View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5082-Insertion-3 (Length: 1052)

Name: NF5082-Insertion-3
Description: NF5082
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5082-Insertion-3
NF5082-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-992)||(56441550-56442538)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 875; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 875; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 56442538 - 56441550
Alignment:
Q  8 ctctctagaactatcatcttcttctgttaaggaaaagggatggaccccacaccacatcatcgctaaggatattcataatcatattctcgctgttgttcct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56442538 ctctctagaactatcatcttcttctgttaaggaaaagggatggaccccacaccacatcatcgctaaggatattcataatcatattctcgctgttgttcct 56442439  T
Q  108 ctctatctcaagacccattcttatggtgaattcgtttttgatcattcttgggccaatgcttactctcatttttatggttccaattcttattatcctaagt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56442438 ctctatctcaagacccattcttatggtgaattcgtttttgatcattcttgggccaatgcttactctcatttttatggttccaattcttattatcctaagt 56442339  T
Q  208 tacaatcctgtgtccccttcacccctgtcaccggtccaaggatcttacttcgtaacacttctttcaaacatcatgtttttgacttcattgtttctgctat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  56442338 tacaatcctgtgtccccttcacccctgtcaccggtccaaggatcttacttcgtaacacttctttcaaacatcatatttttgacttcattgtttctgctat 56442239  T
Q  308 caaggatctcactgccatgtctcaactttcatccttccatgtcacttttcccactgaaagcgagtggcacgaattcacccagcaaggtttcctccctagg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  56442238 caaggatctcactgccatgtctcaactttcatccttccatgtcacttttccctctgaaagcgagtggcacaaattcactcaacaaggtttcctccctagg 56442139  T
Q  408 attggaatgcagtatcactggaccaaccgcaactatactaattttgatgacttcttgatggacttgaagcataataaacggaaaaagatacgtcaagagc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56442138 attggaatgcagtatcactggaccaaccgcaactatactaattttgacgacttcttgatggacttgaagcataataaacggaaaaagatacgtcaagagc 56442039  T
Q  508 gcaagaaggttgctgctcagaacttgattatgaaacgcctccgcggttatgaaataaaggtatttttcatcttgtctatactgaattaagattaactgtc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  56442038 gcaagaaggttgctgctcagaacttgattatgaaacgcctccgcggttatgaaataaaggtattttgcatcatgtctatactgaattaagattaactgtc 56441939  T
Q  608 acaaatccatatttgactgtataaattcnnnnnnnnnngttgtgttacatattagtaaacttgtgttgaacaaatagaagccaatttatcatatcttata 707  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  56441938 acaaattcatatttgactgtataaattcttctttttttgttgtgttacatattagtaaacttgtgttgaacaaatggaagccaatttatcatgtcttata 56441839  T
Q  708 tagtaggagggatatatcagaattgtgcttcttcatagttctatgtttgtcggtgttggctacaagaacaaaaatttacacggggttggatatatcagaa 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56441838 tagtaggagggatatatcagaattgtgcttcttcatagttctatgtttgtcggtgttggctacaagaacaaaaatttacacggggttggatatatcagaa 56441739  T
Q  808 ttgcagtgcactttttccactgacacagcatgttctaatgaatggcagcatatttgtcatcatcataagttagttaaagccaaatgaaagatgaattaca 907  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  56441738 ttacagtgcactttttccactgacacagcatgttctaatgaatggcagcatatttgtcatcatcataagttagttaaagccaaatgaaaggtgaattaca 56441639  T
Q  908 gcttttagtcttccaattttga-ccatgtgcagagtagatgctagagtttc-aaaggtgc-atggagact-aagtctaaacctcaaata 992  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  56441638 gcttttagtcttccaattttgacccatgtgcagagtagatgctagagtttcaaaaggtgcaatggagactaaagtctaaacctcaaata 56441550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University