View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5084-Insertion-2 (Length: 864)

Name: NF5084-Insertion-2
Description: NF5084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5084-Insertion-2
NF5084-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-864)||(38065197-38066054)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 771; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 771; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 864
Target Start/End: Complemental strand, 38066054 - 38065197
Alignment:
Q  8 attatttggtcttttaacaaccgaggaatcaattatgtagaactccaagaannnnnnnnnngtgaaacacaaattcatggattatttaannnnnnnncta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||        |||    
T  38066054 attatttggtcttttaacaaccgaggaatcaattatgtagaactccaagaatattttttttgtgaaacacaaattcatggattatttaattttttttcta 38065955  T
Q  108 cagaggctgataaaagaaatcttcatcctttgtctcttgatgaaaggctcagggtggccgtagaagtggcgcgatgtctactttacctacacaccgagaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38065954 cagaggctgataaaagaaatcttcatcctttgtctcttgatgaaaggctcagggtggccgtagaagtggcgcgatgtctactttacctacacaccgagaa 38065855  T
Q  208 agccatacctcatggtaatctcaaatccacaaacattctactagaaactcccaacagaaatgtattgctcactgactacagcctgcaccgaatacttacc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38065854 agccatacctcatggtaatctcaaatccacaaacattctactagaaactcccaacagaaatgtattgctcactgactacagcctgcaccgaatacttacc 38065755  T
Q  308 gctgctggtacttcggagcaagttttgaatgccggtgcacttggttaccgacctcccgaattcactagatcaaccaaaccatgtccttctttgaagagtg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38065754 gctgctggtacttcggagcaagttttgaatgccggtgcacttggttaccgacctcccgaattcactagatcaaccaaaccatgtccttctttgaagagtg 38065655  T
Q  408 acgtctacgcattcggagttgtcttgttagagctcctaacaggaagaaaatcaggagaagtcgtttcgggaattcctggcatggctgaacttaccgattg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38065654 acgtctacgcattcggagttgtcttgttagagctcctaacaggaagaaaatcaggagaagtcgtttcgggaattcctggcatggctgaacttaccgattg 38065555  T
Q  508 ggtaagattcttagctgaacacggtcgctcgaaccaatgctttgaaaattcccttgtggataatcacaatggagaagattcatataggattcttgacgac 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38065554 ggtaagattcttagctgaacacggtcgctcgaaccaatgctttgaaaattcccttgtggataatgacaatggagaagattcatataggattcttgacgac 38065455  T
Q  608 atgcttaaagtggctattagatgcaccctttcagcatccgagagacctgacatgaaaacagtgtttgatgatctttcaacaataaaggagagttgatgat 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38065454 atgcttaaagtggctattagatgcaccctttcagcatccgagagacctgacatgaaaacagtgtttgatgatctttcaacaataaaggagagttgatgat 38065355  T
Q  708 cacagcctcagccactggaatcatcattgtttataattgttttggttacttttgaagtatattatttannnnnnnaccttgatgacaattcttcataggc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  38065354 cacagcctcagccactggaatcatcattgtttataattgttttggttacttttgaagtatattatttatttttttaccttgatgacaattcttcataggc 38065255  T
Q  808 attttaacaagtctccggataataaatgaaattctttatt-aaagaaaattcgttctt 864  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38065254 attttaacaagtctccggataataaatgaaattctttattaaaagaaaattcgttctt 38065197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University