View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5080-Insertion-2 (Length: 945)

Name: NF5080-Insertion-2
Description: NF5080
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5080-Insertion-2
NF5080-Insertion-2
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (8-942)||(38248807-38249741)
chr4 (15-568)||(38227199-38227752)
chr4 (15-568)||(38214776-38215335)
chr4 (18-637)||(38253932-38254548)
chr4 (11-637)||(38243662-38244285)
chr4 (15-631)||(38220818-38221437)
chr4 (8-217)||(38238721-38238930)
chr4 (261-463)||(38238944-38239146)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (11-557)||(17434325-17434868)
chr6 (11-568)||(17455425-17455982)
chr6 (366-584)||(18559535-18559750)
chr6 (778-829)||(18559846-18559900)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (195-424)||(15912959-15913188)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-158)||(21546632-21546773)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (272-387)||(11484993-11485108)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 907; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 907; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 942
Target Start/End: Original strand, 38248807 - 38249741
Alignment:
Q  8 tgtgccacgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38248807 tgtgccacgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatct 38248906  T
Q  108 ggaatatctgttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccatttttccttacaagaacatgat 207  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  38248907 ggaatatctgttgtcgttcctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccactgttccttacaagaacatgat 38249006  T
Q  208 catagttttgaagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249007 catagttttgaagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtcattcaacaagccaatgatggagataggtttcatg 38249106  T
Q  308 gaggggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249107 gaggggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattg 38249206  T
Q  408 ataactgatccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattttattttcactcttctcaaaagaacttaagcatggtgtgccaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249207 ataactgatccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattttattttcagtcttctcaaaagaacttaagcatggtgtgccaa 38249306  T
Q  508 acaataatagaagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaaccacatgttgatgatctgctagaaaaatatttacaagtaattaactaattt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249307 acaataatagaagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaaccacatgttgatgatctgccagaaaaatatttacaagtaattaactaattt 38249406  T
Q  608 tttattaaagaaatattaaacagatgcagaatcaagctttcattaaacaaggaagacaatgtttgcaaattgcacatgcacaacaatattaaaaagggca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38249407 tttattaaagaaatattaaacagatgcagaatcaagctttcattaaacaaggaagacaatgtttgcaaattgcacatgcacaacaatattaaaaaaggca 38249506  T
Q  708 agataaactacacaaatatgcatgaaaaaacatagtttgaacacaatcaatacggagcaaaagcatgcagaagagaagatggaatggcttgagttgcgtt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249507 agataaactacacaaatatgcatgaaaaaacatagtttgaacacaatcaatacggagcaaaagcatgcagaagagaagatggaatggcttgagttgcgtt 38249606  T
Q  808 cctcagaaagatagtttggaaatggcagagttgagctttgtttgacgagaaaactagctactattcgaagtatttttatatagaaaatgtacctgagacc 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249607 cctcagaaagatagtttggaaatggcagagttgagctttgtttgacgagaaaactagctactattcgaagtatttttatatagaaaatgtacctgagacc 38249706  T
Q  908 cacctcatcatcatcacatgataatgttcttcaca 942  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249707 cacctcatcatcatcacatgataatgttcttcaca 38249741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 568
Target Start/End: Original strand, 38227199 - 38227752
Alignment:
Q  15 cgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctggaatat 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  38227199 cgcgtatcaatggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaacccttgtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatctggaatat 38227298  T
Q  115 ctgttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccatttttccttacaagaacatgatcatagtt 214  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38227299 ctgttgtcgttcctcgtgtttctgacccaagtccaaagtattgtgaaatagcatttccctggcatatgccactgttccttacaagaacatgatcagagtt 38227398  T
Q  215 ttgaagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatggaggggt 314  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38227399 ttgaagcatcatgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaagccaatgatggagataggtttcatggagaggt 38227498  T
Q  315 ataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattgataactg 414  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||    
T  38227499 ataggattaccagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataatgtttattgataactg 38227598  T
Q  415 atccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattttattttcactcttctcaaaagaacttaagcatggtgtgccaaacaataa 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   |||| |||| |||||| |||||| ||| ||||||||||     
T  38227599 atccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgatttgattttatcttcggccttcacaaaggaacttgagcatgttgtaccaaacaatag 38227698  T
Q  515 tagaagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaaccacatgttgat 568  Q
    ||||||||||||  || | ||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||    
T  38227699 tagaagtattgcctctaaaaatacaaaatctctagatacaaaacacatgctgat 38227752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 15 - 568
Target Start/End: Original strand, 38214776 - 38215335
Alignment:
Q  15 cgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctggaatat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  38214776 cgcgtatcgatggcatgaacattaaccaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatat 38214875  T
Q  115 ctgttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccatttttccttacaagaacatgatcat---a 211  Q
    ||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||| | || ||||||||| | || || |||||||||||||||    |    
T  38214876 ctgttgctgttcctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcaga 38214975  T
Q  212 gttttgaagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatggagg 311  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || |||| |||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  38214976 gttttgaagcatcctgtggctatcattttctgtgtgtgtaacatgttttctttgatgatatcttccaacagcccaatgatgaagataagtttcatggagg 38215075  T
Q  312 ggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattgataa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  38215076 ggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctacatgacctcttggaaaatcaatatcataataatatctattgataa 38215175  T
Q  412 ctgatccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattttattttcactcttctcaaaagaactt---aagcatggtgtgccaaa 508  Q
    ||||||||||||| || || || || ||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||| ||   ||  ||||||||| |||    
T  38215176 ctgatccaggtcctagctcgaatttcggggacaaaaatacagctgatttgatcttattttcagtcttcaaaaaagaagttgagaatgatggtgtgctaaa 38215275  T
Q  509 caataatagaagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaaccacatgttgat 568  Q
     || |  | ||||||||||| ||| ||| |||||| || |  ||||||||||||||||||    
T  38215276 gaacagcacaagtattgctagtgaaaatacaaaatgtccacatacaaaccacatgttgat 38215335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 18 - 637
Target Start/End: Original strand, 38253932 - 38254548
Alignment:
Q  18 gtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctggaatatctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||  ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  38253932 gtatcgatggcatgaacattaaccatccatttctcatcaaacccttctggaacctctgcaggattacctacctctataccaaaagggtccggaatatctg 38254031  T
Q  118 ttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccatttttccttacaagaacatgatcatagttttg 217  Q
    |    ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||    ||||||||||||||||||| | || || ||||||||||||||| |||||||    
T  38254032 tcagtgttcctcttgtttcggatccaaggccaaagtattgtccaagataatttccctggcatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagagttttg 38254131  T
Q  218 aagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatggaggggtata 317  Q
     ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  38254132 tagcatcatgtggctatcattttctgtgtgtgtaacatgttttctttgatgatatcttccaacaacccaatgatggagataagtttcatggagaggtata 38254231  T
Q  318 ggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattgataactgatc 417  Q
    ||||| |||  ||||||||| |||||||||| ||||  ||||| |||||||||  | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  38254232 ggatttccagattcatcaactacttcagcatggaaatccttgattgctatatggcctcttggaaaatcaatatcataataatatctattgacaactgatc 38254331  T
Q  418 caggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattttattttcactcttctcaaaagaacttaagcatggtgtgccaaacaataatag 517  Q
    ||||||| || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||  |  ||    
T  38254332 caggtcctagctcaaatttcggggacaaaaaaacagctgattttatcttatcttcagtcttcacaaaagaacttgagcatggtgtgccaatcagaaggag 38254431  T
Q  518 aagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaaccacatgttgatgatctgctagaaaaatatttacaagtaattaactaattttttattaaag 617  Q
    || ||| || | ||| ||| | ||| ||| || |||| | ||||| |   |||||||  || |||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  38254432 aaatatggccaatgaaaataccaaaactccagatacagaacacatat---tgatctgtcaggaaaatagttactagtaattaactaattgttgattaaag 38254528  T
Q  618 aaatattaaacagatgcaga 637  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  38254529 aaatattaaacaggtgcaga 38254548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 11 - 637
Target Start/End: Original strand, 38243662 - 38244285
Alignment:
Q  11 gccacgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctgga 110  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||| || |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  38243662 gccacgtgtatcaatggcatgaacattaagcacccatttatcctcggacccttctgaaacctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccgga 38243761  T
Q  111 atatctgttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccatttttccttacaagaacatgatcat 210  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||    |||  || |     
T  38243762 atatctgttgctgttcctcgtgtttcggatccaatgccaaagtattgtccaagagtatttccctgacatatgccactgttcctcactttcacaatattag 38243861  T
Q  211 agttttgaagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatggag 310  Q
    |  ||||||||||| | | || | ||| |  |||||||||||||| ||| ||||||| || |||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  38243862 aactttgaagcatccttttgccatcatttcttgtgtgtgtgacatgtttactttgatgatatcttccaacaccccaatgatggagataagtttcatggag 38243961  T
Q  311 gggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattgata 410  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||   | ||||||||    
T  38243962 aggtataggattaccaacttcatcaactacttcagcattgaaactcttgagtgcaatatgacctcttggaaaatcaatatcataatattctttattgata 38244061  T
Q  411 actgatccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattttattttcactcttctcaaaagaacttaagcatggtgtgccaaaca 510  Q
    |||||||||||||| |  || || || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   |||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38244062 actgatccaggtcctaactcgaattttggggacaaaaatacagctgattttattttattttcagcattcaaaaaagaacttaagcatggtgagccaaaca 38244161  T
Q  511 ataatagaagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaaccacatgttgatgatctgctagaaaaatatttacaagtaattaactaatttttt 610  Q
    |||  ||||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||  ||| ||| ||||| | ||     
T  38244162 atagcagaagtattgccactgaaaaatgaaactctctaggtacaaaccacatgt---tgatctgccagaaaaatatttattagtgattcactaaatgttg 38244258  T
Q  611 attaaagaaatattaaacagatgcaga 637  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  38244259 attaaagaaatattaaatagatacaga 38244285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 15 - 631
Target Start/End: Original strand, 38220818 - 38221437
Alignment:
Q  15 cgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctggaatat 114  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  38220818 cgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatat 38220917  T
Q  115 ctgttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccatttttccttacaagaacatgatcatagtt 214  Q
    | || | |||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||  | |  || || |||||||||| ||| | |||||||| | || || |||| | ||    
T  38220918 cagtcgccgtccctcgtgtttcagatccaagcccaaagtattgtttatttatactttcctggcatataccactgttccttaccataatattatcagaatt 38221017  T
Q  215 ttgaagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatggaggggt 314  Q
    || | ||||| | |||| | ||| |  |||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  38221018 ttcaggcatcttttggccatcatttcttgtgtgtgtgacatgtttactttgatgatatctttcaacaacccaatgatgaagataagtttcatggaggggt 38221117  T
Q  315 ataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattgataactg 414  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  38221118 ataggattaccatcttcatcaactacttcagcatggaaactcttgattgctacatgacctcttggaaaatcaatatcataataatatttattgataactg 38221217  T
Q  415 atccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattttattttcactcttctcaaaagaacttaagcatggt---gtgccaaacaa 511  Q
    |||||||||| || || || || ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||   |||||||||||    
T  38221218 atccaggtcctagctcgaatttcggggacaaaaatacagctgattttatcttattttcagttttcacaaaagaacctaagcatggtactgtgccaaacaa 38221317  T
Q  512 taatagaagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaaccacatgttgatgatctgctagaaaaatatt---tacaagtaattaactaatttt 608  Q
     |  | ||||||||| | ||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||   |||| | |||||||||   ||  ||||||||||||||| |    
T  38221318 cagcacaagtattgccaatgaaaaaacaaaatctctaggtacacaccacatgttgat---ctgccaaaaaaatattaagtattagtaattaactaattat 38221414  T
Q  609 ttattaaagaaatattaaacaga 631  Q
    | | |||| | ||||||||||||    
T  38221415 tgactaaaaatatattaaacaga 38221437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 217
Target Start/End: Original strand, 38238721 - 38238930
Alignment:
Q  8 tgtgccacgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatct 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||     
T  38238721 tgtgcctcgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttttcgtgaaacccttctggaatctcttcaggattgcctatctctataccgaaaggatcc 38238820  T
Q  108 ggaatatctgttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccatttttccttacaagaacatgat 207  Q
    |||||||| || | |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |||||||| || ||||||||| | ||||||| ||| |||| ||    
T  38238821 ggaatatcggtcgccgttccacgtgtttcggatccaaggccaaagtattgtccaagagtatttccttgacatatgccactgttccttataagcacattat 38238920  T
Q  208 catagttttg 217  Q
    || |||||||    
T  38238921 cagagttttg 38238930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 261 - 463
Target Start/End: Original strand, 38238944 - 38239146
Alignment:
Q  261 ctttgataatgtctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatggaggggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttga 360  Q
    ||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||   ||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38238944 ctttgatgatatcttacaacaagccaatgatggagataagtttcatggagaggtacaggattccctgattcgtcaactacttcagcattgaaactcttga 38239043  T
Q  361 gtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattgataactgatccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattt 460  Q
    |||||| |||| | ||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| || ||||| || ||||||| ||| |||||||||||    
T  38239044 gtgctacatgacctcttggaaaaccaatatcataataatatccattgacaactgatccaggtcctagctcaaatttcggggacaaaaatacagctgattt 38239143  T
Q  461 tat 463  Q
    |||    
T  38239144 tat 38239146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 11 - 557
Target Start/End: Original strand, 17434325 - 17434868
Alignment:
Q  11 gccacgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctgga 110  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17434325 gccacgtgtatcgatggcatgaatattaaacaaccacttctcctcaaacccttctggaatatctgcaggattacctatctctataccaaaaggatctgga 17434424  T
Q  111 atatctgttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccatttttccttacaagaacatgatcat 210  Q
    || || || | |||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||   ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||     
T  17434425 atgtcagtcggcgttcctcgtgtttcggatccaaggccgaaatactgtggaagaatatctgcctggcatatgccattgttccttacaagaacataatcag 17434524  T
Q  211 agttttgaagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatggag 310  Q
    |||||||||||||| | |||||| ||| |||||||| |||||||   | |||| ||| || |||| |||||| ||||||||| ||||| ||||| || |     
T  17434525 agttttgaagcatcctatggctatcattttctgtgtatgtgaca---tgtcttagatgatatcttgcaacaacccaatgatgaagataagtttcgtgcaa 17434621  T
Q  311 gggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattgata 410  Q
     ||||| | ||| ||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||| |||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||    
T  17434622 cggtatcgaattcccagcttcatcaacaacttctgcatcaaaactcttgattgctacatgaccttttggaaaatcaatatcataataaaatttatttata 17434721  T
Q  411 actgatccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattttattttcactcttctcaaaagaacttaagcatggtgtgccaaaca 510  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| || ||||||| ||| | ||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||  || |    
T  17434722 actgatcctggtcctaactcaaattttggggacaaaaacatagctgattttattttttcttcagtcttctcaaatgaacttgagcatggtgtgcttaata 17434821  T
Q  511 ataatagaagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaac 557  Q
    | || | ||||||||| | ||| | |   ||||||||||||||||||    
T  17434822 acaacacaagtattgcaagtgaaagtaagaaatctctaggtacaaac 17434868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 11 - 568
Target Start/End: Original strand, 17455425 - 17455982
Alignment:
Q  11 gccacgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctgga 110  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||| ||||  |||| |||||||||||||| |||    
T  17455425 gccacgtgtatcgatggcatgaatattaaacaaccatttctcctcaaacccttctggaatttctgttggattacccatctccataccaaaaggatccgga 17455524  T
Q  111 atatctgttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccatttttccttacaagaacatgatcat 210  Q
    ||||| || |  ||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||   ||||||| ||||| |||||| | ||||| || ||| |  ||| |     
T  17455525 atatcggtcggtgttcctcgtgtttctgatccaaggccgaaatactgtggaagaatatttccttggcaaatgccactgttcctcacgagacctggataag 17455624  T
Q  211 agttttgaagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatggag 310  Q
      |||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||| |||  || ||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| ||||| || |     
T  17455625 ctttttgaagcatcttgtgactatcattttctgtgtgtgtggcatgattactttgatgatatcttccaacaacccaatgatggagataagtttcgtgcaa 17455724  T
Q  311 gggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattgata 410  Q
     ||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||| |  ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||    
T  17455725 cggtatcgaattcccagcttcatcaacaacttcagcatcaaaactcttgattgctacatgaccttttggaaaatcaatatcatcataaaatttatttata 17455824  T
Q  411 actgatccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattttattttcactcttctcaaaagaacttaagcatggtgtgccaaaca 510  Q
    |||||||||||||  || ||||| || ||||||| ||| || |||||||||||  | | |||  |||||||  |||||||| ||||||||||||  || |    
T  17455825 actgatccaggtcttagctcaaattttggggacaaaaacactgctgattttatcctttcttcggtcttctcgtaagaacttgagcatggtgtgcttaata 17455924  T
Q  511 ataatagaagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaaccacatgttgat 568  Q
    | |  | |||||| || | ||| | | |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  17455925 acaccacaagtatggcaagtgaaagtacaaaatctctaggtacaaacaacatgctgat 17455982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 366 - 584
Target Start/End: Original strand, 18559535 - 18559750
Alignment:
Q  366 atatgatcacttggaaaatcaatataataataaaatctattgataactgatccaggtccaagttcaaacttaggggacagaaaaacagctgattttattt 465  Q
    |||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  18559535 atatgacctcttggaaaatcaatatcataataatatctattgataactgatccaggtcctaactcaaatttaggggacaaaaatacagctgattttattt 18559634  T
Q  466 tattttcactcttctcaaaagaacttaagcatggtgtgccaaacaataatagaagtattgctactgacaattcaaaatctctaggtacaaaccacatgtt 565  Q
    |||||| |   ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||| ||||| ||  | ||| |||| || ||||||||||||||||   |    
T  18559635 tatttttagcattcacaaaagaacttaagcatggtatgccaaacaagaggagaagcattgccaccaataatacaaactccctaggtacaaaccaca---t 18559731  T
Q  566 gatgatctgctagaaaaat 584  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  18559732 gatgatctgcaagaaaaat 18559750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 778 - 829
Target Start/End: Original strand, 18559846 - 18559900
Alignment:
Q  778 aagagaagatggaatggcttgagttgcgttcctc---agaaagatagtttggaaa 829  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||    
T  18559846 aagagaagatgaaatggcttgagttgcgtacctcagaagaaagatagtttggaaa 18559900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 9e-48; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 195 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 15913188 - 15912959
Alignment:
Q  195 acaagaacatgatcatagttttgaagcatcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttcaacaagccaatgatgga 294  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | | ||| ||||| |  | | || |||||  |||||||||||    
T  15913188 acaagaacatgatcaaagctttgaagcatcatgtggctatcattttctgtgtgtgtggcgtgtttgctttgttgttattttacaacagcccaatgatgga 15913089  T
Q  295 gataggtttcatggaggggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataata 394  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | || ||  | |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| |||    
T  15913088 aataggtttcatggagaggtataggattaccaacttcatcagctacctcgtcgttgaaactcttgagtgctatgtgacctcttggaaaatcaatattata 15912989  T
Q  395 ataaaatctattgataactgatccaggtcc 424  Q
     ||| |||| || |||||||||||||||||    
T  15912988 ttaatatctttttataactgatccaggtcc 15912959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 21546773 - 21546632
Alignment:
Q  17 cgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctggaatatct 116  Q
    |||||| || ||||||||||| | ||||||||||||| || |||||| |||||| ||  ||||| ||||    ||||||||| |||| |||||||||| |    
T  21546773 cgtatcaattgcatgaacattgatcaaccatttctccacatacccttttggaatttcagcaggattaccaacttctataccataagggtctggaatatat 21546674  T
Q  117 gttgtcgtttctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgt 158  Q
    ||  | ||   || ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  21546673 gtatttgtgcttcttgtttctgatccaagaccatagtattgt 21546632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 272 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 11485108 - 11484993
Alignment:
Q  272 tctttcaacaagccaatgatggagataggtttcatggaggggtataggattaccatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatga 371  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||| |||| |||||| ||||  | ||| ||   ||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||||    
T  11485108 tcttacaacaatccaatgatgtagataagtttgatggagaggtactgaattccctgattcattaactacttcagcaaagaaactcttgagtgaaatatga 11485009  T
Q  372 tcacttggaaaatcaa 387  Q
     | |||||||||||||    
T  11485008 cctcttggaaaatcaa 11484993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University