View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5059_high_4 (Length: 361)

Name: NF5059_high_4
Description: NF5059
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5059_high_4
NF5059_high_4
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (18-351)||(44613431-44613764)
chr1 (45-351)||(44145722-44146031)
chr1 (18-346)||(17810745-17811073)
chr1 (18-351)||(11543515-11543848)
chr1 (107-351)||(44794574-44794818)
chr1 (18-351)||(35899808-35900138)
chr1 (18-69)||(44794837-44794888)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (18-348)||(28220-28550)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (18-348)||(170242-170572)
scaffold0017 (30-351)||(181341-181662)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-346)||(26728978-26729306)
chr3 (18-348)||(8343385-8343715)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-313)||(29506644-29506939)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (252-351)||(29227947-29228046)
chr2 (252-351)||(29341246-29341345)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (131-176)||(11831910-11831955)
chr6 (131-176)||(11930040-11930085)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Original strand, 44613431 - 44613764
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44613431 caaacaatcaaataaagggtgagttacctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 44613530  T
Q  118 catctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaag 217  Q
      |||||| ||||||||||   || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  44613531 attctcaatgggtacccttacaaatatggaggctttgattttaagaaataatagtttgagtggacaacttccttcctctttgaagaattgctcaaacaag 44613630  T
Q  218 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgattta 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||  | |||| |||||||||||||||||  |    
T  44613631 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggagatagcttacaaaatttagaaatcttaagccttcgatcca 44613730  T
Q  318 ataacttctatggaagtttaccttcaaatctctg 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44613731 ataacttctatggaagtttaccttcaaatctctg 44613764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 45 - 351
Target Start/End: Original strand, 44145722 - 44146031
Alignment:
Q  45 ctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcccatctcaacgggtacccttgttaacat 144  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||    || |||||||| || |  ||||||||||| ||||||| |||| |||||  ||||||    
T  44145722 ctgattgttggaataatttaaccgcgttaaggtttgttgatcagagcaataacaagttgtcaggaaagattccaatctcaatgggtgccctttctaacat 44145821  T
Q  145 ggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaagttggctttgttggatcttggagaaaat 244  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44145822 ggaggctttgattttaagaaatgataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaagttggctttgttggatcttggagaaaat 44145921  T
Q  245 aagtttcatggtccattac---cttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgatttaataacttctatggaagtttacctt 341  Q
    | |||||||||||  ||||   |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||| ||||||    
T  44145922 atgtttcatggtctgttaccttcttcatggattggagatagtttacaccaattagtaatcttaagcctccaattcaataacttcaatggaagtctacctt 44146021  T
Q  342 caaatctctg 351  Q
    ||||||||||    
T  44146022 caaatctctg 44146031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 17811073 - 17810745
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 117  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  || | || ||| ||||||||||| | ||||||||||| || |  |||||||||||    
T  17811073 caaacaatgaattaaagggtgagttgcctgattgttggaataacttagcatcattacaatttgttgacctcagaaataacaagttgtcaggaaagattcc 17810974  T
Q  118 catctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaag 217  Q
    | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||  |||||    
T  17810973 cttctcaatgggtgcccttgttaacatggaggctttgattttaagaaataatggtttgagtggacaacttacttcctcattgaagaaatgctccgacaag 17810874  T
Q  218 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgattta 317  Q
     ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | | |||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  17810873 ctggctttgttggacctcggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatgggttggagacaatttacaccaattagtaatcttaagtcttcgattca 17810774  T
Q  318 ataacttctatggaagtttaccttcaaat 346  Q
    |||| ||   ||||||| |||||||||||    
T  17810773 ataatttaagtggaagtataccttcaaat 17810745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 11543848 - 11543515
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || | | ||||||| | || |||||||| || | ||||||||| ||    
T  11543848 caaacaatcaattaaagggtgagctgcctgattgttggaataatttaacctcgctatactatgttgacctcagtaataacaagttgtcgggaaagatccc 11543749  T
Q  118 catctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaag 217  Q
      | || | |||| |||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11543748 attgtcgatgggtgcccttgttaacatgcaagatttggttctaagaaataatagtttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcagacaag 11543649  T
Q  218 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgattta 317  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||   ||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||   |    
T  11543648 ttggctatcttggaccttggagaaaatacgtttcatggtccgttaccttcatggattggaggcagtttacaacaactagtaatcttaagcctttgagcca 11543549  T
Q  318 ataacttctatggaagtttaccttcaaatctctg 351  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  11543548 ataacttcagtggaagtataccttcaaatctctg 11543515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 107 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 44794818 - 44794574
Alignment:
Q  107 ggaaagattcccatctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaatt 206  Q
    |||||||||||  |||||| |||| |||||| || ||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  44794818 ggaaagattccattctcaatgggttcccttgctagcatggacaatttggttttaagaaataatagtttgagtggacaacttccttcctctttgaagaatt 44794719  T
Q  207 gctcaaacaagttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaag 306  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||  | |||| |||||||||    
T  44794718 tctcaaacaagttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggagatagcttacaaaatttagaaatcttaag 44794619  T
Q  307 ccttcgatttaataacttctatggaagtttaccttcaaatctctg 351  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44794618 ccttcgatccaataacttctatggaagtttaccttcaaatctctg 44794574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Original strand, 35899808 - 35900138
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 117  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||| ||| | ||||| | ||||||||||| || |  |||||||||||    
T  35899808 caaacaatgaattaaagggtgagttgtctgattgttggaataatttatcctcattacaatatattgacctgagaaataacaagttgtctggaaagattcc 35899907  T
Q  118 catctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaag 217  Q
    | |||||| |||| |||||  |||  |||||||||||  ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||       
T  35899908 cttctcaatgggtgccctttctaatttggaggctttgagtttaacaaataataatttggggggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaac--- 35900004  T
Q  218 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgattta 317  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| | ||||||||| |||||||||||||||| || |    
T  35900005 ttggctttattggatcttggagaaaatatatttcatggtccattacctttatggattggagatagtttgcaccaattaataatcttaagccttcggttca 35900104  T
Q  318 ataacttctatggaagtttaccttcaaatctctg 351  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  35900105 ataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctg 35900138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 44794888 - 44794837
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctc 69  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44794888 caaacaatgaattaaagggagagttgcctgattgttggaataatctaacctc 44794837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 28550 - 28220
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 117  Q
    |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||    
T  28550 caaacaatgaattaaagggcgagttgcctgattgttggaataatctaacctcattaaaatttgttgacctcagcaataacaaattatggggaaaaattcc 28451  T
Q  118 catctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaag 217  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||    
T  28450 catctcaatgggtgcccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataatagtttgagtggccaacttccttcctctttgaagaatttctcaaacaag 28351  T
Q  218 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgattta 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | |   |||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  28350 ttggctatgttggatcttggagaaaatatgtttcaaggtccattaccttcatggattggagacaacttacgacaattagtaatcttaagccttcgattca 28251  T
Q  318 ataacttctatggaagtttaccttcaaatct 348  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  28250 ataacttcaatggaagtctaccttcaaatct 28220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 348
Target Start/End: Original strand, 170242 - 170572
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 117  Q
    |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||    
T  170242 caaacaatgaattaaagggcgagttgcctgattgttggaataatctaacctcattaaaatttgttgacctcagcaataacaaattatggggaaaaattcc 170341  T
Q  118 catctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaag 217  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||    
T  170342 catctcaatgggtgcccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataatagtttgagtggccaacttccttcctctttgaagaatttctcaaacaag 170441  T
Q  218 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgattta 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| | |   |||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  170442 ttggctatgttggatcttggagaaaatatgtttcaaggtccattaccttcatggattggagacaacttacgacaattagtaatcttaagccttcgattca 170541  T
Q  318 ataacttctatggaagtttaccttcaaatct 348  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  170542 ataacttcaatggaagtctaccttcaaatct 170572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 30 - 351
Target Start/End: Original strand, 181341 - 181662
Alignment:
Q  30 taaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcccatctcaacggg 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||| ||||||  | || |||||||| || |  |||||||||||| |||||| |||    
T  181341 taaagggtgagttgcctgattgttggaatgatttaacctcattacaatatgttgatctgagcaataacaagttgtccggaaagattcccttctcaatggg 181440  T
Q  130 tacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaagttggctttgttg 229  Q
    |||||||   || ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  181441 tacccttacaaatatggaggttttggttttaagaaataatagtatgagtggtcaacttccttcctgtttgaagaattgctaaaacaagttggctctgttg 181540  T
Q  230 gatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgatttaataacttctatg 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||    
T  181541 gatcttggagaaaataagtttcatggtccattacctgcatggattggacaaagtttacaccaattagtaatcttaagccttcgattcaacaacttcaatg 181640  T
Q  330 gaagtttaccttcaaatctctg 351  Q
    ||| | | ||||||||||||||    
T  181641 gaattcttccttcaaatctctg 181662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 173; Significance: 6e-93; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 346
Target Start/End: Original strand, 26728978 - 26729306
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 117  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| || | || ||| | | ||||||||| || |||||||| || |||||||| |||||    
T  26728978 caaacaatcaattaaaggacgagttgcctgattgttggaataatttagcatcattacactatgttgacttgagcaataacaagttgtggggaaatattcc 26729077  T
Q  118 catctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaag 217  Q
       ||||| |||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  26729078 atcctcaatgggtgctcttgttaacatagaggctttgattttaagaaataatagtttgagtggacaacttacttcctcattgaagaattgttcaaacaag 26729177  T
Q  218 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgattta 317  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||  |||||| |||| ||||||||||| || |    
T  26729178 ttggctttgttggaccttggagaaaatatgtttcatggtccattacctgcatggattggagagagtttacggcaattaataatattaagccttcggttca 26729277  T
Q  318 ataacttctatggaagtttaccttcaaat 346  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26729278 ataacttctatggaagtataccttcaaat 26729306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 348
Target Start/End: Original strand, 8343385 - 8343715
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 117  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| | | | ||||| | || |||||||| || | ||||||||||||    
T  8343385 caaacaatgaattaaagggtgagttgcccgattgttggaataatttaacctcattatactatcttgaccttagtaataacaagttgtcgggaaagattcc 8343484  T
Q  118 catctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaag 217  Q
      |||||| ||||| | ||   || || || |||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||    
T  8343485 attctcaatgggtaacgttccaaatatcgaagctttaattttaagaagtaatagtttgagtggacaacttccttcctccttgaaaaattgctcaaaaaag 8343584  T
Q  218 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgattta 317  Q
    ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |   |||| |||||||||||||||||| ||||| | |    
T  8343585 ttgactttgttggaaattggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggagacaacttacatcaattagtaatcttaagcattcgagtca 8343684  T
Q  318 ataacttctatggaagtttaccttcaaatct 348  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  8343685 ataacttcaatggaagtataccttcaaatct 8343715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 29506939 - 29506644
Alignment:
Q  18 caaacaatcaaataaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcgttaaaatttgttgacttaagaaataacaaattatggggaaagattcc 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||  | || |||||||| || | ||| ||||||||    
T  29506939 caaacaatcaattaaagggtgagttgcctgattgttggaataatctaacctcattacagtttgttgaactgagcaataacaacttgtcgggtaagattcc 29506840  T
Q  118 catctcaacgggtacccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttgagtggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaag 217  Q
      |||||| |||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||     
T  29506839 attctcaatgggtgctcttgttaatatggaggctttgattttaagaaataacagtttgagtggacaatttccttcctccttgaagaattgttcaaacaaa 29506740  T
Q  218 ttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcga 313  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  29506739 ttggctttgttggaccttggagaaaatatgtttcatggtccaataccttcatggattggagacagtttacaccagttaataatcttaagccttcga 29506644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 29228046 - 29227947
Alignment:
Q  252 atggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgatttaataacttctatggaagtttaccttcaaatctctg 351  Q
    ||||| |||| |||| |||||||||| | ||||||||   || | |||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||| || |||||||||||||    
T  29228046 atggtgcattgcctttatggattggagacagtctacaaggatcactaatcttaagccttcgatctaacagcttcaatggaagtctagcttcaaatctctg 29227947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 29341345 - 29341246
Alignment:
Q  252 atggtccattaccttcatggattggacagagtctacaccaattagtaatcttaagccttcgatttaataacttctatggaagtttaccttcaaatctctg 351  Q
    ||||| |||| |||| |||||||||| | ||||||||   || | |||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||| || |||||||||||||    
T  29341345 atggtgcattgcctttatggattggagacagtctacaaggatcactaatcttaagccttcgatctaacagcttcaatggaagtctagcttcaaatctctg 29341246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 11831955 - 11831910
Alignment:
Q  131 acccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttga 176  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  11831955 acccttgttaaagtggaagctttggttttaagaaataatagtttga 11831910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 176
Target Start/End: Original strand, 11930040 - 11930085
Alignment:
Q  131 acccttgttaacatggaggctttggttttaagaaataataatttga 176  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  11930040 acccttgttaaattggaagctttggttttaagaaataatagtttga 11930085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University