View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5081_low_2 (Length: 869)

Name: NF5081_low_2
Description: NF5081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5081_low_2
NF5081_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (11-854)||(1429264-1430107)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-468)||(8063677-8064131)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 1430107 - 1429264
Alignment:
Q  11 acatcatcattgacccttaaatctcgttacattttattgttctgatctcgacatagtacagtactatctcggtctcatgtgcagtttcgattatatcggt 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1430107 acatcgtcattgacccttaaatctcgttacattttattgttctgatctcgacatagtacagtactatctcggtctcatgtgcagtttcgattatatcggt 1430008  T
Q  111 tcatcagtgttttaccaatgcattgttttatatttataccatgtcaaataaaatattacaagctgaataacatcgacatatataacatagttttgtcgag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1430007 tcatcagtgttttaccaatgcattgtacagtatttataccatgtcaaataaaatattacaagctgaataacatcgacatacataacatagttttgtcgag 1429908  T
Q  211 tactagaatttttgtggttttaattgctaacatttcttggtaattataatgatttgcagagtggatgatgccattgaaatgttggaatatgtagttggaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1429907 tactagaatttttgtggttttaattgctaacatttcttggtaattataatgatttgcagagtggatgatgccattgaaatgttggaatatgtagttggaa 1429808  T
Q  311 tgagagaagagaagctaggaacagcgaaccctgatgtcgatgatgagaaacgtaggttagccgagctgttaaaagaagcggggcgagctaggaacaggaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1429807 tgagagaagagaagctaggaacagcgaaccctgatgtcgatgatgagaaacgtaggttagccgagctgttaaaagaagcggggcgagctaggaacaggaa 1429708  T
Q  411 atcaaaaagatcattggaaactcttcttgattccaactctcaaattataaaagacaatggcattaaagttctatgaatctgagtctgtatatataaaata 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1429707 atcaaaaagatcattggaaactcttcttgattccaactctcaaattataaaagacaatggcattaaagttctatgaatctgagtctgtatatataaaata 1429608  T
Q  511 ctataacaaagagtgaannnnnnnactttcaatatttttccttgtttaagggtgttcacaaaagttaccatgtctataggaaatttatatattattcata 610  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1429607 ctataacaaagagtgaatttttttactttcaatatttttccttgtttaagggtgttcacaaaagttaccatgtctataggaaatttatatattattcata 1429508  T
Q  611 ttcttatttgtattattgaatgtataaatggttgaaatacaattttctaagtaaatatatggatgttgaaagttgaaacttcactttctatgatggtgct 710  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1429507 ttcttatttgtataattgaatgtataaatggttgaaatacaattttctaagtaaatatatggatgttaaaagttgaaacttcactttctatgatggtgct 1429408  T
Q  711 gctacaccaaaacacatattggaaaattcagttgcttatttgttatagtcaaggatgttatgaacattacaagcatgaatatgacactaactatctctct 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1429407 gctacaccaaaacacatattggaaaattcagttgcttatttgttatagtcaaggatgttatgaacattacaagcatgaatatgacactaactatctctct 1429308  T
Q  811 ctttctatgcttaaattgtaatgcaagataaaaagcaaacatct 854  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1429307 ctttctatgcttacattgtaatgcaagataaaaagcaaacatct 1429264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 11 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 8064131 - 8063677
Alignment:
Q  11 acatcatcattgacccttaaatctcgttacattttattgttctgatctcgacatagtacagtactatctcggtctcatgtgcagtttcgattatatcggt 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || |     ||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||    
T  8064131 acatcgtcattgacccttaaatctccttactttttattgttctgatctcgacatggtgc-----tatctcgatcttatgtccagtttggattatatcggt 8064037  T
Q  111 tcatcagtgttttaccaatgcattgttttatatttataccatgtcaaataaaatattacaagctgaataacatcgacatatataacatagttttgtcgag 210  Q
    |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8064036 tcatccatgttttactaatgcattgttttatatttataccatgtcatataacatattacaagctgaataacatcgacatatataacatagttttgtcgag 8063937  T
Q  211 ta--ctagaatttttgtggttttaattgctaacatttcttggtaattataatgatttgcagagtggatgatgccattgaaatgttggaatatgtagttgg 308  Q
    ||  |||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8063936 tatactagaattatttaggttttaattgctaacattttttgttaattataatgatttgcagagtggatgatgccattgaaatgttggaatatgtagttgg 8063837  T
Q  309 aatgagagaagagaagctaggaacagcgaaccctgatgtcgatgatgagaaacgtaggttagccgagctgttaaaagaagcggggcgagctaggaacagg 408  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| | ||||| |||||| ||||||||||||| ||  || | || ||||||    
T  8063836 aatgagagaagagaatctaggaacagcaaaccctgatgtcgacgatgaaaaatgcaggttggccgagttgttaaaagaagcaggaagatcaagaaacagg 8063737  T
Q  409 aaatcaaaaagatcattggaaactcttcttgattccaactctcaaattataaaagacaat 468  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8063736 aaatcaaaaagatcgttggaaactcttcttgattcaaactctcaaattataaaagacaat 8063677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University