View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5072-Insertion-3 (Length: 524)

Name: NF5072-Insertion-3
Description: NF5072
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5072-Insertion-3
NF5072-Insertion-3
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (6-524)||(41127035-41127553)
chr8 (154-251)||(26494893-26494990)
chr8 (310-407)||(26506761-26506858)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (29-509)||(2327023-2327500)
chr2 (29-509)||(2321169-2321647)
chr2 (29-466)||(2303511-2303945)
chr2 (40-473)||(2351080-2351510)
chr2 (29-509)||(2293855-2294332)
chr2 (37-509)||(2330738-2331207)
chr2 (29-509)||(2310186-2310663)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (144-251)||(15176295-15176402)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (205-268)||(55017070-55017133)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 41127553 - 41127035
Alignment:
Q  6 caaagagtacaggtacacatatgacataatttagatcctaggagaaatatgaacttgcagttgatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgac 105  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41127553 caaagagtacaggtacacatatcacataatttagatcctaggagaaatatgaacttgcagtggatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgac 41127454  T
Q  106 aaatcaacataaccagctccctctggaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  41127453 aaatcaacataaccagctccctctagaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggagcaaagctaaattatatccag 41127354  T
Q  206 gacaaattctcctcccaactccaaacggcatcatctttatctctttggtcccggtagtatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttcaggtttaaactc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41127353 gacaaattctcctcccaactccaaacggcatcatctttatctctttagtcccggtaatatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttctggtttaaactc 41127254  T
Q  306 caatggatcttcccaaacacgagggtccctccctatgtctgccaccacgaaattcactaccgcatttttaggcagcaagtaaccgttgaaaaccacatcc 405  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41127253 caatggatcttcccaaacactagggtccctccctatgtctgccaccatgaaattcactaccacatttttaggcagcaagtaaccgtcgaaaaccacatcc 41127154  T
Q  406 tccttcaccgcatggggcaacacaaagtgccccggtgggtgacgcctcagcccttccaaaatcacacaccttagatatggtaggttctgcaagtcttcct 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41127153 tccttcaccgcatggggcaacacaaagtgccccggtgggtgacacctcagcccttccaaaatcacacactttagatatggtaggttctgcaagtcttcct 41127054  T
Q  506 ctttaatttccttattctc 524  Q
    |||||||||||||||||||    
T  41127053 ctttaatttccttattctc 41127035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26494990 - 26494893
Alignment:
Q  154 accaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcatctttatctcttt 251  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||  || || |||||  | |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26494990 accaaattagcaacaaagtattctaaatggagcattgccaatttataggcaggacaaatcctcctccctgctccaaacggcatcatctttatctcttt 26494893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 310 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 26506858 - 26506761
Alignment:
Q  310 ggatcttcccaaacacgagggtccctccctatgtctgccaccacgaaattcactaccgcatttttaggcagcaagtaaccgttgaaaaccacatcctc 407  Q
    ||||| ||||||||||  || |||| ||| |  ||||||||||  ||||| |||  | |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  26506858 ggatcctcccaaacacttggatcccacccaacctctgccaccataaaattaactgtcccatttttaggcaccaagtaaccgttaaaaatcacatcctc 26506761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 29 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 2327500 - 2327023
Alignment:
Q  29 acataatttagatcctaggagaaatatgaacttgcagttgatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctc 128  Q
    ||||||| || || ||| |||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||  |||   |||||    
T  2327500 acataatctatattctatgagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccacggtgaattcaaatttttctgacaaatcgacatggcca---ccctc 2327404  T
Q  129 tggaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgggacaaattctcctcccaactcca 228  Q
     |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  2327403 cggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattctcctaccagctcca 2327304  T
Q  229 aacggcatcatctttatctctttggtcccggtagtatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttcaggtttaaactccaatggatcttcccaaacacgag 328  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2327303 aacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgag 2327204  T
Q  329 ggtccctccctatgtctgccaccacgaaattcactaccgcatttttaggcagcaagtaaccgttgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacac 428  Q
    | |||  ||| || |||||||||| |||||||||   | |||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||| ||  |||| ||||| ||||||||    
T  2327203 gatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcactgcatgaggcaacac 2327104  T
Q  429 aaagtgccccggtgggtgacgcctcagcccttccaaaatcacacaccttagatatggtaggttctgcaagtcttcctcttt 509  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||  | || || |||||||||||||||||    
T  2327103 aaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctcttt 2327023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 29 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 2321647 - 2321169
Alignment:
Q  29 acataatttagatcctaggagaaatatgaacttgcagttgatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctc 128  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||  |||   |||||    
T  2321647 acataatctataccctaggagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccatagtgaattcatctttttccgacaaatcaacatggcca---ccctc 2321551  T
Q  129 tggaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgggacaaattctcctcccaactcca 228  Q
     |||| || |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  2321550 cggaagctgccaattgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaagtccgggacaaattctccttccagctcca 2321451  T
Q  229 aacggcatcatctttatctctttggtcccggtagtatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttcaggtttaaactccaatggatcttcccaaacacgag 328  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2321450 aacggcatcatctttatctctttactccctataatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgag 2321351  T
Q  329 ggtccctccctatgtctgccaccacgaaattcactaccgcatttttaggcagcaagtaaccgttgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacac 428  Q
    | |||| | | || || | || || |||||||||   | |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||  || | ||||||    
T  2321350 gatcccacgccatctccgacagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttcaaaaccacatcctctttcaccgtgtgtgccaacac 2321251  T
Q  429 aaagtgcccc-ggtgggtgacgcctcagcccttccaaaatcacacaccttagatatggtaggttctgcaagtcttcctcttt 509  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| | | |||| | || |||||||||| |||||||||    
T  2321250 aaaatgcccctggtggatgacgcctcatcccttccaaaaccacgcacttcaaatatcgaagtttctgcaagttttcctcttt 2321169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 29 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 2303945 - 2303511
Alignment:
Q  29 acataatttagatcctaggagaaatatgaacttgcagttgatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctc 128  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||   |||||||   ||||||||||||||||||||| ||    |||||    
T  2303945 acataatctatatcctaggagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccatattgaattcttgtttttccgacaaatcaacatagccg---ccctc 2303849  T
Q  129 tggaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgggacaaattctcctcccaactcca 228  Q
    ||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||  | | ||||||||||||||  || || ||    
T  2303848 tggaagcttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattctaaatggagcaaagctaaattaagtgcaggacaaattctcctttcagcttca 2303749  T
Q  229 aacggcatcatctttatctctttggtcccggtagtatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttcaggtttaaactccaatggatcttcccaaacacgag 328  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||| ||| | ||||||  |||||||||| |||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2303748 aacggcatcatctttatctccttactccctgtaatgtcaaaattctcatccttccaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgag 2303649  T
Q  329 ggtccctccctatgtctgccaccacgaaattcactaccgcatttttaggcagcaagtaaccgttgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacac 428  Q
    | |||| ||| || || |||| || |||||||||   | |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||     
T  2303648 gatcccaccccatctccgccagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttcaaaaccacatcctctttcaccgcgtgtggcaacag 2303549  T
Q  429 aaagtgccccggtgggtgacgcctcagcccttccaaaa 466  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  2303548 aaaatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaa 2303511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 40 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 2351510 - 2351080
Alignment:
Q  40 atcctaggagaaatatgaacttgcagttgatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctctggaatcttcc 139  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||  ||| ||   ||||||| |||||    
T  2351510 atcctaggagaaatacgaacttgcaatggatttttcatcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccacct---tctggaaccttcc 2351414  T
Q  140 aattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcat 239  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  2351413 aatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcat 2351314  T
Q  240 ctttatctctttggtcccggtagtatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttcaggtttaaactccaatggatcttcccaaacacgagggtccctccct 339  Q
    ||||||||||||  |||| ||| | ||||| |  ||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||     
T  2351313 ctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcatccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccacccc 2351214  T
Q  340 atgtctgccaccacgaaattcactaccgcatttttaggcagcaagtaaccgttgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacacaaagtgccccg 439  Q
    || ||||||||||  ||||| ||   | |||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||  ||||||| || |||||||||   |||||||    
T  2351213 atctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggcaacacattatgccccg 2351114  T
Q  440 gtgggtgacgcctcagcccttccaaaatcacaca 473  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  2351113 gtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacaca 2351080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 29 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 2294332 - 2293855
Alignment:
Q  29 acataatttagatcctaggagaaatatgaacttgcagttgatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctc 128  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||   | |||||| |||||||||||  ||    |||||    
T  2294332 acataatctatatcctaggagaaatatgaacttgcaatggatttttcatcaccatggtgaattcttgtatttccgtcaaatcaacatgcccg---ccctc 2294236  T
Q  129 tggaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgggacaaattctcctcccaactcca 228  Q
    ||||| ||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| || ||| |||||    
T  2294235 tggaaccttccaatcgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaagtccgggacaaattcttcttccagctcca 2294136  T
Q  229 aacggcatcatctttatctctttggtcccggtagtatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttcaggtttaaactccaatggatcttcccaaacacgag 328  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||    
T  2294135 aacggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccaacgggtcctcccaaacacgag 2294036  T
Q  329 ggtccctccctatgtctgccaccacgaaattcactaccgcatttttaggcagcaagtaaccgttgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacac 428  Q
    | |||  | | || || |||| || |||||||||   | | |||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||||      
T  2294035 gatccaacgccatctccgccagcaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaaccacatcctctttcaccgcgtgtggcaacgg 2293936  T
Q  429 aaagtgccccggtgggtgacgcctcagcccttccaaaatcacacaccttagatatggtaggttctgcaagtcttcctcttt 509  Q
    ||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||  | || ||||||||||||||||||||    
T  2293935 aaatttccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttctgcaagtcttcctcttt 2293855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 37 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 2331207 - 2330738
Alignment:
Q  37 tagatcctaggagaaatatgaacttgcagttgatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctctggaatct 136  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||| | |||||||||| ||||  ||||||||   ||| || |||||||||||   ||||   ||||| |||| ||    
T  2331207 tagatccttggagaaatatgagcctgcaatggatttttcatgaccatagtgaattcctgtttctctgacaaatcaacgcgacca---ccctcgggaacct 2331111  T
Q  137 tccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgggacaaattctcctcccaactccaaacggcat 236  Q
    ||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  2331110 tccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatgaagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcccagctccaaatggcat 2331011  T
Q  237 catctttatctctttggtcccggtagtatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttcaggtttaaactccaatggatcttcccaaacacgagggtccctc 336  Q
    |||||||||||||||  | || ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||  |    
T  2331010 catctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaattccattggatcctcccaaacacgagggtccaac 2330911  T
Q  337 cctatgtctgccaccacgaaattcactaccgcatttttaggcagcaagtaaccgttgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacacaaagtgcc 436  Q
    || || ||||| ||||  ||||||||   | ||| |||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||  |||| || || |||||||| || ||||    
T  2330910 cccatctctgcaaccataaaattcaccgtcccatctttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcctcgctcactgcgtgaggcaacacgaaatgcc 2330811  T
Q  437 ccggtgggtgacgcctcagcccttccaaaatcacacaccttagatatggtaggttctgcaagtcttcctcttt 509  Q
    | ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| | | |||  | || || |||||||||||||||||    
T  2330810 ctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacgcacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctcttt 2330738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 29 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 2310663 - 2310186
Alignment:
Q  29 acataatttagatcctaggagaaatatgaacttgcagttgatttttcataaccacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctc 128  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||  ||||||||   | |||||| |||||||||||  ||    |||||    
T  2310663 acataatctatatcctaggagaaatatgaacttgcactggatttttcatcaccatagtgaattcttgtatttccgtcaaatcaacatgcccg---ccctc 2310567  T
Q  129 tggaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgggacaaattctcctcccaactcca 228  Q
    ||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| || ||| |||||    
T  2310566 tggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaagtccgggacaaattcttcttccagctcca 2310467  T
Q  229 aacggcatcatctttatctctttggtcccggtagtatcaaaagcctcatccttcaaaaacctttcaggtttaaactccaatggatcttcccaaacacgag 328  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || | | |  |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||     
T  2310466 aacggcatcatctttatctctttacttcctggaatgacaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccaatgggtcctcccaaacacgac 2310367  T
Q  329 ggtccctccctatgtctgccaccacgaaattcactaccgcatttttaggcagcaagtaaccgttgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacac 428  Q
    | |||  | | || || ||||  | |||||||||   | | |||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||||      
T  2310366 gatccaacgccatctccgccagaaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaaccacatcctctttcaccgcgtgtggcaacgg 2310267  T
Q  429 aaagtgccccggtgggtgacgcctcagcccttccaaaatcacacaccttagatatggtaggttctgcaagtcttcctcttt 509  Q
    ||| | ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||    || ||||||||||||||||||||    
T  2310266 aaatttccccgatggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccaaagtttctgcaagtcttcctcttt 2310186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 251
Target Start/End: Original strand, 15176295 - 15176402
Alignment:
Q  144 aaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaatggaccaaagctaaattatatccgggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcatcttt 243  Q
    ||||||| | || ||||| || |||||||||||||| || | ||| ||||||  ||| || ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  15176295 aaaattcaaaacaaaattggcaacaaagtattccaagtgcaacaatgctaaaccatagccaggacacattctcctccctgctccaaatggcatcatcttt 15176394  T
Q  244 atctcttt 251  Q
    ||||||||    
T  15176395 atctcttt 15176402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 55017133 - 55017070
Alignment:
Q  205 ggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcatctttatctctttggtcccggtagtatcaa 268  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| || || ||| ||||||    
T  55017133 ggacaaatcctcctcccagcaccaaacggcatcatcttcatctctttagttcctgtaatatcaa 55017070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University