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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5053_low_14 (Length: 321)

Name: NF5053_low_14
Description: NF5053
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5053_low_14
NF5053_low_14
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (11-305)||(9301981-9302267)
chr5 (26-273)||(9367215-9367459)
chr5 (11-257)||(9352174-9352416)
chr5 (30-272)||(9332434-9332674)
chr5 (16-273)||(9305632-9305886)
chr5 (16-272)||(9309580-9309832)
chr5 (16-257)||(9355986-9356225)
chr5 (96-257)||(9288662-9288816)
chr5 (18-257)||(9373133-9373366)
chr5 (206-273)||(9293191-9293258)
chr5 (16-257)||(9348616-9348855)
chr5 (18-153)||(9297890-9298023)
chr5 (39-153)||(9293283-9293395)
chr5 (218-273)||(9297801-9297856)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 11 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9302267 - 9301981
Alignment:
Q  11 agaaaatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctc 110  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302267 agaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttg-----acatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctc 9302173  T
Q  111 tacaccatcagcactaacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatat 210  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302172 tacaccatca---ctaacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaacaattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatat 9302076  T
Q  211 aaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttttcaactatcttagaagnnnnnnnngaacaaattaaaagagcagttaag 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||    
T  9302075 aaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttctagcttttcaactatcttagaagaaaaaaaagaacaaattaaaagagcagttaag 9301981  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 26 - 273
Target Start/End: Original strand, 9367215 - 9367459
Alignment:
Q  26 atatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctctacaccatcagcact 125  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |       
T  9367215 atatcattcaaatattcacaatgttgggaaaacatctaacaagcttaccatattcaaaggggaatcatgcaggcaccacatgctctacaccatcaccg-- 9367312  T
Q  126 aacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagggagtcaag 225  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9367313 -acaagtgcttcatattttattaatttcattatcatatgaatttaataattctcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagagagtcaag 9367411  T
Q  226 aacttggtaacatcacacaaacttcgagcttttcaactatcttagaag 273  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||    
T  9367412 aacttggtaacatcacacaaacttagagctttataattatcttagaag 9367459  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 11 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 9352416 - 9352174
Alignment:
Q  11 agaaaatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctc 110  Q
    |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  9352416 agaatatcacatgcagtatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatgtaacaagcttaccatatttaaagg-aaatcatgcaggcaccacatgctc 9352318  T
Q  111 tacaccatcagcactaacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatat 210  Q
    ||||||||||   |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9352317 tacaccatca---ctaacaagtgctgtttattttattaatttcattatcatatgaatttaataattatcaaccaatcaatatgacgaatacctcttatat 9352221  T
Q  211 aaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttt 257  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  9352220 aaatagagattcaagaacttggtaacatcacacaaacattgagcttt 9352174  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 30 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 9332674 - 9332434
Alignment:
Q  30 cattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctctacaccatcagcactaaca 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||   |||    
T  9332674 cattcacatattcacaatgctgggaaaacatctaacaaggttactatattcaaaaggaaatcatacaggcaccacatgctctaaaccatcatca---aca 9332578  T
Q  130 agtgctgcatattttattaatttcat-tattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagggagtcaagaac 228  Q
    ||| ||||||||||||| || ||  | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||    
T  9332577 agtactgcatattttatcaacttattatattatatgaattaaataattatcaaccaatcaatatgacgaatacctcttatataaatagagcatcaagaac 9332478  T
Q  229 ttggtaacatcacacaaacttcgagcttttcaactatcttagaa 272  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||    
T  9332477 ttggtaacatcacacaaacattgagctttacaattatcttagaa 9332434  T

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Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9305886 - 9305632
Alignment:
Q  16 atcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctaca 114  Q
    |||||| ||| ||||||| | | ||||||||||||||   |||||  |||||| |||||||||| |||||||||| | || |||| ||||||||||||||    
T  9305886 atcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctaca 9305787  T
Q  115 ccatcagcactaacaagtgctgcatattttattaatt-tcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaa 213  Q
    ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||   ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9305786 ccatca---ctaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataaa 9305690  T
Q  214 tagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttttcaactatcttagaag 273  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| |  |||||| ||| |||||||||||    
T  9305689 ta--gagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaag 9305632  T

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Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 272
Target Start/End: Original strand, 9309580 - 9309832
Alignment:
Q  16 atcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctaca 114  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |  |   ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  9309580 atcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagaggtatgacaagcttaccatattcaaagggaaatccatgcaggcaccacatgctctaaa 9309679  T
Q  115 ccatcagcactaacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaat 214  Q
    ||||    | ||||||||| |   ||||||||||||||  ||||||||| || |||||||| | ||||||||    || ||||||  |||||||||||      
T  9309680 ccat---gattaacaagtgataactattttattaatttacttattatatgaaattaataatcagcaaccaatatcgatcatgaatggctcttatataa-- 9309774  T
Q  215 agggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttttcaactatcttagaa 272  Q
    || |||||| |||||||| |||| ||||||||| | ||||||| ||| | ||||||||    
T  9309775 agagagtcaggaacttgggaacaccacacaaacattgagctttacaattttcttagaa 9309832  T

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Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 257
Target Start/End: Original strand, 9355986 - 9356225
Alignment:
Q  16 atcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctaca 114  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||   ||||  |||||||||| ||| |||||| | ||||| || ||||||||||| |    
T  9355986 atcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatggaaattcatgcagccagcacatgctctaaa 9356085  T
Q  115 ccatcagcactaacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaat 214  Q
    |||| |    ||||||||| | | |||||||| |||||| ||||||||| || |||||||| | ||||||||    || ||||||  ||||||||||||     
T  9356086 ccatgat---taacaagtgatacctattttatcaatttccttattatatgaaattaataatcagcaaccaatatcaatcatgaatggctcttatataaag 9356182  T
Q  215 agggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttt 257  Q
    || |||||| | ||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  9356183 agagagtcaggcacttggtaacaccacacaaacattgagcttt 9356225  T

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Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 96 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 9288816 - 9288662
Alignment:
Q  96 aggcaccacatgctctacaccatcagcactaacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgat 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||     |||||| |||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||    || ||    
T  9288816 aggcaccacatgctctacaccatcct---taacaactgctgtctattttattaattttgttattatatgaacataataattatcaaccaat----atcat 9288724  T
Q  196 gaatacctcttatataaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttt 257  Q
    || || |||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||  ||||| |||||||||    
T  9288723 gattagctcttatataaagagagagtcaagcacttggtaatatcaagcaaacatcgagcttt 9288662  T

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Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 257
Target Start/End: Original strand, 9373133 - 9373366
Alignment:
Q  18 cacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctacacc 116  Q
    |||| ||| ||||||| | | ||||||||||||||   |||||  |||||| |||||||||| ||||| |||| | || |||||||||||||||||| ||    
T  9373133 cacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggaaaattcatgtaggcaccacatgctctactcc 9373232  T
Q  117 atcagcactaacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatag 216  Q
    ||||    |||||| |||    ||||||||| ||||| ||  ||||| || || ||||||||||||||||    || |||| || |||||||||||| ||    
T  9373233 atcat---taacaactgccctctattttattcatttcctttctatatgaacttgataattatcaaccaat----atcatgattagctcttatataaagag 9373325  T
Q  217 ggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttt 257  Q
     ||||| || ||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  9373326 agagtctagcacttggtaatatcaaacaaacatcgagcttt 9373366  T

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Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 206 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9293258 - 9293191
Alignment:
Q  206 tatataaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttttcaactatcttagaag 273  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||| |||||||||||    
T  9293258 tatataaatagagagtcaagaacttggtaacatcacacaaacattaagctttacaattatcttagaag 9293191  T

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Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 257
Target Start/End: Original strand, 9348616 - 9348855
Alignment:
Q  16 atcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaa-tcctgcaggcaccacatgctctaca 114  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||   ||||  |||||||||| ||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |    
T  9348616 atcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatggaaattcatgcagccagcacatgctctaaa 9348715  T
Q  115 ccatcagcactaacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaat 214  Q
    ||||    | ||||||||| | | |||||||| |||||| ||||||||| |  |||||||| | | ||||||    || ||||||   |||||||||||     
T  9348716 ccat---gattaacaagtgatacctattttatcaatttccttattatatgagattaataatcagctaccaatatcaatcatgaatggatcttatataaag 9348812  T
Q  215 agggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttt 257  Q
    || |||| | |||||||||||||  |||||||| | |||||||    
T  9348813 agagagtaaggaacttggtaacacaacacaaacattgagcttt 9348855  T

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Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 9298023 - 9297890
Alignment:
Q  18 cacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctacacc 116  Q
    |||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||   |||||  |||||| |||||||||| |||||||||||| |   | |||||||||||| |||||    
T  9298023 cacatgcagtatcattaatatattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaatccatattgacaccacatgctcaacacc 9297924  T
Q  117 atcagcactaacaagtgctgcatattttattaatttc 153  Q
    ||   |  |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  9297923 at---ccttaacaactgctgcatattttattcatttc 9297890  T

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Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 9293395 - 9293283
Alignment:
Q  39 attcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctacaccatcagcactaacaagtgctgc 137  Q
    ||||||||||||||   |||||  |||||| |||||||||| ||| || ||| | || |||||||||||||||||||||||   || |||||| |||||     
T  9293395 attcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaattcatgtaggcaccacatgctctacaccat---cattaacaactgctgt 9293299  T
Q  138 atattttattaatttc 153  Q
     |||||||||||||||    
T  9293298 ctattttattaatttc 9293283  T

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Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 218 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9297856 - 9297801
Alignment:
Q  218 gagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcgagcttttcaactatcttagaag 273  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||    
T  9297856 gagtcaagcacttgttaacatcacacaaacattgagctttacaattatcttagaag 9297801  T

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