View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5086-Insertion-1 (Length: 1230)

Name: NF5086-Insertion-1
Description: NF5086
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5086-Insertion-1
NF5086-Insertion-1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-1064)||(10558763-10559825)
chr8 (219-323)||(10560482-10560592)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 999; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 999; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1064
Target Start/End: Complemental strand, 10559825 - 10558763
Alignment:
Q  8 tacattttgtagatttgtacatgtataagaaaagatgagttatggtagagttatatgtgtataaggaaagctgatttattataaggtaactctctaacct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559825 tacattttgtagatttgtacatgtataagaaaagatgagttatggtagagttatatgtgtataaggaaagctgatttattataaggtaactctctaacct 10559726  T
Q  108 aaagtgtaggtggtatcattcaaaatagctacaaccacaaactttattatcttgaattatgcattccatatgaagccaggcctttccacataaactatga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559725 aaagtgtaggtggtatcattcaaaatagctacaaccacaaactttattatcttgaattatgcattacatatgaagccaggcctttccacataaactatga 10559626  T
Q  208 a-tttaagcaacaacttaggtaacacaggacataatttagaacaataaactatcatcaaccacaatgaagtatgaaccaaatcaaaattcaaagctttga 306  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559625 aatttaagcaacaacttaggtaacacaggacataatttagaacaataaactatcatcaaccacaatgaagtatgaaccaaatcaaaattcaaagctttga 10559526  T
Q  307 cagttccacagggtgaactacaacaatataattataggcatcaagagtgagaaaatcatcaagtgttggtgaagtgcattgcctagtgaaaatcttgcaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559525 cagttccacagggtgaactacaacaatataattataggcatcaagagtgagaaaatcatcaagtgttggtgaagtgcattgcctagtgaaaatcttgcaa 10559426  T
Q  407 gcatccttatacattcccttcgtgaacttatcttttccaacctcttttccaatcctatccatctcttcttcaacaactctaccaaatagttctttactca 506  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559425 gcatccttatacattcccttcttgaacttatcttttccaacctctttttcaatcctatccatctcttcttcaacaactctaccaaatagttctttactca 10559326  T
Q  507 ctttcactccaagtccatcaccatcaagttcaactccatacttaagccactgccaattctgaaccctactaatctcggcagtcgcagcatcttccatgag 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559325 ctttcactccaagtccatcaccatcaagttcaactccatacttaagccactgccaattctgaaccctactaatctcggcagtcgcagcatcttccatgag 10559226  T
Q  607 attgtaaagtggcacagaacctgatccagtgagccatgctgctacatactgaattccaacccttgtattcaaccttaaaccttccatcgttcggactcct 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559225 attgtaaagtggcacagaacctgatccagtgagccatgctgctacatactgaattccaacccttgtattcaaccttaaaccttccatcgttcggactcct 10559126  T
Q  707 ctaggtatctgcagaaggtcttcttcggttagttttgcagcgtcttcgcgtttcattgtggttatttgattaggagcatttcccatgttgttgttgaaaa 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559125 ctaggtatctgcagaaggtcttcttcggttagttttgcagcgtcttcgcgtttcattgtggttatttgattaggagcatttcccatgttgttgttgaaaa 10559026  T
Q  807 tttccatacaggatggtattagaccagggtgtgctgcccatgttccatcatgccctgccttcacttctcttagtttgtcttttctaaccaattctagcgc 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559025 tttccatacaggatggtattagaccagggtgtgctgcccatgttccatcatgccctgccttcacttctcttagtttgtcttttctaaccaattctagcgc 10558926  T
Q  907 ggcttcatttgccaccggatcatctcttattggaatttgagctgcctgttaaatacgttgaatt-agatgccttttatac-aattctacacacatatatg 1004  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10558925 ggcttcatttgccaccggatcatctcttattggaatttgagctgcctgttaaataccttgaattaagatgccttttatacaaattctacacacatatatg 10558826  T
Q  1005 tc-taatttgataaga-tttcatttagtattggga-tgtgtacactattactgcacgcaggca 1064  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10558825 tcttaatttgataagattttcatttagtattgggattgtgtacactattactgcacgcaggca 10558763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 219 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10560592 - 10560482
Alignment:
Q  219 aacttaggtaacacaggacataatttagaacaataaactatcatcaaccac------aatgaagtatgaaccaaatcaaaattcaaagctttgacagttc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||      |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  10560592 aacttaggtaacacaggacataatttaaaacaataaactatcatcaaccacaaatataatgaagtataaaccaaatcataattcaaagctttgactgttc 10560493  T
Q  313 cacagggtgaa 323  Q
    ||||| |||||    
T  10560492 cacagagtgaa 10560482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University