View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5068-Insertion-1 (Length: 975)

Name: NF5068-Insertion-1
Description: NF5068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5068-Insertion-1
NF5068-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-970)||(47887542-47888508)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (726-967)||(4620745-4620990)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 881; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 881; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 970
Target Start/End: Complemental strand, 47888508 - 47887542
Alignment:
Q  8 ctaatacccactattcagtattccacactactttttatatgtttatgtgtttaatttgttaacaagggtcatgcattaaccaaaatgaaataattatgta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47888508 ctaatacccactattcagtattccacactacttttcatatgtttatgtgtttaatttgttaacaagggtcatgcattaaccaaaatgaaataattatgta 47888409  T
Q  108 ccattcgtgtttgcgttttgttaagccgttccctttggctatcgtaggacataaagcaatggatttgattgtaggaaatagttcatgtagagcttaatta 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47888408 ccattcgtgtttgcgttttgttaagccgttccctttggctatcgtaggacataaagcattggatttgattgtaggaaatagttcatgtagagcttaatta 47888309  T
Q  208 ttagctaaagtgcttgttcttatctaaatnnnnnnnntagccgaagtgattgtaaatataagatggaattagtcttctttgcatataaatattaaactgg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47888308 ttagctaaagtgcttgttcttatctaaataaaaaaaatagccgaagtgattgtaaatataagatggaattagtctgctttgcatataaatattaaactgg 47888209  T
Q  308 tctagcaatagatgtgaggaaaatgcttacctcagacattaaacatagttttctatagaagttcttgtgcaaaaggctgggaaaaattggaagggtcatt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47888208 tctagcaatagatgtgaggaaaatgcttacctcagacattaaacatagttttctatagaagttcttgtgcaaaaggctgggaaaaattggaagggtcatt 47888109  T
Q  408 tttgttatctaatattcctaaccggattatattttatatggaaggaccttcttttggtttacaaaatcagtaaaagtcacttgctccagttcaaatgatt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47888108 tttgttatctaatattcctaaccggattatattttatatggaaggaccttcttttggtttacaaaatcagtaaaagtcacttgctccggttcaaatgatt 47888009  T
Q  508 acgagcataatgcaattaacgatgcttggtgatattctacaacctgttgaagtctaatatatttaatgaacatcaaaatcataacttgtgtagtgtagtg 607  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47888008 acgagcataatgcaattaatgatgcttggtgatattctacaacctgttgaagtctaatatatttaatgaacatcaaaatcataacttgtgtagtgtagtg 47887909  T
Q  608 gctatcacttcttcaactgctatatccatttctctctttgtttcaaaatatcttcaaaatttttacataacaatttttgatgcatttcccccttatttca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47887908 gctatcacttcttcaactgctatatccatttctctctttgtttcaaaatatcttcaaaatttttacataacaatttttgatgcatttcccccttatttca 47887809  T
Q  708 gaagacaacaaacacagaatgtgtttccactgacgacgaaaacatcatactaaatcctgagttcgaggatggcttgaataattggactgg-agaggctgc 806  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47887808 gaagacaacaaacacaaaatgtgtttccactgacgacgaaaacatcatactaaatcctgagttcgaggatggcttgaataattggactggaagaggctgc 47887709  T
Q  807 aagattgcagtacatgagtccatggcaaatgggaaaatccttccgaaatccgggaaattctttgcatctgcaaccgaacgcacacaaagctggaatggaa 906  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47887708 aagattgcagtacatgaatccatggcaaatgggaaaatccttccgaaatccgggaaattctttgcatctgcaaccgaacgcacacaaagctggaatggaa 47887609  T
Q  907 ttcagcaagaaatcactggacgagtgcagcsc-agcttg-ctatga-gtcactgctttagttcggat 970  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  47887608 ttcagcaagaaatcactggacgagtgcagcgcaagcttgcctatgaggtcactgctttagttcggat 47887542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 49; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 726 - 967
Target Start/End: Original strand, 4620745 - 4620990
Alignment:
Q  726 atgtgtttccactgacgacgaaaacatcatactaaatcctgagttcgaggatggcttgaataattggactggagag-gctgcaagattgcagtacatgag 824  Q
    ||||||||| ||||  || |||| ||||||| |||| ||  | || ||||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||||||||   | |||||     
T  4620745 atgtgtttctactggagatgaaagcatcataataaacccacaatttgaggatggcctgaataattggtctggaaggagctgcaagattgtgttgcatgat 4620844  T
Q  825 tccatggcaaatgggaaaatccttccgaaatccgggaaattctttgcatctgcaaccgaacgcacacaaagctggaatggaattcagcaagaaatcactg 924  Q
    ||||||||| |||| |||||  |||| || || |||||||  |||||||  ||||| ||||| |||||   |||||||||||||||||| || || ||||    
T  4620845 tccatggcagatggtaaaattgttccaaagtctgggaaatattttgcatgcgcaacagaacgaacacagttctggaatggaattcagcaggagataactg 4620944  T
Q  925 gacgagtgcagcscagcttg--ctatgag-tcactgctttagttcg 967  Q
    |||| ||||||| ||  |||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  4620945 gacgtgtgcagcgcaagttggcctatgagatcactgctttagttcg 4620990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University