View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5067-Insertion-7 (Length: 635)
Name: NF5067-Insertion-7
Description: NF5067
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5067-Insertion-7 |
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| [»] chr5 (1 HSPs) |
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| [»] chr3 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 635
Target Start/End: Original strand, 5616089 - 5616716
Alignment:
| Q |
8 |
attttcccaatgaatacggtcccctcctctttcttctatgccctacctctgattcattctgttttctccttaaggagcagcacccacattatacactaag |
107 |
Q |
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| T |
5616089 |
attttcccaatgaatacggtcccctcctctttcttctctgccctacctctaattcattctgttttctccttgaggagcagcaccctcgttatacactaag |
5616188 |
T |
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| Q |
108 |
gtgtgttcaatgtcacattcatacaacatcgagacatataattacattcaactatcttattttttcaaattattatttatgttgagatgttagtggtatg |
207 |
Q |
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| T |
5616189 |
gtgtgttcaatgtcacattcatacaacatcgacacatataattacattcaactatattattttttcaaattattatttatgttgagatattagtggtatg |
5616288 |
T |
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| Q |
208 |
tatgtgtcaatgtttcatataattcattggtgttttctctcttacataacaccgactctttataccgaaggtgtccacacgtggctacattcaattattc |
307 |
Q |
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| T |
5616289 |
tatgtgtcgatgtttcatataattcattcgtgttttctctcttacataacaccgactctttataccgaaggtatccacacgtggctacattcaattattc |
5616388 |
T |
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| Q |
308 |
tattctattagattactaattgagttgaagcgtccgtgtaattgtgtcaatgtttgtgctttttacctaccttttgctccatctcattctcatgttttat |
407 |
Q |
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| T |
5616389 |
tattctattagattactaattgagttgaagcgtccgtgtaattgtgtcaatgtttgtgctttttacctaccttttgctccatctcattctaatgttttat |
5616488 |
T |
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| Q |
408 |
actctattctatcaatgacgcaattcacatcaacatttccaccttttcaccaaacgcacacttttccaaccctaccatgaacaaaaatcaaatccctgta |
507 |
Q |
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| T |
5616489 |
actctattctatcaatgacgcaattcacatcaacatttccaccttttcaccaaacgcacacttttccaaccctaccatgaacaaaaatcaaatccctgta |
5616588 |
T |
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| Q |
508 |
gttattagtccttgttcagaatttcccacacctaataatcctctactacactttaacaatactgattgcatggagcagttactcattcactgtgccaatg |
607 |
Q |
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| T |
5616589 |
gttattagtccttgttcagaatttcccacacctaataatcctctactacactttaacaatgctaattgcatggagcagttactcattcactgtgccaatg |
5616688 |
T |
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| Q |
608 |
caatagaaagcaacaatgcaacactagc |
635 |
Q |
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| T |
5616689 |
caatagaaagcaacaatgcaacactagc |
5616716 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 635
Target Start/End: Original strand, 21161376 - 21162003
Alignment:
| Q |
8 |
attttcccaatgaatacggtcccctcctctttcttctatgccctacctctgattcattctgttttctccttaaggagcagcacccacattatacactaag |
107 |
Q |
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| T |
21161376 |
attttcccaatgaatacggtcccctcctctttcttctctgccctacctctaattcattctgttttctccttgaggagcagcaccctcgttatacactaag |
21161475 |
T |
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| Q |
108 |
gtgtgttcaatgtcacattcatacaacatcgagacatataattacattcaactatcttattttttcaaattattatttatgttgagatgttagtggtatg |
207 |
Q |
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| T |
21161476 |
gtgtgttcaatgtcacattcatacaacatcgacacatataattacattcaactatattattttttcaaattattatttatgttgagatattagtggtatg |
21161575 |
T |
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| Q |
208 |
tatgtgtcaatgtttcatataattcattggtgttttctctcttacataacaccgactctttataccgaaggtgtccacacgtggctacattcaattattc |
307 |
Q |
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| T |
21161576 |
tatgtgtcgatgtttcatataattcattcgtgttttctctcttacataacaccgactctttataccgaaggtatccacacgtggctacattcaattattc |
21161675 |
T |
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| Q |
308 |
tattctattagattactaattgagttgaagcgtccgtgtaattgtgtcaatgtttgtgctttttacctaccttttgctccatctcattctcatgttttat |
407 |
Q |
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| T |
21161676 |
tattctattagattactaattgagttgaagcgtccgtgtaattgtgtcaatgtttgtgctttttacctaccttttgctccatctcattctaatgttttat |
21161775 |
T |
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| Q |
408 |
actctattctatcaatgacgcaattcacatcaacatttccaccttttcaccaaacgcacacttttccaaccctaccatgaacaaaaatcaaatccctgta |
507 |
Q |
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| T |
21161776 |
actctattctatcaatgacgcaattcacatcaacatttccaccttttcaccaaacgcacacttttccaaccctaccatgaacaaaaatcaaatccctgta |
21161875 |
T |
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| Q |
508 |
gttattagtccttgttcagaatttcccacacctaataatcctctactacactttaacaatactgattgcatggagcagttactcattcactgtgccaatg |
607 |
Q |
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| T |
21161876 |
gttattagtccttgttcagaatttcccacacctaataatcctctactacactttaacaatgctaattgcatggagcagttactcattcactgtgccaatg |
21161975 |
T |
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| Q |
608 |
caatagaaagcaacaatgcaacactagc |
635 |
Q |
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| T |
21161976 |
caatagaaagcaacaatgcaacactagc |
21162003 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 183
Target Start/End: Original strand, 43609809 - 43609870
Alignment:
| Q |
122 |
acattcatacaacatcgagacatataattacattcaactatcttattttttcaaattattat |
183 |
Q |
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| T |
43609809 |
acattgatacaacatggacacatgtgattacattcaattatgttattttctcaaattattat |
43609870 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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