View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5092-Insertion-7 (Length: 910)

Name: NF5092-Insertion-7
Description: NF5092
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5092-Insertion-7
NF5092-Insertion-7
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (134-910)||(6454314-6455082)
chr1 (8-74)||(6454188-6454254)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 134 - 910
Target Start/End: Original strand, 6454314 - 6455082
Alignment:
Q  134 agtactctatactataccctaattaaatcacatcctaaaatgcatactttattttcacctttgttagaaccagacctatctttaaacataagtcttcctt 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6454314 agtactctatactataccctaattaaatcacatcctaaaatgcatactttattttcacctttgttagaaccagacctatctttaaacataagtcttcctt 6454413  T
Q  234 ctaatatttctgattctgaacccaaaggaataacaaatatatgttcaatatcaactacttctgattcagctagtagtggaagtgagttaagccatgaaaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6454414 ctaatatttctgattctgaacccaaaggaataacaaatatatgttcaatatcaactacttctgattcagctagtagtggaagtgaattaagccatgaaaa 6454513  T
Q  334 tccatttatctatcctcatcaacgtgacccaacattgagattaggctttggaaattcagatttgatgaatccacatcatcataatcatcaccttcatcgt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6454514 tccatttatctatcctcatcaacgtgacccaacattgagattaggctttggaaattcagatttgatgaatccacatcatcataatcatcaccttcatcgt 6454613  T
Q  434 catcaagttcaaggtgtttcaagaaactttaaccaacacttccaacctcacatctatggccgcgatttcaagcgaaatacaagagtcgttaatggtgtta 533  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6454614 catcaagttcaaggggtttcaagaaactttaaccaacacttccaacctcacatctatggccgcgatttcaagcgaaatacaagagtcgttaatggtgtta 6454713  T
Q  534 aaagaagtgttagagctccaagaatgagatggactacaacccttcattcccattttgttcatgctgttcaacttcttggtggtcatgaaagtaagcaata 633  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6454714 aaagaagtgttagagctccaagaatgagatggactacaacccttcattcccattttgttcatgctgttcaactacttggtggtcatgaaagtaagcaata 6454813  T
Q  634 ttatcctagataagcacttttatacgataagtgtttattctgtaagtgtttacttaagttctttattcaaatagaatcaatatatacatgattattttga 733  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6454814 ttatcctagataagcacttttatacgataagtgtttattctataagcgtttacttaagttctttattcaaatagaatcaatatatacatgattattttga 6454913  T
Q  734 tatgaaatattatcatttcttcttcattatggtaagaacatgaacatgtccataacaaaatataaggaaaaaacaagattaatgtannnnnnngcttatc 833  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||    
T  6454914 tatgaaatattatcatttcttcttcattatggaaagaacatgaacatgtccataacaaaatataacgaaaaaacaagattaatgtatttttttgcttatc 6455013  T
Q  834 ttttattacaaggaagtataatataagtatatgattatggatcatgttaattaattgtgtaattaaacttgcaggag 910  Q
    |||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6455014 ttttattacaaggaagtataatataag--------tatggatcatgttagttaattgtgtaattaaacttgcaggag 6455082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 74
Target Start/End: Original strand, 6454188 - 6454254
Alignment:
Q  8 ggatcctactaaaagggtacctcgaaaacaatgcaaatcatgactcactcatgatcatataatcact 74  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6454188 ggatcctactaaaagggtacctcgaaaacaatgcaaatcatgactcactcatgatcatataatcact 6454254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University