View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5042-Insertion-8 (Length: 675)

Name: NF5042-Insertion-8
Description: NF5042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5042-Insertion-8
NF5042-Insertion-8
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (6-675)||(38767240-38767900)
chr8 (68-675)||(40478069-40478688)
chr8 (67-293)||(40474052-40474272)
chr8 (212-293)||(38769606-38769688)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (68-675)||(13618724-13619339)
chr6 (71-293)||(13626579-13626798)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 675
Target Start/End: Original strand, 38767240 - 38767900
Alignment:
Q  6 caccaaaacctcatatgaccatgatttggaaactaaaaatatactgaactcctttgtaaaattgttggagcttgattaacaatggtggtttttcactgat 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38767240 caccaaaacctcatatgaccatgatttggaaactaaaaatatactgaactcctttgtaaaattgttggagcttgattaacaatggtggtttttcactgat 38767339  T
Q  106 cacacacacac--tttcagagagagaatatagttgtaacataattttgatggatgtaactgaacttattttatttcactgtataacagtatttatatcac 203  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38767340 cacacacacacactttcagagagataatatagttgtaacataattttgatggatataactgaacttattttatttcactgtataacagtatttatatcac 38767439  T
Q  204 ttacaacatgtattgtatatacactttataaagtgcaagctatatatttgaatacaaaa-actagattatttatttattaaacaactaacacaccccctt 302  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38767440 ttacaaaatgtattgtatatac--tttataaagtgtaagctatatatgtgaatacaaaaaactagattatttatttattaaacaactaacacaccccctt 38767537  T
Q  303 aatctagtttgttacaatcaatcatgttcaaattgttcctcgttcttttgaagttgtccttcttgaaggacttggtaaaaatatcagcacattgatcctc 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  38767538 aatctagtttgttacaatcaatcatgttcaaattgttcctcattcttttgaagttgtccttcttgaaggacttggtaaaaatatcagcacattga----- 38767632  T
Q  403 tgatctgcagtagctcaatttgagctttcccttggtaacttgatctctgaggaagtgatagcgtgtttcaatatacttgcatcttccatgtgctactgga 502  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38767633 -----tgcagtagctcaatttgagctttcccttggtaacttgatctctgaggaagtgatagtgtgtttcaatatgcttgcatcttccatgtgctactgga 38767727  T
Q  503 aactgggcaagatttattgctgatttgttgtcaacaaacatctctactgcatcttcctccttcatcttgagttcaagcattaaagtatcaagccatagtg 602  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38767728 aacttggcaagatttattgctgatttgttgtcaacaaacatctctactgcatcttcctccttcatcttgagttcaagcattaaagtatcaagccatactg 38767827  T
Q  603 cttgacagacacccattgcagcaacaatgtatttgcttcacatgatgatagtgcaactacaacttcctttttt 675  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38767828 cttgacagacacccattgcagcaacaatgtatttgcttcacatgatgatagtgcaactacaacttcctttttt 38767900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 40478688 - 40478069
Alignment:
Q  68 tgttggagcttgattaacaatggtggtttttcactgatcacacacacactttca------gagagagaatatagttgtaacataattttgatggatgtaa 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  40478688 tgttggagcttgattaacaatggtggattttcactgatcacacacact-tttcaaaaagagagagagaatatagttgtaacagaattttgatggaagtaa 40478590  T
Q  162 ctgaacttattttatttcactgtataacagtattta-------tatcacttacaacatgtattgtatatacactttataaagtgcaagctatatatttga 254  Q
    ||||| | |||||||||||| || || |||||||||       |||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||    
T  40478589 ctgaattgattttatttcaccgtgtatcagtatttaatatttatatcacttgcaaaatgtaatgtatatacaccttataaagtgtaagctatatatgtga 40478490  T
Q  255 atacaaaaactagattatttatttattaaacaactaacacacccccttaatctagtttgttacaatcaatcatgttcaaattgttcctcgttcttttgaa 354  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40478489 atacaaaa-ctagattatttatttattaaacaactaacacacccccttaatctattttgttacaatcaatcatgttcaaattgttcctcattcttttgaa 40478391  T
Q  355 gttgtccttcttgaaggacttggtaaaaatatcagcacattgatcctctgatctgcagtagctcaatttgagctttcccttggtaacttgatctctgagg 454  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40478390 gttgtccttcttgagggacttggtaaaaatatcggcacattgatcctctgatctgcagtagctcaatttgagctttcccttggtaacttgatctctgagg 40478291  T
Q  455 aagtgatagcgtgtttcaatatacttgcatcttccatgtgctactggaaactgggcaagatttattgctgatttgttgtcaacaaacatctctactgcat 554  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40478290 aagtgatagtgtgtttcaatatgcttgcatcttccatgtgctactggaaacttggcaagatttattgctgatttgttgtcaacaaacatctctactgcat 40478191  T
Q  555 cttcctccttcatcttgagttcaagcattaaagtatcaagccatagtgcttgacagacacccattgcagcaacaatgtatt-tgcttcacatgatgatag 653  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  40478190 cttcatccttcatcttgagttcaagcattaaagtatcaagccatactacttaacaggcacccattgcagcagcaatgtattctgcttcgcatgatgatag 40478091  T
Q  654 tgcaactacaacttcctttttt 675  Q
    |||| ||||| |||||||||||    
T  40478090 tgcagctacagcttcctttttt 40478069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 67 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 40474272 - 40474052
Alignment:
Q  67 ttgttggagcttgattaacaatggtggtttttcactgatcacacacacactttca----------gagagagaatatagttgtaacataattttgatgga 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||          ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40474272 ttgttggagcttgattaacaatggtggattttcactgatcacacacact-tttcaaagagagagagagagagaatataattgtaacataattttgatgga 40474174  T
Q  157 tgtaactgaacttattttatttcactgtataacagtatttatatcacttacaacatgtattgtatatacactttataaagtgcaagctatatatttgaat 256  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||              | | ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  40474173 agtaactgaactgattttatttcactgtgtatcagtatttatatcact--------------tgtgtacaccttataaagtgtaagctatatatgtgaat 40474088  T
Q  257 acaaaaactagattatttatttattaaacaactaaca 293  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40474087 a-taaaactagagtatttatttattaaacaactaaca 40474052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 212 - 293
Target Start/End: Original strand, 38769606 - 38769688
Alignment:
Q  212 tgtattgtatatacactttataaagtgcaagctatatatttgaatacaaaaactagatta-tttatttattaaacaactaaca 293  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38769606 tgtactgtatatacactttatatagtgtaagctatatatgtgaatacaaaaactagattattttatttattaaacaactaaca 38769688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 675
Target Start/End: Original strand, 13618724 - 13619339
Alignment:
Q  68 tgttggagcttgattaacaatggtggtttttcactgatcacacacacactttcagagagaga--------atatagttgtaacataattttgatggat-g 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        |||||||||||||| |||||||||| |  |    
T  13618724 tgttggagcttgattaacaatggtggtttttcactgatcacacacacattttcagagagagagagagagaatatagttgtaacagaattttgatgaaaag 13618823  T
Q  159 taactgaacttattttatttcactgtataacagtatttatat--cacttacaacatgtattgtatatacactttataaagtgcaagctatatatttgaat 256  Q
     |||||||||| ||||  |||||||| ||||| |||||||||  ||||||||| || |  | | || |||| |||||||||| ||||||||| |  ||||    
T  13618824 gaactgaacttgtttttattcactgtgtaacaatatttatatatcacttacaa-atatgctatgtaaacaccttataaagtgtaagctatatgt--gaat 13618920  T
Q  257 acaaaaactagattatttatttattaaacaactaacacacccccttaatctagtttgttacaatcaatcatgttcaaattgttcctcgttcttttgaagt 356  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  13618921 acaaaa-ctagattatttatttattaatcaactaacacacccccttaatctagttttctacaatcaatcatgttcagattgttcctcattttcttgaagt 13619019  T
Q  357 tgtccttcttgaaggacttggtaaaaatatcagcacattgatcctctgatctgcagtagctcaatttgagctttcccttggtaacttgatctctgaggaa 456  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13619020 tgtccttcttgagggacttggtaaaaatgtcagcacattgatcctccgatctacagtagctcaatttgagttttcccttagtaacttgatctctaaggaa 13619119  T
Q  457 gtgatagcgtgtttcaatatacttgcatcttccatgtgctactggaaactgggcaagatttattgctgatttgttgtcaacaaacatctctactgcatct 556  Q
    |||||| ||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  13619120 gtgatatcgtgtctctatatgcttgcatcttacatgtgctactggaaacttggcaagatttatttctgatttgttgtcaacaaacaactctactgcattt 13619219  T
Q  557 tcctccttcatcttgagttcaagcattaaagtatcaagccatagtgcttgacagacacccattgcagcaacaatgtatt-tgcttcacatgatgatagtg 655  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  13619220 tccttcttcatcttgagttcaagcattaaagtatcaagccacactacttgacaggcacccattgcagaagcaatgtattctgcttcagatgatgacagtg 13619319  T
Q  656 caactacaacttcctttttt 675  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  13619320 caactacaacttcctttttt 13619339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 71 - 293
Target Start/End: Original strand, 13626579 - 13626798
Alignment:
Q  71 tggagcttgattaacaatggtggtttttcactgatcacacacacactttcagagagagaatatagttgtaacataattttgatggatgtaactgaactta 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | | ||||||||     
T  13626579 tggagcttgattaacaatggtggtttttcactgatcacacacactttcagagagagagaatatagttgtaacaaaattttgatgaaaggagctgaacttg 13626678  T
Q  171 ttttatttcactgtataacagtatt--tatatcacttacaacatgtattgtatatacactttataaagtgcaagctatatatttgaatacaaaaactaga 268  Q
    ||||| |||| ||| |||| |||||  |||||||||||||| || |  | | ||||||| |||||||||| ||||  ||||| | ||||| |||| ||||    
T  13626679 tttta-ttcattgtgtaacggtatttatatatcacttacaa-atatgctatgtatacaccttataaagtgtaagc--tatatgtaaatac-aaaagtaga 13626773  T
Q  269 ttatttatttattaaacaactaaca 293  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    
T  13626774 ttatttatttattaatcaactaaca 13626798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University