View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5086_low_9 (Length: 429)

Name: NF5086_low_9
Description: NF5086
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5086_low_9
NF5086_low_9
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (13-408)||(10527620-10528015)
chr3 (13-410)||(9839121-9839518)
chr3 (13-410)||(9849999-9850396)
chr3 (13-410)||(10363210-10363607)
chr3 (13-410)||(10663786-10664183)
chr3 (13-410)||(10195933-10196330)
chr3 (13-410)||(10433456-10433853)
chr3 (13-410)||(10089050-10089447)
chr3 (13-410)||(10032263-10032660)
chr3 (13-410)||(10127188-10127585)
chr3 (13-410)||(10077529-10077926)
chr3 (13-410)||(10260958-10261355)
chr3 (13-410)||(10375257-10375654)
chr3 (13-402)||(11769502-11769891)
chr3 (13-410)||(10580861-10581267)
chr3 (13-410)||(10184502-10184899)
chr3 (13-225)||(10672127-10672339)
chr3 (21-404)||(10517751-10518134)
chr3 (21-404)||(11781402-11781785)
chr3 (13-391)||(13171310-13171688)
chr3 (13-391)||(13333183-13333561)
chr3 (13-391)||(13344368-13344746)
chr3 (13-375)||(10500869-10501231)
chr3 (13-391)||(13289944-13290322)
chr3 (13-392)||(8861564-8861943)
chr3 (13-392)||(11148266-11148645)
chr3 (13-391)||(13161259-13161637)
chr3 (13-392)||(11159429-11159808)
chr3 (13-392)||(11130438-11130817)
chr3 (15-373)||(10889603-10889961)
chr3 (7-95)||(11246027-11246115)
chr3 (13-102)||(13396057-13396146)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-410)||(26907157-26907554)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (13-307)||(57823-58126)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (21-410)||(31679153-31679542)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (21-375)||(44957109-44957462)
chr8 (21-375)||(11485333-11485687)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (13-391)||(135300-135678)
scaffold0002 (13-391)||(145351-145729)
scaffold0002 (13-373)||(153656-154016)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-400)||(17852335-17852722)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (21-392)||(826189-826551)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (21-102)||(29837208-29837289)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 13 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 10528015 - 10527620
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  10528015 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatacgttgctgtt 10527916  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||     
T  10527915 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccatactttcttgcaatcttt 10527816  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |     
T  10527815 ctgcctatttcttcaagggttgtgtttgtactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgataaaa 10527716  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatga 408  Q
    ||| || |||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10527715 gttttagtttatgtataggaaatgtgcgtgccacctcagcaacttttcgttggtgggttgttataatcaccatacttccaggttttccatcaatga 10527620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 9839518 - 9839121
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  9839518 aatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 9839419  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  9839418 caaaattgaagtccactcacttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 9839319  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| ||||||||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  9839318 ctgcctatttcttcaagggctgtgtttgaactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 9839219  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  9839218 gatctaatttatgtattggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaag 9839121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 9850396 - 9849999
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||    
T  9850396 aatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcactgtt 9850297  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  9850296 caaaattgaagtccactcacttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 9850197  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| ||||||||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  9850196 ctgcctatttcttcaagggctgtgtttgaactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 9850097  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  9850096 gatctaatttatgtattggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaag 9849999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Original strand, 10363210 - 10363607
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||    
T  10363210 aatatgcaaagcatcttttcaagtgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgttgctgtt 10363309  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10363310 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacggagaagtcctcctagtgttttagcagcaattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10363409  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  10363410 ctgcctatttcttcaagggttgtgtttgtactattgtgaaactcatcatttcccagtgcatgctttgagagtaaagtccaacaatcttcatttgatagaa 10363509  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  10363510 gatctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaag 10363607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10664183 - 10663786
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||| ||||| |||||||||    
T  10664183 aatatgcaaaacatctcttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcattgcgcaagttccatatgttgctgtt 10664084  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10664083 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctaatgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10663984  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     ||||  ||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||     
T  10663983 ctgcctgtttcttcaagggttgtgtttgaactatggtgaaactcgtcgcttcccaatgcatgctttgaaagtaaggaccaacaatcttcatttgatagaa 10663884  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  10663883 gttctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttcgcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaag 10663786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10196330 - 10195933
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10196330 aatatgcaaaacatcttttcaaatgacagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 10196231  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  10196230 caaaattgaagtccactctgttatttctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcctccacacttccttgcaatcttc 10196131  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
      ||| ||| |||||||| |||||||| |||||| | |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||     
T  10196130 aggccaattgcttcaagggttgtgtttgtactatggggaaacttatcattgcccaatgcatgctttgagagtaaagtccaacaatcttcatttgacagaa 10196031  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  10196030 gttctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaag 10195933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Original strand, 10433456 - 10433853
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  10433456 aatatgcaaagcatcttttcaaacgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatacgttgctgtt 10433555  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |    
T  10433556 caaaattgaagtccactctgttatatctacctttgaacgtaaaagtcctcctattgttttagcagcaattggcaatcctccacactttcttgcaatctcc 10433655  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| |||||||||||| |||||||| || |   ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  10433656 ctgcctatttcttcaagggttgtgtttgtattgaggtgaaactcatcactgcccaatgcatgcttcgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 10433755  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  10433756 gttctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaag 10433853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10089447 - 10089050
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10089447 aatatgcaaaacatcttttcaaatgacagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 10089348  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  10089347 caaaattgaagtccactctgttatttctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttggcagctattggcaatcctccacacttccttgcaatcttc 10089248  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
      ||| ||| |||||||| |||||||| |||||| | |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||     
T  10089247 cggccaattgcttcaagggttgtgtttgtactatggggaaacttatcattgcccaatgcatgctttgagagtaaagtccaacaatcttcatttgacagaa 10089148  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  10089147 gttctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaag 10089050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10032660 - 10032263
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10032660 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 10032561  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10032560 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagccctccaagtgttttggcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10032461  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     ||||  |||||||||||  ||| |||  | |||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  10032460 ctgcctgtttcttcaagggctgtatttgcattatgctgaatctcatcactgcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 10032361  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||| || || ||| ||||||||||||  ||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  10032360 gttttagttcatgtataggaaatgtgcatgccacctcagcaacttttcgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaag 10032263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10127585 - 10127188
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||| ||||    
T  10127585 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgttgttgtt 10127486  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10127485 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10127386  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     ||||  |||||||||||  ||| ||| || |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||      
T  10127385 ctgcctgtttcttcaagggctgtatttgtattatgctgaatctcatcacttcccaatgcatgctttgatagtaaagaccaacaatcttcatctgatagta 10127286  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
     || || || ||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  10127285 cttttagttcatgtataggaaatgtgcgtgccacctcagcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccattaatgaag 10127188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10077926 - 10077529
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  || || ||    
T  10077926 aatatgcaaaacatattttcaaatgagagggaagacattgataactcaaatgcaaagcaggaagaattttatcatttggtaagttccatacattactatt 10077827  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||  ||||||||  |||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10077826 caaaattgttgtccactctattatatctacctttgaacctagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10077727  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| |||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||  || ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||    
T  10077726 ctgcctatttcttcaagggttgagtttgtactatggtgaaactcaccaactctcaatgcatgctttgaaagtaaataccaacaatcttcatttgataaag 10077627  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||||    
T  10077626 gttctaatatatgtataggaaatgtgcgtgccacctctgcaactttttgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccatgctttccatcaatgaag 10077529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10261355 - 10260958
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10261355 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 10261256  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10261255 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctccaagtgttttggcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10261156  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     ||||  |||||||||||  ||| ||| || |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||     
T  10261155 ctgcctgtttcttcaagggctgtatttgtattatgctgaatctcatcactgcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacagtcttcattcgatagaa 10261056  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||| || || ||| ||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||  || ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  10261055 gttttagttcatgtataggaaatgtgcatgccacctcagcaactttttgttgccgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaacgaag 10260958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Original strand, 10375257 - 10375654
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||  ||||||||    
T  10375257 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatgtaatcattaggtaagttccatacattgctgtt 10375356  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    |||||| || ||||||||  |||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10375357 caaaatggatgtccactctgttacatctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10375456  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| |||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||     
T  10375457 ctgcctatttcttcaagggttgtgtttgaactatggtgaaactcatcactacccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacagtcttcattcgatagaa 10375556  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||| || || ||| ||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  10375557 gttttagttcatgtataggaaatgtgcatgctaccttagcaacttttcgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaag 10375654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 11769891 - 11769502
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||   ||||    
T  11769891 aatatgcaaaacatcttttcaagtgagatggaagatattgataacttaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcattgtt 11769792  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
     ||||||| |||||||||  |||| |||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  11769791 taaaattgcagtccactctgttatatctacctttgaacgtagaagccctcctattgttatagcggcaattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 11769692  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  11769691 cttcctatttcttcaagggttgtgtttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 11769592  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccat 402  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  11769591 gttttaattcatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagcaacttttcgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccaggttttccat 11769502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10581267 - 10580861
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||||    
T  10581267 aatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgctgctgtt 10581168  T
Q  113 caaaattgaa---------gtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttctt 203  Q
    ||||||||||         |||||||   ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  10581167 caaaattgaaaaaattgaagtccactttgttatgtctacctttgaagggagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcccccacaccttctt 10581068  T
Q  204 gcaatcttcttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcat 303  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10581067 gcaatcttcctgccaatttcttcaagggctgtatttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatagtttgagagtaaagaccaacaatcttcat 10580968  T
Q  304 ttgatagaggttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatc 403  Q
    |||||||||||||||| ||||| | || |||  ||||||| | || || ||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||     
T  10580967 ttgatagaggttctaaattatgtacagcaaacatgtgtgccatctttgtaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatt 10580868  T
Q  404 aatgaag 410  Q
    |||||||    
T  10580867 aatgaag 10580861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10184899 - 10184502
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||| ||    
T  10184899 aatatgcaaaacatattttcaaatgagagggaagacattgataactcaaatgcaaagtaggaagaattttatcatttggtaagttccatacattgctatt 10184800  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||  ||||||||  |||| |||||  | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10184799 caaaattgttgtccactctattatatctaccttcgaacctagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10184700  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| |||||||||| | ||| |||| || ||  |||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||     
T  10184699 ctgcctatttcttcaaaggttgagtttctagtacggtgaaactcaccaactctcaatgcatgctttgagagtaacgaccaacaatcttcatttgatagaa 10184600  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||| || || ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  10184599 gttttagttcatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaag 10184502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 10672339 - 10672127
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||| |||||||||    
T  10672339 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagtttcatatgttgctgtt 10672240  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10672239 caaaattgaagtccactcagttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10672140  T
Q  213 ttgccgatttctt 225  Q
     |||| |||||||    
T  10672139 ctgcctatttctt 10672127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 21 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 10518134 - 10517751
Alignment:
Q  21 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 120  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||| | |||||    
T  10518134 aaacatcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaattttatcatttcgtaagttccatatgttgctgtttagaattg 10518035  T
Q  121 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 220  Q
    ||| |||||| |||    ||||  ||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||| |  || ||||| ||| | ||||||||| |||| ||    
T  10518034 aagaccactccttttcaactacctttgaacgcataagtcctccaagtgttttggcagctattggtaacccaccacattttttagcaatcttcctgccaat 10517935  T
Q  221 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 320  Q
     ||||||||  ||| || |||||| |  | |   || | ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  10517934 ctcttcaagatttgggtatttactgtgatcactgtccttactaccaaatgcatgttttgagagtaaagaccaacaatcttcatgagatagaggttctaat 10517835  T
Q  321 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatca 404  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||  ||| || ||||||||||||    
T  10517834 tcctgaataggaaatgtgtgtgccacctctgcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccgaactcccgggttttccatca 10517751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 21 - 404
Target Start/End: Original strand, 11781402 - 11781785
Alignment:
Q  21 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 120  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||  ||||||||| |||||| |||||  |||||||| | |||||    
T  11781402 aaacatcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaactttatcatttcgtaagttccatatattgctgttgagaattg 11781501  T
Q  121 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 220  Q
    |||||||||| |||    ||||  ||||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||| |||| ||    
T  11781502 aagtccactccttttcaactacctttgaacgcataagtcctccaagtgtcttggcagctattggcaatccaccacattttttagcaatcttcctgccaat 11781601  T
Q  221 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 320  Q
     ||||| ||| ||| || |||||     | | | || | ||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  11781602 ctcttctaggtttgggtatttacggcgatcacagtccttactaccaaatgcatgtttcgagagtaaagaccaacaatcttcatgagatagaggttctaat 11781701  T
Q  321 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatca 404  Q
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  11781702 gcatgaataggaaatgtgtgtgccacctctgcaactttttgttggcgagttgttataatcaccgaacttccaggttttccatca 11781785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 13171688 - 13171310
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13171688 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13171589  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  13171588 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttaggagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 13171489  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13171488 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13171389  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcc 391  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| |||||||    
T  13171388 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcc 13171310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 13333561 - 13333183
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13333561 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13333462  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  13333461 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 13333362  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13333361 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13333262  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcc 391  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||    
T  13333261 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccctacttcc 13333183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 13344746 - 13344368
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | | |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13344746 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgtaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13344647  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  13344646 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 13344547  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13344546 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13344447  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcc 391  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| |||||||    
T  13344446 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcc 13344368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10501231 - 10500869
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  || | |||  ||||||||  ||||| ||||| || ||| ||    
T  10501231 aataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctatt 10501132  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    || ||||| ||||||||| |||    |  |  ||||||| |  |||||||| |||| ||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  10501131 cagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttgaacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttc 10501032  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| || ||||| ||  ||| || ||||| |     | | || |||   || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  10501031 ctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagag 10500932  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgtta 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10500931 gttctaatttatgaataggaaatgtgcatgcgacctctgcaactttttgttcgcgtgttgtta 10500869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 13290322 - 13289944
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13290322 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13290223  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
     | ||||| | ||||||| ||    |||||  ||||||| | || ||| || || |||||||||||||| ||||  || ||||| ||| | || |||||     
T  13290222 tagaattgtactccactctttagcatctacctttgaacgcaaaattccaccgagcgttttagcagctatgggcaacccaccacattttttggcgatcttt 13290123  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || |||||||| ||  ||| |  |||||||     |    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13290122 ctaccaatttcttccagatttgggcatttactaccaccacggacttcacttccaaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13290023  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcc 391  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||    
T  13290022 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccctacttcc 13289944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 8861943 - 8861564
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||    
T  8861943 aatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaagttccatattttgttgtt 8861844  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||| |  ||||||||| ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||     
T  8861843 caaaacttcagtccactctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatcttt 8861744  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |     
T  8861743 ctaccaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaa 8861644  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcca 392  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||    
T  8861643 cttctaatttatgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttcca 8861564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 392
Target Start/End: Original strand, 11148266 - 11148645
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| |  | ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||    
T  11148266 aatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaacacattgtcatttggtaagttccatattttgttgtt 11148365  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||| |  ||||||||| ||    |||    ||||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||     
T  11148366 caaaacttcagtccactctttggcatctctttttgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccaacacactttcttgcaatcttt 11148465  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |     
T  11148466 ctaccaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaa 11148565  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcca 392  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||    
T  11148566 cttctaatttatgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttcca 11148645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 13161637 - 13161259
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13161637 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatatgatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13161538  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
     | ||||| | ||||||| ||    |||||  ||||||| | || ||| || || |||||||||||||| ||||  || ||||| ||| | || |||||     
T  13161537 tagaattgtactccactctttagcatctacctttgaacgcaaaattccaccgagcgttttagcagctatgggcaacccaccacattttttggcgatcttt 13161438  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || |||||||| ||  ||| |  |||||||     |    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13161437 ctaccaatttcttccagatttgggcatttactaccaccacggacttcacttccaaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13161338  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcc 391  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||    
T  13161337 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccctacttcc 13161259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 392
Target Start/End: Original strand, 11159429 - 11159808
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||    
T  11159429 aatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaagttccatattttgttgtt 11159528  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||| |  ||||||||| ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||      
T  11159529 caaaacttcagtccactctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatctgt 11159628  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |     
T  11159629 ctaccaattgcttctaggtttgagcctttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaa 11159728  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcca 392  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||    
T  11159729 cttctaatttatgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttcca 11159808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 392
Target Start/End: Original strand, 11130438 - 11130817
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| |  | ||| ||||||||||||| |||||  ||| |||     
T  11130438 aatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaacacattgtcatttggtaagttccatattttgttgtc 11130537  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||| |  ||||||||| ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||     
T  11130538 caaaacttcagtccactctttagcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatcttt 11130637  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |     
T  11130638 ctaccaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaa 11130737  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcca 392  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||    
T  11130738 cttctaatttatgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttcca 11130817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 10889961 - 10889603
Alignment:
Q  15 tatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttca 114  Q
    |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||||    
T  10889961 tatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaagttccatattttgttgttca 10889862  T
Q  115 aaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttctt 214  Q
    ||| |  |||||| || ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||   |    
T  10889861 aaacttcagtccattctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatctgtct 10889762  T
Q  215 gccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggt 314  Q
     || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |  |    
T  10889761 accaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaact 10889662  T
Q  315 tctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgt 373  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  10889661 tctaatttgtgaataggatacgtgtgtgcaacctctgcaactttttgctggcgtgttgt 10889603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 95
Target Start/End: Original strand, 11246027 - 11246115
Alignment:
Q  7 tcgaagaatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaag 95  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| | |||| ||||| |  || |||||||||||||||    
T  11246027 tcgaacaataggcaaaacatcttttcaattgagaggaaagatattgatagctcagaagcaatgcaggcaatatgttatcatttggtaag 11246115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 13 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 13396146 - 13396057
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccata 102  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  ||| |  ||||| ||| | ||||||||||||||||| || |||||    
T  13396146 aataggcaaaacatcttttcaaatgggaaggaagatgttgatatgtcagaaacaaagaaggcataatattatcatttggtatgttccata 13396057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 13 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 26907554 - 26907157
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| || | ||||    
T  26907554 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaaggtattgataactcaaatgcaaagctggaagaatattatcatttcgtaagttccatacgtcgttgtt 26907455  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  26907454 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaattcctcctagtgttttagcagcaattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 26907355  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| |||||||| ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  26907354 ctgccaatttcttcgagggttgtgttaatactatggtgaaactctttacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcagttgatagag 26907255  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  26907254 gttctaatttatgtataggaaatgtatgtgccacctctgcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatgaatgaag 26907157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 307
Target Start/End: Original strand, 57823 - 58126
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||||    
T  57823 aatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgctgctgtt 57922  T
Q  113 caaaa---------ttgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttctt 203  Q
    |||||         ||||||||||||   ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  57923 caaaattgaaaaaattgaagtccactatgttatgtctacctttgaaaggagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcccccacaccttctt 58022  T
Q  204 gcaatcttcttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcat 303  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  58023 gcaatcttcctgccaatttcttcaagggctgtatttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatagtttgagagtaaagaccaacaatcttcat 58122  T
Q  304 ttga 307  Q
    ||||    
T  58123 ttga 58126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 410
Target Start/End: Original strand, 31679153 - 31679542
Alignment:
Q  21 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 120  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| |||||||||||| || | ||||| ||   |||| |||||||    
T  31679153 aaacatgttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaaagcaaggcagggagaacattatcatttggaaaattccatatgtcattgtttaaaattg 31679252  T
Q  121 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 220  Q
     | ||||||| ||    || ||  |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| | || ||    
T  31679253 cactccactctttcgcatccacttttgagcgtagaagtcctccaagtgttttggcagctattggcaatccgcaacacttttttgcaatcttcctaccaat 31679352  T
Q  221 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 320  Q
    | |||| ||| ||| || |||||       ||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  31679353 tgcttctaggcttgggtatttacggccacaaagttcttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccagcaatcatcatctgatagaggttctaat 31679452  T
Q  321 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaag 410  Q
    ||||  |||||||| || || |  | ||| |||||||||| ||  |||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  31679453 ttatagataggaaaggtatgggtgaactcggcaactttttattgacgtgttgtgataatcaccctacttccagattctccatcaatgaag 31679542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 375
Target Start/End: Original strand, 44957109 - 44957462
Alignment:
Q  21 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 120  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||  |||||||| || ||| ||||| || ||| |||| |||||    
T  44957109 aaacatcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaattgtatcatttcgttagttccatatgtcgctattcagaattg 44957208  T
Q  121 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 220  Q
    |||||||||| |||    |||   ||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||| |||| ||    
T  44957209 aagtccactccttttcaactatctttgaacgcataagtcctcccagtgttttggcagctattggcaatccaccacattttttagcaatcttcctgccaat 44957308  T
Q  221 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaa-ac--tcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttct 317  Q
     ||||| ||| ||| || ||  ||    |||| ||  || || ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  44957309 ctcttctaggtttgggtattacct----tgaacacggtcttcgctgtcaaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatcagatagaggttct 44957404  T
Q  318 aatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgtta 375  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  44957405 aatttatgaatcggaaatgtgtgtgcaacctctgcaacgttttgttcacgtgttgtta 44957462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 21 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 11485687 - 11485333
Alignment:
Q  21 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||||||||  ||||| ||||| || ||| | || |||||    
T  11485687 aaacatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagctggcaggattgtatcattttttaagttccatatgtcgctatgcagaattg 11485588  T
Q  121 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 220  Q
     ||||||||| |||    ||||  ||||| | |  |||||||| |||| ||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||    
T  11485587 tagtccactccttttcaactacctttgaatgcattagtcctccaagtgcttttgcagcaattggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaat 11485488  T
Q  221 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 320  Q
     ||||| ||| ||| || |||||      |||| || ||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  11485487 ctcttctaggtttgggtatttaccccgaagaaattcttcaccgccaaatgcatgcttcgagagtaaagaccaacaatcttcatcagatagaggttctaat 11485388  T
Q  321 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgtta 375  Q
    |||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||| | || |||||||||||    
T  11485387 ttatgaataggaaatgcgcatgcgacctctgcaactttctcttcgcgtgttgtta 11485333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 111; Significance: 7e-56; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 391
Target Start/End: Original strand, 135300 - 135678
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  135300 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatt 135399  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  135400 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttaggagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 135499  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  135500 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 135599  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcc 391  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| |||||||    
T  135600 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcc 135678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 391
Target Start/End: Original strand, 145351 - 145729
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  145351 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatt 145450  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  145451 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 145550  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  145551 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 145650  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcc 391  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| |||||||    
T  145651 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcc 145729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 373
Target Start/End: Original strand, 153656 - 154016
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  153656 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatt 153755  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  153756 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 153855  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  153856 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 153955  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgt 373  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  153956 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgt 154016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 400
Target Start/End: Original strand, 17852335 - 17852722
Alignment:
Q  13 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| | |||||  | ||| ||    
T  17852335 aatatgcaaaacatattttcaaatgagacggaagatattgataactcaaatgcaaagccgggagaattttatcattttgtaattgccatatatcgctatt 17852434  T
Q  113 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 212  Q
    || ||||| |||||||||||||   |||||  | || || |  ||||| || |||| ||| |||||||||||||  ||  |||||||||| |  ||||||    
T  17852435 cagaattgcagtccactcattttcatctaccttcgagcgcattagtccaccgagtgctttggcagctattggcaagccatcacactttctagatatcttc 17852534  T
Q  213 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 312  Q
     |||| ||| |||| |   ||| || |||||| |    ||  || |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||| ||    
T  17852535 ctgccaattgcttctaaatttgagtatttactgtgaccaaggtcttcacctccaaatgcatgctttgagagcaaagaccaacaatcttcatcggatatag 17852634  T
Q  313 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttcc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||| |  |||||||||||  || ||| | ||||||| ||||||    
T  17852635 gttctaatttatgaattggaaatgtgcgtgcaacctccgcaactttttttaggcgtgttgttatgatgaccttgcttccagcttttcc 17852722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 826551 - 826189
Alignment:
Q  21 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||||| |||     
T  826551 aaacatcttttcaaatgagagggaaggtatagataactcaaaagcaaagcaggcagaatgttattatttggtatgttccatatgttgctgttcaagattt 826452  T
Q  121 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 220  Q
      |||||||| |||   | ||   |||| |  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  826451 cggtccactcctttgcatttaactttgagctcaaaagccctcctagcgttttggcagctattggcaatccaccacacttttttgcaatcttcttcccaat 826352  T
Q  221 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 320  Q
    | |||| | | ||| || |||         ||  ||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||  || |  ||||||||||| |||    
T  826351 tgcttctaaggttgggtattt---------aatgtcaccacttccaaatgcatacttggagagtaaagaccaacaatgttcgtccgatagaggttccaat 826261  T
Q  321 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttcca 392  Q
    |||||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||  | ||||||||| |  |||||||||||||||    
T  826260 ttatgaataggatacgtatgtgcaacctctgcaactctttcgtagcgtgttgtgatgatcaccctacttcca 826189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 29837289 - 29837208
Alignment:
Q  21 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccata 102  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |  |  |||||||||| ||||| |||||    
T  29837289 aaacatcttttcaagtgacaaggaagatcttgataactcaaatgcaatgcaggcatgactttatcatttgataagttccata 29837208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University