View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5083-Insertion-1 (Length: 1230)

Name: NF5083-Insertion-1
Description: NF5083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5083-Insertion-1
NF5083-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-1057)||(34398127-34399188)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (679-965)||(38829983-38830267)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 954; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 954; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1057
Target Start/End: Complemental strand, 34399188 - 34398127
Alignment:
Q  8 ttaataacaccttgcattaggcctgcagtgaaatacttttttgcagatggagttggaagtaaagtccttatagatagtgttcttttgttgtttggaagag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34399188 ttaataacaccttgcattaggcctgcagtgaaatacttttttgcagatggagttggaagtaaagtccttatagatagtgttcttttgttgtttggaagag 34399089  T
Q  108 agcactgttttgagtatctttgccttaatgagattggaaattcttccaaatcatttttccttgaacttacagaattattaacagaatcatcgtcttcaaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34399088 agcactgttttgagtatctttgccttaatgagattggaaattcttccaaattatttttccttgaacttacagaattattaacagaatcatcgtcttcaaa 34398989  T
Q  208 ttctaaggtttcttttgtttctcttcttctacgccacttgagaatattcattaaccgtctagcggcccaattaacaccactagtcttgctgttacatgag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34398988 ttctaaggtttcttttgtttctcttcttctacgccacttgagaatattcattaaccgtctagcggcccaattaacaccactagtcttgctgttacatgag 34398889  T
Q  308 gaattttcagctgactcataattactttctacttcaattgagcatgaatttgattctacacttgcttgttcattctcattgcatgtgtataagaatatct 407  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34398888 gaattctcagctgactcataattactttctacttcaattgagcatgaatttgattctacacttgcttgttcattctcattgcatgtgtataagaatatct 34398789  T
Q  408 tagaatctgatattctaaaagaagttccgggactacctcgaataccatgacgagttttcaaatgagtcacaattgcgtttcttgtcatataatcttcacg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34398788 tagaatctgatattctaaaagaagttccgggactacctcgaataccatgacgagttttcaaatgagtcacaattgcgtttcttgtcatataatcttcacg 34398689  T
Q  508 attatagaaactaccagatgaaatcaatttcttg---attaataattcagaagatcttgatcttggtcnnnnnnncaaataatccagaggtgtcattcca 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  34398688 attatagaaactaccagatgaaatcaatttcttgattattaataattcagaagatcttgatcttggtctttttttcaaataatccagaggtgtcattcca 34398589  T
Q  605 tccacgtcacgaatgttaagatcgattgatgccacagacatcattgattcaactacatcacacttgacatcatgaatcacagctacatgaattgctgttc 704  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34398588 tccgcgtcacgaatgttaagatcgattgatgccacagacatcattgattcaactacatcacacttgacatcatgaatcacagctacatgaattgctgttc 34398489  T
Q  705 ttccaacgttgttcttgacattgattatgtccttcatgttcgcaatcttttcggttagtaataactgattcatgagctcagtgtgcctgtctagtctgca 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34398488 ttccaacgttgttcttgacattgattatgtccttcatgttcgcaatcttttcggttagtaataactgattcatgagctcagtgtgcctgtctagtctgca 34398389  T
Q  805 aaaaccagggcttgtgaaaccatatactgccatatgaagaaaagtgtctccattgtgattggttaactttgttaatgagggagatgactgaatcagaatc 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34398388 aaaaccagggcttgtgaaaccatatactgccatatgaagaaaagtgtctccattgtgattggttaactttgttaatgagggagatgactgaatcagaatc 34398289  T
Q  905 tctactacatgaaggtaacctctgtaag-agccacgtgtaatgctgtattaccttgtgcatcagtagag-ttat-atatcaggtgatgatacaattagat 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34398288 tctactacatgaaggtaacctctgtaagaagccacgtgtaatgctgtattaccttgtgcatcagtagagtttataatatcaggtgatgatacaattagat 34398189  T
Q  1002 ttctaaccacctgcatcat--attattga---tagatgatg-aaatatgttacacatgctaa 1057  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34398188 ttctaaccacctgcatcattaattattgaattaagatgatgaaaatatgttacacatgctaa 34398127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 679 - 965
Target Start/End: Original strand, 38829983 - 38830267
Alignment:
Q  679 aatcacagctacatgaattgctgttcttccaacgttgttcttgacattgattatgtccttcatgttcgcaatcttttcggttagtaataactgattcatg 778  Q
    |||||||| ||||||||  || ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| | | | ||| ||||||||||| | |  ||   ||| ||||||    
T  38829983 aatcacagatacatgaagagcggttcttccatcgttgttcttaacattgatgatgtcttgcgtcttcacaatcttttcgctcaccaa---ctgcttcatg 38830079  T
Q  779 agctcagtgtgcctgtctagtctgcaaaaaccagggcttgtgaaaccatatactgccatatgaagaaaagtgtctccattgtgattggttaactttgtta 878  Q
    || || || ||| |||||||||| || |||||||| ||| ||||||||   ||||| | |||||||||||| |||||||  || |||||||||  || |     
T  38830080 agttcggtatgcttgtctagtctacagaaaccaggacttttgaaaccagccactgctaaatgaagaaaagtatctccatgatggttggttaacaatgctg 38830179  T
Q  879 atgagggagatgactgaatcagaatctctactacatgaaggtaacctctgtaa-gagccacgtgtaatgctgtattaccttgtgcatc 965  Q
     |||||||||||  |  |||||||||||||| ||| | | ||||||  |||||  ||| || |||||||| || |||||||| |||||    
T  38830180 gtgagggagatgcatttatcagaatctctaccacaggtaagtaacccttgtaacaagctacatgtaatgcagtgttaccttgagcatc 38830267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University