View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5046_low_2 (Length: 486)
Name: NF5046_low_2
Description: NF5046
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5046_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Original strand, 11830103 - 11830561
Alignment:
| Q |
13 |
aatattatttataaaataatagtcaacattttgtgtctgaccatctctctctttttctcacgttcatatacagtgttaagccactcaaaacatctcttca |
112 |
Q |
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| T |
11830103 |
aatattatttataaaataatagtcaacattttgcgtctgaccatctctctctccttctcaagttcatatacagtgttaagccactcaaaacgtctcttca |
11830202 |
T |
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| Q |
113 |
ccataaatgcttctgcaattttgttgtatattagatcaaagaagacatttgctttattccctattctactagatcaatcccaatacatgctattacgcta |
212 |
Q |
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| T |
11830203 |
ccataaatgcttctgcaattttgttgtatattagatcaaagaagacatttgctttattccctattctactagatcgatcccaatacatgctattacgcta |
11830302 |
T |
|
| Q |
213 |
aaactgcacaacacccaattgctcacggctcaataaatttccattccttcctctatttctcatattgaaacctaaagcacaattaaggtccaatcacttg |
312 |
Q |
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| T |
11830303 |
aaactgcacaacacccaattgctcacagctcaataaatttccattccttcctctatttctcatattgaaacctgaagcacaattaaggtccaatcacttg |
11830402 |
T |
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| Q |
313 |
ccattgatatcgcaactttggagggagtttctactgcaattggttcaaggtaaaaattggggggaactattcaaatttcaatcttttttctgtaattaaa |
412 |
Q |
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| T |
11830403 |
ccattgatatcgcaactttggagggagtttctactgcaattggttcaaggtaaaaattggggggaactattcaaatttcaatcttttttctgtaattaaa |
11830502 |
T |
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| Q |
413 |
aattcaacattagggtttcatggggtctatataaagagggctttaggatttgtgataac |
471 |
Q |
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| T |
11830503 |
aattcaacattagggtttcatggggtctatataaagagggctttaggatttgtgataac |
11830561 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 22396605 - 22396146
Alignment:
| Q |
13 |
aatattatttataaaataatagtcaacattttgtgtctgaccatctctctctttttctcacgttcatatacagtgttaagccactcaaaacatctcttca |
112 |
Q |
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| T |
22396605 |
aatattatttataaaataatagtcaatattttgtgtctgaccatctctctctctttctcacgttcatatacagtgttaagccactcaaaacatctcttca |
22396506 |
T |
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| Q |
113 |
ccataaatgcttctgcaattttgttgtatattagatcaaagaagacatttgctttattccctattctactagatcaatcccaatacatgctattacgcta |
212 |
Q |
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| T |
22396505 |
tcataaatgcttctgcaatttttttgtatattagatcaaagaagacatttgctttattccctattctactagatcgatcccaatacatgctattacgcta |
22396406 |
T |
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| Q |
213 |
aaactgcacaacacccaattgctcacggctcaataaatttccattccttcctctatttctcatattgaaacctaaagcacaattaaggtccaatcacttg |
312 |
Q |
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| T |
22396405 |
aaactgcacaacacccaattgctcacggctcaataaatttccattccttcctctatttctcatattgaaacctgaagcacaattaaggtccaatcacttg |
22396306 |
T |
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| Q |
313 |
ccattgatatcgcaactttggagggagtttctactgcaattggttcaaggtaaaaattggggggaactattcaaatttcaatctt-ttttctgtaattaa |
411 |
Q |
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| T |
22396305 |
ccattgatatcgcaactttggagggagtttctactgcaattggttcaaggtaaaaattggggggaactattcaaatttcaatctttttttctgtaattaa |
22396206 |
T |
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| Q |
412 |
aaattcaacattagggtttcatggggtctatataaagagggctttaggatttgtgataac |
471 |
Q |
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| T |
22396205 |
aaattcaactttagggtttcatggggtctatataaagagggctttaggatttgtgataac |
22396146 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Original strand, 22408964 - 22409423
Alignment:
| Q |
13 |
aatattatttataaaataatagtcaacattttgtgtctgaccatctctctctttttctcacgttcatatacagtgttaagccactcaaaacatctcttca |
112 |
Q |
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| T |
22408964 |
aatattatttataaaataatagtcaatattttgtgtctgaccatctctctctctttctcacgttcatatacagtgttaagccactcaaaacatctcttca |
22409063 |
T |
|
| Q |
113 |
ccataaatgcttctgcaattttgttgtatattagatcaaagaagacatttgctttattccctattctactagatcaatcccaatacatgctattacgcta |
212 |
Q |
| |
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|
| T |
22409064 |
tcataaatgcttctgcaatttttttgtatattagatcaaagaagacatttgctttattccctattctactagatcgatcccaatacatgctattacgcta |
22409163 |
T |
|
| Q |
213 |
aaactgcacaacacccaattgctcacggctcaataaatttccattccttcctctatttctcatattgaaacctaaagcacaattaaggtccaatcacttg |
312 |
Q |
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| T |
22409164 |
aaactgcacaacacccaattgctcacggctcaataaatttccattccttcctctatttctcatattgaaacctgaagcacaattaaggtctaatcacttg |
22409263 |
T |
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| Q |
313 |
ccattgatatcgcaactttggagggagtttctactgcaattggttcaaggtaaaaattggggggaactattcaaatttcaatc-ttttttctgtaattaa |
411 |
Q |
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| T |
22409264 |
ccattgatatcgcaactttggagggagtttctactgcaattggttcaaggtaaaaattggggggaactattcaaatttcaatctttttttctgtaattaa |
22409363 |
T |
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| Q |
412 |
aaattcaacattagggtttcatggggtctatataaagagggctttaggatttgtgataac |
471 |
Q |
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| T |
22409364 |
aaattcaacattagggtttcatggggtctatataaagagggctttaggatttgtgataac |
22409423 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 19723764 - 19723306
Alignment:
| Q |
13 |
aatattatttataaaataatagtcaacattttgtgtctgaccatctctctctttttctcacgttcatatacagtgttaagccactcaaaacatctcttca |
112 |
Q |
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| T |
19723764 |
aatattatttataaaataatagtcaatattttgtgtctgaccatctctctttctttctcacgttcatatacagtgttaagccactcaaaacatctcttca |
19723665 |
T |
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| Q |
113 |
ccataaatgcttctgcaattttgttgtatattagatcaaagaagacatttgctttattccctattctactagatcaatcccaatacatgctattacgcta |
212 |
Q |
| |
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| T |
19723664 |
caataaatgcttctgcaattttattgtatattagatcaaagaagacatttgctttattccctattctactagattgatcccaatacatgctattaagcta |
19723565 |
T |
|
| Q |
213 |
aaactgcacaacacccaattgctcacggctcaataaatttccattccttcctctatttctcatattgaaacctaaagcacaattaaggtccaatcacttg |
312 |
Q |
| |
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| T |
19723564 |
aaactgcaccacacccaattgctcacggctcaataaatttccattccttcctctatttctcatattgaaacctgaagcacaattaaggtccaatcacttg |
19723465 |
T |
|
| Q |
313 |
ccattgatatcgcaactttggagggagtttctactgcaattggttcaaggtaaaaattggggggaactattcaaatttcaatcttttttctgtaattaaa |
412 |
Q |
| |
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| T |
19723464 |
ccattgatatcgcaactttggagggagtttctactgcaattggttcaaggtaaaaattggggggaactattcaaatttcaatcttttttctgtaattaaa |
19723365 |
T |
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| Q |
413 |
aattcaacattagggtttcatggggtctatataaagagggctttaggatttgtgataac |
471 |
Q |
| |
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|
| T |
19723364 |
aattcaacattagggttttatggggtctatataaagagggctttaggatttgtgataac |
19723306 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 56
Target Start/End: Original strand, 22408608 - 22408651
Alignment:
| Q |
13 |
aatattatttataaaataatagtcaacattttgtgtctgaccat |
56 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22408608 |
aatattatttataaaataatagtcaatattttgtgtctgaccat |
22408651 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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