View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5070_low_1 (Length: 639)

Name: NF5070_low_1
Description: NF5070
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5070_low_1
NF5070_low_1
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (23-629)||(2621179-2621771)
chr6 (23-629)||(2589598-2590204)
chr6 (103-601)||(2571275-2571773)
chr6 (109-608)||(2674756-2675258)
chr6 (103-548)||(2449027-2449472)
chr6 (114-498)||(2435859-2436243)
chr6 (109-551)||(2642967-2643409)
chr6 (109-341)||(2598288-2598520)
chr6 (146-246)||(33788355-33788455)
chr6 (119-186)||(3431225-3431292)
chr6 (564-608)||(2436297-2436341)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (155-276)||(27731253-27731374)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (210-255)||(31440455-31440500)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 629
Target Start/End: Original strand, 2621179 - 2621771
Alignment:
Q  23 aagtaaatattgctcctcaaattaacttagtcacatttaaagttcttttattcctacttgatggctgacacattatcagctgtatctttactactacagg 122  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||              ||||||| ||||    
T  2621179 aagtaaaaattgctcctcaaattaacttattcacatttaaaattcttatattcctacttgatgggtgacacatt--------------tactactgcagg 2621264  T
Q  123 ttggagagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctattgctagatgaagc 222  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2621265 ttggggagagaggagttcaaatgtctggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattcttttgctagatgaagc 2621364  T
Q  223 aacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcattgctcaccgcttatcc 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2621365 aacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcatcgctcaccgcttatcc 2621464  T
Q  323 accattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatgacaattctctttacg 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621465 accattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcggaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatgacaattctctttacg 2621564  T
Q  423 cctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaaacacgggtggttgtagact 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  2621565 cctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaaccgatgacaccccatctatcatgaatagagatcacatgcaaaacatgagtggttgtagact 2621664  T
Q  523 cgtgagtccatctaactctttcaactcaacaacgcgaggcagtgatgatgtttttaattataacaatgtcgttgaagatgttgttactaaatttgtagtt 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621665 cgtgagtccatctaactctttcaactcaacaacgcgaggcagtgatgatgtttttaattataacaatgtcgttgaagatgttgttactaaatttgtagtt 2621764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 629
Target Start/End: Original strand, 2589598 - 2590204
Alignment:
Q  23 aagtaaatattgctcctcaaattaacttagtcacatttaaagttcttttattcctacttgatggctgacacattatcagctgtatctttactactacagg 122  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2589598 aagtaaaaattgctcctcaaattaacttagtcacatttaaagttcttttattcctacttgatggctgacacattatcagctgcatctttactactacagg 2589697  T
Q  123 ttggagagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctattgctagatgaagc 222  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2589698 ttagagagagaggagtacaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggattgccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctattgctagatgaagc 2589797  T
Q  223 aacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcattgctcaccgcttatcc 322  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||     
T  2589798 aacaagtgcactcgattctgaatcagaaagggttgtccaagaagctctagacaaagctaccgttggacgcaccaccatcatcatcgctcaccgcctatct 2589897  T
Q  323 accattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatgacaattctctttacg 422  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    |||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||  |||| |    
T  2589898 accatccaaaatgcagacatcattgcagttgttcaaaatggtaagattatggaaataggatctcacgaaagcctcgtgcaagatgacaattcaatttatg 2589997  T
Q  423 cctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaaacacgggtggttgtagact 522  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  2589998 cctcccttgttcgtcttcaacaaacaaaaagggacgaaactgacgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaaacacgagtacttgtagact 2590097  T
Q  523 cgtgagtccatctaactctttcaactcaacaacgcgaggcagtgatgatgtttttaattataacaatgtcgttgaagatgttgttactaaatttgtagtt 622  Q
    ||| ||||| |||| ||| || |||||| |||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2590098 cgttagtccttctagctccttgaactcagcaacacgaggcaatgatgatgttttaaactataacaatgttgttgaagatgttgctactaaatttgtagtt 2590197  T
Q  623 gatgatg 629  Q
    |||||||    
T  2590198 gatgatg 2590204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 103 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 2571773 - 2571275
Alignment:
Q  103 tgtatctttactactacaggttggagagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaa 202  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2571773 tgtatgtttactactacaggttggggagaggggagttcaaatgtcagggggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagagccatcataaaaatgccaaaa 2571674  T
Q  203 attctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatca 302  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||||||||    
T  2571673 attctattgttagacgaagcaacaagtgcactcgattctgaatccgaacgagtcgtccaagaagctctagacaaagctgcagttggacgaaccaccatca 2571574  T
Q  303 tcattgctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgca 402  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||   ||||  |||||||| || |||||||||||    
T  2571573 tcatcgctcaccgcttatctaccatccaaaatgcagacattattgcggtcgttcaaaatggtctggtcatggaaatgggatctcacgatagcctcatgca 2571474  T
Q  403 aaatgacaattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaa 502  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  2571473 aaatgacaattctctttacacatcccttgttcgtctccaacaaactagaaatgaccaaagtgatgacactccatctatcatgaatagagatcacatggaa 2571374  T
Q  503 aacacgggtggttgtagactcgtgagtccatctaactctttcaactcaacaacgcgaggcagtgatgatgtttttaattataacaatgtcgttgaagat 601  Q
    | |||| || || ||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||  || |  ||  |||||||| |  |||||||||||||||  |||||||||    
T  2571373 atcacgagtagtcgtagacttgtgagtcattctagctctttcaactcaatgacacacggtggtgatgatatcgttaattataacaatgatgttgaagat 2571275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 109 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 2675258 - 2674756
Alignment:
Q  109 tttactactacaggttggagagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattcta 208  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||    
T  2675258 tttattactacaggttggggagagaggagttcagatgtcagggggacaaaaacaaaggattgccattgcaagagccataataaaaatgcctaaaatttta 2675159  T
Q  209 ttgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcattg 308  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |    
T  2675158 ttactagatgaagcaacaagtgcacttgattctgaatccgaacgagttgttcaagaagctctagacaaagcggcggttggacgcaccaccatcatcatcg 2675059  T
Q  309 ctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatga 408  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2675058 ctcaccgcttatcaaccatccaaaatgcagacatcattgcagttgtccaaaatggtaagatcatggaaacgggatctcacgaaagcctcatgcaaaatga 2674959  T
Q  409 caattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaaacacg 508  Q
     |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| | ||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  2674958 aaattctctttacacctccctcgttcgtctccaacaaactagaaatgatcaaactgatgacactccatctatcatgaatagaggtcacatgcaaaacacg 2674859  T
Q  509 ggtggttgtagactcgtgagtccatct---aactctttcaactcaacaacgcgaggcagtgatgatgtttttaattataacaatgtcgttgaagatgttg 605  Q
     || || |||||||||| ||||  |||   | ||||||||||||||  || |  ||  |||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  2674858 agtagtcgtagactcgtaagtcgttctagcagctctttcaactcaatgacacatggtggtgatgatatccttaattataacaatgttgttgaagatattg 2674759  T
Q  606 tta 608  Q
    |||    
T  2674758 tta 2674756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 103 - 548
Target Start/End: Original strand, 2449027 - 2449472
Alignment:
Q  103 tgtatctttactactacaggttggagagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaa 202  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||  |||| |    
T  2449027 tgtatatttactactataggttggggagaggggagtacaaatgtcagggggacaaaagcaaaggatttccattgcaagagccataatcaaaaatccaaga 2449126  T
Q  203 attctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatca 302  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||| |    
T  2449127 attctattgctagacgaagcaacaagtgcactagattttgaatccgaacgagttgtccaagaagcttttgagaaagccacagttgaacgcaccaccatta 2449226  T
Q  303 tcattgctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgca 402  Q
    |||| ||||||||||||||||||||   || |||||| ||||||||  | ||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  2449227 tcatcgctcaccgcttatccaccatcagaactgcagatatcattgcaatcgttcaaaatggtaagatcgtggaaacaggatctcacgaaagccttatgca 2449326  T
Q  403 aaatgacaattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaa 502  Q
    ||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| | ||| |||||||  ||  |||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||    
T  2449327 aaatgacagctctctttacacctccctcgttcgtcttcaacaaactagaaatgaccaaagtgaccacactccacctatcatgaatagagatcacatccaa 2449426  T
Q  503 aacacgggtggttgtagactcgtgagtccatctaactctttcaact 548  Q
    |||||| || ||  || |||||||||||  |||| |||||||||||    
T  2449427 aacacgtgtagtgatacactcgtgagtcgttctagctctttcaact 2449472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 114 - 498
Target Start/End: Original strand, 2435859 - 2436243
Alignment:
Q  114 tactacaggttggagagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctattgct 213  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  2435859 tactacaggttggggagaggggaattcaaatgtctgggggacaaaagcaaaggattgccattgcaagagccatagtaaaaatgccaaaaattctattgct 2435958  T
Q  214 agatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcattgctcac 313  Q
    ||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2435959 agacgaagcaacaagtgctctcgattctgaatctgaacgagttgtccaagaagctctagacaaagctgtagttggacgcaccaccatcatcatcgctcac 2436058  T
Q  314 cgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatgacaatt 413  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  2436059 cgcttatccaccatccaaaatgcagacatcattgcagttgttcaaaatggtaagatcatggaaacaggatctcacgaaagcctcatgcaaaatgacagtt 2436158  T
Q  414 ctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacat 498  Q
    |  ||||| | ||||| |||| |||||| || || ||||| ||||||  || ||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  2436159 ccatttacacatccctagttcatctccaacacaccaaaaatgaccaagacggtgataccctatctatcatgaataaacatcacat 2436243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 109 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 2643409 - 2642967
Alignment:
Q  109 tttactactacaggttggagagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattcta 208  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||    
T  2643409 tttactactacaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaaacaaaggattgccattgcaagagccataataaaaatgcctaaaatttta 2643310  T
Q  209 ttgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcattg 308  Q
    ||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||| | | ||||||||||| ||||||||||| |    
T  2643309 ttgttggacgaagcgacaagtgcacttgattctgaatccgaacgaattgtccaagacgctctagacaaagtcgcagttggacgcacaaccatcatcatcg 2643210  T
Q  309 ctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatga 408  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| | |||    ||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||    
T  2643209 ctcatcgcctatccaccatccaaaatgctgacatcattgcagtgtttcaaaatggcaagataatggaaacaggaactcatgaaagcctcgcgcaagatga 2643110  T
Q  409 caattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaaacacg 508  Q
     |||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||| | ||| |||||||  || ||| |  ||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  2643109 aaattctctttacacctctctcgttcgtctccaacaaactagaaatgaccaaaatgaggaccctgcatctatcatgaacagaggtcacatgcaaaacacg 2643010  T
Q  509 ggtggttgtagactcgtgagtccatctaactctttcaactcaa 551  Q
     || || |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  2643009 agtagtcgtagactcgtgagtcgttctagctctttcaactcaa 2642967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 109 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 2598520 - 2598288
Alignment:
Q  109 tttactactacaggttggagagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattcta 208  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2598520 tttactactacaggttggggagaggggagtacaaatgtcagggggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagagccatcataaaaatgccaaaaattcta 2598421  T
Q  209 ttgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcattg 308  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |    
T  2598420 ttgttagacgaagcaacaagtgcactcgattctgaatccgaacgagtcgtccaagaagctctagacaaagcttcagttggacgcaccaccatcatcatcg 2598321  T
Q  309 ctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagaca 341  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  2598320 ctcaccgattatctaccatccaaaatgcagaca 2598288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 146 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 33788455 - 33788355
Alignment:
Q  146 tcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaat 245  Q
    ||||| || ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||  |||| ||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  33788455 tcaggaggacaaaagcaaagaatagccattgcaagagctatcataaaaaatccagtaattcttctgcttgatgaagcaactagtgcacttgactctgaat 33788356  T
Q  246 c 246  Q
    |    
T  33788355 c 33788355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 3431292 - 3431225
Alignment:
Q  119 caggttggagagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctat 186  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| | || || || ||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  3431292 caggttggtgagcgaggagttcaattatctggtggacaaaagcaaaggattgcaattgcaagagctat 3431225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 564 - 608
Target Start/End: Original strand, 2436297 - 2436341
Alignment:
Q  564 gtgatgatgtttttaattataacaatgtcgttgaagatgttgtta 608  Q
    ||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2436297 gtggtgatgtcgttaattataacaatgttgttgaagatgttgtta 2436341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 276
Target Start/End: Original strand, 27731253 - 27731374
Alignment:
Q  155 caaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagag 254  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||  ||| ||  || |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||| | |    
T  27731253 caaaagcaaagggtggccattgcaagagctattttaagaaaccctaaaatattattgcttgatgaagcaacaagtgcactagatgtcgaatcggaacgtg 27731352  T
Q  255 ttgtccaagaagctttagacaa 276  Q
    |||| ||| |||||||||||||    
T  27731353 ttgtacaacaagctttagacaa 27731374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 210 - 255
Target Start/End: Original strand, 31440455 - 31440500
Alignment:
Q  210 tgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagt 255  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  31440455 tgcttgatgaagcaacaagtgcactggattctcaatccgaaagagt 31440500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University