View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5049-Insertion-2 (Length: 843)

Name: NF5049-Insertion-2
Description: NF5049
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5049-Insertion-2
NF5049-Insertion-2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (368-843)||(6684331-6684810)
chr5 (8-318)||(6683971-6684281)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 368 - 843
Target Start/End: Original strand, 6684331 - 6684810
Alignment:
Q  368 caatgaaaagataaaacctatcagcttagaccttcttcgttatatatnnnnnnn-gataaaatctatataannnnnnnnnnnnnnnncattggaggtaat 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||                |||||||||||||    
T  6684331 caatggaaagataaaacctatcagcttagaccttcttcgttatatataaaaaaaagataaaatctatataattttttctttgtttttcattggaggtaat 6684430  T
Q  467 taactttacttgagatgtatctgctgcactaatggtaaacatctcttctaactgaaattcaaattttaatttatcacat--tatagaagtctaatatttt 564  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  6684431 taactttacttgagatgtatctgc---actaatggtaaacatctcttctaactgaaattcaaattttaatttatcacatattatagaagtctaatatttt 6684527  T
Q  565 gtgctaaacccaatgttagcttcatttaaatatttcttatctacttaatgtggaactcgcaagggttgtcttatctctcacaagtaataataaataa--- 661  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||       
T  6684528 ctgctaaacccaacgttagcttcatttaaatatttattatctacttaatgtggaactcacaagggttgtctaatctctcacaagtaataataaataagta 6684627  T
Q  662 -ataaaatgaaaactcctaatatgtgatgttagagataaggatagtaggatacttctgcgatggggattggctgatttagtttatgttgtagaaactgca 760  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6684628 tataaaatgaaaactcctaatatgtgatgttagagataaggatagtaggatacttctgcgatggggattggctgatttagtttatgttgtggaaactgca 6684727  T
Q  761 aagacaaacgtaaagaaatgtccttttctttttccctttttattgtttatttggtttatatattctatcaaaaagaccacgag 843  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6684728 aagacaaacgtaaagaaatgtcctttcctttttccctttttattgtttatttggtttatatattctatcaaaaagaccacgag 6684810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 8 - 318
Target Start/End: Original strand, 6683971 - 6684281
Alignment:
Q  8 atatttatctgtgtccgccaacaacgtgaagaagcacaatcattacataaaagattgagctggtgttaagtgtactattactataaggtacaagatccaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6683971 atatttatctgtgtccgccaacaaggtgaagaagcacagtcattacataaaagattgagctggtgttaagtgtactattactataaggtacaagatccaa 6684070  T
Q  108 aagaatgcctatatgtccaagatacaaggtttttcgagaaaaggtcccatccttcaatatcatgattgggaaaaaatatggtcttagctaaaggagttca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6684071 aagaatgcctatatgtccaagatacaaggtttttcgagaaaaggtcccatccttcaatatcatgattgggaaaaaatatggtcttagctaaaggagttca 6684170  T
Q  208 aaccaaacttggtaaaataatgaacaatttgaatagtttcacgattaatattagagatcgtgaagtgagaaagtttgttgaagaaacacctcaattcgag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6684171 aaccaaacttggtaaaataatgaacaatttgaatagtttcacgattaatattagagatcgtgaagcgagaaagtttgttgaagaaacacctcaattcgag 6684270  T
Q  308 caattaattta 318  Q
    |||||||||||    
T  6684271 caattaattta 6684281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University