View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5047-Insertion-3 (Length: 891)

Name: NF5047-Insertion-3
Description: NF5047
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5047-Insertion-3
NF5047-Insertion-3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-891)||(54786584-54787454)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 801; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 801; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 54787454 - 54786584
Alignment:
Q  8 ggtgtttggttgcttagttgaagtaatgccataaaaacatttattatctttcagtatgtgtagaagtagaacattttattacatgttgcataagtttcaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54787454 ggtgtttggttgcttagttgaagtaatgccataaaaacatttattatctttcagtatgtgtagaagtagaacattttattacatgttgcataagtttcaa 54787355  T
Q  108 ccaatatgttctcttattcactggtagttacgagtttcttttgaatttgtacgtggtctagaattaaaattttgcttctcatgactaatacatgcatatg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54787354 ccaatatgttctcttattcactggtagttacgagtttcttttgaatttgtacgtggtctagaattaaaattttgcttctcatgactactacatgcatatg 54787255  T
Q  208 tacaaatgatacgacaatagagtgacataaatttaattttgattcttattgaattacatttgttattacaatcaaatgataactaaaacatatagatgaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54787254 tacaaatgatacgacaatagagtgacataaatttaattttga----------attacatttgttattacagtcaaatgataactaaaacatatagatgaa 54787165  T
Q  308 atgctaacaataatcaaagacaaatgataaaatttgatatgtctaatgtcttctctacaagaagatccatgtcatagctaagactaaaagcacagacgac 407  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54787164 atgctaacaataatcaaaggcaaatgataaaatttgatatgtctaatgtcttctctacaagaagatccatgtcatagctaagactaaaagcacagacgac 54787065  T
Q  408 aacttaatttgattcatctttcttgttgaacaagctttttcgggcactattagagaggcattgtcaggtgggagtggttcaacgttaatatcaaccttca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54787064 aacttaatttgattcatctttcttgttgaacaagctttttcgggcactattggagaggcattgtcaggtgggagtggttcaacgttaatatcaaccttca 54786965  T
Q  508 ttccatggaagcaaaagcctctaccacatagaaagtaatatgtctttgcctctaatagttggaaaacatctcttcctcctctcgtgatgttgcttatgaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54786964 ttccatggaagcaaaagcctctaccacatagaaagtaatatgtctttgcctctaagagttggaaaacatctcttcctcctctcgtgatgttgcttatgaa 54786865  T
Q  608 gcccttatcaacacatttctcataatttgttttgttcacctcaagaacattatagatgtgcttatcaaaaccaaaatctatttacaaaaaagagaattca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54786864 gcccttatcaacacatttctcataatttgttttgttcacctcaagaacattatagatgtgcttatcaaaaccaaaatctatttacaaaaaagagaattca 54786765  T
Q  708 cttcagttaataataaataaattatttgcaatgatattaatcaacatgtgtcaggaagggaacgaaacttacatagccaatcaccctgataaaagtgctc 807  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  54786764 cttcagttaataataaataaa-tatttgcaatgatattaatcaacatgtgtcaggaa-ggaacg-aacttacatagccaatcaccctggtaaaagtgctc 54786668  T
Q  808 attacttgcccaatttgtgaagttaatttttggatcccaagtataccttccacctccaaccctgtgcaacacaggttctctgcc 891  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54786667 attacttgcccaatttgtgaagttaatttttggatcccaagtataccttccacctccaaccctgtgcaacacaggttctctgcc 54786584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University