View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5084_low_3 (Length: 538)

Name: NF5084_low_3
Description: NF5084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5084_low_3
NF5084_low_3
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (20-536)||(39824677-39825193)
chr2 (24-536)||(39804640-39805152)
chr2 (20-536)||(39813168-39813684)
chr2 (20-532)||(39920948-39921461)
chr2 (20-532)||(39909629-39910142)
chr2 (24-532)||(39882260-39882775)
chr2 (20-64)||(39926705-39926749)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 39825193 - 39824677
Alignment:
Q  20 catgtttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctatgatgagttaattatttaacacattagtatgtttgctagctatgaaacactgat 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39825193 catgtttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctatgatgaattaattatttaacacattagtatgtttgctagctatgaaacgctgat 39825094  T
Q  120 agaaacaaggacatcgaacacaacacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccgga 219  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39825093 agagacaaggacatcgaacacaacacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccgga 39824994  T
Q  220 aagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatgactacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaa 319  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39824993 aggtactgacagtggggctccacctccaatatagaaagactacaacatataaacaagctatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaa 39824894  T
Q  320 gtatggattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39824893 gtatggattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcc 39824794  T
Q  420 tccttagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatc 519  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39824793 tccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatc 39824694  T
Q  520 ccacctttgcttctcct 536  Q
    |||||||||||| ||||    
T  39824693 ccacctttgcttatcct 39824677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 39805152 - 39804640
Alignment:
Q  24 tttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctatgatgagttaattatttaacacattagtatgtttgctagctatgaaacactgatagaa 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||     
T  39805152 tttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctgtgatgagttaatcatttaacacattagtaagtttgctagcaatgaaacgctgacagag 39805053  T
Q  124 acaaggacatcgaacacaacacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagt 223  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39805052 acaaggacatcgaacacaatgccgacacgtagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagt 39804953  T
Q  224 actgacagtggggctccacctccaatatagaatgactacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtat 323  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||    
T  39804952 accgacagtggggctccacctccaatatagaaagactacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattgatcgtattatatataaaggtat 39804853  T
Q  324 ggattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctcct 423  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39804852 tgattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccc 39804753  T
Q  424 tagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatcccac 523  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  39804752 cagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcaggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacgaatcccac 39804653  T
Q  524 ctttgcttctcct 536  Q
    |||||||||||||    
T  39804652 ctttgcttctcct 39804640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 39813684 - 39813168
Alignment:
Q  20 catgtttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctatgatgagttaattatttaacacattagtatgtttgctagctatgaaacactgat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |     
T  39813684 catgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaag 39813585  T
Q  120 agaaacaaggacatcgaacacaacacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccgga 219  Q
    ||| |||   |||||||||||  ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39813584 agagacataaacatcgaacacggcactgacacatagtaaaattgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccgga 39813485  T
Q  220 aagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatgactacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaa 319  Q
    |||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||     
T  39813484 aagtaccgacactggagctcctcctccaatatagaaagactacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaag 39813385  T
Q  320 gtatggattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcc 419  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39813384 gtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcc 39813285  T
Q  420 tccttagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatc 519  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||    
T  39813284 tccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcaggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacaaatc 39813185  T
Q  520 ccacctttgcttctcct 536  Q
    |||||||||||||||||    
T  39813184 ccacctttgcttctcct 39813168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 20 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 39921461 - 39920948
Alignment:
Q  20 catgtttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctatgatgagttaattatttaacacattagtatgtttgctagctatgaaacactgat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||| |||||||| |||||     
T  39921461 catgtttccttgtgaagaatttactcaactctgatcctgatacctgggatgagttaattattaaacacattagtcagttttctatctatgaaatactgac 39921362  T
Q  120 agaaacaaggacatcgaacacaacacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccgga 219  Q
    |||  ||   ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39921361 agaggcacaaacatcgaacacgacgccgacacatagtgaagttgtttgtttgtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccgga 39921262  T
Q  220 aagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatgactac-aacatataaacaagccata----ttaatttattagaaagattaatcatattatata 314  Q
    || ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||    | |||  ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  39921261 aaataccgacactggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatataaacaaaccatatcattaaatggattagcaagattaatcaaattatata 39921162  T
Q  315 tgaaagtatggattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagctttt 414  Q
    | || ||    |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  39921161 taaaggt----attgcttatacaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagttttt 39921066  T
Q  415 gagcctccttagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatat 514  Q
    || |||||  | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||  ||||||||| || ||| ||    
T  39921065 gaccctccccaatattcgacaaataaaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcattctcatacat 39920966  T
Q  515 gaatcccacctttgcttc 532  Q
    |||||| |||||||||||    
T  39920965 gaatccaacctttgcttc 39920948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 20 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 39910142 - 39909629
Alignment:
Q  20 catgtttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctatgatgagttaattatttaacacattagtatgtttgctagctatgaaacactgat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||  |||| ||| |||||||| |||||     
T  39910142 catgtttccttgtgaagaatttactcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattattaaacatattagtcagttttctatctatgaaatactgac 39910043  T
Q  120 agaaacaaggacatcgaacacaacacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccgga 219  Q
    |||  ||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39910042 agaggcacagacatcaaactcaacaccgacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcggattcaaggatttgaggctcgaatccgga 39909943  T
Q  220 aagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatgactac-aacatataaacaagccata----ttaatttattagaaagattaatcatattatata 314  Q
    || ||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||    | |||  ||||| || |||||||| ||||||||    
T  39909942 aaataccgacactggagctcctcctccaatatagaatgactacaaacatgtaaaccaaccatatcattaaatggattagcaacattaatcaaattatata 39909843  T
Q  315 tgaaagtatggattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagctttt 414  Q
    | || ||    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  39909842 taaaggt----attgattatacaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagttttt 39909747  T
Q  415 gagcctccttagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatat 514  Q
    || |||||  | ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||  ||||||||| || ||| ||    
T  39909746 gaccctccccaatatttgacaaataaaatgcagaaccagctggaatttgatacacatcccccttcttcaattcactctcctccaattcattctcatacat 39909647  T
Q  515 gaatcccacctttgcttc 532  Q
    |||||| |||||||||||    
T  39909646 gaatccaacctttgcttc 39909629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 24 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 39882775 - 39882260
Alignment:
Q  24 tttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctatgatgagttaattatttaacaca--ttagtatgtttgctagctatgaaacactgatag 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||  |  |||| ||| |||||||| ||||| ||    
T  39882775 tttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctgatacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactgacag 39882676  T
Q  122 aaacaaggacatcgaacacaacacagacacatagtgaagtt----gtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccg 217  Q
    | |||   |||||||||||||| ||||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  39882675 agacacaaacatcgaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccg 39882576  T
Q  218 gaaagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatgactac-aacatataaacaagccata----ttaatttattagaaagattaatcatattata 312  Q
    ||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||  |  ||||    |||||  ||||| ||||||||||| | ||||    
T  39882575 gaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactata 39882476  T
Q  313 tatgaaagtatggattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagctt 412  Q
    ||| || ||    |||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  39882475 tataaaggt----attggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagttt 39882380  T
Q  413 ttgagcctccttagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatat 512  Q
    |||| ||||   | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||| |||     
T  39882379 ttgaccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatac 39882280  T
Q  513 atgaatcccacctttgcttc 532  Q
    |||| ||| |||||||||||    
T  39882279 atgattccaacctttgcttc 39882260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 39926749 - 39926705
Alignment:
Q  20 catgtttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacct 64  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  39926749 catgtttccttgtgaataatttcttcaactctgatcctgatacct 39926705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University