View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5068-Insertion-3 (Length: 801)

Name: NF5068-Insertion-3
Description: NF5068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5068-Insertion-3
NF5068-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-799)||(8038090-8038881)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 799
Target Start/End: Original strand, 8038090 - 8038881
Alignment:
Q  8 ctcacatagctcgtgggatgaaagggtgcatagaatggccaagagttattccaaaacctaattcgaaagttattcctttggaagaaagagtgaaaagtca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8038090 ctcacatagctcgtgggatgaaaggatgcatagaatggccaagagttattccaaaacctaatttgaaagttattcctttggaagaaagagtgaaaagtca 8038189  T
Q  108 gaaatctcagttgcaacatattcttaagccaaaggctttctaagcctt-gttccacatattttcttttttcttggctggataagttttggttacgttgtg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  8038190 gaaatctcagttgcaacatattcttaagccaaaggctttttaagcctttgttccacatattttcttttttcttggctggataagttttagttacattgtg 8038289  T
Q  207 tttataacaacaatcggttgagaagtaaaaagatacgaaaaacacggacacagaacggatgatgatacaatgtttggtatgggagttcggccaattgtgt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  8038290 tttataacaacaatcggttgagaagtaaaaagatacaaaaaacacggacagagaactgatgatgacacaatgtttggtcttggagttcggccaattgtgt 8038389  T
Q  307 ttacttttgtgattgtagtgcagctgcaacacttttctattgatcaagtttggagtttagatagtacaagttgtatttaaatactatgat--------ca 398  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||    
T  8038390 ttatttatgtgattgtagtgcagctgcaacacttttctattgatcaagtttggagtttagatagtacaagttgtatttaaatactatgatctagtttaca 8038489  T
Q  399 agattaaccttaaatcggacaaaagcaatgcaattttgtttatttnnnnnnntagggtgcaccattannnnnnnggatgtacagaatatttggttttctc 498  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  8038490 agattacccttaaatcggacaaaagcaatgcaattttgtttatttaaaaaaatggggtgcaccattatttttttggatgtacagaatatttggttttctc 8038589  T
Q  499 aagtgagtaactttcactcttgtaacaaacnnnnnnngagtaattttcactcaaaacatgttttggaaactaatttatgaaatgaatcacgctagtaatt 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8038590 aagtgagtaactttcactcttgtaacaaacaaaaaaagagtaattttcactcaaaacatgttttggaaactaatttatgaaatgaatcacgctagtaatt 8038689  T
Q  599 gcttgtaaccaagggatactttttaatggaatataagtgaagagttacaggaatatcaattatcgaaaatgttaatatgaagtatgaaaatgtttatatc 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8038690 gcttgtaaccaagggatactttttaatggaatataagtgaagagttacaggaatatcaattatcgaaaatgttaatatgaagtatgaaaatgtttatatc 8038789  T
Q  699 tcaataaacaaagggtgaataccataccatggatatgcttttggttcttttgacacaatccaaagaactggaaatggaaaacactgcagccattggccgg 798  Q
    ||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8038790 tcaataaacaaagggtga-----ataccatggatatgcttttggttcttttgacaca----aaagaactggcaatggaaaacactgcagccattggccgg 8038880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University