View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5058-Insertion-1 (Length: 864)

Name: NF5058-Insertion-1
Description: NF5058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5058-Insertion-1
NF5058-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-864)||(41288502-41289366)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 786; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 786; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 864
Target Start/End: Original strand, 41288502 - 41289366
Alignment:
Q  8 ggaagagtattgggttacttgaagcttgtatgataccaggggttattacttttgctttgtgtcttttctttgctaagcttgttgcttatacttttcttta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41288502 ggaagagtattgggttacttgaagcttgtatgataccaggggttattacttttgctttgtgtcttttctttgctaagcttgttgcttatacttttcttta 41288601  T
Q  108 ttggttgccgttttacttgactcaaacaggtaaatcttccatcacctacattgcattctaagtacttatagtagagagtatgttttgtttcatgtctata 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41288602 ttggttgccgttttacttgactcaaacaggtaa-tcttccatcacctacattgcattctaagtacctatagtagagagtatgttttgtttcatgtctaca 41288700  T
Q  208 tgaagctgtcacacggacaccggtaataatttaagaaaagaaaatgaaggtaa---------ccatgagttgatgttggacatttgaccaatgctagaca 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||         | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41288701 tgaagctgtcacacggacaccggtaataatttaagaaaagaaaatgaaagtaattgaagtaactatgcgttgatgttggacatttgaccaatgctagaca 41288800  T
Q  299 tctgacgcaccatcaatcagcagaagtgtattttctacatagattaaaaccgctcctaaaattgtaggaccatgtcaacttgggagacagtctatattga 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41288801 tctgacgcaccatcaatcagcagaagtgtattttctacatagattaaaaccgctcctaaaattgtaggaccatgtcaacttgggagacagtctatattga 41288900  T
Q  399 tgaattagcggtattcataaaatttcaggatgttgtctacttaatttacgtggtctttcaaatcagaatattttaacatattattcattttgagtgtgtc 498  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41288901 tgaatcagcggtattcataaaatttcaggatgttgtctacttaatttacgtagtctttcaaatcagaatattttaacatattattcattttgagtgtgtc 41289000  T
Q  499 aatttagtttaaaaattatacattgagatcgagtatgattgaagattatcaataccatagatcattttaaaattgctcgactttgtaccagcagggattg 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41289001 aatttagtttaaaaattatacattgagatcaagtatgattgaagattatcaacaccatagatcattttaaaattgctcgactttgtaccagcagggattg 41289100  T
Q  599 agtctagcagaaacttggcaaatcaaggtttgagtcccagttgagagagatgtccacatttagtgagagtttctcgaataaaattacaactattgaagag 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41289101 agtctagcagaaacttggcaaatcaaggtttgagtcccagttgagagagatgtccacatttagtgagagtttctcgaataaaattacaactattgaagag 41289200  T
Q  699 ggaacctatgagaaaccaaaagaaaaagttgttcgactctataactttagggactaaattagcgattcactgtgtatagttgggtatattttagacagtt 798  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41289201 ggaacctatgagaaaccaaaagaaaaagttgttcgactctataactttagggactaaattagcgattcactgtgtatagttgggtatattttagacagtt 41289300  T
Q  799 gactgaaattgcataattgaccagtttctgcgtgtgtgaattattttggaagctggcatatactga 864  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41289301 gattgaaattgcataattgaccagtttctgcgtgtgtgaattattttggaagctggcatatactga 41289366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University