View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5076_high_34 (Length: 288)

Name: NF5076_high_34
Description: NF5076
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5076_high_34
NF5076_high_34
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (7-269)||(25379799-25380061)
chr8 (7-269)||(25331179-25331441)
chr8 (7-271)||(25730787-25731051)
chr8 (7-269)||(25469956-25470218)
chr8 (7-276)||(25710964-25711233)
chr8 (7-272)||(25688325-25688590)
chr8 (7-271)||(25433555-25433819)
chr8 (13-271)||(25599370-25599628)
chr8 (40-269)||(25407902-25408131)
chr8 (16-272)||(25485997-25486253)
chr8 (45-276)||(25428437-25428668)
chr8 (40-271)||(24916925-24917155)
chr8 (45-276)||(25825863-25826094)
chr8 (45-276)||(24890205-24890436)
chr8 (45-276)||(25501176-25501407)
chr8 (22-216)||(25687271-25687465)
chr8 (45-276)||(25635451-25635682)
chr8 (7-142)||(25738273-25738408)
chr8 (82-239)||(23262149-23262306)
chr8 (40-269)||(22880502-22880731)
chr8 (40-104)||(25330529-25330593)
chr8 (40-111)||(24891636-24891707)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (7-271)||(25384-25648)
scaffold0070 (21-272)||(41076-41326)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-276)||(10332091-10332355)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (84-269)||(23394149-23394334)
[»] scaffold0746 (1 HSPs)
scaffold0746 (226-271)||(4445-4490)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 7 - 269
Target Start/End: Original strand, 25379799 - 25380061
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggata 106  Q
    |||| |||||||| ||||||||   ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  25379799 ctgatatgaagaacctttaatcggcgcaaccgacatacctccgtaggaaactgaccaccgaagctattattttttaggtcaagtataacaagaaaggaca 25379898  T
Q  107 gattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaaccca 206  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25379899 gattccccaagtttggggaaacggtacctctaagactcatgttttggaggatcaaactatggactctattgtgtcgctcatcacaagttacaccaaccca 25379998  T
Q  207 attgcatacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaat 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  25379999 attgcatacagaagaggaggttgaccaattattagccaacatatcatatgggtctgaagtaat 25380061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 7 - 269
Target Start/End: Original strand, 25331179 - 25331441
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggata 106  Q
    |||| |||||||| ||||||||   ||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  25331179 ctgatatgaagaacctttaatcggcgcaaccgacatacctctgtaggaaactgaccaccgaagctattattttttaggtcaagtataacaagaaaggaca 25331278  T
Q  107 gattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaaccca 206  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||   || |||||||||||||| |||||| ||||    
T  25331279 gattccccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgttttggagaatcaaactgtggactctaccatgccgctcatcacaagttacaccagccca 25331378  T
Q  207 attgcatacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaat 269  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25331379 attacatacagaagaggatgttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaat 25331441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 7 - 271
Target Start/End: Original strand, 25730787 - 25731051
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggata 106  Q
    |||| |||||||||||||||||   ||||| |  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  25730787 ctgatatgaagaatctttaatcggcgcaaccgaaataactctgtaggaagctgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagtataacaagaaaggaca 25730886  T
Q  107 gattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaaccca 206  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25730887 gattccccaagtttggggaaacggtacctctaagacacatatttaggagaatcaaactgtggactctaccgtgtcgctcatcacaagttacaccaaccca 25730986  T
Q  207 attgcatacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaatta 271  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  25730987 attgcatacagaagaggaagttgaccaattattagccaacacatcataagggtctgaagtaatta 25731051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 7 - 269
Target Start/End: Original strand, 25469956 - 25470218
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggata 106  Q
    |||| |||||||| ||||||||   ||||| | |||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |    
T  25469956 ctgatatgaagaacctttaatcggcgcaaccgacatacctctgtaagaaactgaccaccgaagctattattttttaggtcaagtataacaagaaatgaca 25470055  T
Q  107 gattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaaccca 206  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25470056 gattccccaagtttggagaaacggtacctttaagactcatgtttcggagaatcaaactacggactcttccgtgtcgctcatcacaagttacaccaaccca 25470155  T
Q  207 attgcatacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaat 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  25470156 attgcatacagaagaggaggttgaccaattcttagacaagatatcataagggtctgaagtaat 25470218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 7 - 276
Target Start/End: Original strand, 25710964 - 25711233
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggata 106  Q
    |||| |||||||||||||||||   ||||| |  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  25710964 ctgatatgaagaatctttaatcggcgcaaccgatataactctgtaggaagctgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagtataacaagaaaggaca 25711063  T
Q  107 gattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaaccca 206  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  25711064 gattccccaagtttggggaaacggtacctctaagactcatattttggagaatcaaactttggactctaccgtgacgctcgtcacaagttacaccaaccca 25711163  T
Q  207 attgcatacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaattaatgat 276  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  25711164 attgcatacagaagatgcagttgaccaattattagacaacatatcataagggtctgaagtaattagtgat 25711233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 7 - 272
Target Start/End: Original strand, 25688325 - 25688590
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggata 106  Q
    |||| |||||||| | ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||| || ||||| |    
T  25688325 ctgatatgaagaacccttaatttgtgcaaccggcataactctttaggaaactgaccactgaagctattgtttttgaggtcaagtataactaggaaggaca 25688424  T
Q  107 gattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaaccca 206  Q
     |||| ||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25688425 tattccccaagtttggggaaacaatacctctaagactcatgttttggagaattaaactatggactcttccgtgtcgctcatcacaagttacaccaaccca 25688524  T
Q  207 attgcatacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaattaa 272  Q
    | | |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25688525 actacatacagaagaggatgttgaccaattattagccaacatatcataggggtctgaagtaattaa 25688590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 271
Target Start/End: Original strand, 25433555 - 25433819
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggata 106  Q
    |||| |||||||| ||||||||   |||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  25433555 ctgatatgaagaacctttaatcggcgcaacgaacataactctttaggaaactgaccaccgaatctattgttttttaggtcaagtataacaaggaaggaca 25433654  T
Q  107 gattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaaccca 206  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||| ||||||| |||    
T  25433655 gattccccaagtttggggaaacggtacctccttgactcatgtttcggagaatcaaactgtgaactctaccgtgccgctcatcacaagttacaccaatcca 25433754  T
Q  207 attgcatacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaatta 271  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  25433755 attgcatacggaagatgaggttgaccaattattagccaacacatcataagggtctgaagtaatta 25433819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 271
Target Start/End: Original strand, 25599370 - 25599628
Alignment:
Q  13 tgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcg 112  Q
    ||||||||||||||||   ||||  | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| || || | ||||     
T  25599370 tgaagaatctttaatcggcgcaagcgacataactctctaagaaactgaccaccgaagctattatttttaaggtcaagcataacaaggaatgacaaattcc 25599469  T
Q  113 ccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgca 212  Q
    | | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  25599470 ctatgtttggggaaacggtacctctaagactcatgtctcggagaatcaaactatggactctaccatgtcgctcatcacaagttacaccagcccaagtgca 25599569  T
Q  213 tacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaatta 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25599570 tacagaagaggaggttgaccaattattagccaacatatcataggggtctgaagtaatta 25599628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 40 - 269
Target Start/End: Original strand, 25407902 - 25408131
Alignment:
Q  40 cataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaa 139  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| | |||| | ||||||||||||||| | ||| |||    
T  25407902 catacctctataggaaactgaccaccaaagctattattttttatgtcaagtataacaaaaaaggacaaattccctaagtttggggaaacgatacctttaa 25408001  T
Q  140 gactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattatt 239  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  25408002 gactcatgtttcggagaatcaaactatggactcttccgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacaaaagaggaggttgaccaattctt 25408101  T
Q  240 agacaacatatcataggggtctgaagtaat 269  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  25408102 agacaagatatcataagggtctgaagtaat 25408131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 16 - 272
Target Start/End: Original strand, 25485997 - 25486253
Alignment:
Q  16 agaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgcca 115  Q
    |||| |||||||| | ||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    
T  25485997 agaacctttaatcgacgcaaccgacataactcttgaggaaattgaccaccgaaactattgtttttgaggtcaagtataacaagaaaggacatattcccta 25486096  T
Q  116 agtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatac 215  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  25486097 aatttggggaaacagtacctctaagactcatgtttcggagaatcaaactatatactcttccgtgacgctcatcacaagtgacaccaacccaactgcacac 25486196  T
Q  216 agaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaattaa 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25486197 agaagaggaggttgaccaattattagccaacatatcataggggtctgaagtaattaa 25486253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 276
Target Start/End: Original strand, 25428437 - 25428668
Alignment:
Q  45 ctctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactc 144  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |     || | |||||||||||| || || | |||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||    
T  25428437 ctctttaggaaactgaccactgaagctattgcgggagagattaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggggaaacagtacctctaagactc 25428536  T
Q  145 atgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattattagaca 244  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25428537 atgtttcggagaatcaaactatggactctgttgtgtcgctcatcgcaagtgacaccaacccaagtgcatacagaagaggatgttgaccaattattagaca 25428636  T
Q  245 acatatcataggggtctgaagtaattaatgat 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25428637 acatatcataggggtctgaagtaattagtgat 25428668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 40 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 24917155 - 24916925
Alignment:
Q  40 cataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaa 139  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  24917155 cataactctgtaggaagctgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagtataacaaggaaggacaaattccccaagtttggggaaacggtacctctaa 24917056  T
Q  140 gactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattatt 239  Q
    || |||||| ||| ||||||||||| |  ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24917055 ga-tcatgtgtcggagaatcaaactataaactctaccgtgtcgctcatcacaagttacaccaacccaagtgcatacggaagaggaggttgaccaattatt 24916957  T
Q  240 agacaacatatcataggggtctgaagtaatta 271  Q
    || |||| || |||||||||||||||||||||    
T  24916956 agccaacgtaccataggggtctgaagtaatta 24916925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 276
Target Start/End: Original strand, 25825863 - 25826094
Alignment:
Q  45 ctctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactc 144  Q
    |||||||||||||||||||  ||| ||||| ||    |||| |||||||||||| || || | |||| ||| ||||||||||||  | ||||||||||||    
T  25825863 ctctttaggaaactgaccattgaatctattgctggagaggttaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggggaaacaatacctctaagactc 25825962  T
Q  145 atgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattattagaca 244  Q
    |||||| | ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25825963 atgttttggagattcaaactatggactctgttgtgtcgctcatcacaagcgacaccaacccaagtgcatacagaagaggatgttgaccaattattagaca 25826062  T
Q  245 acatatcataggggtctgaagtaattaatgat 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25826063 acatatcataggggtctgaagtaattagtgat 25826094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 45 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 24890436 - 24890205
Alignment:
Q  45 ctctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactc 144  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||| ||    |||| |||||||||||| || || | |||| ||| ||||||||||||  | ||||||||||||    
T  24890436 ctctttagaaaactgaccattgaagctattgctggagaggttaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggggaaacaatacctctaagactc 24890337  T
Q  145 atgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattattagaca 244  Q
    |||||  | ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  24890336 atgttatggagattcaaactatggactctgttgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaagtgcatacaggagaggatgttgaccaattattagaca 24890237  T
Q  245 acatatcataggggtctgaagtaattaatgat 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24890236 acatatcataggggtctgaagtaattagtgat 24890205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 276
Target Start/End: Original strand, 25501176 - 25501407
Alignment:
Q  45 ctctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactc 144  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||| ||    |||| |||||||||||| || || | |||| ||| ||||||||||||  | ||||||||||||    
T  25501176 ctctttagaaaactgaccattgaagctattgctggagaggttaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggggaaacaatacctctaagactc 25501275  T
Q  145 atgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattattagaca 244  Q
    |||||  | ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  25501276 atgttatggagattcaaactatggactctgttgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaagtgcatacatgagaggatgttgaccaattattagaca 25501375  T
Q  245 acatatcataggggtctgaagtaattaatgat 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25501376 acatatcataggggtctgaagtaattagtgat 25501407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 22 - 216
Target Start/End: Original strand, 25687271 - 25687465
Alignment:
Q  22 tttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttg 121  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  ||||||||    
T  25687271 tttaatatgtgcaaccggcataactctttaggaaactgacaactgaagctattattttttaggtcaagtataactagaatggacagattcctcaagtttg 25687370  T
Q  122 gggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcataca 216  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  25687371 gcgaaacggtacctctaagactcatgtttcgtagaatcaaactgtggactctaccgtatcgcccgtcacaagttgcaccaacccaattgcataca 25687465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 276
Target Start/End: Original strand, 25635451 - 25635682
Alignment:
Q  45 ctctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactc 144  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||       |||| |||||||||||| || || | |||| ||| |||||| ||||  ||||||| ||| |||    
T  25635451 ctctttaggaaactgaccactgaaactattgtgggagaggttaagtataacaaggaacgacaaattccccaggtttggagaaatagtgcctccaagtctc 25635550  T
Q  145 atgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattattagaca 244  Q
    ||||||   |   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |  |||||||||||||||||||    
T  25635551 atgtttgatattttcaaactgttgactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaactacatacataagatgtagttgaccaattattagaca 25635650  T
Q  245 acatatcataggggtctgaagtaattaatgat 276  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25635651 aaatatcataggggtctgaagtaattagtgat 25635682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 7 - 142
Target Start/End: Original strand, 25738273 - 25738408
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggata 106  Q
    |||| |||||||||||||||||   ||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  25738273 ctgatatgaagaatctttaatcggcgcaaccgacataactctgtaggaagctgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagtataacaagaaaggaca 25738372  T
Q  107 gattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagac 142  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25738373 gattccccaagtttggggaaacggtacctctaagac 25738408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 82 - 239
Target Start/End: Original strand, 23262149 - 23262306
Alignment:
Q  82 aggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtc 181  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||   ||| |||||||||| ||||||  |||||    
T  23262149 aggtcaagtttaacaaggaaagatagattccccaagtttggggaaacagtacctctaagacccatgtttgtgagattcaaactgtgaactctaccgtgtc 23262248  T
Q  182 gctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattatt 239  Q
    | || |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  23262249 ggtcgtcacaagttacaccaacccaactgcatactgaagaggtggttgaccaattatt 23262306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 40 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 22880731 - 22880502
Alignment:
Q  40 cataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaa 139  Q
    |||| ||||||||| |  |||||||| ||||||||  | |  |||||||||||||||||||| || | |||| | | | | |||||||  || |||||||    
T  22880731 catatctctttaggcatttgaccaccaaagctattgttgtggaggtcaagtataacaagaaacgacatattcccaatgctcggggaaatagtacctctaa 22880632  T
Q  140 gactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattatt 239  Q
    |  ||||||||   ||| ||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  22880631 ggttcatgtttgtgagattcaaaccatagactctattgtgtcgttcatcacaagttacaccaacccaactgcatataggagaggatgttgaccaattatt 22880532  T
Q  240 agacaacatatcataggggtctgaagtaat 269  Q
    || ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22880531 agccaaaatatcatagggatctgaagtaat 22880502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 104
Target Start/End: Original strand, 25330529 - 25330593
Alignment:
Q  40 cataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaagga 104  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||| |||||||| |||||||| |||||    
T  25330529 cataactctttaggaaactaaccatcgaagctattgtttttcaggtcaagcataacaaggaagga 25330593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 40 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 24891707 - 24891636
Alignment:
Q  40 cataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||  |||||||  ||||||| || || ||||||    
T  24891707 cataactctttaggaaactgaccatcgaagctattgtttttcgggtcaagcttaacaaggaatgacagattc 24891636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 7 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 25648 - 25384
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggata 106  Q
    |||| |||||||| ||||||||   |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  25648 ctgatatgaagaacctttaatcggcgcaacgaacataactctttaggaaactgaccaccgaagctattgtttttgaggtcaagtataacaaggaaggaca 25549  T
Q  107 gattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaaccca 206  Q
     |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||| |||    
T  25548 tattccccaaatttggggaaacggtacctctaagactcatgtttcggagaatcaaactgtggactctaccgtgccgctcatcacaagttacaccaatcca 25449  T
Q  207 attgcatacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaatta 271  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  25448 attgcatacggaagaggaggttgaccaattattagccaacacatcataagggtctgaagtaatta 25384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 21 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 41326 - 41076
Alignment:
Q  21 ctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagttt 120  Q
    |||||||  ||||||| | |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||       | ||| ||||||| ||| || || |||||| ||||||      
T  41326 ctttaattgatgcaaccgacatatctctttgggaaactggccaccgaagctattgtgggagatgtctagtataataaggaacgaaagattccccaagtca 41227  T
Q  121 ggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaag 220  Q
    ||| |||| || ||| ||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||    
T  41226 gggaaaacagtacctataagattcatgtttcagagaatcaaactatggactcttccgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacc-aactgcacactgaag 41128  T
Q  221 aggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaattaa 272  Q
    |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41127 aggatgtggaccaattattagccaacatatcataggggtctgaagtaattaa 41076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 276
Target Start/End: Original strand, 10332091 - 10332355
Alignment:
Q  12 atgaagaatctttaatctatgcaactggcataactctttaggaaactgaccaccgaagctattactttttaggtcaagtataacaagaaaggatagattc 111  Q
    |||||||| ||||||||   ||||| |  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |  |||    
T  10332091 atgaagaaactttaatcggcgcaaccgaaataactctttaggtaactgaccaccaaagctattatttttaaggtcaagtgtaacaagaaaggacaagttc 10332190  T
Q  112 gccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgctcatcacaagtgacaccaacccaattgc 211  Q
     ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  10332191 cccaagtttggggaaatgttgcctctaagcctcatgttttggagaatcaaactgtagactctaccatgtcgctcatcacaaacaacaccaacccaattgc 10332290  T
Q  212 atacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaattaatgat 276  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10332291 ataccgatgaggaggttgaccaattattagtcagcatatcataggggtctgaagtaattagtgat 10332355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 84 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 23394334 - 23394149
Alignment:
Q  84 gtcaagtataacaagaaaggatagattcgccaagtttggggaaacggtgcctctaagactcatgtttcgaagaatcaaactgtggactctattgtgtcgc 183  Q
    ||||||||||||||| || || |||||| |||| ||||| ||||  || || ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| |    
T  23394334 gtcaagtataacaaggaaagacagattccccaactttggagaaattgtaccactaagactcatgtttcggagagtcaagctgtggactctatggtgtctc 23394235  T
Q  184 tcatcacaagtgacaccaacccaattgcatacagaagaggaggttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaat 269  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  23394234 tcatcacaagtgacaccaacccaactgcatacagaagaggaggttgaccaattattagctaacatatcattggggtctgaagtaat 23394149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0746 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0746
Description:

Target: scaffold0746; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 226 - 271
Target Start/End: Original strand, 4445 - 4490
Alignment:
Q  226 gttgaccaattattagacaacatatcataggggtctgaagtaatta 271  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  4445 gttgaccaattattagccaacacatcataagggtctgaagtaatta 4490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University