View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5076-Insertion-2 (Length: 643)

Name: NF5076-Insertion-2
Description: NF5076
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5076-Insertion-2
NF5076-Insertion-2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-643)||(14174296-14174934)
chr4 (1-643)||(28610943-28611574)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-643)||(12931034-12931664)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-468)||(51303013-51303480)
chr3 (81-577)||(24876227-24876720)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (299-558)||(38996632-38996890)
chr5 (93-264)||(38996901-38997071)
chr5 (264-367)||(38994363-38994466)
chr5 (145-228)||(38994541-38994624)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (26-64)||(2757156-2757194)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 643
Target Start/End: Original strand, 14174296 - 14174934
Alignment:
1 cccaacaactggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggtaacactggtacgatgattaaactcact 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
14174296 cccaacaagtggtatcagagctccggttggagcttgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaaaactggtaacactggtacgatgattaaactcact 14174395  T
101 tctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14174396 tctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataagg 14174495  T
201 tgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccatgtggccacagagacaaa 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14174496 tgacggatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggttgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccatgtggccacagagacaaa 14174595  T
301 tgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttggtgaatttaaagcatcgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||     
14174596 tgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgcta-tagaaagttggtgaatctaaagtaccga 14174694  T
401 gagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaagccaattggttgccatgaagctggtgctggatgacgaattacaagcactgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |    
14174695 gagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagttggtgctggatgatgaattacaagcactat 14174794  T
501 tacttttgagttctttgccggaaagttggggaaactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcactcactttgtcccaggtaaaaagat 600  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
14174795 tacttttgagttctttgccagaaagtt-gggagactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcgctcactttgtcccaggt-aaaagat 14174892  T
601 agtatgttcaatgaaagaaacaagaagaaaagacatgggatca 643  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
14174893 agtatgttcaatg-aagaaacaagaagaaaagacatgggatca 14174934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 28611574 - 28610943
Alignment:
1 cccaacaactggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggtaacactggtacgatgattaaactcact 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||    
28611574 cccaacaagtggtatcagagctccgattggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggta---------cgatgattaaactcact 28611484  T
101 tctacaaactactccatttggaagccaaaaa-tggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataag 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
28611483 tctacaaactactccatttggaagccaaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacaaagccagataag 28611384  T
200 gtgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccatgtggccacagagacaa 299  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28611383 gttacggatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgttagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccatgtggccacagagacaa 28611284  T
300 atgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttggtgaatttaaagcatcg 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
28611283 atgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaacgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttggtgaatctaaagtatcg 28611184  T
400 ggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaagccaattggttgccatgaagctggtgctggatgacgaattacaagcactg 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||     
28611183 ggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagttggtgctggatgatgaattacaagcacta 28611084  T
500 ttacttttgagttctttgccggaaagttggggaaactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcactcactttgtcccaggtaaaaaga 599  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
28611083 ttacttttgagttctttgccagaaagtt-gggagactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcgctcactttgtcccaggt-aaaaga 28610986  T
600 tagtatgttcaatgaaagaaacaagaagaaaagacatgggatca 643  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
28610985 tagtatgttcaatg-aagaaacaagaagaaaagacatgggatca 28610943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 643
Target Start/End: Original strand, 12931034 - 12931664
Alignment:
1 cccaacaactggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggtaacactggtacgatgattaaactcact 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||    
12931034 cccaacaagtggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaaca---------ctggtacgatgattaaactcact 12931124  T
101 tctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12931125 tctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataagg 12931224  T
201 tgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccatgtggccacagagacaaa 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12931225 tgacggatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccatgtggccacagagacaaa 12931324  T
301 tgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttggtgaatttaaagcatcgg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
12931325 tgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttggtgaatctaaagtaccgg 12931424  T
401 gagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaagccaattggttgccatgaagctggtgctggatgacgaattacaagcactgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| |    
12931425 gagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagttggtgctgaatgatgaattacaagcactat 12931524  T
501 tacttttgagttctttgccggaaagttggggaaactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcactcactttgtcccaggtaaaaagat 600  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
12931525 tacttttgagttctttgccaaaaagtt-gggagactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcgctcactttgtcccaggt-aaaagat 12931622  T
601 agtatgttcaatgaaagaaacaagaagaaaagacatgggatca 643  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
12931623 agtatgttcaatg-aagaaacaagaagaaaatacatgggatca 12931664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Original strand, 51303013 - 51303480
Alignment:
1 cccaacaactggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggtaacactggtacgatgattaaactcact 100  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
51303013 cccaacaagtggtatcggagctccagttggagctcgagattatagtgtaaattaaatggaagagaacattggtaacactggtacaatgattaaactcact 51303112  T
101 tctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
51303113 tctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactgcaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacactaagccatataagg 51303212  T
201 tgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccatgtggccacagagacaaa 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
51303213 tgacaaatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctcatcaggcagcgggtggatcttagtgtattccaccatgtggtcatagagacaaa 51303312  T
301 tgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttggtgaatttaaagcatcgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||    
51303313 tgcccagactctgtggaagaacatcaaaaagatgtatcaaagaaagatcgcacaaaacaaaactttcgctattaaaaatttggtgaatttaaagtatcgg 51303412  T
401 gagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaagccaattggttgccatgaa 468  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
51303413 gagggaagatcagttgtcgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaa 51303480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 81 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 24876720 - 24876227
Alignment:
81 gtacgatgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaaggg 180  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||| |||||||||    
24876720 gtacgatgattaaactcacttctagaaactacttcatttggaagtcgaaaacggaggatatactttactgcaatgatacatatgatcctgcagaaaaggg 24876621  T
181 agacacgaagccagataaggtgacagatgaagactggaaaaa-gtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattcca 279  Q
    ||||||| ||||||||||  | ||  |||||||||||||||| || |  |||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
24876620 agacacggagccagataaaattacgaatgaagactggaaaaaagttttgtcggaaggttgttagtttgcttaggcagtgggtggatcttagtgtattcca 24876521  T
280 ccatgtggc-cacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaa 378  Q
    ||||||||  |||| |||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
24876520 ccatgtggggcacatagacgaatgcccatactccatggaagaacatcgaaaatatatatcaaagaaataccgcacaaaacaaaactttcactattagaaa 24876421  T
379 gttggtgaatttaaagcatcgggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaagccaattggttgccatgaagctggtgctg 478  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    ||| |     
24876420 gttggtgaatttaaagtatcaggagggaagatcggttgccaagcacttgagtgactttcaatacttgctaaaccaattggttgccatgaa----gtgttc 24876325  T
479 gatgacgaattacaagcactgttacttttgagttctttgccggaaagttggggaaactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcact 577  Q
    |||| | ||||| || || ||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
24876324 gatgccaaattataatcattgttacttttgagttctttgcc-aaaaaatagggaaacttgggtagtgtcgttaagcaactatgctccagatggagcact 24876227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 299 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 38996890 - 38996632
Alignment:
299 aatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttggtgaatttaaagcatc 398  Q
    |||| ||| ||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||| | | | ||||||||||||||||| | ||||| ||     
38996890 aatgtccaaactttgtggatgaacattgaaaagatttatcaaagaaagactccacaacacaaaattgttgatattagaaagttggtgattgtaaagtatt 38996791  T
399 gggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaagccaattggttgccatgaagctggtgctggatgacgaattacaagcact 498  Q
    ||| || |||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | || || ||||| |||||||| ||||||||||| |    
38996790 ggggggaaagatcagttgttaaacacttgattgactttcaagacttggtaaaccaattggttgtcttgtagttggtgttggatgacaaattacaagcatt 38996691  T
499 gttacttttgagttctttgccggaaagttggggaaactttggtggtgtcattaagcaact 558  Q
    | ||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
38996690 gctacttttgagttcttttacgaaaagtt-gggaaactttggtggtgtcattaagcaact 38996632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 93 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 38997071 - 38996901
Alignment:
93 aactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagcc 192  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||  ||| | |||||| |||||||| ||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |     
38997071 aactcacttctacaaactacttcagttaaaagtcgaaaatgaaggatataatttataacatggatatgtatgaccctgtagaaaagggaggcatgaa-ct 38996973  T
193 agataaggtgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtgga 264  Q
    ||| || ||||| ||| || |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||    
38996972 agacaaagtgactgataaaaactgaaaaaagtctcataagaaggttgtcagtctggttaggcagttggtgga 38996901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 264 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 38994466 - 38994363
Alignment:
264 atcttagtgtattccaccatgtggccacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaac 363  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||     
38994466 atcttattgttttccaccatgtggccatagagacaaatgcctaaactttgtggaaggacagtgaaaatatgtatcaaagaaataccgcacaaaacaaaat 38994367  T
364 tttc 367  Q
    ||||    
38994366 tttc 38994363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 38994624 - 38994541
Alignment:
145 ttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacagatgaagactggaaaaagtctca 228  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||| |||| || |||| |||||||||||  ||| |||||||    
38994624 ttacaacaaggatatgtatgttcatgtagaaaagggggacatgaagtcagacaaagtgatagatgaagactaaaaagagtctca 38994541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 2757194 - 2757156
Alignment:
26 gttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggag 64  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
2757194 gttggagctcgagattatagtgtaaattaaatggaggag 2757156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University