View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5067-Insertion-1 (Length: 1143)

Name: NF5067-Insertion-1
Description: NF5067
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5067-Insertion-1
NF5067-Insertion-1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (6-1075)||(9079786-9080834)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 789; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 789; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1075
Target Start/End: Complemental strand, 9080834 - 9079786
Alignment:
Q  6 catgcacttacagacaaagcattaggaattcttgttttccaaggtctccaccctaacatgttatacttgtttttgttgggaacatatattgaatgtgctt 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9080834 catgcacttacagacaaagcattaggaattcttgttttccaaggtctccaccctaacatgttatacttgtttttgttgggaacatatattgaatgtgttt 9080735  T
Q  106 cctcttcctctc--tatatataatgtctcaaaggaacattgtacgttatagacataaccactactatttctatgtgctatttcaacatatatgcatgggt 203  Q
    | ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9080734 c-tctccctctccctatatataatgtctcaaaggaacattgtacgttatagatataaccactactatttctatgtgctatttcaacatatatgcatgggt 9080636  T
Q  204 gtattatttgttaaatcaaaaaagtagataggaattttttgaagtggtaacataacatgcatgaaattttatgaatcagaagaatatattgttcgggtaa 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9080635 gtattatttgttaaatcaaaaaagtagataggaattttttgaagtggta-----acatgcatgaaattttatgaatcagaagaatatattgttcgggtaa 9080541  T
Q  304 gtacctaggggaatcgatactcaattttattccctattttatttatgttggtagaatgctctcacttactcaatgaaatttaaatcactttttcctatnn 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  9080540 gtacctaggggaatcgatactcaattttattccctat----tttatgttggtagaatgctctcacttactcaatgaaatttaaatcactttttcctat-- 9080447  T
Q  404 nnnnnnttcatttcgcttagaatagttaattgatttaggtagaatttgaattcagattcttttaatcgaaattatgaaataattgatgtaatgtaactgt 503  Q
          |||||||| |||                ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |     
T  9080446 aaaaaattcatttcactt----------------ttaggtagaatttgaattcagattcttttaaacgaaattatgaaatgattgatgtaatgtaaccgc 9080363  T
Q  504 tataaaatatcttcagaacttagggttccgaaacaacaatgtcaaaaatatattctcatatttgattctttttggtattatctttgagatcttagaatgt 603  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9080362 tataaaatatcttcagaatttagggtttctaaacaacaatgtcaaaaatatattcttatattcgattcttttcggtattatctttgagatcttagaatgt 9080263  T
Q  604 gctcttctcaaatttttatattcgattttctccaatgttaatttaataggctaatttacctccttaaaaactttgaaatggcaagcttttcatcctctaa 703  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9080262 gctcttcttaaattttcatattcgattttcttcggtgttaatttaataggctaatttacctccttaaaaaaattgaaatggcaagcttttcatcctctaa 9080163  T
Q  704 cattttcttggctcaaaaaggaataaacaaggtttatattgaacatgtgatttttgttgtgttattttagatttgggtatagatgctactttcttgtcat 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9080162 cattttcttggctcaaaaaggaataaacaaggtttatattgaacatgtggtttttgttgtgttattttagatttgggtatagatgctactttcttgtcat 9080063  T
Q  804 caatttattcttttatatttgaggagacattaacctgtgatgacatatacaatatgtctaatctcatgtgatatatgtgtggctttcataaatccaaact 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  9080062 caatttattcttttatatttgaggagacattaacctgtgatgacatatacaatatgtctaatctcatgt-atgcatgtgtggctttcataaatccaaact 9079964  T
Q  904 tccaaccattggcaatggcatatgcttacatattaaccaatggttctaccaatttcattatcatccctttctcac-actaccgtatacacaatcatatca 1002  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9079963 tccaaccattggcaatggcatatgcttacatattaaccattggttctaccaatttcattatcatccctttctcacaactaccgtatacacaatcatatca 9079864  T
Q  1003 tatcatatcaaaataaattttgg--caactag-ttctg-aaactcacgaatatt-gctatcatatatgataccctatc 1075  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9079863 tatcatatcaaaataaattttgggccaactagtttctgaaaactcacgaatattcgctatcatatatgataccctatc 9079786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University