttgaatgtttgcaaacaggacacttttcttttagtag 41485056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 806 - 881
Target Start/End: Complemental strand, 40752275 - 40752199
Alignment:
Q  806 taaatacatgtgaacaagacac-gtcttccaagcaacttaaataagatttcaactacatgatttgaatgtttgcaaa 881  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  40752275 taaatacatgtgaacaagacactgtcttccaagcaacttacataagattccaacaacatgatttgaatgtttgcaaa 40752199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 669 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 40748892 - 40748822
Alignment:
Q  669 cctgatcctaccaattttctcctaaaatgtaaaactttatgaattaaaatcatcatctttggacacaaaca 739  Q
    |||||| |||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40748892 cctgattctaccaattttgacataaaatgtaaaacattatgaattaaaatcataatctttggacacaaaca 40748822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 597 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 40749607 - 40749453
Alignment:
Q  597 ttgaatcagtatgaaacaatatgacaaattaactgaa--tgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaattttctcctaaa 694  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||  ||  ||||| |||||||| |  ||||||| |||||||  |||||| ||| | |||| | ||||||    
T  40749607 ttgaaccagtgtgaaacaatatgaaaaattaacaaaaaatgtaagaagaaaatatattcttttcgtagacctcgcctgattctatcgatttgcacctaaa 40749508  T
Q  695 atgtaaaactttatgaattaaaatcatcatctttggacacaaacaactgaatagc 749  Q
    |||  |||  ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  40749507 atgcgaaatattatgcattaaaatgatcgtctttggacacaaacaactggatagc 40749453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 237 - 551
Target Start/End: Original strand, 16407688 - 16408000
Alignment:
Q  237 tcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactttgagcaccactcgattgctttcatttgcaccttctctgaaaatt 336  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||| | |  ||||||||||||||||||||||  ||||||||  || ||| || |  |||| ||    
T  16407688 tcagttacaaatttgaacggatgccagcttggatcgctaagatattcatcccactttgagcaccactcatttgctttcgatttcactttattggaaagtt 16407787  T
Q  337 ctctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaatttttctcttagctgcttcctgaaatggcttaatatcaagttcgcccatccttttcacaga 436  Q
     | | ||||| | ||| |||||||||| |||||| || |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| | |     
T  16407788 tttttttagtcattgccttctcattcacttcatccgagaactttctcttagctgcttcctcaaatggcttaatatcaagtttacccatcattttcccggc 16407887  T
Q  437 aattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtgcacaagtaaaagtaattaattggacaaaacaaacaatgaaatcatggcaacaaagc 536  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||| || | || ||||  || |||||  ||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||     
T  16407888 aattatgacttgattagtgttctttggacaacgaaaccac--tgaacaagggaagataattacttgaacaaaacaaacaatgaaatcaaggcagcaaagt 16407985  T
Q  537 aacaggaacaaacta 551  Q
    ||||  |||||||||    
T  16407986 aacatcaacaaacta 16408000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 193 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 52481850 - 52481554
Alignment:
Q  193 aacataatttgtgaagtcgttgtaccttggagttcccttctctgtcagttacaactttgaacggatgccagctaggatccttaacacagccatcccactt 292  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||| | |||  ||||| |||||| |||||||| || ||||| |||| |||  ||||||||||    
T  52481850 aacataattttggaagtcattgtaccttggatttcccttctttatcaactacaattttgaagggatgccaacttggatctttaagacattcatcccactt 52481751  T
Q  293 tgagcaccactcgattgctttcatttgcaccttctctgaaa----attc--------tctcttagttactgctttctcattcatttcatcagaaattttt 380  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||| | ||| ||||    ||||        | || |||    ||||||| ||||||  ||||||||||  ||     
T  52481750 tgagcaccactcgactgctttcaattgcacttcctcagaaactttattcctagcttttttcctaggccttgctttcccattcacctcatcagaaaacttc 52481651  T
Q  381 ctcttagctgcttcctgaaatggcttaatatcaagttcgcccatccttttcacagaaattatgactcgagcagtggtctttgggcagccaatccactgtg 480  Q
    |||||||||||||||  |||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||  |||||  ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  52481650 ctcttagctgcttccaaaaatggctcagtatcaaggttacccatccttttcacagaaattatggttcgag--gt-ttctttgggcagccaatccactgtg 52481554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 504 - 687
Target Start/End: Original strand, 16412596 - 16412770
Alignment:
Q  504 acaaaacaaacaatgaaatcatggcaacaaagcaacaggaacaaactacttgaacttattttgcttcaagtttaggcatcagataccttatgattgaatc 603  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||| |||||||||| |    
T  16412596 acaaaccaaacaattaaatcatggaagcaaagcaacagtaacaaactaccagaacttattttgcttgaagtttgggcatca-aaaccctatgattgaacc 16412694  T
Q  604 agtatgaaacaatatgacaaattaact--gaatgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaattttc 687  Q
    ||          |||||||||||||||   ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  16412695 ag----------tatgacaaattaactaataatgtaaaaagaaaagcttttgttttcatagacctaacctgattctaccaaatttc 16412770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 806 - 893
Target Start/End: Original strand, 16412884 - 16412969
Alignment:
Q  806 taaatacatgtgaacaagacac-gtcttccaagcaacttaaataagatttcaactacatgatttgaatgtttgc-aaacaggacactttt 893  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  16412884 taaatacacgtgaacaagacactgtcttc-aagcaacttaaatatgatttcaac---atgatttgaatgtttgcaaaacatgacactttt 16412969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 606 - 703
Target Start/End: Original strand, 16410466 - 16410564
Alignment:
Q  606 tatgaaacaatatgacaaattaac--tgaatgtaaaaagaaaatctggtcttttcatagacctgacctgatcctaccaattttctcctaaaatgtaaaac 703  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    ||||| |||||||||||||  |||||||||||| || ||||||  ||||||||||  |||||||||| ||||    
T  16410466 tatgaaacaatatgagaaattaacaaaaaatgt-aaaagaaaatctgtccttttcatagacatggcctgattataccaatttttacctaaaatgtgaaac 16410564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University