View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5078-Insertion-2 (Length: 1042)

Name: NF5078-Insertion-2
Description: NF5078
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5078-Insertion-2
NF5078-Insertion-2
[»] chr5 (30 HSPs)
chr5 (432-1010)||(37429323-37429908)
chr5 (8-430)||(37430130-37430552)
chr5 (435-924)||(37399812-37400297)
chr5 (443-924)||(37640547-37641024)
chr5 (443-924)||(37533775-37534252)
chr5 (87-410)||(37698186-37698509)
chr5 (433-924)||(37712299-37712786)
chr5 (443-924)||(37697462-37697939)
chr5 (443-924)||(37824570-37825047)
chr5 (440-924)||(37703343-37703823)
chr5 (148-410)||(37704061-37704323)
chr5 (433-924)||(37436382-37436869)
chr5 (443-854)||(37595069-37595476)
chr5 (435-854)||(37391961-37392373)
chr5 (143-430)||(37595703-37595990)
chr5 (87-430)||(37641251-37641597)
chr5 (87-430)||(37712997-37713340)
chr5 (87-430)||(37437074-37437417)
chr5 (87-430)||(37534479-37534816)
chr5 (71-410)||(37411734-37412076)
chr5 (273-430)||(37825268-37825425)
chr5 (151-410)||(37380831-37381096)
chr5 (273-410)||(37399451-37399588)
chr5 (87-406)||(37391385-37391718)
chr5 (437-568)||(37412316-37412447)
chr5 (433-774)||(37381333-37381670)
chr5 (154-258)||(37825458-37825562)
chr5 (148-229)||(37441518-37441599)
chr5 (154-236)||(37399314-37399396)
chr5 (675-763)||(37412512-37412600)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (433-854)||(14553783-14554200)
chr3 (273-410)||(14554425-14554562)
chr3 (151-246)||(14554616-14554711)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (437-724)||(24216748-24217025)
chr4 (437-924)||(16841878-16842361)
chr4 (151-406)||(24216245-24216500)
chr4 (148-410)||(16841384-16841637)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 432 - 1010
Target Start/End: Complemental strand, 37429908 - 37429323
Alignment:
Q  432 gtccattcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtc 531  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37429908 gtccactcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatctttaatcagagagagatctttgtc 37429809  T
Q  532 gctgctaaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaa 631  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37429808 gctgctaaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaatcactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaa 37429709  T
Q  632 tcttcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacact 731  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37429708 tcttcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacacc 37429609  T
Q  732 gccttctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctt 831  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37429608 gccttctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatgctgttcttcctctatctt 37429509  T
Q  832 tgtggaacctcactcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccacca-----ttattttcaaacctcacacacctcact 926  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||    
T  37429508 tgtggaacctcactcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattatattattttcaaacctcacacacctcact 37429409  T
Q  927 acctttggtcttggaaataataacttcaacggtatgatctcggatgtgttccacaagcttaccg-attagaaa-tttagtattttc 1010  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  37429408 acctttggtcttggaaataataacttcaacggtatgatctcggatgtgttccacaagcttaccgaattagaaattttagtattttc 37429323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 37430552 - 37430130
Alignment:
Q  8 tttcaaacctcttcataacctctatagatataggctaaaataatcaaatccaaaatcctaaacaagagagtataatttcctctaaatggggtccttttgt 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37430552 tttcaaacctcttcataacatctatagatagaggctaaaataatcaaataaaaaatcctcaagaagagagtatagtttcctctaaatggggtccttttgt 37430453  T
Q  108 tttctatttccttatcttgcctttcaccnnnnnnngttgatgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  37430452 tttctatttccttatcttgcctttcacttgttcttgttgatgctgctaactctttttacttcctatacattttcaatgtgcaagcatcatgacagttctg 37430353  T
Q  208 ccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatctcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaa 307  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37430352 ccttgttacaattcaagaattcattttttatcaacacttcatctcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaa 37430253  T
Q  308 aactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaa 407  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37430252 aaccggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattggtctggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaa 37430153  T
Q  408 ttaacgaccaatagcaccatctt 430  Q
    ||| || ||||||||||||||||    
T  37430152 ttagcggccaatagcaccatctt 37430130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 435 - 924
Target Start/End: Original strand, 37399812 - 37400297
Alignment:
Q  435 cattcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgct 534  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||  |||||||||| ||||||||  |    
T  37399812 cattgacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatattgtgaacatgtcttccctcagagagagctctttgtcaat 37399911  T
Q  535 gctaaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatct 634  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||  |||||  |||||||   ||||  ||||||| ||||||  ||||    |||||||||||||||||| |||||    
T  37399912 gctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctatcagaaactgagttgcaaggaaatttgtcaag----tgacatcctctctttacctaatct 37400007  T
Q  635 tcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgcc 734  Q
    ||||  | | |||||||| |||||| |  ||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | | ||||     
T  37400008 tcaaagattggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttggtcctctcttcctctgct 37400107  T
Q  735 ttctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctttgt 834  Q
    || || | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |  ||||   |||||   || |||||  ||||  |  |||||||||||||||    
T  37400108 ttttcaggtgaaattccctattccataggccaattgaagtatcttactcgattagatttttcacggtgcaatttagatgggatggttcctctatctttgt 37400207  T
Q  835 ggaacctcactcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattattttcaaacctcacacacctca 924  Q
    |||||||||| ||||||||| | || ||||| ||   ||| ||  |||  ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  37400208 ggaacctcacccaactaacatatttggacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctca 37400297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 443 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 37641024 - 37640547
Alignment:
Q  443 tggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgctgctaagga 542  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |  ||||| ||||||||  |||||| ||    
T  37641024 tggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagtgtggatatgtcttccattacggagagctctttgtcaatgctaaaga 37640925  T
Q  543 atttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatcttcaagaac 642  Q
    |||| || |||||||||||  |||||  ||||  ||  ||||  ||||||| ||||||  ||    |||||||||||||||||||| |||||||||  |     
T  37640924 atttgtcatcctctttggtttctcttagtctacgaaaaactgagttgcaaggaaatttgtca----agtgacatcctctctttacctaatcttcaaagat 37640829  T
Q  643 tagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgccttctcgga 742  Q
    | |||||||| |||||| |  ||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   |   |||| ||||| |     
T  37640828 tggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttgaacctccgtttatctgctttctcagg 37640729  T
Q  743 tgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctttgtggaacctc 842  Q
    ||||||||| |||||||||||  | ||||||| |||||| || |||| ||||||| | || |||||  ||||  |  |||||||||||||||||||||||    
T  37640728 tgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagtcctttcagattgcaatttagatgggatggttcctctatctttgtggaacctc 37640629  T
Q  843 actcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattattttcaaacctcacacacctca 924  Q
    || ||||||||| | || ||||| ||   ||| ||  ||| |||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  37640628 acccaactaacatatttggacctttcatttaataaacttaatggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctca 37640547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 443 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 37534252 - 37533775
Alignment:
Q  443 tggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgctgctaagga 542  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||    
T  37534252 tggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggaactttatttggataatgtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaaaga 37534153  T
Q  543 atttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatcttcaagaac 642  Q
    |||| || |||||||||||  |||||  |||||||   ||||  ||||||| ||||||  ||||    |||||||||||||||||| |||||||||  |     
T  37534152 atttgtcatcctctttggtttctcttagtctatcagaaactgagttgcaaggaaatttgtcaag----tgacatcctctctttacctaatcttcaaagat 37534057  T
Q  643 tagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgccttctcgga 742  Q
    | |||||||| | ||||||  ||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | | |||| || || |     
T  37534056 tggatttgtcatctaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttggtcctctctttctctgctttttcagg 37533957  T
Q  743 tgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctttgtggaacctc 842  Q
    ||||||||| |||||||||||  | ||||||| |||||| || |||| |||||||  ||| |||||  ||||  |  |||||||||||||||||||||||    
T  37533956 tgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagtcctttcattctgcaattttgatggaatggttcctctatctttgtggaacctc 37533857  T
Q  843 actcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattattttcaaacctcacacacctca 924  Q
    || ||||||||| | || || || ||   ||| ||  |||  ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  37533856 acccaactaacatatttggatctttcacataataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctca 37533775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 87 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 37698509 - 37698186
Alignment:
Q  87 ctctaaatggggtccttttgttttctatttccttatcttgcctttcaccnnnnnnngttgatgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgt 186  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||        |||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |    
T  37698509 ctctaaatggggtccttttttattctattgccttattttgcctttcactttttcttgttgttgttgcttactcattttacttcctacacactctcattat 37698410  T
Q  187 ccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatctcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttc 286  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   | |||||||  |||||||||| | ||||||||   ||||||||||||||    
T  37698409 gcaaccatcatgacagttctgccttgttacaattcaaaaactcattttcagttaacacttcgtctcaacctgatatttggtctagatgttcctctttttc 37698310  T
Q  287 tttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagt 386  Q
    || || |||||||||||||||||     |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||    ||  ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  37698309 ttccaggacagaatcttggaaaaacaatacagattgttgcaagtgggatggtgtcacgtgtgacactgagtcggattacgtgattggtttggacctcagt 37698210  T
Q  387 tgcaacaatctgaacggtgaatta 410  Q
    ||||||||| |||| |||||||||    
T  37698209 tgcaacaatttgaaaggtgaatta 37698186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 433 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 37712786 - 37712299
Alignment:
Q  433 tccattcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcg 532  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  37712786 tccattgacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggaactttatttggataatgtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtca 37712687  T
Q  533 ctgctaaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaat 632  Q
     |||||| |||||| || |||||||||||  |||||  ||||  |  |||||  ||||||| |||| |  ||||    |||||||||||||||||| |||    
T  37712686 atgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctacgagacactgtgttgcaaggaaatatatcaag----tgacatcctctctttacctaat 37712591  T
Q  633 cttcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactg 732  Q
    ||||||  | | |||||||| |||||| |  ||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | | |||    
T  37712590 cttcaaagattggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttggtcctctcttcctctg 37712491  T
Q  733 ccttctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatcttt 832  Q
    | || || | ||||||||| |||||||||||  | ||||||| |||||| || |||| ||||||| | || |||||  ||||  |  |||||||||||||    
T  37712490 ctttttcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagtcctttcacattgcaattttgatgggatggttcctctatcttt 37712391  T
Q  833 gtggaacctcactcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattattttcaaacctcacacacctca 924  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | || ||||| ||    || ||  |||  ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  37712390 gtggaatctcacccaactaacacatttggacctttcattgaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctca 37712299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 443 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 37697939 - 37697462
Alignment:
Q  443 tggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgctgctaagga 542  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||   ||| | || ||||||||| ||||||| || |||||  |||||| ||    
T  37697939 tggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggatcttcatcttaatggagtgaacatgtcttcaatcggagagagctcattgtcaatgctaaaga 37697840  T
Q  543 atttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatcttcaagaac 642  Q
    |||| || |||||||||||  |||||  ||||  || |||||  ||||||| |||| |  ||||    |||||||||||||||||| |||||||||  |     
T  37697839 atttgtcatcctctttggtttctcttagtctacgaaacactgtgttgcaaggaaatatatcaag----tgacatcctctctttacctaatcttcaaagat 37697744  T
Q  643 tagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgccttctcgga 742  Q
    | |||||||| |||||| |  ||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |     
T  37697743 tggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttagacctctcttacactgctttctcagg 37697644  T
Q  743 tgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctttgtggaacctc 842  Q
    ||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||| |  ||||   |||||   || |||||  ||||  |  |||||||||||||||||||||||    
T  37697643 tgaaattccttattccataggtcaattgaagtatcttactcgattagatttttcatggtgcaattttgatgggatggttcctctatctttgtggaacctc 37697544  T
Q  843 actcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattattttcaaacctcacacacctca 924  Q
    |||||||||||| | || || || || | ||| ||  |||  ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  37697543 actcaactaacatatttggatctttcaaataataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctca 37697462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 443 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 37825047 - 37824570
Alignment:
Q  443 tggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgctgctaagga 542  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||   ||| | || ||||||||| ||||||| || |||||  |||||| ||    
T  37825047 tggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggatcttcatcttaatggagtgaacatgtcttcaatcggagagagctcattgtcaatgctaaaga 37824948  T
Q  543 atttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatcttcaagaac 642  Q
    |||| || |||||||||||  |||||  ||||  || |||||  ||||||| |||| |  ||||    |||||||||||||||||| |||||||||  |     
T  37824947 atttgtcatcctctttggtttctcttagtctacgaaacactgtgttgcaaggaaatatatcaag----tgacatcctctctttacctaatcttcaaagat 37824852  T
Q  643 tagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgccttctcgga 742  Q
    | |||||||| |||||| |  ||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||| || || |     
T  37824851 tggatttgtcatttaatcataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttggacctctcttcctctgctttttcagg 37824752  T
Q  743 tgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctttgtggaacctc 842  Q
    ||||||||| |||||||||||  | ||||||| |||||| || |||| ||||||| | || |||||  ||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  37824751 tgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagacctttcatattgcaattttgatgggattgttcctctatctttgtggaacctc 37824652  T
Q  843 actcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattattttcaaacctcacacacctca 924  Q
    || ||||||||| | || ||||| ||    || ||  |||  ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  37824651 acccaactaacatatttggacctttcacaaaataagcttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctca 37824570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 440 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 37703823 - 37703343
Alignment:
Q  440 acatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgctgctaa 539  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |  ||||| || |||||  ||||||    
T  37703823 acatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagtgtggatatgtcttccattacggagagctcattgtcaatgctaa 37703724  T
Q  540 ggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatcttcaag 639  Q
     |||||| || |||||||||||  |||||  |||||||   ||||  ||||||| ||||||  ||||    |||||||||||||||||| |||||||||     
T  37703723 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctatcagaaactgagttgcaaggaaatttgtcaag----tgacatcctctctttacctaatcttcaaa 37703628  T
Q  640 aactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgccttctc 739  Q
     | | |||||||| || ||| |  ||||||||||  ||||||||   |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| | | |||| || ||    
T  37703627 gattggatttgtcattcaattataaccttagtggtcaacttccaaaatccaactggagctctcctctaagatacttgaacctctcttcctctgctttttc 37703528  T
Q  740 ggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctttgtggaac 839  Q
     | ||||||||| |||||||||||  | ||||||| |||||| || |||| ||||||| | || |||||  ||||  |  |||||||||||||||||||     
T  37703527 aggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagacctttcacattgcaatttagatgggatggttcctctatctttgtggaat 37703428  T
Q  840 ctcactcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattattttcaaacctcacacacctca 924  Q
    ||||| ||||||||| | || ||||| ||   ||| ||  |||  ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  37703427 ctcacccaactaacatatttggacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctca 37703343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 148 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 37704323 - 37704061
Alignment:
Q  148 tgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacactta 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| || |||  |||| || || |||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||     
T  37704323 tgctgcttactcattttacttcctacactttctcattgtgcagccaacatgatagctccgccttgttacaattcaaacactcattttctgtcaacacttc 37704224  T
Q  248 atctcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgc 347  Q
    |||| |||| ||||||  ||||   ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37704223 atctaaacccggttttctgtctatgtgtttgtctttttcttttaagacagaatcttggaaaaccggcacagattgttgcgagtgggatggtgtcacgtgc 37704124  T
Q  348 gacatcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaatta 410  Q
    |||| | |||  ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  37704123 gacaccgtgtctgatcacgtgattggtttggatctcagttgcaacaatctgaaaggtgaatta 37704061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 433 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 37436869 - 37436382
Alignment:
Q  433 tccattcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcg 532  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||| | || ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  37436869 tccattcgcatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatctgaatggagtgaaaatgtcttcaattggagagagctctttgtcg 37436770  T
Q  533 ctgctaaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaat 632  Q
     || ||| |||||| || || ||||||||  |||||  |||| || |||||   ||||||| ||||||  ||    |||||||||||||||||||| |||    
T  37436769 ttgttaacgaatttgtcatcttctttggtttctcttagtctagcatccactcagttgcaaggaaatttgtca----agtgacatcctctctttacctaat 37436674  T
Q  633 cttcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactg 732  Q
    ||||||  | | |||||||| |||||| |  ||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   |   |||    
T  37436673 cttcaaagattggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttgaacctccgtttatctg 37436574  T
Q  733 ccttctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatcttt 832  Q
    | ||||| | ||||||||| |||||||||||  | ||||||| |||||| || |||| ||||| |   || |||||  ||||  |  |||||||||||||    
T  37436573 ctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagaccttttaggttgcaattttgatgggatggttcctctatcttt 37436474  T
Q  833 gtggaacctcactcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattattttcaaacctcacacacctca 924  Q
    |||||||||||||||||||||| | || ||||| || |  || ||  |||   |||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  37436473 gtggaacctcactcaactaacatatttggacctttcaagaaataaacttaacagtgagatttcaccattactttcaaacccctcacacctca 37436382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 443 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 37595476 - 37595069
Alignment:
Q  443 tggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgctgctaagga 542  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |  ||||| ||||||||  |||||| ||    
T  37595476 tggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagtgtggatatgtcttccattacggagagctctttgtccatgctaaaga 37595377  T
Q  543 atttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatcttcaagaac 642  Q
    |||| || |||||||||||  |||||  ||||  || |||||| ||||||| ||||||  ||    |||||||||||||||||||| |||||||||  |     
T  37595376 atttttcatcctctttggtttctcttcttctacgaaacactgggttgcaaggaaatttgtca----agtgacatcctctctttacctaatcttcaaagat 37595281  T
Q  643 tagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgccttctcgga 742  Q
    | |||||||| ||||||||  ||||||||||  ||||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||   |   |||| || || |     
T  37595280 tggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaacttgagcactcctctaaggtacttgaacctccgtttatctgctttttcagg 37595181  T
Q  743 tgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctttgtggaacctc 842  Q
    ||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||| |  ||||   |||||   ||  ||||  ||||  |  |||||||||||||||||||||||    
T  37595180 tgaaattccttattccataggtcaattgaagtatcttactcgattagatttttcatggtgccatttagatgggatggttcctctatctttgtggaacctc 37595081  T
Q  843 actcaactaaca 854  Q
    || |||||||||    
T  37595080 acccaactaaca 37595069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 435 - 854
Target Start/End: Original strand, 37391961 - 37392373
Alignment:
Q  435 cattcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgct 534  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||| || |||||||| ||||||||  |    
T  37391961 cattgacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagagtggatatgtattccattagagagagctctttgtctat 37392060  T
Q  535 gctaaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatct 634  Q
    ||||| |||| | || |||||||||||  |||||   |||  |   | ||| ||||||| ||||||  ||    |||| ||||||||||||||| |||||    
T  37392061 gctaaagaatgtgtcatcctctttggtttctcttaggctaggagaaattgggttgcaaggaaatttgtca----agtgccatcctctctttacctaatct 37392156  T
Q  635 tcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgcc 734  Q
    ||||  ||||||||||||    ||| | || ||||| || |||||||||   || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||   ||   |     
T  37392157 tcaaagactagatttgtc---aaataatgaacttagcggtaaacttccaaaatcaaactggagcactcctctaaggtacttggacctatctggcatcact 37392253  T
Q  735 ttctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctttgt 834  Q
    ||||| | |||||||||| | || |||||| |||||||||||||||| || |||| ||||||| | || |||||  ||||  |  |||||||||||||||    
T  37392254 ttctcaggtgaaattcccaaatctataggccatttgaagtatcttactcaattagtcctttcatattgcaatttagatgggatggttcctctatctttgt 37392353  T
Q  835 ggaacctcactcaactaaca 854  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  37392354 ggaacctcactcaactaaca 37392373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 143 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 37595990 - 37595703
Alignment:
Q  143 gttgatgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaac 242  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||| |  ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||    
T  37595990 gttgttgctgcttactcattttacttcctacactttctcattgtgcaacaaacatgacaactctgccttgttacaattcaaaaactctttttctgtcaac 37595891  T
Q  243 acttaatctcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtca 342  Q
    |||| |||||||||   |   |  | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||||||| || ||||||||||||||||    
T  37595890 acttcatctcaacccaatccgtactttggttgttcctctttttctttcaagacagaatcttgggaaaacagtacagattgttgtgagtgggatggtgtca 37595791  T
Q  343 cgtgcgacatcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaattaacgaccaatagcaccatctt 430  Q
    ||||||||| |||||  ||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||    ||||||||||||||||    
T  37595790 cgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattggtctggacctcagttgcaacaatcttaaaggtgaattacatcccaatagcaccatctt 37595703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 87 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 37641597 - 37641251
Alignment:
Q  87 ctctaaatggggtccttttgttttctatttccttatcttgcctttcaccnnnnnnngttgatgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgt 186  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||| ||| |||||| || ||||||||        |||| || || ||||||||||||||||||| || |||||| |||    
T  37641597 ctctaaatgggatccttttttattccattgccttattttacctttcacttcttgttgttgttgttgattactcattttacttcctacactttctcactgt 37641498  T
Q  187 ccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatctcaacctgg---tttttggtctcactgttcctcttt 283  Q
     ||||||  ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||| |||| |||| |    | ||| ||||   ||| |||||||    
T  37641497 gcaaccaacatgacacctctgccttgttacaattcaaaaactctttttctgtcaacacttcatctaaaccggacgatattttgtctagttgtccctcttt 37641398  T
Q  284 ttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattggtttggacctt 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||     |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | ||||||||| |||||||     
T  37641397 ttctttcaagacagaatcttggaaaaacaatacagattgttgtgagtgggatggtgtcacgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattggtctggacctc 37641298  T
Q  384 agttgcaacaatctgaacggtgaattaacgaccaatagcaccatctt 430  Q
    |||||||||||||| || |||||||||    ||||||||||||||||    
T  37641297 agttgcaacaatctaaaaggtgaattacatcccaatagcaccatctt 37641251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 87 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 37713340 - 37712997
Alignment:
Q  87 ctctaaatggggtccttttgttttctatttccttatcttgcctttcaccnnnnnnngttgatgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgt 186  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||| ||| |||||| || ||||||||        |||| || |||||||||||||||||||| | || |||||| |||    
T  37713340 ctctaaatgggatccttttttattccattgccttattttacctttcacttcttctcgttgttgttgcttactcattttacttcccacactttctcactgt 37713241  T
Q  187 ccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatctcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttc 286  Q
     |||| |  ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||| |||||||||   |   |  | |   ||||||||||||||    
T  37713240 gcaacaaacatgacaactctgccttgttacaattcaaaaactctttttctgtcaacacttcatctcaacccaatccgtactttggttgttcctctttttc 37713141  T
Q  287 tttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagt 386  Q
    ||||||||||||||||||| |||   | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | ||||||||| ||||||| |||    
T  37713140 tttcaagacagaatcttggcaaaacagtacagattgttgtgagtgggatggtgtcacgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattggtctggacctcagt 37713041  T
Q  387 tgcaacaatctgaacggtgaattaacgaccaatagcaccatctt 430  Q
    ||||||||||| || |||||||||    ||||||||||||||||    
T  37713040 tgcaacaatctaaaaggtgaattacatcccaatagcaccatctt 37712997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 87 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 37437417 - 37437074
Alignment:
Q  87 ctctaaatggggtccttttgttttctatttccttatcttgcctttcaccnnnnnnngttgatgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgt 186  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| || |||| | ||||| |||||        |||| || |||||||||| |||||| || | || |||||| | |    
T  37437417 ctctaaatggggtccttttttattcttttgccttgttttgcccttcacttgttctcgttgttgttgcttactcactttactacccacactttctcattat 37437318  T
Q  187 ccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatctcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttc 286  Q
     ||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| ||| || ||||||||| |||||||||   |   |  | |   |||| |||||||||    
T  37437317 gcaaccatcatgacacctctgccttattacaattcaaaaactcttttcttctcaacacttcatctcaacccaatccgtactttggttgtttctctttttc 37437218  T
Q  287 tttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagt 386  Q
    ||||||||||||||||||| |||   | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | ||||||||| ||||||| |||    
T  37437217 tttcaagacagaatcttgggaaaacagtacagattgttgtgagtgggatggtgtcacgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattggtctggacctcagt 37437118  T
Q  387 tgcaacaatctgaacggtgaattaacgaccaatagcaccatctt 430  Q
    |||||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||    
T  37437117 tgcaacaatctgaaaggtgaattacatcccaatagcaccatctt 37437074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 87 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 37534816 - 37534479
Alignment:
Q  87 ctctaaatggggtccttttgttttctatttccttatcttgcctttcaccnnnnnnngttgatgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgt 186  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||| ||| |||||| || ||||||||        |||| || || ||||||||||||||||||| || |||||| |||    
T  37534816 ctctaaatgggatccttttttattccattgccttattttacctttcactttttcttgttgttgttgattactcattttacttcctacactttctcactgt 37534717  T
Q  187 ccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatctcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttc 286  Q
     |||| |  ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||| ||||| |||||||| |   |||||  |     |||| ||||||||    
T  37534716 gcaacaaacatgacaactctgccttgttacaattcaaaaactctttttctgtcagcacttcatctcaac-tctattttgcgc-----gttcttctttttc 37534623  T
Q  287 tttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagt 386  Q
    ||||||||||||||||||| |||   | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | ||||||||| ||||||| |||    
T  37534622 tttcaagacagaatcttgggaaaacagtacagattgttgtgagtgggatggtgtcacgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattggtctggacctcagt 37534523  T
Q  387 tgcaacaatctgaacggtgaattaacgaccaatagcaccatctt 430  Q
    ||||||||||| || |||||||||    ||||||||||||||||    
T  37534522 tgcaacaatctaaaaggtgaattacatcccaatagcaccatctt 37534479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 71 - 410
Target Start/End: Original strand, 37411734 - 37412076
Alignment:
Q  71 aagagagtataatttcctctaaatggggtccttttgttttctatttccttatcttgcctttcaccnnnnnnngttgatgctgcttactcattttacttcc 170  Q
    |||||||| ||| || |||||||||||||||| || | |||||||  | ||| || ||||||||        |||| ||||| |||||||||||||||||    
T  37411734 aagagagtttaagttgctctaaatggggtcctgttttgttctattgtcctattttacctttcacttgttcttgttgctgctgtttactcattttacttcc 37411833  T
Q  171 tatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaa---cacttaatctcaacctggtttttggt 267  Q
    || || |||||| | | |||| || ||||||| | ||||||||||||||||||||||| | || || ||||   || || |||||| | || | |||||     
T  37411834 tacaccttctcattatgcaactatcatgacagctttgccttgttacaattcaagaacttacttcttgtcaatggcatttcatctcagcatgatatttggc 37411933  T
Q  268 ctcactgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgt 367  Q
    ||   ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |   |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| | | |  ||| ||||    
T  37411934 ctagttgttcctctttttctttgaaaacagattcttggaaaaataatacagattgttgcgagtggtatggtgtcatgtgcgacaccgttttggatcatgt 37412033  T
Q  368 gattggtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaatta 410  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  37412034 gattggtttggaccttaggtgcaacaatcttaaaggtgaatta 37412076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 273 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 37825425 - 37825268
Alignment:
Q  273 tgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattg 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | |||||||    
T  37825425 tgttcctctttttctttcaagacagaatcttgggaaaacagtacagattgttgtgagtgggatggtgtcacgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattg 37825326  T
Q  373 gtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaattaacgaccaatagcaccatctt 430  Q
    || ||||||| |||||||||||||| || |||||||||    ||||||||||||||||    
T  37825325 gtctggacctcagttgcaacaatctaaaaggtgaattacatcccaatagcaccatctt 37825268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 151 - 410
Target Start/End: Original strand, 37380831 - 37381096
Alignment:
Q  151 tgcttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatc 250  Q
    |||||||||||||||||||| | || |||||| ||| ||||||  |||| |  |||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||| |||    
T  37380831 tgcttactcattttacttcccacactttctcattgtgcaaccaacatgatacatctgccttgttacatttcaaaaactcattttctttcaacacttcatc 37380930  T
Q  251 tcaacctggt------ttttggtctcactgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacg 344  Q
      || | | |      |||||| ||   |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||| || | ||||||||||||||||    
T  37380931 gaaatccgatatacatttttggcctagatgttccactttttctttcaagatagaatcttggaaaaataatacagattgttgtgggtgggatggtgtcacg 37381030  T
Q  345 tgcgacatcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaatta 410  Q
    ||||||  |||||  ||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  37381031 tgcgactccatgtcagatcatgtgattggtctggacctcagttgcagcaatctgaatggtgaatta 37381096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 273 - 410
Target Start/End: Original strand, 37399451 - 37399588
Alignment:
Q  273 tgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattg 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | |||||||    
T  37399451 tgttcctctttttctttcaagacagaatcttgggaaaacagtacagattgttgtgagtgggatggtgtcacgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattg 37399550  T
Q  373 gtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaatta 410  Q
    || ||||||| ||||||||||| || || |||||||||    
T  37399551 gtctggacctcagttgcaacaaactaaaaggtgaatta 37399588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 87 - 406
Target Start/End: Original strand, 37391385 - 37391718
Alignment:
Q  87 ctctaaatggggtccttttgttttctatttccttatcttgcctttcaccnnnnnnngttgatgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgt 186  Q
    ||||||||||||||||| | | || |||| |||||| || ||||||||        |||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  37391385 ctctaaatggggtccttgtttattttattgccttattttacctttcacttgttcatgttgttgttgcttactcattttacttcctatactctctcattgt 37391484  T
Q  187 ccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatctcaacctgg---tttttggtctcac----------- 272  Q
     ||||| | |||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||  |||||     |||||  | |||                
T  37391485 gcaaccttcatgatagctctgccttgctacaattcaaaaactcattttttgtcaacacttcatcaaaacctatccttttttaatttcaaactttggttgg 37391584  T
Q  273 tgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattg 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | |||||||    
T  37391585 tgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaaacagtacaaattgttgcaagtgggatggtgtcacgtgcgacaccatgtcagatcacgtgattg 37391684  T
Q  373 gtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtga 406  Q
       | ||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  37391685 aactagacctcagttgcaacaatttgaatggtga 37391718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 437 - 568
Target Start/End: Original strand, 37412316 - 37412447
Alignment:
Q  437 ttcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgctgc 536  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  37412316 ttcacatggaaggaactcattcataatgttacaaatttaagcgagcttcatctgaatagtgttgatatgtcttccatcagagagaattctttgtcgctgc 37412415  T
Q  537 taaggaatttatcgtcctctttggtcgctctt 568  Q
    ||| |||||| || |||||| ||||| |||||    
T  37412416 taaagaatttgtcatcctctctggtctctctt 37412447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 433 - 774
Target Start/End: Original strand, 37381333 - 37381670
Alignment:
Q  433 tccattcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcg 532  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||   |  |||| | || || || || |||| ||| ||||| ||     
T  37381333 tccattgacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttctttaggttgtgtgaacatgtcctctattagagcgagctctttatct 37381432  T
Q  533 ctgctaaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaat 632  Q
     |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| ||||  |   ||||| ||||||| ||||||  ||    |||||||||||||||||||| |||    
T  37381433 atgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttggtctaggagaaactgggttgcaaggaaatttgtca----agtgacatcctctctttacctaat 37381528  T
Q  633 cttcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactg 732  Q
    || |||  ||||||||| || | |||| |  | || ||  |  |||||||    |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||   |||      
T  37381529 ctccaaacactagatttatcatctaataaatatctgagcagtcaacttccgaaatccaactggagcactcctttgaggtacttggacctctctcgcaccc 37381628  T
Q  733 ccttctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagt 774  Q
    | ||||| | ||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  37381629 ctttctcaggtgaaattccttattccataggccagttgaagt 37381670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 37825562 - 37825458
Alignment:
Q  154 ttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatctca 253  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||| |  ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||| |||| |    
T  37825562 ttactcattttacttcctacactttctcactgtgcaacaaacatgacaactctgccttgttacaattcaaaaactctttttctgtcaacacttcatctaa 37825463  T
Q  254 acctg 258  Q
    |||||    
T  37825462 acctg 37825458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 148 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 37441599 - 37441518
Alignment:
Q  148 tgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| |  ||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  37441599 tgctgcttactcattttacttcctatactttctcactgtgaaacaaacatgacacctctgccttgttacaattcaaaaactc 37441518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 236
Target Start/End: Original strand, 37399314 - 37399396
Alignment:
Q  154 ttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcatttttt 236  Q
    |||||||||||||||| || || |||||| | | ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  37399314 ttactcattttacttcatacactttctcactatgcaaccatcatgacacctctgccttgttacaattcaaaaattcatttttt 37399396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 675 - 763
Target Start/End: Original strand, 37412512 - 37412600
Alignment:
Q  675 aaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgccttctcggatgaaattccctattccatagg 763  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  |||   ||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  37412512 aaacttccaatgttcaactggagcactcctctaaggtacttggatctctctttaacttttttctcaggtgaaattccttattccatagg 37412600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 5e-59; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 433 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 14554200 - 14553783
Alignment:
Q  433 tccattcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcg 532  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||   ||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  14554200 tccatttacatggaataaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtca 14554101  T
Q  533 ctgctaaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaat 632  Q
     |||||| |||||| || |||||||||||  |||||  |||| ||| ||| || ||||||| ||||||  ||    |||||||| |||||||| ||||||    
T  14554100 atgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtca----agtgacatactctctttgccaaat 14554005  T
Q  633 cttcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactg 732  Q
    |||||| |||||||||||     |||||| |  ||||||||  ||||||||   ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||   ||| |||    
T  14554004 cttcaaaaactagatttggtaggtaatgatggtcttagtggtcaacttccaaaatccaactggagtactcctctaaggtacttgtacctccattactctg 14553905  T
Q  733 ccttctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatcttt 832  Q
    | ||||| | ||||||||| |||||||||||  | ||||||| |||||| ||||||| ||||||| | || |||||  ||||  |  |||||||||||||    
T  14553904 ctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatgggatggttcctctatcttt 14553805  T
Q  833 gtggaacctcactcaactaaca 854  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  14553804 gtggaacctcactcaactaaca 14553783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 273 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 14554562 - 14554425
Alignment:
Q  273 tgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacatcatgtacgattatgtgattg 372  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  | | | |||||||    
T  14554562 tgtttctctttttctttcaagacagaatcttggaaaaagagtacagattgttgcgagtgggatggtgtcacgtgcgacaccatatcaggtcacgtgattg 14554463  T
Q  373 gtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaatta 410  Q
       | |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  14554462 aactagaccttagttgcaacaatttgaatggtgaatta 14554425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 151 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 14554711 - 14554616
Alignment:
Q  151 tgcttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacactt 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||  ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||    
T  14554711 tgcttactcattttacttcctatactttctcattgtgcaaccaacatgacacctctgccttgttacaattcaaaaactctttttctgtcaacactt 14554616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 4e-56; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 437 - 724
Target Start/End: Original strand, 24216748 - 24217025
Alignment:
Q  437 ttcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgctgc 536  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||   ||||| |||||||||||||||||||| ||||||      |    
T  24216748 ttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacatatcttcaatcagagagagctctttg------c 24216841  T
Q  537 taaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatcttc 636  Q
    ||| |||||| || |||||||||||  |||||  |||| || ||||||| ||||||| |||| |  ||||    ||||||||||||||||||||||||||    
T  24216842 taaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaag----tgacatcctctctttaccaaatcttc 24216937  T
Q  637 aagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctc 724  Q
    || ||||||||||||| |  ||| | |||||| |||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24216938 aaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaatttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctc 24217025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 437 - 924
Target Start/End: Original strand, 16841878 - 16842361
Alignment:
Q  437 ttcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatcttcaatcagagagagatctttgtcgctgc 536  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| || | |||   ||| | || ||||||||  ||||||| ||||||||  |||    
T  16841878 ttcacttggaagaaactcattcataatgctactaaattaagggatctttatctaaatggagtgaacatgtcttcaattggagagagctctttgtcaatgc 16841977  T
Q  537 taaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaaccactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttaccaaatcttc 636  Q
    |||  ||||| || |||||||||||  ||||| ||||| ||| |||||| ||||||| ||||||   |||    |||||| ||||||||  |||||||||    
T  16841978 taaacaatttgtcatcctctttggtttctcttcatctagcaaacactggtttgcaaggaaatttgttaag----tgacatactctctttgtcaaatcttc 16842073  T
Q  637 aagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcatacactgcctt 736  Q
    ||  ||||||||||||   |||| | |||||||||||  ||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  | ||||| ||    
T  16842074 aaagactagatttgtcacataatcaagaccttagtggtcaacttccaaaatccaactggagcactcctctaaggtacttgtacctctctcatactgcttt 16842173  T
Q  737 ctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatggtgttcttcctctatctttgtgg 836  Q
    ||| |  |||||  |||||||||||||  | || |||| |||||| ||||||| |||||||   || |||||  ||||  |  |||||||||||||||||    
T  16842174 ctcaggagaaatctcctattccataggtcaattaaagtctcttactcatttagtcctttcattttgcaattttgatgggatggttcctctatctttgtgg 16842273  T
Q  837 aacctcactcaactaacaaagttagacctctctactaacaactttagtggtgagattccaccattattttcaaacctcacacacctca 924  Q
    |||||||||||||||||| | || || || || | ||| ||  |||  ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  16842274 aacctcactcaactaacatatttggatctttcaaataataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaacacctca 16842361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 151 - 406
Target Start/End: Original strand, 24216245 - 24216500
Alignment:
Q  151 tgcttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacacttaatc 250  Q
    ||||||||||||||||||| || || | |||| | | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||    
T  24216245 tgcttactcattttacttcttacacttactcattctgcaaccatcatgacagttctgcattgttacaattcaagaactcatttgttgtcaacacttcatc 24216344  T
Q  251 tcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgcgac 350  Q
    | |||| | | ||||||||   |||||| |||||| ||||| ||| ||||| ||||||| |||  ||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||    
T  24216345 tgaacccgatatttggtctatgtgttccactttttatttcaggacggaatcctggaaaaatggtgcagattgttgcgagtgggatggggtcatgtgtgac 24216444  T
Q  351 atcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtga 406  Q
    |  | ||   |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24216445 actaggtcaaattacgtgattggtctggaccttagttgcaacaatctgaaaggtga 24216500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 148 - 410
Target Start/End: Original strand, 16841384 - 16841637
Alignment:
Q  148 tgctgcttactcattttacttcctatacattctcaatgtccaaccatgatgacagttctgccttgttacaattcaagaactcattttttatcaacactta 247  Q
    ||||||||||||| ||||||||  | || || ||| | | ||||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||     
T  16841384 tgctgcttactcactttacttcacacactttgtcattctgcaaccaacatgacagctctgctttgttacatttcaaaaactcattttctgtcaacacttc 16841483  T
Q  248 atctcaacctggtttttggtctcactgttcctctttttctttcaagacagaatcttggaaaactggcacagattgctgcgagtgggatggtgtcacgtgc 347  Q
    |||||||| || | ||||         |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||  || || ||||| ||| |||||||||||||||||||     
T  16841484 atctcaacttgatatttg---------ttcctctacttctttcaagacaaaatcttggaaaaacggtacggattgttgcaagtgggatggtgtcacgtgt 16841574  T
Q  348 gacatcatgtacgattatgtgattggtttggaccttagttgcaacaatctgaacggtgaatta 410  Q
    ||||     |  ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  16841575 gacactgaatcagattacgtggttggtttggacctcagttgcaacaatttgaaaggtgaatta 16841637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University