View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5070_high_7 (Length: 384)

Name: NF5070_high_7
Description: NF5070
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5070_high_7
NF5070_high_7
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-368)||(52352055-52352434)
chr4 (50-327)||(20296262-20296538)
chr4 (7-294)||(13616780-13617065)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (1-327)||(30521256-30521581)
chr5 (1-327)||(30561596-30561921)
chr5 (1-327)||(29853461-29853786)
chr5 (1-327)||(30435966-30436291)
chr5 (1-368)||(30475472-30475850)
chr5 (24-327)||(29872324-29872626)
chr5 (1-327)||(30206672-30206997)
chr5 (1-327)||(30713056-30713381)
chr5 (1-325)||(17983059-17983382)
chr5 (9-327)||(30749793-30750110)
chr5 (53-327)||(30242058-30242328)
chr5 (1-327)||(30338156-30338478)
chr5 (1-327)||(30483554-30483876)
chr5 (9-327)||(30060519-30060836)
chr5 (24-327)||(30400224-30400526)
chr5 (238-327)||(30677035-30677124)
chr5 (239-326)||(30330999-30331086)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (44-325)||(7099573-7099853)
chr1 (1-325)||(7581350-7581673)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-326)||(26707486-26707807)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (6-274)||(25293560-25293827)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 52352434 - 52352055
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352434 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 52352335  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352334 aaacaatgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 52352235  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352234 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 52352135  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgat------------cttgctcaatcaattgtggggccagagtgtatgattatggagaat 368  Q
    |||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352134 acatttctttcaagatgcatgatcttgtacatgatcttgctcaatcaattgtggggccagagtgtatgattatggagaat 52352055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 50 - 327
Target Start/End: Original strand, 20296262 - 20296538
Alignment:
Q  50 tctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcc 149  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| ||  |||||||  ||||  |||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| || ||||  ||||||     
T  20296262 tctattttgcctgctttgaggctgagttacttttatttaacaccaactctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcctaaggatagagaaatct 20296361  T
Q  150 taaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaat 249  Q
    | ||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||| ||  |||||||| || | |||| ||||| || ||| ||||||| ||||    
T  20296362 tgaaagaagaattgattcagctttggatggctaatggattaatttcatctatgggtaatttggacgttg-aagatgttggaaacatggtttggaaggaat 20296460  T
Q  250 tgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||   |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20296461 tgtaccaaaaatcattctttcaagaaatcaaaatagatgaatattctagagatatttatttcaagatgcatgatcttg 20296538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 7 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 13617065 - 13616780
Alignment:
Q  7 tgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaa 106  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||  ||||    |||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||| ||| ||||| || ||||||| ||||||    
T  13617065 tgaaattagagagagcgagctttgggatttacggtatgagaattctatttttcctgatttgaggctgagttacttc-atttatcgccaacctttaaacaa 13616967  T
Q  107 cgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaa 206  Q
     | ||| |||||||||   ||||||| ||||||||  |||||  ||| || || ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| | |||  |||    
T  13616966 tgattcgctttctgtgttgtatttcctaaagatacaaaaatcacaaaggaagaattgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatgtaaaaaaa 13616867  T
Q  207 atttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatt 294  Q
    | |||||||| ||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| | || ||||||||||    
T  13616866 aattggaggttgaa-gatgttggaaacatgatttggaatgaattgtaccaaaaatctttttttcaagacatccatatgaatgattatt 13616780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Original strand, 30521256 - 30521581
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||   ||||||||    
T  30521256 atggcttgaaattaaagatagcaggatttggtctttaccgaatgagaattctattttgcctgctttaaggttgagctactttcatttaaacccaacctta 30521355  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||  |||||| | || |  ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || || |    
T  30521356 aaacaatgtttcactttttgtgccatgtttcccaaagatatagaaatcatgaagggagatttaattcatctctggatcgccaacggatttatatcatcaa 30521455  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
     ||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||    ||| ||| |||||    
T  30521456 gggaaaatttagaggtag-aagatgttggaaatatgatttggaatgaattgtgccaaaagtcatttttccaagaaatcaagatggtcgatgattcaggag 30521554  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||    
T  30521555 gcatttctttcaagttgcatgatcttg 30521581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Original strand, 30561596 - 30561921
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||   ||||||||    
T  30561596 atggcttgaaattaaagatagcaggatttggtctttaccgaatgagaattctattttgcctgctttaaggttgagctactttcatttaaacccaacctta 30561695  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||  |||||| | || |  ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || || |    
T  30561696 aaacaatgtttcactttttgtgccatgtttcccaaagatatagaaatcatgaagggagatttaattcatctctggatcgccaacggatttatatcatcaa 30561795  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
     ||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||    ||| ||| |||||    
T  30561796 gggaaaatttagaggtag-aagatgttggaaatatgatttggaatgaattgtgccaaaagtcatttttccaagaaatcaagatggtcgatgattcaggag 30561894  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||    
T  30561895 gcatttctttcaagttgcatgatcttg 30561921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 29853786 - 29853461
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| |||| |||||||| ||  |||||||| ||||| || | || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||  |||||||  ||||| ||    
T  29853786 atggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattctattttgcttgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaacccta 29853687  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    |||||| ||||||| || || || ||||||||||| |||   |||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  29853686 aaacaatgtttctccttttgcgctatatttcccaaggatggagaaatcctgaaagaagaattgattcaactttggatggctaatggatttatttcatcta 29853587  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
    |||  |||||||| || | |||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || |  ||||    
T  29853586 agggtaatttggacgttg-aagatgttggaaatatggtttggaaggaattgtaccaaaagtcattctttcaagatatcaagatggatgaatactctggag 29853488  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||    
T  29853487 acatttttttcaagatgcatgatcttg 29853461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 30436291 - 30435966
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| |||| |||||||| ||  |||||||| ||||| || | || |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||  |||||||  ||||| ||    
T  30436291 atggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattctattttgcccgctttgagattgagttacttttatttaacaccaacccta 30436192  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    || ||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||  || |||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  30436191 aagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaggatagagaaatcctaaaagaagaattgattcgactttggatggctaatgaatttatttcatcta 30436092  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
     ||  |||||||| || | |||| ||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||  |||| ||||| ||||    
T  30436091 tgggtaatttggacgttg-aagatgttggaaaaatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagcaagatggatgaatattttggag 30435993  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30435992 acatttctttcaagatgcatgatcttg 30435966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 30475850 - 30475472
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| ||||||||||||| || || || ||| | ||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||  | ||||||    
T  30475850 atggcttgaaattaaagacagtaatctctggaccttaccatatgagaattccattttgccagccttgaggttaagctactttcatttaacaccgacctta 30475751  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    || |   ||||  |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||  |||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |    
T  30475750 aagcggtgttttgctttttgtgcgatatttcccaaagatatggaaattgtaaaggaagatttgattcatctatggatgggcaatggatttattttctcaa 30475651  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
    |||  |||||||| |||| ||    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  30475650 aggctaatttggatgtag-aattttttggcaatatgatttggaaggaactgtgccaaaaatcattcttccaagacatcaagatagatgattattcaggag 30475552  T
Q  301 acatttctttcaaga------------tgcatgatcttgctcaatcaattgtggggccagagtgtatgattatggagaat 368  Q
    ||||| |||||||||            |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  30475551 acattactttcaagatgcatgacctagtgcatgatcttgctcaatcagttatggggtcagagtgtatgattttggagaat 30475472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 24 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 29872626 - 29872324
Alignment:
Q  24 agctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaacgtttctctttctgtgc 123  Q
    |||||||| |||||||  | || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||  |||||||  ||||| |||| ||| |||||||||| || ||    
T  29872626 agctttgggctttatcgcaagaaaattctattttgcttgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgtttctctttttgcgc 29872527  T
Q  124 catatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaaatttggaggtagaaaga 223  Q
     ||||||||||| ||||   ||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| |||| ||||||||| |||| ||  |||||||| || | ||||    
T  29872526 tatatttcccaaggatagaaaaatcctgaaagaagaattgattcaactttggatggctaatgaatttatttcatctatgggtaatttggacgttg-aaga 29872428  T
Q  224 agttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttctttcaagatgcatgat 323  Q
     ||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||  |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  29872427 tgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatggcaagatggatgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgat 29872328  T
Q  324 cttg 327  Q
    ||||    
T  29872327 cttg 29872324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 30206997 - 30206672
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| ||||||||||||||||  | |||||| ||||| || ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||  ||||||||    
T  30206997 atggcttgaaattaaagagagtgaactttgggctttaccacatgagaattatattttacctgctttgaggttgagctactttcatttaactccaacctta 30206898  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    || |   ||||| |||| ||||| || |||||||||||||| ||| || | |  || || ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||  ||||    
T  30206897 aagcggtgtttcgctttttgtgctatgtttcccaaagatacagaattcgtgagggaagaattgattcatctttggatggctaatgaatttattttatcta 30206798  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
     ||||||| ||||||| | |||| |||||||  ||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||  |  |   ||  ||||    
T  30206797 gggaaaatatggaggttg-aagatgttggcagcatggtttggaatgaattgtgccaaaaatctttctttcaagacatcaagatggacaacggttctggag 30206699  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30206698 acatttctttcaagatgcatgatcttg 30206672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Original strand, 30713056 - 30713381
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| |||| |||||||| ||  |||||||| ||||| || | || ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||  ||||| |  ||||| ||    
T  30713056 atggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattctattttgcctgctttgaggctgagttacttttatttatcaccaacccta 30713155  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    || ||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||  || |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  30713156 aagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaggatagagaaatcctaaaagaagaattgattcgactttggatggctaatggatttatttcatcta 30713255  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
     ||  |||||||| || | |||| ||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||   ||||||  |||| ||||  |||     
T  30713256 tgggtaatttggacgttg-aagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattcttccaagattgcaagatggatgaatattctggaa 30713354  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    |||||||||| || |||||||||||||    
T  30713355 acatttcttttaaaatgcatgatcttg 30713381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 17983382 - 17983059
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |  |||||||||||||||| || ||  | |||||||| || || |||||| |  ||||||||    
T  17983382 atggtttgaaattaaagagagcgagctctgggctttaccgcatgagaattctattttcccagctctaaggttgagctactttcatttatcaccaacctta 17983283  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    |||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||  | |||||| | ||||| ||  | |||||||| |||||||| |||  |||||| || ||||    
T  17983282 aaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcccaaagaagcagaaatcatgaaagaagaactaattcatctttggatggctaataaatttatctcatcta 17983183  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
       ||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||  ||||||||| | | |    
T  17983182 gaaaaaatttggaggttg-aagatgttggcaacatgatttggaatgaattgtaccaaaaatctttctttcaagacatccatattgatgattattcaagtg 17983084  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatct 325  Q
      ||||||||||| ||||| |||||    
T  17983083 tgatttctttcaaaatgcacgatct 17983059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 9 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 30750110 - 30749793
Alignment:
Q  9 aaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaacg 108  Q
    |||||||||| ||  | ||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||| || || || |||||||| |    
T  30750110 aaattaaagatagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatg 30750011  T
Q  109 tttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaaat 208  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||  | ||||||   || |||||||| |||||||| ||||| |||| ||  |||    
T  30750010 tttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaaaaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaat 30749911  T
Q  209 ttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttct 308  Q
     ||||||| | |||| |||||||  ||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |  || ||  |||| | ||  || ||||||||     
T  30749910 atggaggttg-aagatgttggcatcatggtttgggatgaattgtatcaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttca 30749812  T
Q  309 ttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  30749811 ttcaagattcatgatcttg 30749793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 53 - 327
Target Start/End: Original strand, 30242058 - 30242328
Alignment:
Q  53 attttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaa 152  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||  ||||  |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| |    
T  30242058 attttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaactctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatggagaaatcctga 30242157  T
Q  153 aagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgt 252  Q
    | || || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    | |||   || || ||||| | |||| ||||| || ||| ||||||| |||||||    
T  30242158 aggaagaattgattcagctctgaatggctaatggatttatt---gcaaagaggaaattagaggttg-aagatgttggaaacatggtttggaaggaattgt 30242253  T
Q  253 accaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||  |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30242254 accaaaaatcattttttcaagacagcaaaatggatgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttg 30242328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Original strand, 30338156 - 30338478
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| |||| |||||||| ||  ||||||||  |||| || |||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  |||||||  ||||| ||    
T  30338156 atggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttaccacatgaaaaatctattttacctgctttgagtttgagttacttttatttaacaccaacccta 30338255  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    || ||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||  |||||||| || || || |||||||| || |||||||| ||||||||||||    | |    
T  30338256 aagcaatgtttctccttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcctgaaggaagaattgattcaactttggatggctaatggatttatt---gcaa 30338352  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
    ||   ||||| ||||| | |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||| | ||||||  |||| ||||  ||||    
T  30338353 agaggaatttagaggttg-aagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtacaaaaaatcgttctttcaagatagcaagatggatgaatattctggag 30338451  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30338452 acatttctttcaagatgcatgatcttg 30338478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 30483876 - 30483554
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| |||| |||||||| ||  ||||||||  |||| || |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||  |||||||  ||||| ||    
T  30483876 atggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttaccacatgaaaaatctattttacctgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaacccta 30483777  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    || ||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||  |||||||| || || || |||||||| || |||||||| ||||||||||||    | |    
T  30483776 aagcaatgtttctccttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcctgaaggaagaattgattcagctttggatggctaatggatttatt---gcaa 30483680  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
    ||   ||||| ||||| | |||| ||||| || ||| ||||||| |||||||||  ||| || ||||||||||| | ||||||  |||| ||||  ||||    
T  30483679 agaggaatttagaggttg-aagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtacagaaaatcgttctttcaagatagcaagatggatgaatattctggag 30483581  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30483580 acatttctttcaagatgcatgatcttg 30483554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 9 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 30060836 - 30060519
Alignment:
Q  9 aaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaacg 108  Q
    |||||||||| ||  | ||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||| || || || |||||||| |    
T  30060836 aaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatg 30060737  T
Q  109 tttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaaat 208  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || || ||||||   || |||||||| |||||||| ||||| |||| ||  | |    
T  30060736 tttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtact 30060637  T
Q  209 ttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttct 308  Q
      |||||| | |||| |||||||  ||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||  |||| | ||  || ||||||||     
T  30060636 acggaggttg-aagatgttggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttca 30060538  T
Q  309 ttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    |||||||||||||| ||||    
T  30060537 ttcaagatgcatgaccttg 30060519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 24 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 30400526 - 30400224
Alignment:
Q  24 agctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaacgtttctctttctgtgc 123  Q
    |||||||| ||||| |||| || |||| |||||||| | | |||||||||||||| ||  |||||||  | ||| |||| ||| |||||||||| |||||    
T  30400526 agctttgggctttaccagaagaaaattatattttgcgttctttgaggttgagttacttttatttaacaccgaccctaaagcaatgtttctctttttgtgc 30400427  T
Q  124 catatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaaatttggaggtagaaaga 223  Q
     ||||||||||| |||| ||||||| | ||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||  ||  |||  |||||| | ||||    
T  30400426 tatatttcccaaggatagggaaatcttgaaagaagaattgattcagctttggatggctaatggattgatttcatcttggggtaatacggaggttg-aaga 30400328  T
Q  224 agttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttctttcaagatgcatgat 323  Q
     |||||||  ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||  |||| | ||  ||  ||||||| |||||||||||||||    
T  30400327 tgttggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagacaaaaaaatggatgaattttctggcaacatttcattcaagatgcatgat 30400228  T
Q  324 cttg 327  Q
    ||||    
T  30400227 cttg 30400224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 238 - 327
Target Start/End: Original strand, 30677035 - 30677124
Alignment:
Q  238 tttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttctttcaagatgcatgatcttg 327  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||  |||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30677035 tttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaagatggatgaatattctggagacatttcttttaagatgcatgatcttg 30677124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 239 - 326
Target Start/End: Original strand, 30330999 - 30331086
Alignment:
Q  239 ttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttctttcaagatgcatgatctt 326  Q
    |||||||| ||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||| |||| ||||    |||||||||||| |||| || |||||||    
T  30330999 ttggaatggattgtgccaaaaaccattctttgaagacatcaagatctatgaatattctaaagacatttctttaaagacgcgtgatctt 30331086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 44 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 7099853 - 7099573
Alignment:
Q  44 gagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacgg 143  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||      
T  7099853 gagaattctattttgccagctttgaggttgagctacttccatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcgcaaagatacaa 7099754  T
Q  144 aaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttgga 243  Q
    ||||| | || || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||||| | |||| ||||| || ||||||||||    
T  7099753 aaatcatgaaggaagaattgattcatctttggatggctaatggatttatttcatctagaaaaaatttggaggttg-aagatgttggaaacatgatttgga 7099655  T
Q  244 atgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttctttcaagatgcatgatct 325  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||  ||||||||| | |||  ||||||||||| |||||||||||    
T  7099654 atgaattgtaccaaaaatctttctttcaagacatccatatggatgattattcaagagtgatttctttcaaaatgcatgatct 7099573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Original strand, 7581350 - 7581673
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||| |  |||||||||||| |||||| ||  |||| ||||| || || |||||| |  ||||||||    
T  7581350 atggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattctactttgccagctctgagattgagctactttcatttatcaccaacctta 7581449  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    |||||| ||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||  ||||| | || || || ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  7581450 aaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatgaaggaagaattgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatcta 7581549  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
       ||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  | ||  ||||| ||| | |||    
T  7581550 gaaaaaatttggaggttg-aagatgttggcaacatgatttggaatgaattgtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagag 7581648  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatct 325  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  7581649 acatttctttcaaaatgcatgatct 7581673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 8e-40; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 26707807 - 26707486
Alignment:
Q  1 atgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaacctta 100  Q
    |||| |||| |||||||| ||  ||||||||  |||| || | || || |||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||  ||||| ||    
T  26707807 atggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttaccacaagaaaaatctattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaacccta 26707708  T
Q  101 aaacaacgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtcta 200  Q
    || ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| | || || || |||||||| || |||||||| ||||||||||||    | |    
T  26707707 aagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcttgaaggaagaattgattcaactttggatggctaatggatttatt---gcaa 26707611  T
Q  201 aggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggag 300  Q
    ||   ||||| ||||| | |||| ||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||   |||||   ||| ||||  ||||    
T  26707610 agaggaatttagaggttg-aagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagactgtaagatgggtgaatattctggag 26707512  T
Q  301 acatttctttcaagatgcatgatctt 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  26707511 acatttctttcaagatgcatgatctt 26707486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 6 - 274
Target Start/End: Original strand, 25293560 - 25293827
Alignment:
Q  6 ttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaaca 105  Q
    ||||||||||   ||||| ||||||| |||||  | | |||||||||||||| ||| ||||| ||||||| || ||  |||||||  | |||||||| |     
T  25293560 ttgaaattaagctgagcacgctttgggctttacaacaagagaattctatttttccttccttgtggttgagctacttttatttaactccgaccttaaagcg 25293659  T
Q  106 acgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaa 205  Q
    | ||||  |||| ||||| || ||||| ||||||||  |||||   || || || |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  25293660 atgttttgctttttgtgctatgtttccaaaagatacaaaaatcgataaggaagaattgactcatctttggatggctaatggatttatttcatctagggaa 25293759  T
Q  206 aatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaaga 274  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||  ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  25293760 aatttggaggttg-aagatgttggcagcatggtttggaatgaattgtgccaaaaatcattctttcaaga 25293827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University