View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5067-Insertion-4 (Length: 838)

Name: NF5067-Insertion-4
Description: NF5067
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5067-Insertion-4
NF5067-Insertion-4
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (8-757)||(23035637-23036387)
chr3 (8-430)||(23038836-23039258)
chr3 (12-584)||(23148399-23148971)
chr3 (12-584)||(23145561-23146133)
chr3 (13-445)||(23016842-23017274)
chr3 (13-388)||(23032551-23032911)
chr3 (14-431)||(23139840-23140257)
chr3 (24-410)||(23024087-23024473)
chr3 (41-231)||(22946398-22946588)
chr3 (14-240)||(22971936-22972162)
chr3 (18-231)||(22831829-22832042)
chr3 (18-153)||(22941367-22941502)
chr3 (95-170)||(22916741-22916816)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (12-412)||(6541-6941)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-375)||(21779663-21780026)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (14-381)||(12609749-12610116)
chr1 (80-357)||(12636869-12637146)
chr1 (14-381)||(15885751-15886118)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (95-359)||(62019-62283)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-231)||(5594023-5594236)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (177-251)||(2433634-2433708)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 23036387 - 23035637
Alignment:
Q  8 ccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036387 ccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaa 23036288  T
Q  108 ttgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23036287 ttgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaactttgagtacat 23036188  T
Q  208 tccttttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaag 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036187 tccttttggtgccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaag 23036088  T
Q  308 cttcctagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatgaacttttattgtttccttctgtttatc 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23036087 cttccaagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccacaatgagaagaaaggatgaacttttattgttttcttctgtttatc 23035988  T
Q  408 atcctctgcatgtaatatgagcttcataagaag-aaaattaagcctttagcagtttacctgtaatatttttagcagggtaccgaacagataccttcgatc 506  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||    
T  23035987 atcctctgcatgtcatatgagcttcataagacgaaaaattaaacctttggcagtttacctgtaatatttttagcagagtaccgaacagataccttccgtc 23035888  T
Q  507 ggtagaaataagtaggctatgtttggcaataagagttaaaagaaatgaagattgtgtaacttatccatattttctagaagccaaataaatgaagattgtg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23035887 ggtagaaataagtaggctatgtttggctataagagttaaaataaatgaagattgtgtaacttatccatattttctagaagccaaataaatgaagattgtg 23035788  T
Q  607 caacttaaccgtgtttggctattattcggcaaaaccctatattagtttacaggttcacacgtaaacttcttttggggattgtggtaatatttaatgagag 706  Q
     ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  23035787 taacttaaccatgtttggctagtattcggcaaaaccctatattagtttataggttcacaggtaaacttctttaggggattgtggaaatattttatgagag 23035688  T
Q  707 tccaagagaagtacctcgtacatgtgtgacatgataaatgaagtagttaaa 757  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23035687 tccaagaaaactacttcgtacatgtgtgacatgataaatgaagtggttaaa 23035637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 8 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 23039258 - 23038836
Alignment:
Q  8 ccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaa 107  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||    
T  23039258 ccaacacctcttttgctgccaagagaatgtcgtcaaacatgtgagataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtgatagtcaatgcttgggcaa 23039159  T
Q  108 ttgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  23039158 ttgcaagagatccaaattactggactgagccggagagattttatccagagagattccttgacagcgccattgactataaaggaagtaattatgagtacat 23039059  T
Q  208 tccttttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaag 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23039058 tccttttggtgccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaagtattgagctggcccttgcaatgttgttgtatcattttgactggaag 23038959  T
Q  308 cttcctagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatgaacttttattgtttccttctgtttatc 407  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  23038958 cttccaagtggaatcagaagtgaagacttggatatgactgatgaattcggagccacaatgagaagaaaagatgatcttttattgttttcttttgtttatc 23038859  T
Q  408 atcctctgcatgtaatatgagct 430  Q
    ||||| || | || |||||||||    
T  23038858 atcctttgtaagtcatatgagct 23038836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 12 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 23148971 - 23148399
Alignment:
Q  12 cacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgc 111  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||  |||||| ||||  ||||||||||||||||| || ||||||| ||| || | ||| |||||||||||||||||    
T  23148971 cacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaagcgtgtgatataaatggttatcacattccgattaagactaaagtgataatcaatgcttgggcaattgc 23148872  T
Q  112 aagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattcct 211  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  23148871 aagagattcaaactactggactgaaccagagaggttttatccagagagattcattgaaagcgatattgactataaagggagtaacttcgagtacattcct 23148772  T
Q  212 tttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttc 311  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23148771 tttggtgccggaagaagaatatgcccagggagcatatttggtttgagaaatattgagctggccctagcaatgttgttgtatcattttgactggaagcttc 23148672  T
Q  312 ctagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatgaacttttattgtttccttctgtttatcatcc 411  Q
    | |||||||| | | |||||||| |||| |||||||| |||||||||  |||  |||| ||||| ||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  23148671 ccagtggaataacaggtgaagaaatggatatgactgaggaatttggactcacggtgaggagaaaagatgatcttttattgtgcccttttgtttatcatcc 23148572  T
Q  412 tctgcatgtaatatgagcttcataagaagaaaattaagcctttagcagtttacctgtaatatttttagcagggtaccgaacagataccttcgatcggtag 511  Q
    | |||| || | ||||||||||  |||||||| | ||  ||||   ||| ||||  |||| |||||||||| || ||||| | ||||||||   |||| |    
T  23148571 tttgcaagttacatgagcttcactagaagaaactgaaaactttgcaagtgtaccaataatgtttttagcagagtgccgaaaacataccttcttccggtcg 23148472  T
Q  512 aaataagtaggctatgtttggcaataagagttaaaagaaatgaagattgtgtaacttatccatattttctaga 584  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| |||| ||| |||||    
T  23148471 aaataagtgggctatgcttggcaataagagttaaaataaatgaagattgttcaacttaaccatgtttactaga 23148399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 12 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 23146133 - 23145561
Alignment:
Q  12 cacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgc 111  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||  ||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||   | | |||||||||||| ||||    
T  23146133 cacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaagaatgtgatataaatggttatcacataccgattaagactaaggtgttagtcaatgcttgggcagttgc 23146034  T
Q  112 aagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattcct 211  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  23146033 aagagatccaaactactggactgaaccagagaggttttatccagagagattcatcgacagcgatattgactataaagggagtaactttgagtacattcct 23145934  T
Q  212 tttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttc 311  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23145933 tttggtgctggaagaagaatatgtccagggagcacatttggtttgacaaatattgagctggtccttgcaatgttattgtatcattttgactggaagcttc 23145834  T
Q  312 ctagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatgaacttttattgtttccttctgtttatcatcc 411  Q
    |||||||||| | | |||||||| |||| |||||||| |||||||||  |||  |||||||||| ||||| ||||||||||  |||| ||||||| ||||    
T  23145833 ctagtggaataacaggtgaagaaatggatatgactgaggaatttggactcacggtgagaagaaaagatgatcttttattgtgcccttttgtttataatcc 23145734  T
Q  412 tctgcatgtaatatgagcttcataagaagaaaattaagcctttagcagtttacctgtaatatttttagcagggtaccgaacagataccttcgatcggtag 511  Q
    | |||| |  | ||||||||||  |||||||| | ||  ||||  |||| ||||  ||||  ||||||||| || ||||| | ||||||||   | || |    
T  23145733 tttgcaaggtacatgagcttcacgagaagaaactgaaaactttgccagtgtaccgataattattttagcagagtgccgaaaacataccttcttccagtcg 23145634  T
Q  512 aaataagtaggctatgtttggcaataagagttaaaagaaatgaagattgtgtaacttatccatattttctaga 584  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||  |||||| |||| ||| |||||    
T  23145633 aaataagttggctatgcttggctataagagttaaaataaataaagattgttcaacttaaccatgtttactaga 23145561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 13 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 23017274 - 23016842
Alignment:
Q  13 acctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgca 112  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||| |||||| | ||| |||||||||||||| |||    
T  23017274 acctcttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagactaaggtgataattaatgcttgggcaatcgca 23017175  T
Q  113 agagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattcctt 212  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
T  23017174 agagatccaaactactggactgaaccagagaagttttatccagagagattcattgacaacggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattcctt 23017075  T
Q  213 ttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcc 312  Q
    |||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23017074 ttggtggtggaagaagaatatgccctgggagtacattcggtttgagaaatgttgagttggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcc 23016975  T
Q  313 tagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatgaacttttattgtttccttctgtttatcatcct 412  Q
      ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| |||||| | || |||| |||||||||||||    
T  23016974 cggtggaatcaaatgtgacgaactggacatgactgagcaatttggagtcacaatgaggagaaaagatgaccttttactattgccttttgtttatcatcct 23016875  T
Q  413 ctgcatgtaatatgagcttcataagaagaaaat 445  Q
     || |||| | |||||||||| |||||||||||    
T  23016874 ttgaatgtcagatgagcttcagaagaagaaaat 23016842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 23032911 - 23032551
Alignment:
Q  13 acctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgca 112  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | | | ||||||||||||||||||    
T  23032911 acctcttttgctaccaagagaatgcggtcaagcatgtgagataaatggttatcacataccaattaaaagtaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgca 23032812  T
Q  113 agagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattcctt 212  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  23032811 agagatccaaactactggactgaaccagagagatt---------------catcgacagcgctattgactataaaggaagtaattttgagtacattccct 23032727  T
Q  213 ttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcc 312  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23032726 ttggtgccggaagaagaatatgcccagggagtacatttggtttgagaaatattgagctggccctcgcgatgttgttgtatcattttgactggacgcttcc 23032627  T
Q  313 tagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatgaactttta 388  Q
    |  |||||||| ||||| |||| | ||||||||||| |||||||||  | | ||||||||||| ||||| ||||||    
T  23032626 tgatggaatcagaagtgcagaactagacatgactgaggaatttggaatcgcaatgagaagaaaagatgatctttta 23032551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 23140257 - 23139840
Alignment:
Q  14 cctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||     | ||||| |||||||| || |    
T  23140257 cctcttttgctaccaagagagtgtggtcaagcatgtgagatacatggttatcacataccatttaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaatcgcga 23140158  T
Q  114 gagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttt 213  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |  | | |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23140157 gagatccaaactactggactgaaccagagaaattttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttt 23140058  T
Q  214 tggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcct 313  Q
    |||| | ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||  || ||||||| |  ||||||| | ||||||| |||||||||||     
T  23140057 tggtgcgggacgaagaatatgcccaggaagcatatttggtttgagaaatgttgagttgacccttgcaacattgttgttttattttgattggaagcttccg 23139958  T
Q  314 agtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatgaacttttattgtttccttctgtttatcatcctc 413  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||| || |||||||||| | |  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||     
T  23139957 agtggaattagaagtgaagaattggatatgaccgaggaatttggagtcgcagtgagaagaaaagatgatcttttattgttgccttttgtttgtcatcctt 23139858  T
Q  414 tgcatgtaatatgagctt 431  Q
    ||| ||| || |||||||    
T  23139857 tgcctgtcatgtgagctt 23139840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 24 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 23024473 - 23024087
Alignment:
Q  24 taccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaa 123  Q
    |||| ||||| |||| |||| |||||  |||| | |||||| |||| || | ||||| |||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23024473 taccgagagaatgtgctcaatcatgtaagatagacggttatgacattccaactaagactaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaa 23024374  T
Q  124 ttactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggttccgga 223  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||    
T  23024373 ttactggaccgaaccagagaggttttatccagagagattcatcgatagtgatattgactataaagggagtaactttgagtatattccttttggtgcggga 23024274  T
Q  224 agaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcctagtggaatca 323  Q
     |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| | ||||  | |||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  23024273 cgaagaatatgtccagggagcatatttggtttgcgaagtgttgagctagcccttgcaaagttgttgtaccattttgattggaagcttcctaatggaatca 23024174  T
Q  324 aaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatgaacttttattgtttccttctgtttatcatc 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||  || | ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  23024173 aaagtgaagaattggacatgactgagaaatttggtatcacagtgtgtagaaaagatgatctattattgttaccttctgtttatcatc 23024087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 41 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 22946588 - 22946398
Alignment:
Q  41 caagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccag 140  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||| || || |||| ||| | ||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||| ||||    
T  22946588 caagcatgtgagattgatggttatcacataccaatcaatagtagggtgataatcaatgcttgggcaattggaagggatccaaaatattggactgatccag 22946489  T
Q  141 agagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggttccggaagaagaat 231  Q
    | |  |||||||| || ||||| || || ||  || |||| | |||||| |  ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  22946488 ataagttttatcctgaaagatttattgatagttctgttgatttcaaaggaacaaattttgagtacattccatttggtgccggaaggagaat 22946398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 14 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22972162 - 22971936
Alignment:
Q  14 cctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaa 113  Q
    ||||||||  ||||||| | |||||  ||||| |||| |||  |||||||||||||||| || || |||| ||| | ||| |||||||||||||||| ||    
T  22972162 cctcttttagtaccaagggtgtgtggacaagcttgtgagattgatggttatcacataccaatcaaaagtagggtgataatcaatgcttgggcaattggaa 22972063  T
Q  114 gagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttt 213  Q
    | |||||||| || |||||||| ||||| |  |||||||| || ||||| || || ||  || |||| | |||||| |  ||||||||||||||||| ||    
T  22972062 gggatccaaaatattggactgatccagataagttttatcctgaaagatttattgatagttctcttgatttcaaaggaacaaattttgagtacattccatt 22971963  T
Q  214 tggttccggaagaagaatatgcccagg 240  Q
    |||| | ||||||||||| || |||||    
T  22971962 tggtgctggaagaagaatttgtccagg 22971936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 22832042 - 22831829
Alignment:
Q  18 ttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagaga 117  Q
    ||||||| |||||||| ||||   ||||||||| ||||||||| ||| | |||||| |||| || || || | | | ||||||||||| |||| ||||||    
T  22832042 ttttgcttccaagagaatgtggaaaagcatgtgagataaatgggtatgatataccttttaaaagcaaagtgatagtgaatgcttgggctattggaagaga 22831943  T
Q  118 tccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggt 217  Q
    ||||||| | |||   || ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||   | | ||||| || || | ||||||||||| |||||||||||||    
T  22831942 tccaaatcattgggacgacccagaaagattttatcctgaaagattcattgatagttgtgtggactataagggtaataattttgagttcattccttttggt 22831843  T
Q  218 tccggaagaagaat 231  Q
     | || ||||||||    
T  22831842 gctggtagaagaat 22831829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 153
Target Start/End: Original strand, 22941367 - 22941502
Alignment:
Q  18 ttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagaga 117  Q
    ||||||| |||||||| ||||  ||||||||||  |||||||| ||| | |||||| |||| || || || | | | ||||||||||| |||| ||||||    
T  22941367 ttttgcttccaagagaatgtggacaagcatgtgaaataaatgggtatgatataccttttaaaagcaaagtgatagtgaatgcttgggccattggaagaga 22941466  T
Q  118 tccaaattactggactgaaccagagagattttatcc 153  Q
    ||||||| | |||  ||| |||||||||||||||||    
T  22941467 tccaaatcattgggatgacccagagagattttatcc 22941502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 170
Target Start/End: Original strand, 22916741 - 22916816
Alignment:
Q  95 aatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgaca 170  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||  ||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
T  22916741 aatgcttgggccattggaagagatccaaataattgggatgatccagaaagattttatcctgaaaggttcatcgaca 22916816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 12 - 412
Target Start/End: Original strand, 6541 - 6941
Alignment:
Q  12 cacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgc 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  6541 cacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaagcatgtgagataaatggttataacataccgtttaggagtaaggtgataatcaatgcttgggcaattgc 6640  T
Q  112 aagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattcct 211  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  6641 aagagatccaaacttctggactgaaccagagaggttttatccagagagattcactgacagcactattgactataaagggggtaattttgagtacattcct 6740  T
Q  212 tttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttc 311  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6741 tttggtgctggaagaagaatttgcccaggaagtatatttggtttgagaaatgttgagctggcgcttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttc 6840  T
Q  312 ctagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatgaacttttattgtttccttctgtttatcatcc 411  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  || ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  6841 catgtggaatcaaaagtgaagaattggacatgacagaggaatttggagttacaatgagaagaaaggatgatctttcattgtttccctctgtttatcatcc 6940  T
Q  412 t 412  Q
    |    
T  6941 t 6941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 12 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 21780026 - 21779663
Alignment:
Q  12 cacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgc 111  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||||||  ||||||||||| ||||| || ||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  21780026 cacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaagcatgtgatataaatggttaccacattccgattaagactaaggtgataatcaatgcttgggcaattgc 21779927  T
Q  112 aagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattcct 211  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  21779926 aagagatccaaactactggactgaaccagagatgttttatccagagagattcatcgatagcgatattgactttaaagggagtaattttgagtacattcca 21779827  T
Q  212 tttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttc 311  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21779826 tttggtgccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgagacgacccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttc 21779727  T
Q  312 ctagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaa 375  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||| ||||||    
T  21779726 caagtgggatcaaaagtgaagaattggacatgactgaggaattcggagtcacaatgaaaagaaa 21779663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 132; Significance: 4e-68; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 12610116 - 12609749
Alignment:
Q  14 cctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaa 113  Q
    |||||||| || |||||||| ||||  |||||||||| |||  |||| ||||  ||||| || || || ||||| | | | ||||| ||||| |||| ||    
T  12610116 cctcttttacttccaagagaatgtggacaagcatgtgagattgatgggtatcgtataccaatcaaaagcaaggtgatagtcaatgcatgggcgattggaa 12610017  T
Q  114 gagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttt 213  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  12610016 gagatccaaagtactggactgaaccagagaagttttatccggagagattcatcggtagctctattgactacaaagggaataattttgagtacattccctt 12609917  T
Q  214 tggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcct 313  Q
    |||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||  |||| |||||  || |||||||||| ||||| |||||||||||     
T  12609916 tggtgctggaagaagaatatgtccaggtagcacatttggtttgataaatgttgagttggcacttgcattgatgttgtatcactttgattggaagcttccc 12609817  T
Q  314 agtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatga 381  Q
    | |||||| ||| |||| || || |||||||||||  |||||||||| ||| | | |||||| |||||    
T  12609816 aatggaatgaaaggtgaggacttagacatgactgagcaatttggagcgaccgtcaaaagaaaagatga 12609749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 80 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 12637146 - 12636869
Alignment:
Q  80 agtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattg 179  Q
    |||||||| | | ||||||| ||| ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |  ||| ||||||    
T  12637146 agtaaggtgatagtaaatgcatggacaattggtagagatccaaagtactggactgaaccagagaggtttcatccagagagattcattggtagctctattg 12637047  T
Q  180 actacaaagggagtaattttgagtacattccttttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgc 279  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||  |||| |||||    
T  12637046 actacaaaggaaataattttgagtacattccttttggtgcaggaagaagaatatgcccaggcatcacatttggtttgataaatgttgagttggcacttgc 12636947  T
Q  280 gatgttgttgtatcattttgactggaagcttcctagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttgg 357  Q
      ||||||| ||||| ||||| |||| |||||| | |||||| ||| |||| || ||||||||||||||  |||||||    
T  12636946 attgttgttatatcactttgattggaggcttcccaatggaatgaaaggtgaggatttggacatgactgagcaatttgg 12636869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 381
Target Start/End: Original strand, 15885751 - 15886118
Alignment:
Q  14 cctcttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaa 113  Q
    |||||||| || |||||||| ||||  |||||||||| |||  |||||||||| ||||| |  || || ||||| | | | ||||| ||||| |||| ||    
T  15885751 cctcttttacttccaagagaatgtgaacaagcatgtgagattgatggttatcatataccaaccaaaagcaaggtgatagtcaatgcatgggcgattggaa 15885850  T
Q  114 gagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttt 213  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15885851 gagatccaaagtattggactgaaccagagaggttttatccagagagattcattggtagctctattgactataaagggaataattttgagtacattccttt 15885950  T
Q  214 tggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatcattttgactggaagcttcct 313  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |  ||||||||||||  |||| ||||  |||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||| ||||||     
T  15885951 tggttctggaagaagaatatgcccgggcataacatttggtttggtaaatgttgagttggcacttgcattgttgttgtatcactttgattggaggcttccc 15886050  T
Q  314 agtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggagccaccatgagaagaaaggatga 381  Q
      |||||  ||| |||| || || |||||||| ||  |||||||||| ||| | | |||||| |||||    
T  15886051 gatggaacgaaaggtgaggacttagacatgaccgagcaatttggagcgaccgtcaaaagaaaagatga 15886118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 95 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 62283 - 62019
Alignment:
Q  95 aatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagta 194  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||  ||||||||||||| |||| ||    
T  62283 aatgcatgggcaatcggaagagatccaaggtactggacggaaccagagaggttttatccagagagattcattggtagttctattgactacaacgggaata 62184  T
Q  195 attttgagtacattccttttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttggtttgagaaatattgacatggcccttgcgatgttgttgtatca 294  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| || | |||||||||||  | | ||||  |||| ||||| ||||||||||||||    
T  62183 atttcgagtacattccttttggtgctggaaaaagaatatgcccaggcagtaaatttggtttgatgagtcttgagctggcacttgcaatgttgttgtatca 62084  T
Q  295 ttttgactggaagcttcctagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgactgacgaatttggag 359  Q
     ||||| ||||||||||| | |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  62083 ctttgattggaagcttcccaatggaatgaaatgtgaagacttggacatgactgagaaatttggag 62019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 5594023 - 5594236
Alignment:
Q  18 ttttgctaccaagagagtgtgttcaagcatgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagaga 117  Q
    ||||||| |||||||| ||||   ||||||||| ||||||||| ||| | |||||| |||| || || || | | | ||||||||||| |||| ||||||    
T  5594023 ttttgcttccaagagaatgtggaaaagcatgtgagataaatgggtatgatataccttttaaaagcaaagtgatagtgaatgcttgggctattggaagaga 5594122  T
Q  118 tccaaattactggactgaaccagagagattttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggt 217  Q
    ||||||| | |||   || ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||   | | ||||| || || | ||||||||||| |||||||||||||    
T  5594123 tccaaatcattgggacgacccagaaagattttatcctgaaagattcattgatagttgtgtggactataagggtaataattttgagttcattccttttggt 5594222  T
Q  218 tccggaagaagaat 231  Q
     | || ||||||||    
T  5594223 gctggtagaagaat 5594236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 177 - 251
Target Start/End: Original strand, 2433634 - 2433708
Alignment:
Q  177 ttgactacaaagggagtaattttgagtacattccttttggttccggaagaagaatatgcccagggagcacatttg 251  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||| ||||| | ||||||||    
T  2433634 ttgattacaaagggtctaattttgagtacataccttttggtgcaggaaggagaatatgtccaggaatcacatttg 2433708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University