View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5081_high_3 (Length: 700)

Name: NF5081_high_3
Description: NF5081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5081_high_3
NF5081_high_3
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-694)||(5743279-5743947)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 694
Target Start/End: Original strand, 5743279 - 5743947
Alignment:
Q  18 gtatcagagccaatggtttaaccaaaagtgagtaacttctgatgtggaaaatcttcccgacaatgtagtggtcaggtgatgtgtcataatgtatgtaagc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5743279 gtatcagagccaatggtttaaccaaaagtgagtaacttctgatgtggaaaatcttcctgacaatgtagtggtcaggtgatgtgtcataatgtatgtaagc 5743378  T
Q  118 caactaagacgcgagtgtatgtgaaagaaaaccacttgagaggaagtaaacttgatgaataggtgaactcatacttgataggggaaatattgaagtgtct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5743379 caactaagacgcgagtgtatgtgaaagaaaaccacttgagaggaagtaaacttgatgaataggtgaactcatacttgataggggaaatattgaagtgtct 5743478  T
Q  218 tatgtgagtaaaaagtttcacatacaatgaaacttaaggtgaaat---gtgttttaggtttctctcagaatccaacaatgatcacctttattcaataaga 314  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5743479 tatgtgagtaagaagtttcacatacaatgaaacttaaggtgaaatgtagtgttttaggcttctctcacaatccaacaatgatcacctttattcaataaga 5743578  T
Q  315 tgtaggcgaaaactgtgtaaaccattgttaaatggtaagattatgagcacctatattgtcgtgtatatgtctatcatttatgtgtacgataaatgctaat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  5743579 tgtaggcgaaaactgtgtaaaccattgttaaatggtaagattatgagcacctatattgtcgtgtatatgtctgtcatttatgtgtatgataaatgctaat 5743678  T
Q  415 aaaccgcgcacttgcatcaccacctgaaggaaacttggacccaagactttaaaaaagttgcccgaaaagatgattttcttcccagccatgaaagttttta 514  Q
    ||         |||  | |  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5743679 aa---------ttgtgtaa--accttaaggaaacttggacccaaggctttaaaaaagttgtccgaaaagatgattttcttcccagccatgaaagttttta 5743767  T
Q  515 atgtcttcacaactgcatcacaacatcgatcatgatttcatcaccattgaaacgtgatttcctgctatatcgaaaattgcaatgcgcacgcaatccaatt 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  5743768 atgtcttcacaactgcatcacaacatggatcatgatttcatcaccattgaaacgtgatttcctgctatatcgaaaattgcaatgggcacacaatccaatt 5743867  T
Q  615 gtaaaacctcgactaataattctttttacaataaacagactttgcggaagccttccacatcttcacgcaccctatgctac 694  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  5743868 gtaaaacctcgactaatgattctttttacaataaacagactttgcggaagccttccatatcttcacgcacccaatgctac 5743947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University