View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5066-Insertion-5 (Length: 562)

Name: NF5066-Insertion-5
Description: NF5066
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5066-Insertion-5
NF5066-Insertion-5
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (8-562)||(4845539-4846093)
chr7 (8-562)||(4711599-4712153)
chr7 (34-555)||(4815798-4816316)
chr7 (34-555)||(4783369-4783887)
chr7 (8-562)||(4636874-4637425)
chr7 (8-562)||(4696717-4697268)
chr7 (19-540)||(4666966-4667484)
chr7 (35-546)||(4630971-4631482)
chr7 (33-562)||(4863964-4864493)
chr7 (125-555)||(4672837-4673264)
chr7 (132-490)||(4643848-4644203)
chr7 (8-297)||(4663008-4663294)
chr7 (8-357)||(4653537-4653883)
chr7 (426-539)||(4653928-4654041)
chr7 (33-105)||(4643713-4643785)
chr7 (35-108)||(4672720-4672793)
chr7 (34-86)||(4647569-4647619)
chr7 (513-562)||(4644214-4644263)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-487)||(18925344-18925820)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 4846093 - 4845539
Alignment:
Q  8 ctattacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattat 107  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4846093 ctatcacctttattcttggtaagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaacttcgaaattccaagttacattat 4845994  T
Q  108 aatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatc 207  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  4845993 aatcctctgtcacatactttccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggaatagtattgtttaaatagtttagatgatc 4845894  T
Q  208 acttccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggt 307  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||    
T  4845893 acttccataaaaacttgatacactaagtggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggt 4845794  T
Q  308 ggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaat 407  Q
     |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845793 tgaacttgattttcaccaacattgactctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattctctgttgtcaaagccaattaatttgaaat 4845694  T
Q  408 aataatttaggtcatctgggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgt 507  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||| |    
T  4845693 aataatttaagtcatctgggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaacgaaagcataaaaaggattcaattcgtttat 4845594  T
Q  508 gttgttgggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgggttgatttgaatgcaa 562  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  4845593 gttgttcggaaagaaagttatgtttagcttcccatttggtttgatctgaatgcaa 4845539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 4712153 - 4711599
Alignment:
Q  8 ctattacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattat 107  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712153 ctatcacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattat 4712054  T
Q  108 aatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  4712053 aatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatc 4711954  T
Q  208 acttccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggt 307  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711953 acttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggt 4711854  T
Q  308 ggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||| |||||| ||||||  ||||||||||| ||| | |||| |||     
T  4711853 ggaacttgattttgaccaacgttgactctatataccatttccaaagctttgtcgttatgaatttggtattccgtgttgtcaaagtcaagtgatttcaaaa 4711754  T
Q  408 aataatttaggtcatctgggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgt 507  Q
      || ||| ||||||   |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||  | || ||| |    
T  4711753 ggtattttgggtcattaaggtccgtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaatttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttat 4711654  T
Q  508 gttgttgggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgggttgatttgaatgcaa 562  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4711653 gttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaa 4711599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 34 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 4816316 - 4815798
Alignment:
Q  34 atcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataa 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  4816316 atcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataa 4816217  T
Q  134 cttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacacttgatacactat 233  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| | | |||||||  |||  || | | ||   |   | |  ||||||||||||||     
T  4816216 cttcttgcagttaagtaaacaccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttatgtgt---aaagtcacttgatacactag 4816120  T
Q  234 ttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgac 333  Q
     ||| || ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4816119 atgggtactctttctccaagtaacgaggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgtatcttggtttgctggaacttgattttgaccaacgttgac 4816020  T
Q  334 tctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaataataatttaggtcatctg-ggtttgt 432  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |  ||| ||| || ||||||  |||||||| | |||  ||| |||| |  ||||| | ||||| ||| |||||||    
T  4816019 tctataaaccgtctctaaagctttgttgttaagaacttggtattccgtgttgtcagaaccaggtaacttgatacgataatcttggtca-ctgaggtttgt 4815921  T
Q  433 gtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgttt 532  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4815920 gtaatagagaaaagaaggcatagacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggactcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgttt 4815821  T
Q  533 agcttctcatttgggttgatttg 555  Q
    |||||||| ||||| ||||||||    
T  4815820 agcttctcgtttggtttgatttg 4815798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 34 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 4783887 - 4783369
Alignment:
Q  34 atcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataa 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  4783887 atcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataa 4783788  T
Q  134 cttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacacttgatacactat 233  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| | | |||||||  |||  || | | ||   |   | |  ||||||||||||||     
T  4783787 cttcttgcagttaagtaaacaccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttatgtgt---aaagtcacttgatacactag 4783691  T
Q  234 ttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgac 333  Q
     ||| || ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4783690 atgggtactctttctccaagtaacgaggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgtatcttggtttgctggaacttgattttgaccaacgttgac 4783591  T
Q  334 tctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaataataatttaggtcatctg-ggtttgt 432  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |  ||| ||| ||  || ||  |||||||||| |||  ||| |||| |  ||||| | ||||| ||| |||||||    
T  4783590 tctataaaccgtctctaaagctttgtagttaagaacttgataatccgtgttgtcaaaaccaggtaaattgataagataatcttggtca-ctgaggtttgt 4783492  T
Q  433 gtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgttt 532  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783491 gtaatagagaaaagaaggcatagacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggaatcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgttt 4783392  T
Q  533 agcttctcatttgggttgatttg 555  Q
    |||||||| ||||| ||||||||    
T  4783391 agcttctcgtttggtttgatttg 4783369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 8 - 562
Target Start/End: Original strand, 4636874 - 4637425
Alignment:
Q  8 ctattacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattat 107  Q
    |||| ||||||||  |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  4636874 ctatcacctttatagttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattat 4636973  T
Q  108 aatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatc 207  Q
    |||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| | | |||||||  |||  || | | ||     
T  4636974 aatcctttgtctcatacattccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttat- 4637072  T
Q  208 acttccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggt 307  Q
       |  | |  ||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| |   |||||    
T  4637073 --gtgtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaaagaggaaaatcattgccccaattgcgaaacatacctgtatcatcacttggt 4637170  T
Q  308 ggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||  ||||||  |||  ||  || ||| |  ||| ||||    
T  4637171 ggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagctttgtctttatgaattcggtattccgtgtactctgagtcaactggtttcaaat 4637270  T
Q  408 aataatttaggtcatctgggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgt 507  Q
    | |||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |    
T  4637271 agtaatttgggtcattgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcattgacacaacttcgatcccgttaataaaagcataacaaggatttgattggtttat 4637370  T
Q  508 gttgttgggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgggttgatttgaatgcaa 562  Q
    | |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  4637371 gctgttaggaatgaaagttatgtttaacttttcatttggtttgatttgtatgcaa 4637425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 8 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 4697268 - 4696717
Alignment:
Q  8 ctattacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattat 107  Q
    |||| |||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||      
T  4697268 ctatcacctatatttttgatatgctgatcaaactcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaccaacatcaacttcgaaattccaagttacattga 4697169  T
Q  108 aatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatc 207  Q
    ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |  | ||||||  ||||||  ||||||     
T  4697168 aatcctctgtctcatccaatccacgacttcttgcagttaagtacacagcttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgatg 4697069  T
Q  208 acttccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggt 307  Q
      |   | || |||||||||  || | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4697068 ttt---aaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccagttacgaaacataccagtatcttggtttggt 4696972  T
Q  308 ggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaat 407  Q
    |||||||||||   ||| || ||||||||||||||| |||| || ||||| || ||| ||| || ||| || |||||||| ||| ||| | || | ||||    
T  4696971 ggaacttgattgccacccacattgactctataaaccgtctctaacgctttgtcgttaagaacttggtagtccctgttgtctaagtcaagtgatatcaaat 4696872  T
Q  408 aataatttaggtcatctg-ggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttg 506  Q
     ||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  | ||||||     
T  4696871 gatattttgggtca-ctgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcattgacacaacttctattccgttaatgaaagcataataaggatttgactggttta 4696773  T
Q  507 tgttgttgggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgggttgatttgaatgcaa 562  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||    
T  4696772 tgttgctgggaatgaaagttatgtttaacttctcatttggtttggtttgaatgcaa 4696717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 540
Target Start/End: Original strand, 4666966 - 4667484
Alignment:
Q  19 attcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtc 118  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||| |     
T  4666966 attcttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaatagaatcaactttaaaattccatgtcacattataattctctttg 4667065  T
Q  119 acatccattccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaa 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||  |||| ||     
T  4667066 gcatccattccataacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtgtaatttggaatagtattttgtaaatagtttggatgatcaggtccaaaat 4667165  T
Q  219 cacttgatacactatttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgatt 318  Q
     ||||||||  || | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |     |||||||||||| |    
T  4667166 aacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcaccaggtggaacttgact 4667265  T
Q  319 ttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaataataatttagg 418  Q
    || ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| |  ||| |||| | ||||||  || |||||||| ||| |||| | |||| ||||||| ||    
T  4667266 ttcaccaacgctgactctataaaccgtctccatagctttgttgttaggaatatggtattcattgctgtcaaagtcaagtaatgtcaaatgataatttggg 4667365  T
Q  419 tcatctg-ggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgtgttgttggga 517  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  || |||||||| ||||||||| |   || ||| |||||||||||||| ||||||    
T  4667366 tca-ctgaggtttgtgtaatagagaaaagacggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagcaaa---agcatttaattggtttgtgtttttggga 4667461  T
Q  518 atgaaagttatgtttagcttctc 540  Q
    |||||||||| || ||| |||||    
T  4667462 atgaaagttacgtctagtttctc 4667484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 35 - 546
Target Start/End: Original strand, 4630971 - 4631482
Alignment:
Q  35 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccataac 134  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||    
T  4630971 tcaaactcacaaaaatgtaatcttaccatataagtaaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctttgttgcatccattccataac 4631070  T
Q  135 ttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacacttgatacactatt 234  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||| ||||||    |||| ||  |||||||||||||      
T  4631071 ttctcgcagttaagtaaacagcttctggtgcagtgtaatttgaaatggtattgtttaaatagtttagatgat---gtccaaaataacttgatacactaag 4631167  T
Q  235 tggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgact 334  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4631168 tggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatcataatttggtggaacttgattttcaccagcgttgact 4631267  T
Q  335 ctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaataataatttaggtcatctg-ggtttgtg 433  Q
    ||||||||  | |||| |||||| |  ||| |||| | |||||| | | |||||||  ||| ||  || ||||  || ||   |||| ||| | || |||    
T  4631268 ctataaactgtttccatagctttgttgttaagaatctggtattcaccgctgtcaaaatcaagtatctttaaatggtagttcgtgtca-ctgagattagtg 4631366  T
Q  434 taatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgtg------ttgttgggaatgaaagtta 527  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||  |||    ||| ||||||||||||      || ||||||||||||||||    
T  4631367 taatagagaaaagaaggcatagacacaatctcaattccgttgatgaaagctaaac---catttaattggtttgtgtttgtatttttgggaatgaaagtta 4631463  T
Q  528 tgtttagcttctcatttgg 546  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4631464 tgtttagcttctcatttgg 4631482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 33 - 562
Target Start/End: Original strand, 4863964 - 4864493
Alignment:
Q  33 gatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatccattccata 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |  ||| ||    
T  4863964 gatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaattagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgta 4864063  T
Q  133 acttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacacttgatacacta 232  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |  | ||||||  ||||||  ||||||    |  | || |||||||||  ||     
T  4864064 acttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctt 4864160  T
Q  233 tttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttga 332  Q
    | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |     |||||||||||| ||| ||| || ||||    
T  4864161 tgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattga 4864260  T
Q  333 ctctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgta-ttcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaataataatttaggtcatctgggtttg 431  Q
    ||||||||||| |||| || ||||| || ||| ||| || ||| |||| ||||||||||| ||| | |||| |||||||| ||| ||||||   ||||||    
T  4864261 ctctataaaccgtctctaacgctttgtcgttaagaacttggtagttcg-tgttgtcaaagtcaagtgatttcaaataatattttgggtcattgaggtttg 4864359  T
Q  432 tgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgtgttgttg---ggaatgaaagttat 528  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||  ||||||  |||| ||| | || |||   ||||||||||||||    
T  4864360 tgtaatatagaaaagaaggcatagacacgacttctattccattaatgaaggcataataaggatttgattgatttatattattggccggaatgaaagttat 4864459  T
Q  529 gtttagcttctcatttgggttgatttgaatgcaa 562  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  4864460 gtttagcttctcatttgatttgatttgaatgcaa 4864493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 125 - 555
Target Start/End: Original strand, 4672837 - 4673264
Alignment:
Q  125 attccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacacttg 224  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||  ||||||   |   |||  ||||||    
T  4672837 attccataacttcttgcagttacgtaaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaaaagttgagatgatgcat---atactcacttg 4672933  T
Q  225 atacactatttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgacc 324  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |     |||||||||||| ||| |||    
T  4672934 atacactaagtggatattgtttctccaagtaaccatgaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcacccggtggaacttgactttcacc 4673033  T
Q  325 aacgttgactctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaataataatttaggtcatct 424  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||| ||||||  ||||||| ||| ||| | |||| |||| ||||||| ||||| ||    
T  4673034 aacgttgactctataaaccatttccaaagctttttcgttatgaatttggtattccgtgttgtctaagtcaagtgatttcaaatgataatttgggtca-ct 4673132  T
Q  425 g-ggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgtgttgttgggaatgaaa 523  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||  ||| |||  || || | |||||||||    
T  4673133 gaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcattgacacaatttcgattccgttaatgaaagcatatttaacatttgatttgttcatgatgcttggaatgaaa 4673232  T
Q  524 gttatgtttagcttctcatttgggttgatttg 555  Q
     ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  4673233 tttatgtttagcttctcattgggcttgatttg 4673264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 132 - 490
Target Start/End: Original strand, 4643848 - 4644203
Alignment:
Q  132 aacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaacacttgatacact 231  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |   ||| |||||||||||| ||||||    | ||||| || ||||||| ||    
T  4643848 aacttcttgcagttaaataaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggcattttttaaatagtttagatgatg---ttcataatcatttgatacgct 4643944  T
Q  232 atttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttg 331  Q
        ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  4643945 tagcggatattgtttctccaagtaacgaggataatcattgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgaattcgaccaacgttg 4644044  T
Q  332 actctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaataataatttaggtcatctg-ggttt 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||    | |  ||| |||||  ||| |||| |  ||||| | ||||| ||| |||||    
T  4644045 actctataaaccatctccaaagctttgtcattaagaatttggtatggtatatcttcagagccatctaacttgatacgataatcttggtca-ctgaggttt 4644143  T
Q  431 gtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataacta 490  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4644144 gtgtaatagagaaaagaaggcatagacacaacttcgattccgttaatgaaagcataacta 4644203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Original strand, 4663008 - 4663294
Alignment:
Q  8 ctattacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattat 107  Q
    |||| |||||||||  |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||| |  |||||||||||||||||||    
T  4663008 ctatcacctttatttatgatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatgtatgtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattat 4663107  T
Q  108 aatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatc 207  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||    
T  4663108 aatcctctgtcacatactttccataatttcttgcagttaagtatacagtttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatc 4663207  T
Q  208 acttccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatc 297  Q
       |||| || ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  4663208 ---tccaaaatcacttgatacactttgtggatattctatctccaagtaacgaggagaatcattttcccaataacgaaacatacctgtatc 4663294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 357
Target Start/End: Original strand, 4653537 - 4653883
Alignment:
Q  8 ctattacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattat 107  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | || ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  4653537 ctatcacctttatccttgatacgccaatcaaattcacaaaaatgtaacctgaccatataagtaaatgttgagtcaacttcgaaattccaagttacattgt 4653636  T
Q  108 aatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatc 207  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |  ||||||||  ||||||  ||||||     
T  4653637 aatcctctgtgacattcattccataacttctcgcagttaggtatacagcttctggtgcgatgtaatttggaattgtattgtttttatagttgagatgat- 4653735  T
Q  208 acttccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggt 307  Q
      || || || |||||||||||||   |||||||| |||||| |||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  4653736 --ttacaaaatcacttgatacacttagtggatattgtttctctaagtaacgaggataatcgttatcccaattacgaaacaaaccagtatctaggtttggt 4653833  T
Q  308 ggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagcttt 357  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||    
T  4653834 ggaacttgattttcaccaacgttgacactataaactgtctccagagcttt 4653883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 426 - 539
Target Start/End: Original strand, 4653928 - 4654041
Alignment:
Q  426 ggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataactaggattcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagt 525  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||    
T  4653928 ggtttgagtaatagagaaaagaaggcatagacacaacttcaattccattaatgaaagcataataaggatttgaatggtttgtgttgttgggaatgaaagt 4654027  T
Q  526 tatgtttagcttct 539  Q
    ||||||||||||||    
T  4654028 tatgtttagcttct 4654041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 33 - 105
Target Start/End: Original strand, 4643713 - 4643785
Alignment:
Q  33 gatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacatt 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  4643713 gatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 4643785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 35 - 108
Target Start/End: Original strand, 4672720 - 4672793
Alignment:
Q  35 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattata 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  4672720 tcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattata 4672793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 86
Target Start/End: Original strand, 4647569 - 4647619
Alignment:
Q  34 atcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactt 86  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4647569 atcaaactcacaaaa--gtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaactt 4647619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 513 - 562
Target Start/End: Original strand, 4644214 - 4644263
Alignment:
Q  513 tgggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgggttgatttgaatgcaa 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||    
T  4644214 tgggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgttttaatttggatgcaa 4644263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 18925820 - 18925344
Alignment:
Q  8 ctattacctttattcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattat 107  Q
    |||| ||||| |||||| ||| ||  ||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||   |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  18925820 ctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaatgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaattccaagttacattat 18925721  T
Q  108 aatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggagtaatattgtttaaatagtttggatgatc 207  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |  ||||||||| ||||||  ||| ||     
T  18925720 aatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtatacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgtttatatagttgagattat- 18925622  T
Q  208 acttccataaacacttgatacactatttggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggt 307  Q
       |  | || || ||||||||||   |||||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| || |   || ||    
T  18925621 --gtgtaaaatcatttgatacacttagtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcgttgtcccaataacgaaacatacctgtgtcattacttcgt 18925524  T
Q  308 ggaacttgattttgaccaacgttgactctataaaccatctccaaagctttatcattacgaatttcgtattcgctgttgtcaaagccaattaatttgaaat 407  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||| ||  |||| ||| | |  |||| |||||   |||| |||| ||||| ||| || ||||    
T  18925523 ggaacttgattatcaccaacgctgactctataaaccgtctctaacactttgtcactgctgattttgtatttcatgttttcaaggccaagtaactttaaat 18925424  T
Q  408 aataatttaggtcatctgggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatcgacacaacttcgattccgttaatgaaagcataa 487  Q
     || ||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  || |||||||| ||||||||||||    
T  18925423 gatgatttgagtcattgaggtttgtgtaatagagaaaagaaggcatggacacgatctcaattccgttgatgaaagcataa 18925344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University