View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5063_low_1 (Length: 1149)

Name: NF5063_low_1
Description: NF5063
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5063_low_1
NF5063_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (293-1137)||(40748896-40749726)
chr8 (65-248)||(40749771-40749959)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 293 - 1137
Target Start/End: Complemental strand, 40749726 - 40748896
Alignment:
Q  293 agaaacaaacaaaaaacaatcatttgaataaaattaacacattctagctagctcataattttccctttccctcttctgaaaaaatggggatgggaactag 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40749726 agaaacaaacaaaaaacaatcatttgaataaaataaacacattctagctagctcataattttccctttccctcttctgaaaaaatggggatgggaactag 40749627  T
Q  393 cacctttgttactagatggatcaactttctcaccatggtaagtattccttttcttcttctttcctttatttctactgtgaatgatgttctttatgattta 492  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||    
T  40749626 cacctttgttactagatggatcaactttctcaccatggtaagtattccttttcttct----------------actgtgaatgatgttctttatgattta 40749543  T
Q  493 ctgttaattttgggttgcatttcccttacacttgttgaaatgcctgaaatttttcaaaaccggtnnnnnnnnc-catttgggtttgttccattttccatt 591  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||    
T  40749542 ctgttaattttaggttgcatttcccttacactggttgaaatgcctgaaatttttcaaaaccggtaaaaaaaaatcatttgggtttgttccattttccatt 40749443  T
Q  592 gcttttattgtgtttgtacttgctgttctttttgcatacccactttgtgttttgtacttgctgttcattctgttaaccctttctatttctagcaagtttt 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40749442 gcttttattgtgtttgtacttgctgttctttttgcaaacccactttgtgttttgtacttgctgttcattctgttaaccctttctatttctagcaagtttt 40749343  T
Q  692 tatttt-gggtactaattaattgaactctccagcattttttgttgatgttgtgcttaccactaagacaagagacaacacccacaccacatgtagacacca 790  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40749342 tatttttgggtactaattaattgaactctccagcattttttgttgatgttgtgcttaccactaagacaagagacaacacccacaccacatgtagacacca 40749243  T
Q  791 ataatgattttaagagtaaatgctcaatttagtctctcacaattttttaccacattagtttgtggcaatttattttacggagaacaaattagtccctaat 890  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40749242 ataatgattttaagagtaaatgctcaatttagtctctcacaattttttaccacattagtttgtggcaatttattttacggagaacaaattagtccctaat 40749143  T
Q  891 ttactataagatatggactaattgatataaaaatgtcagagactagtacaagtattattttttgttggagactgtattgggccgagagaaaattgtgaga 990  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40749142 ttactataagatatggactaattgatataaaaatgtcagagactagtacgagtattattttttgttggagactgtattgggccgagagaaaattgtgaga 40749043  T
Q  991 aaccaaattgtgtcttcactctaattttaaaaaagcgatttaatgtaactgtttgtgtcagcattgtgtcgatgttatattagacaaatcatatgtgctg 1090  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40749042 aaccaaattgtgtcttcactctaatttaaaaaatgcgatttaatgtaactgtttgtgtcagcattgtgtcgatgttatattagacatatcatatgtgctg 40748943  T
Q  1091 gacatcggacatgtcttcattctgaactgtgagtgctacatgatgat 1137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40748942 gacatcggacatgtcttcattctgaactgtgagtgctacatgttgat 40748896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 65 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 40749959 - 40749771
Alignment:
Q  65 gacagctttttgaatgttggtgttacttgtcactgttatg------ttacggtctcatcggcatgggtgtgcataggatgctgtgtcgtagggtgttggg 158  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40749959 gacagctttttggatgttggtgttacttgtcacggttatggttatgttacggtctcatcggcatgg-tgtgcataggatgctgtgtcgtagggtgttggg 40749861  T
Q  159 ttttctttggcttacaaagttacattaaacacaccgtgtgcgtcaccatcatcataaatattcattcatatcatataatcaaacagtaac 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  40749860 ttttctttggcttacaaagttacattaaacacaccgtgtgcgtcaccatcatcataaatattcattcatatcataacatcaaacagtaac 40749771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University