View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5080-Insertion-3 (Length: 728)

Name: NF5080-Insertion-3
Description: NF5080
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5080-Insertion-3
NF5080-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-728)||(35418664-35419392)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 35419392 - 35418664
Alignment:
Q  7 atttacttgttgaaactttaaaatgcggttttgtcaaaattacagtgttttatttaccgtgatttcatccgaacacatcatgattccaatcatagattgt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35419392 atttacttgttgaaactttaaaatgcggttttgtcaaaattacaatgatttatttatcgtgatttcatccgaacacatcatgattccaatcatagattat 35419293  T
Q  107 aatatatttcatagatttaaattgagatatttgagtccacccaaaattaacatcaaagagaatcgaatttgaaacatc--gaaggagcacactcccaaat 204  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||  |||||    
T  35419292 aacatattttatagatttaaattgagatatttgagtccacccaaaattaatatcaaggagaatcgaatatgaaacctcaagaaggagcacactttcaaat 35419193  T
Q  205 ttaaaaccaaaa-ccatgatgcgacccaagtgggttactagctagtaactattcctaattaccttgtatcataaagtataaagtataaagaagtgttatt 303  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |   |||||||||||||||||||| ||    
T  35419192 ctaaaaccaaaaaccatggtgcgacccaagtgggttactagctagtaactattcctaattaccttgtactactatc-ataaagtataaagaagtgttgtt 35419094  T
Q  304 tcacatcgacctttgtaagtgcttggtccacaacatctttggttatgaacttttatcgttactttttaagttttttaatatctttcactgtcaaacctgc 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35419093 tcacatcgacctttgtaagtgcttggtccacaacatctttggttatgaacttttatcgttactttttaagttttttaatatctttcactgtcaaacctcc 35418994  T
Q  404 atacccctctactaatattattccatttattccaaattccaatcacatttcgaactttccaactgtttatttaatgcatgtgcagcttcatgttcattaa 503  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35418993 atacccttctactaatattattccatttattccaaattccaatcacatttcgaactttccaactgtttatttaatgcatgtgcagcttcatgttcattaa 35418894  T
Q  504 ttgctataaatctaagatgtgatacgagc-nnnnnnnagtaagcatcttatccaactttctcttat-aaattataagaaacatgaaagtttatggttttt 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35418893 ttgctataaatctaagatgtgatacgagcttttttttagtaagcatcttatccaactttctcttataaaattataagaaacatgaaagtttatggttttt 35418794  T
Q  602 taaaagctaaaagaccttcatgtccggtttta---tgctatgagtatgtataattgcattgcttcaaattgtgatatagtatggtcttcattcattcaac 698  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35418793 taaaagctaaaagaccttaatgtcctgttttattctgctatgagtatgtataattgcattgcttcaaattgtgatatagtatggtcttcattcattcaat 35418694  T
Q  699 cacatgaaatcggtctcattagctgtacca 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35418693 cacatgaaatcggtctcattagctgtacca 35418664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University